가. 청구법인은 「은행법」에 따라 설립된 금융업을 영위하는 법인이고, 주식회사 OOO(이하 OOO”라 한다)는 청구법인 등 자회사의 지배 또는 경영관리 등을 목적으로 2001.3.27에 설립된 법인으로 피합병법인의 지위로서 2014.11.3. 청구법인에 합병되었다.

나. OOO는 2010.7.19.～2011.7.31. 기간 동안 근무하고 퇴직한 정OOO(이하 “쟁점퇴직자”라 한다)에 대하여 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제18조에 따라 외국인기술자의 근로소득에 대한 소득세 감면규정을 적용하여 원천징수하였다.

다. 처분청은 OOO에 대한 외국인 연말정산 점검을 실시한 결과, 조특법 시행령 제16조의2 제1항에서 규정한 ‘외국인기술자’가 ‘대한민국의 국적을 가지지 아니한 사람’만 해당하는 것으로 2010.2.18. 개정되어 2010년 당시 한국 국적을 보유하고 있는 쟁점퇴직자는 소득세 감면대상이 아닌 것으로 판단하였다.

라. 처분청은 이에 따라 2010.7.19.～2010.12.31. 근로소득분에 대하여는 부과제척기간 경과로 과세하지 아니하고, 2011.1.1.～2011.7.31. 근로소득분에 대하여 2016.7.16. 청구법인에게 가산세를 포함하여 근로소득세(원천) OOO원을 경정‧고지하였다.

마. 청구법인은 이에 불복하여 2016.9.9. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 2010.1.1. 개정된 조특법(법률 제9921호, 이하 “개정후조특법”이라 한다)부칙 제70조에서이 법 시행 전에 국내에서 최초로 근로를 제공하거나 신고된 기술도입계약에 따라 근로를 제공하는 외국인기술자에 대해서는 제18조의 개정규정에도 불구하고종전의 규정에 따른다고 규정하고 있으므로 2010.2.18. 개정된조특법 시행령(대통령령 제22037호, 이하 “개정후조특령”이라 한다)제16조의2 괄호규정을 적용하여 과세한 처분은 부당하다.

(2) 「소득세법」 제85조 제3항에서 관할 세무서장은 원천징수의무자가 징수하였어야 할 세액을 미달하게 납부한 경우에는 가산세액을 더한 세액을 원천징수의무자로부터 징수하되, 납세의무자의 관할 세무서장이 제80조에 따라 그 납세의무자에게 직접 소득세를 부과·징수하는 경우 가산세액만을 징수한다고 규정하고 있는바,

쟁점퇴직자는 2011.7.31. 퇴직하여 퇴직일로부터 5년이 경과하였고, 소재파악조차 어려우므로 청구법인이 쟁점퇴직자에 대한 원천징수의무의 이행이 어렵다고 인정되는 경우에 해당되므로 처분청은 청구법인에 대한 이 건 과세처분을 취소하고, 쟁점퇴직자의 관할 세무서장이쟁점퇴직자에게 직접 소득세를 부과‧징수하여야 한다.

(3) 국세청 예규(국제세원-271, 2010.6.3.)는 외국인기술자가 대한민국 국적을 가진 종전 규정을 적용하여 소득세를 면제받을 수 있다 하였고, OOO는 위 예규를 신뢰하여 감면을 적용한 것으로 쟁점퇴직자에 대한 근로소득세 감면을 배제하여 원천징수한 것에 대하여 귀책사유가 없고, 원천징수의무를 이행하지 아니한 정당한 사유가 있다 할 것이므로가산세를 부과한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1)개정후조특법 부칙 제70조에서 “법의 시행 전에 국내에서 최초로 근로를 제공하거나 신고된 기술도입계약에 따라 근로를 제공하는 외국인기술자에 대해서는 제18조의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정을 따른다”는 부분은감면세액(2009년 전액 감면 → 2010년 50% 감면)과 관련된 사항으로 조특법시행령제16조의 개정으로 인하여 감면대상이 되지 않는부분까지 종전 규정을 적용해야 한다는 주장은 법 해석의 오류라고 판단되고,

2010.2.18. 개정된 시행령 제16조에 따라 외국인기술자의 2010.1.1 이후 발생된 소득에 대해서 “대한민국의 국적을 가지지 아니한 사람”에 한하여 감면을 적용하는 것이 타당하므로 쟁점퇴직자를 감면 배제대상으로 판단한 부분은 정당하다.

