가. 청구인은 2014.12.19.부터 자녀 OOO과 공동으로 부동산임대업을영위하는 개인사업자로,2015년 제2기 부가가치세 과세기간(이하 “쟁점과세기간”이라 한다) 중 청구인이 대표자로 있는 OOO 주식회사(이하 “쟁점거래처”라 한다)로부터 OOO(이하 “쟁점건물”이라 한다)를 매입하면서, 공급가액 OOO원의 종이세금계산서 1매(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취하였으나, 부가가치세 신고시 이를 누락하였다고하여, 2016.6.29. 처분청에 쟁점세금계산서 관련 매입세액 OOO원을 쟁점과세기간의 매출세액에서 공제하여 달라는 내용의 경정청구를 하였다.

나. 처분청은 쟁점세금계산서가 쟁점과세기간 내에 발급되지 아니한 것으로 보아 2016.9.5. 경정청구를 거부하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2016.10.5. 이의신청을 거쳐 2016.12.2. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 청구인과 쟁점거래처는 쟁점과세기간 중 같은 사업장을 이용하고있었고, 경비절감 차원에서 동일한 직원OOO이 세금계산서 발급·수취업무를 담당하고 있었다.

(2) 쟁점거래처는 임원에 대한 퇴직금 중간정산의 일환으로 청구인에게 쟁점건물을 양도하면서, 자주 있는 거래가 아니므로 더욱 신중을기하기 위하여 쟁점건물의 소유권이전 등기접수일에 쟁점세금계산서를작성하여 청구인에게 교부하였고, 이후 전자세금계산서를 익월 10일까지 발행하여 교체하려고 하였으나 직원이 착오로 발행을 누락하여 쟁점세금계산서를 사용할 수 밖에 없었다.

(3) 청구인은 쟁점세금계산서를 청구인과 쟁점거래처를 함께 기장하는세무사 사무실에 부가가치세 신고기한이 임박하여 송부하였고, 쟁점과세기간에 대한 청구인 및 쟁점거래처 부가가치세 신고를 동일한 세무사 사무실 직원이 하였는 바, 당시 업무량이 집중되고 시간이 촉박하여일자별로 정리된 전자세금계산서 사이에 있던 수기로 작성된 쟁점세금계산서를 발견하지 못한 채, 세무사 사무실 직원의 업무실수로 인하여청구인 및 쟁점거래처 모두 쟁점세금계산서와 관련된 매출·매입내역이신고누락 되었다가 추후 신고누락된 사실을 발견하고 청구인은 경정청구를, 쟁점거래처는 수정신고를 하였으며, 쟁점거래처는 부가가치세 및 관련 가산세를 모두 납부하였다.

(4) 청구인은 쟁점거래처의 대표이사로 재직하고 있고, 동일한 직원이 두 사업장의 업무를 함께 처리하고 있는 점, 청구인이 쟁점건물을 양수하고 정상적으로 대금지급한 사실이 나타나는 점, 쟁점세금계산서를 공급시기 이후에 수취하거나 거짓 세금계산서를 수취할 특별한이유가 없는 점, 쟁점거래처는 신고누락한 사실을 발견 후 매출세액에가산세를 포함하여 납부하였고, 쟁점거래처의 수정신고에 따른 납부세액이 청구인의 경정청구 세액보다 큰 점, 처분청도 쟁점세금계산서가공급시기 이후에 소급하여 작성된 사실을 확인한 것은 아닌 점 등에 비추어 볼 때, 쟁점세금계산서 수취는 정당하므로 부가가치세 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

전자세금계산서 발급의무대상인 쟁점거래처가 쟁점세금계산서만 수기로 작성한 점, 쟁점거래처의 쟁점과세기간 중 확정신고기간 세금계산서 매출액 대비 쟁점세금계산서 관련 매출액의 비율이OOO로 높게 나타나는 점, 청구인과 쟁점거래처 모두 쟁점과세기간 부가가치세 신고시 쟁점세금계산서 금액을 누락한 점, 쟁점건물에 대한 부동산매매계약서(작성일: 2015.12.23.), 감정평가표(작성일 : 2015.12.22.) 등의 서류들은 적정하게작성된 것으로 보여지나 오직 쟁점건물에 대한 세금계산서만 전자적 발행이 누락되었다는 점 등에 비추어 볼 때, 쟁점세금계산서를 쟁점과세기간에 발급받고 단순신고누락 하였다는 청구주장을 부인하여 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점세금계산서를공급시기가 속하는 과세기간에 발급받은세금계산서로볼 수 있는지 여부

나. 관련 법령

(1)부가가치세법

제34조【세금계산서 발급시기】① 세금계산서는 사업자가 제15조 및 제16조에 따른 재화 또는 용역의 공급시기에 재화 또는 용역을 공급받는 자에게 발급하여야 한다.

② 제1항에도 불구하고 사업자는 제15조 또는 제16조에 따른 재화 또는 용역의 공급시기가 되기 전 제17조에 따른 때에 세금계산서를 발급할 수 있다.

③ 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 재화 또는 용역의 공급일이 속하는 달의 다음 달 10일(그 날이 공휴일 또는 토요일인 경우에는 바로 다음 영업일을 말한다)까지 세금계산서를 발급할 수 있다.

