2. 항소비용은 원고가 부담한다.

이 법원이 이 사건에 관하여 설시할 이유는 제1심 판결 이유의 1.항, 2.항 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조에 의하여 이를 그래도 인용한다.

2. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하여야 할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론이 같아 정당하므로, 원고의 항소를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

[서울행정법원2007구합24296 (2008.01.10)]

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 화물자동차터미널업을 영위하는 회사로서, 1999.1.9. 한국토지공사로부터 ○○시 ○○구 ○○동 ○○ 대 103,517.5㎡를 23,912,550,000원에 장기할부조건 방식으로 매입하기로 계약한 후(1999.12.28. 면적 187.8㎡ 감소로 면적 103,329.7㎡, 매매대금 23,869,168,200원으로 계약이 변경되었는데, 위 토지를 이하 '이 사건 토지'라 한다) 2000.2.28. 원고 명의로 소유권이전등기를 경료하였다. 원고는 2002.1.3. 이 사건 토지 중 54,425.4㎡ 부분(전체면적 중 약 52.67%, 이하 '이 사건 매각 토지'라 한다)을 원고 회사의 고유 업무목적으로 사용하지 아니하고 양도하였는데, 이 사건 토지의 장기할부조건에 따라 2000 사업연도에 지급한 할부이자 1,057,182,000원과 2001 사업연도에 지급한 할부이자 1,297,627,000원을 손금산입하여 각 사업연도 법인세를 신고하였다.

나. ○○지방국세청장은 처분청에 대한 종합감사를 통하여 첫째, 원고가 손금으로 산입한 이 사건 토지 취득 관련 할부이자 상당액은 자본적 지출에 해당하여 토지가액에 포함되어야 하는 것임에도 이자비용으로 손금에 산입된 잘못이 있고, 둘째, 2002 사업연도의 이 사건 매각 토지 중 일부는 업무무관자산에 해당하므로 이와 관련된 지급이자 합계 456,925,000원(2000 사업연도 237,553,000원, 2001 사업연도 219,372,000원)은 손금불산입 되어야 함에도 그러지 아니하여 2000, 2001 사업연도 결손금이 과다계상된 잘못이 있으며, 셋째, 이 사건 토지와 관련하여 원고가 계상한 현재가치할인차금상각액 814,540,000원 중 이 사건 매각 토지 해당분 429,031,000원(52.67%)은 업무무관자산 취득·관리비용에 해당하여 손금불산입되어야 함에도 손금산입된 잘못이 있다고 지적하였다.

다. 피고는 위 지적에 따라 할부이자, 지급이자, 업무무관자산 관련 현재가치할인차금 상각액을 각 손금불산입하여 2005.10.6. 원고에게 2002 사업연도 법인세 573,331,540원 및 2003 사업연도 법인세 155,625,550원을 각 경정·고지하였다.

라. 원고는 이에 불복하여 2005.12.23. 이의신청을 하였으나 ○○지방국세청장은 2006.4.24. 원고의 이의신청을 기각하였다. 원고가 이에 2006.7.10. 국세심판원에 심판청구를 하자, 국세심판원은 2007.4.4. 당초 설정된 현재가치할인차금이 이후 그 자산의 매각으로 업무무관자산이 되었다고 하여 그 비율에 상당하는 현재가치할인차금이 업무무관자산의 취득·관리비용에 해당된다고 볼 수는 없다는 등의 이유로 위 2002 사업연도 및 2003 사업연도 각 사업연도 각 법인세 부과처분은 이 사건 매각 토지 해당분 429,031,000원을 손금산입하는 것으로 각 사업연도 및 세액을 경정한다고 결정하였다. 한편, 피고는 2006.2.15. 원고에 대하여 2002년 귀속 법인세 부과처분시 현재가치할인차금상각액의 귀속년도 오류를 시정하여 2002 사업연도 법인세로 18,238,290원을 추가로 부과처분하였다(2002 사업연도 법인세에 관한 위 증액경정처분 중 아래 마.항 기재와 같이 감액되고 남은 처분을 이하 '이 사건 처분'이라 한다).

마. 국세심판원의 결정에 따라 피고는 2007.5.1. 원고에게 2002 사업연도 법인세를 431,665,780원으로 감액경정하였다.