(2) 「소득세법」 제85조 제3항에서는 ‘원천징수하지 아니한 원천징수대상 소득금액에 대해서 납세의무자의 관할세무서장이제80조 및 제114조에 따라 그납세의무자에게 직접 소득세를 부과·징수하는 경우’ 등에 한하여 원천징수의무자에게 가산세만 징수하도록 하고 있는 것이고이에 해당되지 않는 경우에는 원천징수의무자에게 징수하여야 하는 것이므로 납세의무자의 관할 세무서장이 직접 쟁점퇴직자에게 소득세를 부과하지 않은 이상, 처분청이 청구법인에게 과세한 이 건 처분은 정당하다.

(3) 쟁점퇴직자는 외국인기술자 소득세 감면대상 자체에 해당하지 않았기 때문에 소득자가 제출한 서류를 면밀히 검토하여 퇴사시점에 원천징수를 성실히 이행하여야 하는 의무가 있었으므로 귀책사유가 없거나원천징수불이행에 정당한 사유가 있었다고 볼 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 개정된 「조세특례제한법」 부칙에 따라 개정 전 규정을 적용하여야 하므로 쟁점퇴직자가 외국인기술자에 해당하여 근로소득세 감면대상이라는 청구주장의 당부

② 청구법인이 쟁점퇴직자에 대한 원천징수이행이 어려우므로 쟁점퇴직자에게 직접 과세하여야 한다는 청구주장의 당부

③ 예규에 따라 감면규정을 적용하여 원천징수하였으므로 원천징수의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 청구법인에 대한 외국인 연말정산 점검 검토서 주요내용은 다음과 같다.

(2) 쟁점퇴직자의 경력증명서(2015.6.10.)에 의하면, 쟁점퇴직자는 2010.7.19.～2011.7.31. 기간 동안 청구법인에 근무하였고, 퇴직 당시 상무대우로 경영혁신실에서 근무하였던 것으로 나타난다.

(3) 조특법(2010.1.1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것, 이하 “개정전조특법”이라 한다) 제18조 제1항에서 대통령령이 정하는 외국인기술자가 국내에서 내국인에게 근로를 제공하고 지급받는 근로소득으로서 당해 외국인기술자가 국내에서 최초로 근로를 제공한 날(2009년 12월 31일 이전인 경우에 한한다)부터 5년이 되는 날이 속하는 달까지 발생한 근로소득에 대하여는 소득세를면제한다고 규정하였고, 같은 법 시행령(2010.2.18. 대통령령 제22037호로 개정되기 전의 것, 이하 “개정전조특령”이라 한다) 제16조에서 외국인기술자의 범위를 규정하면서 국적의 제한은 두지 아니하였다.

이후, 조특법(2010.1.1. 법률 제9921호로 개정된 것, 이하 “개정후조특법”이라 한다) 제18조 제1항은 감면기간이 5년에서 2년으로, 소득세 감면비율이 면제에서 50%로 개정되면서 부칙에 경과규정을 두어 이 법 시행 전에 국내에서 최초로 근로를 제공하는 외국인기술자에 대해서는 종전의 규정에 따르도록 하였고, 같은 법 시행령(2010.2.18. 대통령령 제22037호로 개정된 것, 이하 “개정후조특령”이라 한다) 제16조에서 외국인기술자의 범위를 대한민국 국적을 가지지 않은 자로 제한하면서, 별도의 경과규정을 두지는 아니하였다.

(4) 국세청 예규(국제세원-271, 2010.6.3.)에 의하면, 국세청은 대한민국 국적을 가진 외국영주권자가 개정전조특법에 따른 외국인기술자로서 2009.12.31. 이전에 국내에서 내국인에게 최초로 근로를 제공하거나 신고된 기술도입계약에 따라 근로를 제공하여 소득세 면제대상인 경우, 동 외국인기술자는 2010.1.1. 이후의 잔여감면기간에 대하여 개정후조특법 부칙 제70조에 따라 종전 규정을 적용하여 소득세를 면제받을 수 있다고 회신한 것으로 나타난다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

(가) 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다.

