처분청은 청구인이 2000.8.1. ○○도 ○○시 ○○읍 ○○리 ○○번지 소재 ○○산업(주)의 주식을 65% 소유하고 있는 상태에서 유상증자 및 매입을 통하여 주식소유비율이 당초 65%에서 100%로 되어 소유주식비율이 35% 증가함에 따라 구 지방세법(2000.12.29. 법률 제6312호로 개정되기 이전의 것, 이하 같다) 제105조제6항의 규정에 의거 법인장부상 취득세 과세대상가액에서 소유주식 증가분(35%)에 해당하는 424,716,516원을 과세표준으로하여 지방세법 제112조제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 10,193,190원, 농어촌특별세 934,370원 합계 11,127,560원(가산세포함)을 2002.2.9. 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

○○산업(주)는 1994.11.9. 산업입지및개발에관한법률에 의하여 조성된 ○○도 ○○시 소재의 ○○산업단지내에 있는 공장부지 및 공장건축물을 취득하고 처분청으로부터 산업단지내 공장용부동산으로서 취득세를 면제 받았으므로, 청구인이 2000.8.1. ○○산업(주)의 주식 소유비율이 유상증자 및 주식매입을 통하여 당초 65%에서 100%로 되어 소유주식비율 증가분35%에 대하여 차량운반구에 대해서만 취득세를 2000.8.11. 신고납부하였음에도, 취득세 등의 면제대상이었던 공장 부지 및 건축물에 대하여 소유주식증가율(35%)에 해당하는 취득세를 부과 고지하는 것은 청구인이 2000.8.1.에 과점주주로서의 납세의무가 성립되었으므로 2001.1.30.에 있은 대법원판결이전의 해석을 적용하여야 함에도 불구하고 대법원 판결에 따른 변경된 해석을 소급적용하는 것으로 국세기본법 제18조제3항의 소급과세금지의 원칙과 신뢰보호의 원칙에 위배되므로 당해 과세처분은 취소되어야 한다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단

이 사건 심사청구의 다툼은 법인이 감면받은 부동산에 대해 당해법인의 과점주주에게 취득세 등을 과세하는 것이 국세기본법 제18조의 세법해석의 기준과 소급과세 금지에 위배되는 지 여부에 있다 하겠다.

먼저 관계법령을 보면, 지방세법 제82조에서 지방세의 부과와 징수에 관하여 이 법 및 다른 법령에서 규정한 것을 제외하고는 국세기본법과 국세징수법을 준용한다고 규정하고 있고 국세기본법 제18조제3항에서 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다고 규정하고 있고 구 지방세법 제105조제6항에서 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 제22조제2호의 규정에 의한 과점주주가 된 때에는 그 과점주주는 당해법인의 부동산·차량 등을 취득한 것으로 본다고 규정하면서 그 단서에서 이 법 및 기타의 법령의 규정에 의하여 취득세가 비과세 또는 감면되는 부분에 대하여는 그러하지 아니하다고 규정하고 있다.

다음으로 청구인의 경우를 보면 청구인이 과점주주로 되어있는 ○○산업(주)는 산업입지및개발에관한법률에 의해서 조성된 ○○산업단지에 입주하여 공장부지와 건축물에 대하여 취득세를 감면받았으나, 청구인이 2000.8.1. ○○산업(주)의 유상증자 및 주식매입을 통해 주식소유비율이 65%에서 100%로 증가되었고, 청구인은 2000.8.11. 차량운반구에 대해서만 소유주식비율 증가분에 해당하는 취득세를 신고납부하였으나, ○○산업(주)가 산업단지 입주로 감면받은 공장부지 및 건축물에 대하여는 취득세를 신고납부하지 아니하였으므로 처분청은 이에 대하여 취득세 등을 부과 고지한 사실은 제출된 관계증빙자료에 의하여 알 수 있다.

이에 대하여 청구인은 과점주주로서 법인이 면제받은 공장부지 및 건축물을 제외하고 차량운반구에 대한 취득세만을 신고납부하였으나, 과점주주는 법인이 면제받은 경우에도 과점주주에게 별도의 감면에 관한 법령의 근거가 없는 경우는 납세의무가 면제되지 않는다는 대법원판결(99두6897, 2001.1.30.)이 있기 이전에는 과점주주에 대한 취득세를 과세함에 있어서 당해법인이 취득세를 감면받은 경우는 과점주주의 취득세도 감면하는 것으로 해석하고 있었다 하겠으므로 대법원판결이전에 과점주주가 된 청구인에게 이러한 해석을 소급적용하여 과세하는 것은 국세기본법 제18조제3항의 소급과세의 금지와 신뢰보호의 원칙에 위배된다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 살펴보면, 구 지방세법 제105조제6항에서 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 제22조제2호의 규정에 의한 과점주주가 된 때에는 그 과점주주는 당해법인의 부동산·차량 등을 취득한 것으로 본다고 규정하고 그 단서에서 이 법 및 기타의 법령의 규정에 의하여 취득세가 비과세 또는 감면되는 부분에 대하여는 그러하지 아니하다고 규정하고 있고, 청구인이 주장하는 2001.1.30.자 대법원판결 이전에도 행정자치부의 해석은 대법원판례의 취지와 같이 법인이 지방세 면제를 받았다하여 과점주주에게 납세의무가 없는 것은 아니라는 해석(세정13407-197 ’99.2.10, 세정13407-300 ’99.12.15.)이 계속되어 왔던 사실에 비추어 비록 이와 다른 심사결정사례가 있었다 하더라도 일반납세자에게 그와 같은 해석 또는 관행이 이의 없이 받아들여지고 있었다고 할 수 없다 하겠으며, 청구인이 주장하는 행정자치부해석(세정 13407-993, 2000.8.10)은 이 사건에 적용할 수 있는 것이 아니라 할 것이므로 국세기본법 제18조제3항의 소급과세금지 원칙에 위배된다는 청구인의 주장을 받아들일 수 없다하겠고, 또한 처분청이 청구인에 대하여 과점주주가 된 데 대하여 비과세·감면하겠다는 어떠한 신뢰할 만한 공적인 견해표명을 한 바 없으므로 신뢰보호원칙에 위배된다는 주장도 받아들일 수 없다하겠으므로 처분청이 청구인에 대하여 ○○산업(주)의 과점주주로 보아 취득세를 부과고지한 것은 아무런 잘못이 없다 하겠다.

따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.

2002. 11. 25.

행 정 자 치 부 장 관