처분청은 청구인이 공장신축을 위하여 1997.4.24. 취득한 ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ면 ㅇㅇ리 ㅇㅇ번지외 2필의 토지 2,463㎡(이하 “이건 토지”라 한다)에 대하여 취득일부터 1년 내에 지목을 변경하여 고유업무에 직접 사용하지 않았으므로, 이를 구지방세법시행령(1998.7.16. 대통령령 제15835호로 개정되 전의 것, 이하 같다) 제84조의4제3항제4호단서 규정에 의한 법인의 비업무용 토지로 보아, 그 취득가액(163,900,000원)에 구 지방세법(1998.12.31. 법률 제5615호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제112조제2항의 세율을 적용하여 산출한 세액에서 기납부세액을 공제한 취득세 25,568,400원, 농어촌특별세 2,343,770원, 합계 27,912,170원(가산세 포함)을 1999.7.6. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 이건 부과처분의 취소를 구하면서 그 이유로,

공장신축을 위하여 청구인이 취득한 5필지의 토지 3,377㎡중 이건 3필지는 공부상 지목이 농지로 되어 있었던 것은 사실이나, 1997.3.27. 농지전용허가를 받고 그에 대한 농지전용부담금까지 납부한 상태에서 청구인이 취득(잔금지급일 : 1997.4.24.)한 후 다른 토지와 함께 일단의 공장용지로 조성하여, 1999.1.5 그 지상에 공장 건물을 착공, 1999.5.10. 사용승인을 받았는 바, 이건 토지는 청구인이 취득당시 이미 사실상 농지라고 할 수 없어 3년의 유예기간이 적용되어야 함에도 취득일부터 1년 내에 공장건물을 착공하지 않았다 하여 이를 법인의 비업무용 토지로 보아 취득세를 중과세한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단

이건 심사청구는 공장을 신축하기 위하여 농지전용허가를 받은 토지를 농지로 보아 1년의 유예기간을 적용한 것이 적법한지의 여부에 관한 다툼이라 하겠다.

먼저 관련 규정인 구 지방세법 제112조제2항과 구지방세법시행령 제84조의 4제1항 및 제3항을 종합해 보면, 법인의 비업무용토지에 대한 유예기간을 적용함에 있어 공장용 토지는 3년이지만, 농업을 주업으로 하지 아니하는 법인이 취득한 농지는 정당한 사유가 없는 한 취득일부터 1년 내에 지목을 변경하여 고유업무에 사용해야만 법인의 비업무용 토지에서 제외하도록 되어 있다.

다음으로 청구인의 경우를 보면, 1997.3.27. 처분청으로부터 농지전용허가를 받고 그에 대한 농지전용 부담금을 납부한 상태에 있던 이건 토지를 1997.4.24. 취득한 후, 공장건축을 위하여 사업부지내의 국유재산(도로)을 1998.9.3. 불하 받았으며, 1998.12.4. 처분청으로부터 사업계획의 변경을 승인 받고, 1999.1.5. 건축공사에 착공하여 1999.5.10. 건물의 사용승인을 받았는데, 처분청에서는 이건 토지를 농지로 보아 취득 후 1년이 경과된 뒤에 공장용 건물을 착공했기 때문에 법인의 비업무용 토지에 해당한다면서 이건 취득세를 중과세 하였음이 제출된 증빙자료에서 확인되고 있다.

살피건대, 법인의 비업무용 토지에 대하여 취득세를 중과세하는 취지는 법인이 고유업무와 관련 없는 사업에 불필요하게 투자하는 것을 억제시키고 토지에 대한 비생산적인 투기를 방지하여 토지의 효율적 이용을 유도하는데 그 목적이 있다 할 것으로서, 비록 이건 토지가 공부상 농지로 되어 있었다고는 하나 이미 농지전용허가를 받고 대체농지조성비까지 납부되어 사실상 농지로서의 기능을 상실한 공장 건축예정지를 취득하였고, 그 후 공장건축을 위한 사업계획 승인을 받은 다음, 공장부지내에 있는 국유지의 불하와 다른 공장부지의 추가 취득 등의 사유로 인하여 이건 토지 취득 후 1년 7개월여가 지난 다음에야 공장용 건축물을 착공한 사실을 볼 때, 청구인이 이건 토지를 취득한 후 공장건축을 위한 부지조성 등 일련의 절차를 정상적으로 추진하였음을 알 수 있음은 물론, 공장용 토지는 일반적인 다른 건물의 부속토지와는 달리 3년간의 유예기간을 인정하고 있는 점 등에 비추어, 이건 토지를 농지로 보더라도 공장용지의 조성과 공장건물의 건축절차의 추진 등의 사유로 인하여 착공이 지연된 것이 인정되므로, 청구인이 이건 토지를 취득한 후 1년내에 공장용 건물의 건축공사를 착공하지 못한데에 정당한 사유가 있었다고 보는 것이 합리적이라 하겠다.

따라서 청구인의 주장은 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.

1999. 11. 24.

행 정 자 치 부 장 관