인정근거다툼 없는 사실, 갑1~4, 을1~10, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 이 사건 토지의 취득가액을 현재가치평가액으로 계상하면서 미지급할부원금과 이자의 합계액을 미지급금(명목가액)으로 하여 미지급금과 현재가치의 차액인 현재가치할인차금을 전부 이자비용으로 상각해나가는 회계처리를 하였어야 하나, 단순한 실수로 인하여 할부원금만을 미지급금으로 하고 자산의 취득 당시 장래에 지급할 할부원금과 현재가치 사이의 차액을 현재가치할인차금으로 구하여 계정처리를 하였다. 그러나 원고가 이 사건 토지의 취득가액을 현재가치로 평가하였음은 명백하므로 비록 위와 같이 잘못된 계정처리가 있었다고 하더라도 원고의 단순한 계정처리상의 오류를 이유로 그 지급이자를 이 사건 토지의 취득가액을 할부원리금의 합계액으로 한 경우의 할부이자와 동일하게 자본적 지출로서 손금에 산입할 수 없다고 본 이 사건 처분은 위법하다.

따라서 피고가 손금산입을 부인하고 익금에 가산한 2000 사업연도 지급이자(실질은 현재가치할인차금상각액) 1,057,182,260원과 2002 사업연도 지급이자(위 현재가치할인차금상각액) 1,297,627,840원을 손금에 산입하면 정당한 2002 사업연도 귀속 법인세액은 9,972,907원(=본세 7,247,752원+신고불성실가산세 724,775원+납부불성실가산세 2,000,380원)이므로 이 사건 처분 중 9,972,907원을 초과하는 부분은 취소되어야 한다.

나. 관계법령 등

○ 법인세법

· 제27조업무와 관련 없는 비용의 손금불산입

내국법인이 각 사업연도에 지출한 비용중 다음 각호의 금액은 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다.

1. 당해 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 자산으로서 대통령령이 정하는 자산을 취득·관리함으로써 생기는 비용등 대통령령이 정하는 금액

2. 제1호외에 그 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 지출금액으로서 대통령령이 정하는 것

· 제28조지급이자의 손금불산입

① 다음 각호의 차입금의 이자는 내국법인의 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다.

4. 다음 각목의 1에 해당하는 자산을 취득하거나 보유하고 있는 내국법인이 각 사업연도에 지급한 차입금의 이자중 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액(차입금중 당해 자산가액에 상당하는 금액의 이자를 한도로 한다)

가. 제27조 제1호의 규정에 해당하는 자산

· 제41조자산의 취득가액

① 내국법인이 매입·제작·교환 및 증여 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 다음 각호의 금액으로 한다.

1. 타인으로부터 매입한 자산은 매입가액에 부대비용을 가산한 금액

3. 제1호 및 제2호외의 자산은 취득당시의 대통령령이 정하는 금액

② 제1항의 규정에 의한 매입가액 및 부대비용의 범위등 자산의 취득가액의 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 법인세법시행령(2002.12.30.대통령령 제17826호로 개정되지 전의 것)

· 제31조즉시상각의 의제

① 법인이 감가상각자산을 취득하기 위하여 지출한 금액과 감가상각자산에 대한 자본적 지출에 해당하는 금액을 손금으로 계상한 경우에는 이를 감가상각한 것으로 보아 상감범위액을 계산한다.

② 제1항에서 "자본적 지출"이라 함은 법인이 소유하는 감가상각자산의 내용연수를 연장시키거나 당해 자산의 가치를 현실적으로 증기시키기 위하여 지출한 수선비를 말하며, 다음 각호의 1에 해당하는 것에 대한 지출을 포함하는 것으로 한다.

1. 본래의 용도를 변경하기 위한 개조

2. 엘리베이터 또는 냉난방장치의 설치

3. 빌딩 등에 있어서 피난시설 등의 설치

4. 재해 등으로 인하여 멸실 또는 훼손되어 본래의 용도에 이용할 가치가 없는 건축물·기계·설비 등의 복구

5. 기타 재량·확장·증설 등 제1호 내지 제4호와 유사한 성질의 것

· 제49조업무와 관련이 없는 자산의 범위 등

① 법 제27조 제1호에서 "대통령령이 정하는 자산"이라 함은 다음 각호의 자산을 말한다.

