청구법인은 인터넷주소자원에 관한 법률 제9조에 의하여 설립되어 인터넷주소를 할당하고 등록하는 사업을 수행하는 정보통신부 산하 법인이다.

처분청은 청구법인에 대한 세금계산서불부합자료 조사결과, 청구법인이 주식회사 OOOOO과 거래한 1999년 2기 5,240천원(공급가액으로 이하 동일함), 2000년 1기 4,500천원, 2000년 2기 19,820천원 및 주식회사 OOO와 거래한 2001년 1기 40,780천원이 매출누락된 것으로 보아 2003.7.2. 청구법인에게 부가가치세 1999년 2기분 1,009,480원, 2000년 1기분 825,970원, 2000년 2기분 3,455,610원, 2001년 1기분 6,741,030원 및 법인세 1999사업연도분 5,884,030원, 2000사업연도분 10,960,000원, 2001사업연도분 14,021,800원을 결정고지하였다.

이후, 처분청은 위 매출누락금액에 부가가치세를 더한 금액인 2000년 귀속분 26,752천원 및 2001년 귀속분 44,858천원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 대표자에게 상여처분하여 소득금액변동통지한데 대하여, 청구법인이 원천징수의무를 불이행함에 따라, 2005.12.5. 원천징수의무자인 청구법인에게 근로소득세 2000년 11,770,880원 및 2001년 18,750,640원 합계 30,521,520원을 결정고지하였다.

청구법인은 위 근로소득세 부과처분에 불복하여 2006.3.2 이 건심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 정부산하 법정법인으로 인터넷 도메인 등록수수료 수입은 신용카드나 지로로 결제되어 매출누락이 불가능하고, 당시 세금계산서는 정상적으로 교부하였으나, 전산상 오류로 세금계산서분으로 신고되지 아니하고, 기타분으로 신고되었을 뿐, 매출누락한 사실이 없으므로, 쟁점금액을 대표자에게 상여처분하여 근로소득세를 과세한 이 건 처분은 부당하다.

청구법인은 정보통신부의 감사를 받는 단체로서 매출금이 청구법인 대표자에게 사외유출될 가능성이 전혀 없고, 정보통신부 감사시에도 이 건과 관련해서 감사지적을 받은 바 없다.

나. 처분청 의견

청구법인이 제출한 세금계산서 불부합 발생과정에 대한 구체적이고 객관적인 증빙이 없어 매출누락이 없다는 주장을 인정하기 어렵고, 세금계산서매출분이 기타분에 포함되어 신고되었는지도 확인할 수 없으므로, 법인세법령에 근거하여 매출누락금액을 대표자에게 상여처분한 것은 정당한 것이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

세금계산서 불부합 금액을 매출누락으로 보아 청구법인 대표자에게 상여처분하여 원천징수의무자인 청구법인에게 근로소득세를 과세한 처분의 당부

나. 관련법령

(1) 법인세법제66조 【결정 및 경정】

② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조의 규정에 의한 신고를 한 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

법인세법 제67조 【소득처분】

제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여ㆍ배당ㆍ기타 사외유출ㆍ사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다.

(2) 법인세법시행령 제106조 【소득처분】

① 법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만,귀속이 불분명한 경우에는 대표자(괄호 생략)에게 귀속된 것으로 본다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 자료처리 종결보고서, 세금계산서 불부합거래 일람표에 의하면, 처분청은 주식회사 OOOOO과 주식회사 OOO가 신고한 세금계산서합계표를 전산분석한 결과, 청구법인이 주식회사 OOOOO과 거래한 1999년 2기 5,240천원(공급가액으로 이하 같다), 2000년 1기 4,500천원, 2000년 2기 19,820천원 및 주식회사 OOO와 거래한 2001년 1기 40,780천원이 매출신고 누락된 것으로 판단하여 법인세 및 부가가치세를 경정하고, 위 매출누락금액에 부가가치세를 더한 쟁점금액을 법인세법 제67조 및 동법시행령 제106조 규정에 의하여 청구법인의 대표이사에게 상여처분한 사실이 확인된다.

