청구법인(구 OOO정보통신 주식회사)은 1994.1.20.부터 통신접속장치 등 통신기기 판매업 및 소프트웨어 개발 등의 서비스업을 영위하는 법인으로 1997년 제2기 중 한국OOO(주)와 함께 한국통신(주) 등에 통신장비 및 주변기기 등을 납품하면서 1997.7.3.～1997.9.30. 기간 중 청구외 OOO교역(주)으로부터 세금계산서 11매 공급가액 합계 OOO원(이하 “쟁점매입금액”이라 한다)을 수취하여 관련매입세액을 매출세액에서 공제하여 해당 과세기간에 대한 부가가치세 과세표준 및 세액을 신고․납부하였다.

처분청은 쟁점매입금액의 세금계산서를 자료상으로부터 수취한 사실과 다른 세금계산서로 보아 관련매입세액을 불공제하여 2003.1.22. 청구법인에게 1997년 제2기분 부가가치세 OOO원을 결정고지하였다.

청구법인은 이에 불복하여 2003.4.22. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 한국OOO(주)와 함께 통신장비 및 주변기기를 OOO통신 등에 납품하면서 주납품업체인 한국OOO(주)가 검증하고 추천한 업체인 OOO교역(주)로부터 정상적으로 물품을 구입하였는 바, 설령 OOO교역(주)가 자료상으로 판명되었다 하더라도 거래당시 이를 확인할 방법이 없는 청구법인은 주납품업체인 한국OOO(주)의 추천을 받은 업체를 정상사업자로 믿고 거래한 선의의 거래당사자에 해당되므로 관련매입세액을 불공제한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

용산세무서장의 조사결과 청구법인에게 쟁점매입금액의 세금계산서를 교부한 OOO교역(주)는 1997년 제2기 매입금액 OOO원 중 OOO원(약 90%)을 2002.11월 OOO세무서장이 자료상으로 확정한 (주)OOO테크로부터 수취한 것으로 확인되는 등 실물거래없이 가공의 세금계산서만 수수한 자료상으로 확정(2002.12.20. 고발)된 업체인 바, 청구법인이 OOO통신(주) 등에 매출한 내용 및 관련 계약서 등 증빙서류에 의하여 청구법인이 실지로 실물을 매입한 사실은 인정되나, 실지매입처가 OOO교역(주)이라는 사실을 입증할 수 있는 대금결재내역 등 객관적인 증빙제시가 없으므로 쟁점매입금액의 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액 불공제한 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점매입금액의 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 부가가치세 매입세액을 불공제한 처분의 당부를 가리는데 있다.

나. 관련 법령

이 건 과세요건 성립 당시의 관련법령은 다음과 같다.

부가가치세법 제17조【납부세액】

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합 계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처 별세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공 급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다 르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사 실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만 대통령이 정하는 경우 의 매입세액은 제외한다

1의 2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받 지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1 호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사 항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사 실과 다르게 기재된 경우의 매입세액.(단서 생략).

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 용산세무서장이 청구법인에게 쟁점매입금액의 세금계산서를 교부한 OOO교역(주)에 대하여 2002.12.28. 자료상혐의 조사결과, 자료상으로 확정하고, 2002.12.24 쟁점매입금액을 가공거래혐의자료로 통보함에 따라 이를 사실과 다른 세금계산서로 보아 부가가치세 매입세액을 불공제하여 청구법인에게 이 건 부가가치세를 부과한 사실이 처분청의 경정결의서 및 조사서에 의하여 확인된다.

(2) 용산세무서장의 자료상혐의자추적조사 종결복명서에 의하면, OOO교역(주)의 매출처인 청구법인 및 (주)OOO정보기술, (주)OOO씨엔씨 등에 대하여 실물거래여부를 확인한 바 모두 실지거래라고 주장하고 있으나, 동 법인의 매입처를 조사한 결과, 1997년 제2기 중 신고매입금액 OOO원 중 OOO원이 자료상인 (주)OOO테크로부터의 매입으로 실물매입없이 가공세금계산서를 수취한 것으로 확인된다 하여 당해 과세기간의 매출금액 전액을 가공매출로 확정한 후 쟁점매입금액을 가공거래혐의자료로 통보한 사실이 확인된다.