1. 다음 각목의 1에 해당하는 부동산. 다만, 법령에 의하여 사용이 금지되거나 제한된 부동산, 「자산유동화에 관한 법률」에 의한 유동화전문회사가 동법 제3조의 규정에 의하여 등록한 자산유동화계획에 따라 양도하는 부동산 등 재정경제부령이 정하는 부득이한 사유가 있는 부동산을 제외한다.

가. 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산. 다만, 재정경제부령이 정하는 기간(이하 이 조에서 "유예기간"이라 한다) 이 경과하기 전까지의 기간중에 있는 부동산을 제외한다.

· 제53조업무무관자산 등에 대한 지급이자의 손금불산입

② 법 제28조 제1항 제4호에서 "대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액"이라 함은 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다.

제1항및제49조제1항의규정에의한자산가액의합계액(총차입금을 한도로 한다)

지급이자 x ―――――――――――――――――――――――――――――――――――――――

총 차입금

③ 제2항의 규정에 의한 총차입금 및 자산가액의 합계액은 적수로 계산한다. 이 경우 제1항의 자산은 동일인에 대한 가지급금 등과 가수금이 함께 있는 경우에는 이를 상계한 금액으로 하며, 제49조 제1항의 자산은 취득가액으로 한다.

· 제68조자산의 판매손익 등의 귀속사업연도

③ 제2항에서 "장기할부조건"이라 함은 자산의 판매 또는 양도(국외거래에 있어서는 소유권이전 조건부 약정에 의한 자산의 임대를 포함한다 )로서 판매금액 또는 수입금액을 월부·연부 기타의 지불방법에 따라 2회이상으로 분할하여 수입하는 것중 당해 목적물의 인도일의 다음날부터 최종의 할부금의 지급기일까지의 기간이 1년이상인 것을 말한다.

· 제72조자산의 취득가액 등

① 법 제41조 제1항 및 제2항의 규정에 의한 자산의 취득가액은 다음 각호의 금액으로 한다.

1. 타인으로부터 매입한 자산 : 매입가액에 취득세·등록세 기타 부대비용을 가산한 금액

③ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 취득가액에는 다음 각호의 금액을 포함하지 아니하는 것으로 한다.

1. 자산을 제68조 제3항의 규정에 의한 장기할부조건 등으로 취득하는 경우 발생한 채무를 기업회계기준이 정하는 바에 따라 현재가치로 평가하여 현재가치할인차금으로 계상한 경우의 당해 현재가치할인차금

⑤ 제3항 제1호의 규정에 의한 현재가치할인차금의 상각액 및 동항 제2호의 규정에 의한 지급이자에 대하여는 법 제28조·법 제73조·법 제98조 및 법 제120조의 규정을 적용하지 아니한다.

○ 법인세법기본통칙 23-31…1고정자산에 대한 자본적 지출의 범위

영 제31조 제2항 제5호에 규정하는 자본적 지출에는 다음 각호의 예에 따라 처리하는 것을 포함한다.

7. 영 제68조 제3항의 규정에 의한 장기할부조건으로 자산을 취득함에 있어서 이자상당액을 가산하여 매입가액을 확정하고 그 지불을 연불방법으로 한 경우의 이자상당액은 당해 자산에 대한 자본적 지출로 한다. 이 경우 당초 계약시 이자상당액을 당해 자산의 가액과 구분하여 지급하기로 한 때에도 같다. 다만, 영 제72조 제3항 제1호의 규정에 의하여 계상한 현재가치할인차금과 매입가액확정 후 연불대금 지급시에 이자상당액을 변동이자율로 재계산함에 따라 증가된 이자상당액은 그러하지 아니하다.

○ 기업회계기준

· 제62조유형자산의 평가

① 유형자산의 취득원가는 당해 자산의 제작원가 또는 매입가액에 취득부대비용을 가산한 가액으로 한다.

· 제64조부채의 평가기준

대차대조표에 기재하는 부채의 가액은 기업이 부담하는 채무액으로 함을 원칙으로 한다.

· 제66조채권·채무의 현재가치에 의한 평가

① 장기연불조건의 매매거래, 장기금전대차거래 또는 이와 유사한 거래에서 발생하는 채권·채무로서 명목가액과 현재가치의 차이가 중요한 경우에는 이를 현재가치로 평가한다.