(2) 2005.5.20.자 국세청 심사청구 결정서(OO OOOOOOOOO) 및 2006.8.11.자 OOOO법원 판결문(OOOOOOOOOOO)에 의하면, 처분청이 청구법인에게 매출누락을 이유로 법인세 및 부가가치세를 부과한 처분에 대하여 청구법인이 각각 심사청구와 행정소송을 제기하였고, 이에 대하여 국세청장과 OOOO법원은 공급자 보관용 세금계산서가 분실된 상태로 세금계산서 매출분이 기타 매출로 처리되었는지 여부를 확인할 수 없고, 청구법인의 입증이 부족하므로 결국 청구법인의 주장은 이유없다는 취지로 결정한 사실이 확인된다.

(3) 청구법인은 세금계산서 매출분으로 신고하여야 할 것을 기타분으로 신고하였을 뿐, 매출누락한 사실이 없으므로 이 건 근로소득세 부과처분은 부당하다고 주장하면서, 정보통신부 감사결과 통보공문과 보통예금원장, 수수료원장, 손익계산서를 종합한 검토자료를 제시하고 있는바 그 주장을 살펴보기로 한다.

(가) 과세요건사실에 대한 입증책임은 처분청에 있으나, 경험칙에 비추어 과세요건사실이 추정되는 사실이 밝혀지면, 납세자가 경험칙을 적용할 수 없는 특별한 사정이 존재함을 입증하지 않는 한 처분이 위법하다고 단정할 수는 없다고 할 것인 바, 세금계산서 불부합 사실은 경험칙상 그 차액 상당액이 부가가치세 및 법인세 신고시 누락된 것으로 추정할 수 있다고 할 것이다.

(나) 그러나, 청구법인이 그 감독기관인 정보통신부로부터 세무·회계부문에 대하여 감사지적받은 사실이 없었다는 취지로 제출한 감사결과 통보공문은 정보통신부가 세무·회계부문을 실제 감사하였는지, 또는 일반적인 회계감사가 아니라, 이 건과 관련하여 감사를 하였는지 여부가 확인되지 아니하므로, 청구법인의 매출누락이 없었음을 판단하는 자료로 사용하기는 어렵다 할 것이고,

또한, 청구법인이 제출한 검토자료의 요지는 통장입금액과 지불수수료 금액(카드·지로수수료에서 미인출 수수료, 외상매출금에서 미수금회수액을 공제한 금액, 환불액을 순차로 감하여 산출)의 합계액은 청구법인의 장부상매출액(도메인등록, 유지, 선수금, 부가세 예수금으로 구성된 도메인 매출액, IP사업 관련 매출과 부가세예수금으로 구성된 IP매출액, 기타 잡수입 매출로 구성)에서 미입금액(외상매출금과 미수금)을 감한 금액과 일치하므로, 통장입금액은 장부상으로 청구법인 매출액에 전부 반영되었고, 결국 매출누락이 없었다는 것이나, 이러한 복잡한 추론과정은 그 계산과정에서 착오·오류가 개입될 수도 있을 것으로 보이고, 쟁점인 매출누락 사실 존부와는 그 직접성과 명확성 측면에서 증명력이 떨어지는 것으로 판단된다.

(다) 그렇다면, 경험칙상 매출누락이 추정되고, 공급자 보관용 세금계산서가 없는 이 건에서 청구법인이 제출한 증거만으로는 이러한 추정을 뒤집기에 부족하다 할 것이다.

(4) 따라서, 처분청이 청구법인에게 매출누락이 발생한 것으로 보아 그 금액을 청구법인의 대표자에게 상여처분하고 원천징수의무자인 청구법인에게 근로소득세를 과세한 것은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.