(3) 처분청도 이 건 처분의 근거가 되는 쟁점매입금액에 대한 과세자료에 근거하여 실물매입여부를 조사한 결과, 청구법인이 쟁점매입금액의 거래품목을 실제 매입하여 OOO통신(주) 등에 납품한 사실 및 대금지급사실이 납품관련계약서, 거래명세서, 현금출납장 및 통장사본에 의하여 확인된다 하여 실물매입사실을 확인하고 원가로 인정하였음이 처분청의 자료처리복명서에 의하여 확인된다.

(4) 청구법인은 쟁점매입금액은 한국OOO(주)와 공동으로 한국통신(주) 등에 중형컴퓨터 처리장치 및 주변기기를 납품하면서, 주납품업체인 한국OOO(주)가 장비성능을 검증하여 지정한 업체인 OOO교역(주)외에 다른 업체로부터 장비를 매입하는 것 이 불가능하였는 바, 처분청이 실물매입을 인정하면서도 자료상혐의로 고발된 사업자와 거래했다는 이유만으로 쟁점매입금액관련 세금계산서를 “사실과 다른 세금계산서”로 판정하여 부가가치세 매입세액을 불공제한 처분은 부당하다고 주장하면서, 청구법인과 한국OOO(주)간의 장비공급 등에 관련한 공문(사본), 기타 발주서, 입금표 등 실물매입사실을 입증하는 증빙을 제시하고 있으며, 이는 처분청의 자료처리복명서상의 조사결과와 일치하는 것으로 보인다.

(5) 이러한 사실을 종합하여 판단해 볼 때, 쟁점매입금액의 세금계산서를 교부한 OOO교역(주)가 OOO세무서장에 의하여 자료상으로 확정되었다 하더라도, OOO교역(주)의 매출처에 대한 조사결과 쟁점매입금액이 가공매출이라는 사실은 확인되지 아니하고, 처분청도 청구법인이 쟁점매입금액상당의 실물을 매입한 사실 및 그 대금을 지급한 사실은 인정하고 있는 점을 감안할 때, 처분청은 단지 쟁점매입금액의 세금계산서를 교부한 OOO교역(주)가 자료상이라는 이유만으로 관련 부가가치세 매입세액을 불공제한 것으로 보인다.

또한, 청구법인의 경우 주납품업체인 한국OOO(주)가 장비성능을 검증하여 지정한 업체인 OOO교역(주)로부터 납품과 관련된 장비를 매입할 수 밖에 없는 정황이 인정되므로 납품업체 선택의 여지가 없었던 청구법인은 쟁점매입금액의 거래당시 OOO교역(주)가 자료상임을 알지 못한 선의의 거래당사자에 해당되는 것으로 보인다.

(6) 사실이 이러하다면, 거래사실에 대한 정확한 조사나 확인없이 자료상혐의로 고발된 사업자와 거래했다는 이유만으로 당해사업자로부터 수취한 세금계산서를 “사실과 다른 세금계산서”로 판정하여 과세한 처분은 부당하다 할 것이며(같은 뜻, 국심2000서8, 2000.10.31), 자료상으로부터 교부받은 세금계산서상의 거래사실을 입증할 수 있는 금융거래자료 등의 대금지급관련 증빙서류의 제시가 없어도 거래내역 및 신고상황 등으로 보아 선의의 거래당사자로 판단되는 경우 매입세액을 공제하여야 할 것이므로(같은 뜻, 국심2001중2552, 2001.12.18.외 다수) 청구법인이 쟁점매입금액의 세금계산서를 교부한 OOO교역(주)가 자료상임을 알지 못했고 그 과정에 과실이 없는 것으로 보이는 이 건의 경우 쟁점매입금액 관련 부가가치세 매입세액은 공제하는 것이 타당한 것으로 판단된다(같은 뜻, 대법원85누211, 1985.7.9.).

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.