② 제1항의 현재가치는 당해 채권·채무로 인하여 미래에 수취하거나 지급할 총금액을 적정한 이자율로 할인한 가액으로 한다.

③ 제2항의 이자율은 당해 거래의 유효이자율을 적용한다. 다만, 당해 거래의 유효이자율을 구할 수 없거나 당해 거래의 유효이자율과 관련시장에서 형성되는 동종 또는 유사한 채권·채무의 이자율("동종시장이자율"이라 한다. 이하 같다)의 차이가 중요한 경우에는 동종시장이자율을 기초로 적정하게 산정된 이자율을 적용하며, 동종시장이자율산정이 곤란한 경우에는 가중평균차입이자율을 적용할 수 있다.

④ 제1항의 규정에 의하여 발생하는 채권·채무의 명목가액과 현재가치의 차액은 현재가치할인차금의 과목으로 하여 당해 채권·채무의 명목가액에서 차감하는 형식으로 기재하고 적용한 이자율, 기간 및 회계처리방법 등을 주석으로 기재한다.

⑤ 제4항의 규정에 의한 현재가치할인차금은 유효이자율법을 적용하여 상각 또는 환입하고, 이를 이자비용 또는 이자수익의 과목으로 계상한다. 끝.

다. 인정사실

(1) 원고는 1999.1.9. 한국토지공사로부터 지정용도가 '유통업설비시설용지'인 이 사건 토지를 매수하면서 매매대금 23,912,550,000원(그 후 1999.12.28. 면적 감소로 23,869,168,200원으로 감소)은 계약보증금 외 10회 분할하여 원리금을 지급하고, 이자는 매 할부금 납부 약정일마다 미납 잔대금에 대하여 10%의 할부이자를 지급하며, 이 사건 토지의 소유권 이전은 매매대금 완납 후 하기로 하되, 완납 전에도 미납대금에 대하여 담보를 제공한 때에는 소유권을 이전할 수 있도록 약정하였다.

(2) 위 약정에 따라 원고가 납부하여야 할 매매대금의 구체적 계획은 아래 <표1>과 같다.

<표 1> (단위:천원)

구분

납부약정일

할부원금

할부이자

소계

계약보증금

1999.1.9.

2,391,255

0

2,391,255

1차 중도금

1999.7.9.

2,152,395

1,067,220

3,219,615

2차 중도금

2000.1.9.

2,108,718

974,217

3,082,935

(계약변경)

1999.12.28.

(43,381)감소

(2,186)감소

(45,567)감소

3차 중도금

2000.7.9.

2,152,100

858,481

3,010,581

4차 중도금

2001.1.9.

2,152,100

759,425

2,911,525

5차 중도금

2001.7.9.

2,152,100

640,323

2,792,423

6차 중도금

2002.1.9.

2,152,100

542,447

2,694,547

7차 중도금

2002.7.9.

2,152,100

426,882

2,578,982

8차 중도금

2003.1.9.

2,152,100

325,468

2,477,568

9차 중도금

2003.7.9.

2,152,100

213,441

2,365,541

10차 중도금

2004.1.9.

2,152,100

108,489

2,260,589

소계

23,869,168

5,916,397

29,785,565

(3) 그러나 원고는 위 계획과 달리, 실제로는 아래 <표2>와 같이 한국토지공사에 매매대금을 지급하였다.

<표 2>

원예정원차

지급횟수

회수일

원금

약정이자

비고

0

0

1999.1.9.

2,391,255

1

1

1999.7.9.

2,152,395

1,067,220

2

1999.12.30.

0

909

2

3

2000.1.10.

2,108,718

973,307

소계

6,652,368

2,041,437

2000.2.28. 이전등기

3

4

2000.7.1.

2,152,100

820,746

4

5

2000.8.3.

2,152,100

136,201

5

2,152,100

6

6

2000.9.6.

2,152,100

100,234

연간합계

10,717,118

1,057,182

7

7

2002.1.3.

2,152,100

1,104,705

8

2,152,100

9

8

2002.7.4.

