청구인은 1988.6.17 서울특별시 강남구 OO동 OOOOO 전 1,041㎡를 취득하여 1992.12.29 이를 같은곳 OOOOO 전 731㎡(이하 “쟁점토지①”이라 한다) 및 같은곳 OOOOO 전 310㎡(이하 “쟁점토지②”라 한다)로 분할한 후 쟁점토지①은 도시계획시설로, 쟁점토지②는 잔여지 매수청구에 의하여 1993.3.11 및 1995.4.13 사업시행자인 OO종합복지원에 양도하였으나, 매수자는 감면대상인 쟁점토지①에 대하여 조세감면규제법 제57조 제4항의 규정에 의한 양도소득세 감면신청을 하지 아니하였다.

처분청은 쟁점토지①에 대하여는 이를 취득한 공공사업시행자가 법령에서 정한 기간내에 세액감면신청을 하지 아니함으로써 감면대상이 아니라 하여 감면을 배제함과 아울러 쟁점토지②에 대하여는 양도당시의 기준시가를 적용하여 양도차익을 산정하고 1997.12.1 청구인에게 1993년도 귀속분 양도소득세 92,230,250원 및 1995년도 귀속분 양도소득세 18,862,190원을 결정고지하였다.

청구인은 이에 불복하여 1997.12.31 이의신청과 1998.2.18 심사청구를 거쳐 1998.4.21 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

가. 청구주장

(1) 쟁점토지①은 2필지(쟁점토지① 및 쟁점토지②)로 분할되기 이전인 1992.9.26 서울특별시 고시 제1992-303호에 의거 도시계획시설(사회복지시설)로 결정되었고, 1993.6.21 강남구 고시 제1993-21호에 의거 사업시행자인 OO종합복지원(대표 OOO)이 도시계획사업(사회복지시설) 시행(대지조성)인가를 받았으며, 청구인은 공공용지의 취득 및 손실보상에 관한 특례법의 규정에 의거 1993.3.11 동 공공사업의 사업시행자인 OO종합복지원에 이를 양도하였으므로 쟁점토지①은 구 조세감면규제법 제57조 제1항 제1호의 규정에 의한 양도소득세 감면대상임에도 불구하고 처분청이 동 공공사업의 사업시행자가 같은조 제4항의 규정에 의한 감면신청을 하지 아니하였다 하여 감면을 배제하고 양도소득세를 과세한 처분은 부당하다.

(2) 또한, 쟁점토지②는 위 공공사업으로 인하여 잔여지로 남게 되어 도시계획법 제29조 제2항의 규정에 의한 청구인의 매수청구에 따라 사업시행자가 매수하여 도로로 사용중에 있으므로 양도차익산정을 위한 개별공시지가의 적용에 있어 도로의 개별공시지가를 적용함이 타당하다.

나. 국세청장 의견

(1) 청구인은 쟁점토지①의 매수자인 OO종합복지원이 사업시행자로 지정되기 전인 1993.3.11 이를 양도하였으므로 양도소득세 감면대상이 아니라 할 것이므로 이 건 감면을 배제하고 양도소득세를 과세한 처분은 정당하다.

(2) 양도소득금액을 계산함에 있어서 양도가액과 필요경비로 공제되는 취득가액은 기준시가에 의하도록 규정하고 있고, 기준시가는 개별공시지가로 하도록 규정하고 있으므로 쟁점토지②의 개별공시지가를 적용하여 자산양도차익을 계산한 처분은 달리 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

(1) 쟁점토지①을 양도한 데 대하여 양수자인 공공사업시행자가 조세감면규제법 제57조 제4항의 규정에 의한 양도세 감면신청을 하지 아니하였다 하여 감면을 배제하고 청구인에게 양도소득세를 과세한 처분의 당부와,

(2) 쟁점토지②의 양도차익산정시 도로의 공시지가를 적용할 수 있는지의 여부를 가리는 데 있다.

나. 쟁점1에 대하여 본다.

(1) 관련법령

구 조세감면규제법 제57조 제1항에는 『다음 각호의 1에 해당하는 토지 또는 건물(이하 “토지등”이라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 50(토지양도대금을 대통령령이 정하는 채권으로 지급받는 분에 대하여는 100분의 80)에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 당해 토지 등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 5년이전에 취득한 것의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 70(토지양도대금을 대통령령이 정하는 채권으로 지급받는 분에 대하여는 100분의 100)에 상당하는 세액을 감면한다.

