청구법인은 서울특별시 영등포구 OOO동 OOOOO에서 88.1.8 설립되어 제조시설(공장)을 갖추지 아니하고 철도장비 도매업을 영위하다가, 경기도 파주군 파주읍 OO리 O OOOO에 89.5.31 공장건축허가(허가번호 제103호)를 얻어 89.9.9 공장건물을 준공한 후, 89.9.25 위 공장 소재지로 본점을 이전하여 철도관련 기기·용품을 제조하는 법인인 바, 90.1～12사업년도(1.1～12.31)분 법인세 과세표준 및 세액신고시 조세감면규제법 제15조 (창업 중소기업에 대한 조세특례) 및 동법시행령 제12조의2 제3항의 규정에 의하여 전액감면신청을 하였다.

처분청은 청구법인의 위 감면신청에 대하여 청구법인은 중소기업창업 지원법 제25조 제1항에 의한 기술집약형 중소기업에 해당되지 아니하여 감면대상이 아니라는 이유를 들어 청구법인의 감면신청을 부적법한 것으로 인정하여 92.8.2 청구법인에게 90 사업년도분 법인세 11,741,760원을 과세하였다.

청구법인은 이에 불복하여 92.9.14 심사청구를 거쳐 92.12.8 이 건 심판청구를 하였다.

2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견

가) 청구법인 주장

조세감면규제법 시행령 제12조의2 규정에는 법인의 창업일은 법인설립등기일을 말한다라고 규정하고 있지만, 이조항을 자구대로 해석하는 경우 조세감면규제법 제15조 제2항의 규정을 적용받을 수 있는 중소기업은 극히일부로 제한되어 본래의 입법 취지를 살리지 못하게 되며, 청구법인의 경우에는 공장부지 확보와 공장건설에 많은 시간이 소요된 점과 공장부지를 확보한 즉시 공장을 신축하고 바로 본점소재지를 수도권 밖으로 옮긴점을 고려할 때 본점소재지를 이전한 89.9.25 을 창업일로 보아야 하며, 또한 청구법인이 제조장은 없지만 실제에 있어서는 제조업을 영위하였으므로 이 건 법인세가 면제되어야 한다고 주장한다.

나) 국세청장 의견

청구법인의 경우 법인 설립일이 88.1.8 임이 법인등기부등본에 의해 확인되고 있고, 현재 소재지로 본점을 이전한 89.9.25 이전까지는 서울시에서 도매업을 영위 하였음이 처분청의 조사에 의하여 확인되므로 창업당시는 기술집약형 중소기업에 해당되지 아니한 것으로 보아 법인세 감면을 배제한 처분은 정당하다는 의견이다.

3. 심리 및 판단

① 조세감면의 대상이 되는 중소기업의 “창업일”을 법인설립등기일로 볼 것인지 또는 제조장으로 본점을 이전한 본점이전일로 볼 것인지 여부를 가리는데 그 쟁점이 있다.

② 조세감면규제법 제15조 제2항 및 제3항에 의하면 중소기업창업 지원법 제25조 제1항의 규정에 해당하는 기술집약형 중소기업을 수도권이외의 지역에서 창업하여 제조업을 영위하는 자에 대하여는 대통령령이 정하는 창업일이 속하는 과세년도와 그 다음 과세년도의 개시일로 부터 3년이내에 종료하는 과세년도에 있어서는 당해사업년도에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 전액을, 그 다음 2년내에 종료하는 과세년도에 있어서는 당해 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상하는 세액을 감면한다고 규정하고, 있고 동법시행령 제12조의2 제1항에서는 『법 제15조 제1항에서 “대통령령이 정하는 창업일”이라 함은 창업중소기업이 개인인 경우에는 부가가치세법시행령 제7조의 규정에 의한 사업자등록증 교부일을, 법인인 경우에는 “법인설립등기일”을 말한다』고 규정하고 있다.

중소기업창업 지원법 제25조 제1항은 『기술집약형 중소기업과 농어촌지역의 중소기업창업자에 대하여는 조세감면규제법이 정하는 바에 의하여 법인세·소득세·취득세·재산세 및 등록세를 감면할 수 있다』고 규정하고 동법 제2조(정의) 제1호에서는 『“창업”이라 함은 새로이 중소기업을 설립하는 것을 말한다』고 규정하고 있다.

조세감면규제법 제15조 제1항을 적용함에 있어서 창업일에 관하여는 대통령령으로 위임하고 있는 바, 동법시행령 제12조의2 제1항에 의하면 법인인 경우 창업일은 그 “설립등기일”로 본다고 되어 있고, 중소기업창업지원법 시행령 제2조 제1호에서는 새로이 중소기업을 설립하는 것을 창업이라고 정의하고 있음을 볼 때, 법인인 경우 기술집약형 중소기업의 창업이라 함을 중소기업의 요건에 맞는 법인을 설립등기하고 제조업을 영위하는 것이라 해석되므로 설립등기되어 도매업을 영위하다가 본점을 이전하여 제조업을 영위한 경우에는 중소기업창업이 아니라 할 것이다. (재무부 예규 법인22601-710, 90.3.22도 같은 취지임)

③ 따라서, 청구법인의 경우 서울시에서 설립등기되었고 설립당시 도매업을 영위한 사실이 법인등기부등본과 당해 사업년도분 장부 및 증빙서류에 의하여 확인되는 바, 청구법인은 조세감면규제법 제15조 제2항 규정의 적용대상인 기술집약형 중소기업창업에 해당되지 아니한다 할 것이다. (국심92중469, 92.9.8같은 뜻임) 또한, 청구법인이 설립당시부터 제조업을 영위한 사실을 인정할 수 있는 증빙서류도 없으므로 창업당시부터 제조업을 영위하였다는 청구법인의 주장은 이유없다.

그렇다면 청구법인이 조세감면규제법 제15조 제2항(기술집약형 중소기업창업에 대한 조세감면)의 적용대상에 해당되지 아니므로 처분청이 청구법인의 법인세 감면신청을 배제하고 이 건 과세한 처분은 적법타당하다고 판단되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.