1. 거래처별로 1역월(1역월)의 공급가액을 합하여 해당 달의 말일을 작성 연월일로 하여 세금계산서를 발급하는 경우

2. 거래처별로 1역월 이내에서 사업자가 임의로 정한 기간의 공급가액을 합하여 그 기간의 종료일을 작성 연월일로 하여 세금계산서를 발급하는 경우

3. 관계 증명서류 등에 따라 실제거래사실이 확인되는 경우로서 해당 거래일을 작성 연월일로 하여 세금계산서를 발급하는 경우

제39조【공제하지 아니하는 매입세액】① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제54조 제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

4. 사업과 직접 관련이 없는 지출로서 대통령령으로 정하는 것에 대한 매입세액

5. 「개별소비세법」제1조 제2항 제3호에 따른 자동차(운수업, 자동차판매업 등 대통령령으로 정하는 업종에 직접 영업으로 사용되는 것은 제외한다)의 구입과 임차 및 유지에 관한 매입세액

6. 접대비 및 이와 유사한 비용으로서 대통령령으로 정하는 비용의 지출에 관련된 매입세액

7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액

8. 제8조에 따른 사업자등록을 신청하기 전의 매입세액. 다만, 공급시기가 속하는 과세기간이 끝난 후 20일 이내에 등록을 신청한 경우 등록신청일부터 공급시기가 속하는 과세기간 기산일까지 역산한 기간 내의 것은 제외한다.

② 제1항에 따라 공제되지 아니하는 매입세액의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 부가가치세법 시행령

제75조【세금계산서 등의 필요적 기재사항이 사실과 다르게 적힌 경우 등에 대한 매입세액 공제】법 제39조 제1항 제2호 단서에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 제11조 제1항 또는 제2항에 따라 사업자등록을 신청한 사업자가 제11조 제5항에 따른 사업자등록증 발급일까지의 거래에 대하여 해당 사업자 또는 대표자의 주민등록번호를 적어 발급받은 경우

2. 법 제32조에 따라 발급받은 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 사실과 다르게 적혔으나 그 세금계산서에 적힌 나머지 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우

3. 재화 또는 용역의 공급시기 이후에 발급받은 세금계산서로서 해당공급시기가 속하는 과세기간에 발급받은 경우(법 제34조 제3항에 따라 발급받은 경우를 포함한다)

4. 법 제32조 제2항에 따라 발급받은 전자세금계산서로서 국세청장에게 전송되지 아니하였으나 발급한 사실이 확인되는 경우

5. 법 제32조 제2항에 따른 전자세금계산서 외의 세금계산서로서 재화또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간에 발급(법 제34조 제3항에 따른 발급을 포함한다)받았고, 그 거래사실도 확인되는 경우

6.실제로 재화 또는 용역을 공급하거나 공급받은 사업장이 아닌 사업장을 적은 세금계산서를 발급받았더라도 그 사업장이 법 제51조 제1항에 따라 총괄하여 납부하거나 사업자 단위 과세 사업자에 해당하는 사업장인 경우로서 그 재화 또는 용역을 실제로 공급한 사업자가 법 제48조 및 제49조에 따라 납세지 관할 세무서장에게 해당 과세기간에 대한 납부세액을 신고하고 납부한 경우

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인 및 처분청에서 제출한 심리자료에 의하면 다음의 사실관계가 나타난다.

(가) 국세통합전산망 자료에 의하면, 청구인은 쟁점세금계산서 신고누락분에 대하여 2016.2.4. 최초 경정청구 후 취하서를 제출하였고, 2016.6.29. 다시 경정청구한 것으로 나타나며, 경정청구 내역은 아래 <표1>과 같다.

(나) 쟁점거래처는 쟁점세금계산서 신고누락분에 대하여 2016.2.5.아래 <표2>와 같이 수정신고를 하였고, 2016.2.29. OOO원을 납부한 것으로 나타난다.

(다) 쟁점건물의 등기부등본에 의하면, 매매를 원인으로 한 등기원인일이 2015.12.23.이고, 소유권이전 등기접수일은 2015.12.29.로 나타난다.

(라) 쟁점거래처는 쟁점과세기간 중 쟁점세금계산서를 제외한 다른 거래에 대하여 모두 전자세금계산서OOO를 발행한 사실이 쟁점거래처의 매출처별세금계산서합계표에 나타난다.

(마) 청구인은 쟁점건물의 공급시기에 쟁점거래처로부터 정상적으로수기로 작성된 쟁점세금계산서를 교부받은 것으로 주장하며, 그 증빙으로 2015.12.23. 쟁점거래처와 작성한 쟁점건물에 대한 부동산매매계약서 및 감정평가표, 쟁점건물의 공급일이 2015.12.29.인 수기로 작성된 쟁점세금계산서, 세무사 사무실의 확인서 등을 제출하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 「부가가치세법」제39조 및 같은 법 시행령 제75조에 의하면, 거래시기에 발급하지 않은 세금계산서는 매입세액공제를 받을 수 없는 것이고, 예외적으로 재화의 공급시기와 동일한 과세기간에 발급한 세금계산서는 매입세액공제가 가능한데,청구인은 쟁점건물의 공급시기에 정상적으로수기로 작성된 쟁점세금계산서를 교부받은 것으로 주장하나, 전자세금계산서의무발급 사업자인 쟁점거래처가 다른 거래에 대하여 모두 전자세금계산서OOO를 발행하였으나, 청구인에대하여만 수기로 된 쟁점세금계산서를 발행한 점, 부동산매매계약서, 감정평가서 등 쟁점건물의 거래와 관련한 서류들은 적정하게 작성된바, 청구인이 주장하는 교체 발행하는 전자세금계산서의 발행만이 누락된 것으로 보기 어려운 점, 쟁점세금계산서를 공급자와 공급받는 자 모두 확정신고시 단순신고누락 하였다는 청구주장은 사회통념상 신뢰하기 어려운점 등에 비추어 쟁점세금계산서가 2015년제2기 중에 발행된 것이라는 청구주장은 받아들이기 어렵다 할 것이다.

따라서 쟁점세금계산서의 관련 매입세액을 매출세액에서 공제할 수 없는 매입세액으로 보아 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.