1) 부칙은 해당 법령에 한하여 효력을 미치는 것으로 개정후조특법 부칙 제70조를 개정후조특령에 적용할 수는 없다 할 것이다.

2) 개정후조특법은 외국인기술자의 범위를 같은 법 시행령에 위임하였고, 개정후조특령에서는 외국인기술자의 범위에 대하여 대한민국 국적자를 제외하면서 해당 조항에 대하여 별도의 경과규정을 두고 있지 않은 채, 2010년 과세연도에 발생한 쟁점퇴직자의 소득분부터 적용하도록 규정하였다.

3) 따라서, 이 건 처분은 개정후조특령을 적용하여야 하는 것이므로 대한민국 국적자인 쟁점퇴직자가 외국인기술자에 해당하지 아니한 것으로 보아 과세한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

(나) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다.

1) 「소득세법」 제80조 제2항 제2호에서 관할 세무서장 등은 원천징수한 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우로서 근로소득자의 퇴사로 원천징수의무자의 원천징수 이행이 어렵다고 인정되는 경우 해당 과세기간의 과세표준과 세액을 경정한다고 규정하고 있고, 같은 법 제85조 제3항에서 위 규정에 따라 그 납세의무자에게 직접 소득세를 부과·징수하는 경우 그 원천징수의무자로부터 가산세액만을 징수한다고 규정하고 있다.

2) 따라서, 쟁점퇴직자의 소득세 관할 세무서장이 쟁점퇴직자에게 직접 소득세를 부과‧징수한 사실이 없는 이 건의 경우, 처분청이 청구법인에게 근로소득세(원천)를 과세한 처분에 잘못이 있다고 보기 어렵다.

(다) 마지막으로, 쟁점③에 대하여 살펴본다.

1) 개정후조특법에서는 감면비율과 감면기간을 줄이면서 부칙으로 경과규정을 두어 개정전조특법 및 개정전조특령의 규정에 따라 외국인기술자로서 5년간 소득세가 면제될 것이라는 기대로 국내에 근로를 제공한 납세의무자의 신뢰를 보호하고 있는바,

외국인기술자의 범위를 규정하도록 위임받은 개정후조특령에서 경과규정을 두지 아니한 것은 입법 미비에 의한 것으로 보인다.

2) 국세청도 예규를 통하여 대한민국 국적자가 개정전조특법상 외국인근로자로서 소득세 면제대상에 해당하는 경우, 2010.1.1. 이후의 잔여감면기간에 대하여 개정전조특법을 적용하여 소득세를 면제받을 수 있다고 회신하였다.

3) 따라서, 청구법인이 개정후조특령을 적용하지 아니함으로써 납세의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있다고 보는 것이 타당하다 할 것이므로 청구법인에게 원천징수납부불성실가산세를 과세한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호‧제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

(1)조세특례제한법(2010.1.1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것)

제18조 (외국인기술자에 대한 소득세의 면제) ① 대통령령이 정하는 외국인기술자가 국내에서 내국인에게 근로를 제공하고 지급받는 근로소득으로서 당해 외국인기술자가 국내에서 최초로 근로를 제공한 날(2009년 12월 31일 이전인 경우에 한한다)부터 5년이 되는 날이 속하는 달까지 발생한 근로소득에 대하여는 소득세를면제한다.

③ 제1항 또는 제2항의 규정을 적용받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 그 면제신청을 하여야 한다.

(2) 조세특례제한법 시행령(2010.2.18. 대통령령 제22037호로 개정되기 전의 것)

제16조(외국인기술자의 범위 등) ① 법 제18조 제1항에서 "대통령령이 정하는 외국인기술자"라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 외국인을 말한다.