2,152,100

192,922

10

2,152,100

연간합계

8,608,400

1,297,627

총 합계

23,869,168

4,396,248

28,265,416

등기일(2000.2.28.)전 지급한 금액 합계

6,652,368

2,041,438

8,693,806

등기일(2002.2.28.)이후 지급한 금액 합계

17,216,800

2,354,810

19,571,610

(4) 원고는 2000.2.28. 원고 명의로 이 사건 토지의 소유권이전등기를 마친 후, 이 사건 토지의 취득원금 23,869,168,000원(정확히는 23,869,168,200원이나 이 항에서는 1,000원 미만은 버리기로 하는 피고의 계산에 따른다. 이하 같다), 취득전에 지급한 할부이자 등 금융자본비용 2,649,203,000원, 취득 관련 제세공과금 1,516,288,000원 합계 28,034,659,000원을 취득가액으로 하고, 현재가치할인차금을 814,540,000원으로 하여 이를 차감한 27,220,119,000원을 대차대조표상 이 사건 토지의 취득원가(장부가액)로 하였다.

인정근거다툼 없는 사실, 갑3, 4, 을10, 변론 전체의 취지

라. 판단

법인세법 제41조 제1항 제1호는 내국법인이 타인으로부터 매입한 자산은 매입가액에 부대비용을 가산한 금액을 자산의 취득가액으로 하고 있고, 같은 법 시행령은 제72조 제1항 제1호에서 자산의 취득가액을 '매입가액에 부대비용을 가산한 금액'으로 규정하고 있으며, 같은 조 제3항 제1호에서 '장기할부조건부 매매에서 발생한 채무를 기업회계기준이 정하는 바에 따라 현재가치로 평가하여 현재가치할인차금으로 계상한 경우에는 현재가치할인차금을 취득가액에서 제외'한다고 규정하고 있고, 법인세법기본통칙 23-31...1 제7호는 '장기할부조건으로 자산을 취득함에 있어서 이자상당액을 가산하여 매입가액을 확정하고 그 지불을 연불방법으로 한 경우의 이자상당액은 당해 자산에 대한 자본적 지출로 하며 이 경우 당초 계약시 이자상당액을 당해 자산의 가액과 구분하여 지급하기로 한 때에도 또한 같되 영 제72조 제3항 제1호의 규정에 의하여 계상한 현재가치할인차금의 경우에는 그러하지 아니하다'고 규정하고 있다.

그리고 기업회계기준은 '유형자산의 취득원가는 당해 자산의 제작원가 또는 매입가액에 취득부대비용을 가산한 가액'으로 하고(제62조 제1항), '대차대조표에 기재하는 부채의 가액은 기업이 부담하는 채무액으로 함을 원칙'으로 하며(제64조), '장기연불조건의 매매거래, 장기금전대차거래 또는 이와 유사한 거래에서 발생하는 채권·채무로서 명목가액과 현재가치의 차이가 중요한 경우에는 이를 현재가치로 평가하고, 이러한 현재가치는 당해 채권채무로 인하여 미래에 수취하거나 지급할 총금액을 당해 거래의 유효이자율로 할인한 가액으로 하며, 위 채권·채무의 명목가액과 현재가치의 차액은 현재가치할인차금의 과목으로 하여 당해 채권·채무의 명목가액에서 차감하는 형식으로 기재하고 적용한 이자율, 기간 및 회계처리방법을 주석으로 기재하고, 위 현재가치할인차금은 유효이자율을 적용하여 상각 또는 환입하고 이를 이자비용 또는 이자수익의 과목으로 계상한다'(제66조)고 규정하고 있다.

위의 각 규정을 종합하면, 장기할부조건부 매매의 경우 매매가격 뿐 아니라 할부이자도 취득가액에 포함되는 것이 원칙이고, 다만 기업회계기준에 따라 장래에 지급할 총금액을 당해 거래의 유효이자율로 할인한 가액을 현재가치로 산정한 다음 그 명목가액과 현재가치의 차액은 현재가치할인차금으로 이자비용의 과목으로 계상한 경우에만 그 현재가치할인차금이 취득가액에서 제외되는 것으로 해석된다. 따라서 이 사건의 경우 원고가 기업회계기준에서 정하는 바에 따라 현재가치할인차금으로 이자비용의 과목에 계상하지 아니한 이상 원고가 주장하는 지급이자도 법인세법기본통칙 23-31...1 제7호 소정의 자본적 지출로서 취득가액에 포함되는 것이므로, 이를 전제로 한 이 사건처분은 적법하다고 할 것이어서 이에 반하는 원고의 위 주장은 이유 없다.

3. 결 론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.