가. 청구인은 1995.11.13. OOOOO OOOO OOO OOO-OOO OOOOO OOO OOO OOO 토지 및 주택(이하 “종전주택”이라 한다)을매매를 원인으로 취득한 후, 종전주택을 멸실하고 2002.12.20. OOOOO OOO OOO OOO OOOOOOOO OOOO OOOO(이하 “신축주택”이라 한다)를 취득하여 보유하다가 2007.4.24. 나OOO에게 매매를원인으로 OOO원에 양도한 뒤, 2007.6.30.양도소득세 예정신고를 하면서 실지거래가액으로 양도차익을 계산하여 「조세특례제한법」제99조의3 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례규정에 의거감면 신고를 하였다.

나. 처분청은 「조세특례제한법」제99조의3 규정을 적용함에 있어종전주택의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액에상당하는 양도소득세는 감면대상이 아닌 것으로 보아 과다 신고된 감면세액을 부인하여 2012.8.6. 청구인에게 2007년 귀속 양도소득세OO,OOO,OOO원(납부불성실 가산세 OOO원 포함)을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2012.11.2. 이의신청을 거쳐 2013.3.4. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

2002년 12월에 재건축 조합원 자격으로 신축주택을 취득하고 2007.4.24. 양도한 후, 2007.6.30. 양도소득세 예정신고를 하면서 양도소득세 과세특례조항에 따라 양도소득세를 신고하였고, 그 당시의 양도소득세 관련 법과 기준에 맞게 세금 납부를 성실하게 이행하였음에도 처분청이 새로운 유권해석에 따라 감면을 부인하고 양도소득세를 부과하면서 청구인에게 납부불성실가산세를 과세하는 것은 부당하다.

설령, 국세청의 새로운 유권해석을 인정한다 하더라도 동 내용을고지하였어야 하고, 새로운 유권해석이 이루어진 2010년 이후에 파생된납부불성실가산세만이라도 환급하여야 한다.

나. 처분청 의견

종전 국세청 예규가 과세특례 대상 소득금액을 전체 양도소득금액으로 본다고 명확히 답변하지 않아 소급과세나 신의칙에 위배되지않으며, ‘신축주택의 취득일로부터 5년내 양도한 양도소득금액만을감면’한다는 법령에 따라 적정하게 신고·납부한 납세자도 다수 있어 이들과의형평에 비추어 과세는 정당하며,

청구인이 주장하는 소급과세금지 원칙은 조세법령의 시행 이전에종결된 사실에 소급하여 이를 조세부과의 요건으로 삼지 못한다는 것을의미하는 것이지, 계속된 사실이나 그 이후에 발생한 과세요건 사실에대한 새로운 법령 적용까지 제한하는 것은 아니며, 「소득세법」제114조에는 양도소득 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 즉시 다시 경정한다고 규정하고 있으므로 부과제척기간내의 경우 경정은 가능하며, 납세의무자가세법에 따른 납부기한까지 국세의 납부를 하지 아니하거나 납부하여야할 세액보다 적게 납부한 경우에 ‘납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분세액 × 납부기한의 다음날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간× 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여대통령령으로 정하는 이자율’로 과소납부분에 대하여 이자 성격의 가산세를부과하는 것은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

「조세특례제한법」제99조의3 규정의 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례와 관련하여 새로운 유권해석에 따라 감면을 부인하고 양도소득세를 과세하면서 납부불성실가산세를 부과하는 것이 부당하다는 청구주장의 당부

나. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 이 건 양도소득세 부과처분은 소급과세나 신의칙에 위배되지 않으며, 청구인이 세법에 따른 납부기한까지 국세의 납부를 하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부한 경우에 해당하므로 이자 성격의 납부불성실가산세를 부과한 처분은 정당하다면서,신축주택감면세액 계산 적정여부 검토서, 양도소득세 등 가산세 명세서 등을 제시하였다.

(2) 청구인은 양도소득세 신고당시의 양도소득세 관련 법과 기준에 맞게 세금납부를 성실하게 이행하였음에도 새로운 유권해석에 따라 감면을 부인하고 양도소득세를 부과하면서 납부불성실가산세를 과세하는 것은 부당하다고 주장하고 있다.

(3) 「조세특례제한법」제99조의3 제1항은 거주자(주택건설사업자는 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 고려하여 부동산 가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역 외의 지역에 있는 어느 하나에 해당하는 신축주택을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 면제하고, 해당 신축주택의 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 그 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다고 규정하고 있으며, 「국세기본법」제47조의4 제1항 제1항은 납세의무자가 세법에 따른 납부기한까지 국세의 납부를 하지 아니하거나 납부하여야할 세액보다 적게 납부하는경우 등에는납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액 × 납부기한의 다음 날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간× 금융회사 등이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여대통령령으로 정하는 이자율을 합한 금액을 가산세로 한다고 규정하고 있다.

(4) 살피건대, 「조세특례제한법」제99조의3 소정의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 규정은 ‘신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화’에 그 입법취지가 있는 점, 「조세특례제한법」제99조의3 제1항에 의하면 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을 ‘해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려운 점 등으로 볼 때, 양도소득세의 감면 대상이 되는 취득일부터 5년 이내에 발생하는 소득이라 함은 신축주택의 취득일로부터 양도시까지 발생하는 소득을 의미한다고 보아야 할 것(조심 2010부415, 2010.9.17. 외 다수 같은 뜻)이다.

또한, 청구인이 2007.6.30. 양도소득세 예정신고를 하면서 종전주택의 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지의 양도소득금액에 상당하는 양도소득금액을 감면신고함으로써 결과적으로 세법에 따른 납부기한까지 국세의 납부를 하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부하는 경우에 해당되어 세법에서 정한 납부불성실가산세를 면하기 어려워 보이고, 달리 청구인에게 납부불성실가산세를 감면할 만한 정당한 사유가 있는 것으로 보기도 어렵다.

따라서, 처분청이 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전까지의 양도소득금액은 「조세특례제한법」제99조의3에 의한 양도소득세 과세특례 적용대상이 아닌 것으로 보아 청구인에게 납부불성실가산세를 포함하여 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.