3.외국에서 다음의 산업분야에 5년 이상 종사하였거나 학사학위 이상의 학력을 가지고 당해 분야에 3년 이상 종사한 기술자로서 다음 각 목의 1에 해당하는 사업을 영위하는 사업자와의 고용계약에 의하여 근무하는 자

바.시장조사 및 여론조사업, 사업 및 경영 상담업, 기술시험·검사 및 분석업, 기타 과학 및 기술 서비스업, 전문 디자인업

(3) 조세특례제한법(2010.1.1. 법률 제9921호로 개정된 것)

제18조(외국인기술자에 대한 소득세의 감면) ①대통령령으로 정하는 외국인기술자가 국내에서 내국인에게 근로를 제공하고 받는 근로소득으로서 그 외국인기술자가 국내에서 최초로 근로를 제공한 날(2011년 12월 31일 이전인 경우만 해당한다)부터 2년이 되는 날이 속하는 달까지 발생한 근로소득에 대해서는 소득세의100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.

③ 원천징수의무자가 제1항 및 제2항에 따라 소득세가 감면되는 근로소득을 지급할 때에는 「소득세법」 제127조에 따라 징수할 소득세의 100분의 50에 상당하는 세액을 원천징수한다.

부 칙 <법률 제9921호, 2010.1.1.>

제70조(외국인기술자에 대한 소득세의 면제에 관한 경과조치) 이 법 시행 전에 국내에서 최초로 근로를 제공하거나 신고된 기술도입계약에 따라 근로를 제공하는 외국인기술자에 대해서는 제18조의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

(4)조세특례제한법 시행령(2010.2.18. 대통령령 제22037호로 개정된 것)

제16조(외국인기술자의 범위 등) ① 법 제18조 제1항에서 "대통령령으로 정하는 외국인기술자"란대한민국의 국적을 가지지 아니한 사람으로서다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사람을 말한다.

3.외국에서 다음의 산업분야에 5년 이상 종사하였거나 학사학위 이상의 학력을 가지고 당해 분야에 3년 이상 종사한 기술자로서 다음 각 목의 1에 해당하는 사업을 영위하는 사업자와의 고용계약에 의하여 근무하는 자

바.시장조사 및 여론조사업, 사업 및 경영 상담업, 기술시험·검사 및 분석업, 기타 과학 및 기술 서비스업, 전문 디자인업

부 칙 <대통령령 제22037호, 2010.2.18.>

제3조(외국인기술자의 범위에 관한 적용례) 제16조 제1항의 개정규정은 이 영 시행일이 속하는 과세연도에 발생하는 소득분부터 적용한다.

(5) 소득세법(2012.1.1. 법률 제11146호로 개정되기 전의 것)

제80조(결정과 경정) ② 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제70조·제71조 및 제74조에 따른 과세표준확정신고를 한 자(제2호 및 제3호의 경우에는 제73조에 따라 과세표준확정신고를 하지 아니한 자를 포함한다)가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 과세기간의 과세표준과 세액을 경정한다.

1.신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우

2.제137조·제137조의2·제138조·제143조의4·제144조의2 또는 제146조에 따라 소득세를 원천징수한 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우로서원천징수의무자의 폐업·행방불명 등으로 원천징수의무자로부터 징수하기 어렵거나근로소득자의 퇴사로 원천징수의무자의 원천징수 이행이 어렵다고 인정되는 경우

제85조(징수와 환급) ③ 납세지 관할 세무서장은원천징수의무자또는 제156조 및 제156조의3부터 제156조의6까지의 규정에 따라 원천징수하여야 할 자가 징수하였거나 징수하여야 할 세액을 그 기한까지 납부하지 아니하였거나미달하게 납부한 경우에는 그 징수하여야 할 세액에 「국세기본법」 제47조의5 제1항에 따른 가산세액을 더한 금액을 그 세액으로 하여 그원천징수의무자로부터 징수하여야 한다.다만, 원천징수의무자가 원천징수를 하지 아니한 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 「국세기본법」 제47조의5 제1항에 따른 가산세액만을 징수한다.

1.납세의무자가 신고·납부한 과세표준금액에 원천징수하지 아니한 원천징수대상 소득금액이 이미 산입된 경우

2.원천징수하지 아니한 원천징수대상 소득금액에 대해서 납세의무자의 관할 세무서장이 제80조 및 제114조에 따라 그 납세의무자에게 직접 소득세를 부과·징수하는 경우

(6) 국세기본법

제48조(가산세 감면 등) ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데 대한 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.