1. 공공용지의 취득 및 손실보상에 관한 특례법이 적용되는 공공사업에 필요한 토지 등을 당해 공공사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득

2. 토지수용법 기타 법률에 의한 수용으로 인하여 발생하는 소득』을 규정하고 있고,

같은조 제4항에는 『제1항 제1호의 규정은 대통령령이 정하는 바에 의하여 당해 공공사업의 시행자가 감면신청을 하는 경우에 한하여 이를 적용한다.』고 규정하면서 같은법시행령 제47조 제2항에는 『법 제57조 제4항의 규정에 의하여 감면신청을 하고자 하는 공공사업의 시행자는 당해 토지 등을 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고기한내에 재무부령이 정하는 세액감면신청서에 당해 공공사업의 시행자임을 확인할 수 있는 서류를 첨부하여 양도자의 납세지 소관세무서장에게 제출하여야 한다.』라고 규정하고 있다.

(2) 사실관계 및 판단

(가) 이 건 관련 서울특별시 및 강남구의 고시와 쟁점토지의 토지대장 등에 의하면, 2필지로 분할되기 전의 모번지인 서울특별시 강남구 OO동 OOOOO 전 1,041㎡의 일부는 서울특별시 고시 1992-303호(1992.9.26)에 의하여 도시계획시설(사회복지시설)로 결정되었고, 1992.12.19 위 토지는 쟁점토지①과 쟁점토지②로 분할된 후 쟁점토지①은 1993.3.11 OO종합복지원에 협의양도되었으며, 서울특별시 강남구 고시 제1993-21호(1993.6.21)에 의하여 도시계획사업(사회복지시설)시행(대지조성)인가되어 사업시행자인 OO종합복지원이 사회복지시설 및 도로개설사업을 시행하였음을 알 수 있다.

(나) 처분청의 과세자료에 의하면 공공사업목적으로 쟁점토지①을 매수한 OO종합복지원은 조세감면규제법 제57조 제4항의 규정에 의한 양도소득세 감면신청을 하였어야 하나 이를 이행하지 아니하였고, 처분청은 감면신청을 하지 아니하였다 하여 감면을 배제하고 양도소득세를 과세한 사실을 알 수 있으며, 감면신청을 하지 아니한 사실에 대하여는 청구인과 처분청간에 다툼이 없다.

(다) 앞의 관련법령에서 살펴본 바와 같이 공공사업의 시행자에게 토지 등을 양도하고 이에 따른 양도소득세를 감면받기 위하여는 당해 공공사업의 시행자가 당해 토지 등을 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고기한내에 세액감면신청을 하여야 하나, 이 건의 경우 사업시행자의 감면신청이 없었으므로 청구인의 쟁점토지① 양도에 대하여 양도소득세 감면을 배제하고 과세한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다(국심 97전 2751, 1998.2.17 외 다수 같은뜻).

다. 쟁점2에 대하여 본다.

(1) 토지대장과 처분청의 과세자료에 의하면 쟁점토지②는 1992.12.19 모번지인 서울특별시 강남구 OO동 OOOOO 전 1,041㎡에서 분할 된 후 쟁점토지①이 도시계획사업에 편입됨으로써 잔여지로 남아 있다가 도시계획법 제29조 제2항의 규정에 의한 청구인의 매수청구에 의하여 사업시행자인 OO종합복지원에 양도되었으며, 처분청은 기준시가에 의하여 양도차익을 산정하여 과세하였음을 알 수 있다.

(2) 청구인은 매수자인 OO종합복지원이 쟁점토지②를 매수하여 도로로 사용하고 있으므로 양도차익산정시 도로의 개별공시지가를 적용하여야 한다고 주장하고 있으나, 양도차익은 양도당시의 개별공시지가를 적용하여 산정하는 것으로서 양도후에 다른 용도로 사용되었다 하여 본래의 토지특성을 달리하여 평가할 수는 없는 것이고, 청구인은 쟁점토지②가 양도전에 실제로 도로로 사용되었음을 입증하지 못하고 있으며, 설령 양도전에 도로로 사용되었다 하더라도 개별공시지가 산정시 이미 도로로서의 토지특성이 반영되었다고 보아야 할 것이므로 처분청이 관련법령에 따라 개별공시지가에 의하여 양도차익을 산정하여 과세한 처분은 정당하다고 판단된다.

라. 따라서, 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 모두 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.