청구법인은 1989.5.16.부터 OOOO 도·소매업을 영위하는 법인으로 OO지방국세청장은 2002.7.4.～2002.8.30 기간 중 청구법인에 대해 특별세무조사를 실시하여 1998년 2기～2001년 2기중 매출누락 및 임대료 신고누락 등을 적출하고 대표이사로부터 확인서 및 문답서를 받아 처분청에 과세자료를 통보하였고, 처분청은 2003.4.2. 및 2003.3.14. 청구법인 및 대표이사에게 법인세, 부가가치세, 종합소득세 등 21건 948,176,190원을 부과처분하였으며, 청구법인 및 청구법인의 대표이사 윤OO의 불복으로 심판청구를 제기하여 OO원의 심판결정(OO OOOOOOOOO, OOOOOOOOOO)으로『수입금액을 재조사하라』고 결정한바 있다.

OO지방국세청장은 위 심판결정에 따라 청구법인의 수입금액을 재조사하여 청구법인의 전무이사 김OO의 명의로 개설된 OO은행 예금계좌(OOOO OOOOOOOOOOOOO로 이하 “쟁점계좌”라 한다)의 1998.1.1.～2001.12.31. 기간의 입금액에서 수입이자를 제외한 전액(3,550,003,248원)을 매출금액으로 하고, 이 금액에서 쟁점계좌와 청구법인이 부가가치세 신고시 제출한 매출세금계산서와 대조하여 날짜, 매입상대방, 금액 등 3가지 요소가 일치하는 입금액 32,721,410원을 기 신고된 매출액으로 인정하여 이를 차감한 나머지 3,517,281,838원(이하 “쟁점매출누락액”이라 한다)을 매출누락액으로 산정하여 2004.5.17. 청구법인에게 <별지 1> 고지세액 명세서와 같이 1999～2002사업연도분 법인세 4건 364,698,450원, 1998년 1기분～2001년 2기분 부가가치세 7건 321,247,960원 합계 11건 685,946,410원을 증액 경정고지하고, 쟁점매출누락액에서 손금으로 인정한 2,198,895,387원을 차감한 1,318,386,451원(이하 “쟁점상여처분액”이라 한다)을 청구법인의 대표이사 윤OO에 대한 상여로 소득처분하고 소득금액변동통지하였다.

청구법인은 이에 불복하여 2004.8.3. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 국세기본법 제79조 제2항에 『국세심판관회의 또는 국세심판관합동회의는 제81조에서 준용하는 제65조의 규정에 의한 결정을 함에 있어서 심판청구를 한 처분보다 청구인에게 불이익이 되는 결정을 하지 못한다』고 규정하고 있으므로 당초 조사에 대한 심판결정에서 『재조사하라』는 결정을 함으로 인해 당초 조사에 의한 처분보다 불이익한 처분을 한 것은 국세기본법 제79조 제2항을 위반한 것이고, 쟁점계좌는 당초 조사시에 처분청이 이미 영치하여 상세하게 조사분석되었던 자료로서 기 조사된 자료를 사용하여 당초보다 불이익한 처분을 하였으므로 이 건 경정처분은 취소되어야 한다.

(2) 처분청에서는 쟁점계좌에 입금된 금액 중에서 단지 수입이자만을 제외한 전체 입금액을 매출액으로 인정하여 과세하였으나, 쟁점계좌에 입금된 금액 하나 하나가 매출과 관련이 있다는 사실을 처분청에서 입증하여야 하는 바, 이는 국세기본법 제17조에서 규정한 근거과세원칙을 위배한 처분으로 부당하고, 쟁점계좌에 대해 설명할 기회를 달라고 수차례 요구하였음에도 이를 무시하고 일방적으로 과세하였으며, 처분청이 기 신고·납부한 금액이 포함되어 있다 하여 일부금액이라도 매출누락에서 제외한 것은 쟁점계좌가 부외계좌가 아니라는 사실을 반증하는 것이므로 이 건 경정처분은 취소되어야 한다.

(3) 쟁점계좌에서 청구법인의 자산인 당좌예금과 보통예금으로 입금된 1,848,030,000원은 위 예금자산을 기초로 청구법인의 장부와 결산서가 작성된 사실이 확인되므로 매출누락에서 제외하여야 하고, 이 건 과세기간 중 대표이사의 가수금이 증가하지 아니하였고, 부채계정에 변동이 없으므로 대표이사에게 상여로 소득처분할 수 없다.

(4) 어음이 쟁점계좌에 입금되는 시점은 어음의 지급기일이고, 통상의 경우 그 거래(매출발생)일로부터 3～4개월 후에 입금되는 것이며, 당해 어음의 발행자가 누구이고, 배서한 자가 있는지, 언제 발행된 어음이며, 언제 쟁점계좌에 추심을 의뢰했는지, 매출과는 어떤 관련성이 있는지를 처분청에서 조사하여 매출과 관련이 있는 금액만을 매출누락으로 과세함이 타당함에도 매출과 관련성을 입증하지 않고 단지 쟁점계좌에서 추심이 되었다는 사실만으로 매출누락으로 과세함은 부당하므로 쟁점매출누락액중 어음입금액에 해당하는 920,373,001원(1998년 180,370,531원, 1999년 338,296,970원, 2000년 241,445,500원, 2001년 160,260,000원)은 매출누락 및 상여처분 금액에서 제외하여야 한다.

(5) 청구법인의 각 년도별 부가가치율을 검토해 보면 아래 <표 1>과 같이 청구법인이 전국평균보다 10%나 높은 점에서 이는 매출누락으로 인정하여 과세한 금액 중 상당 부분이 이미 신고한 금액과 이중으로 매출금액이 계산되어진 결과이다.

<표 1> 년도별 부가가치율

(%)

처분청에서는 쟁점계좌에 입금년월일과 세금계산서 발행일이 일치하고, 입금자와 세금계산서상 공급받는 자와 일치하며, 입금액이 공급대가와 일치하는 등 3가지 요소가 충족되는 입금액에 대해서만 정당하게 신고한 것으로 인정하였으나, 일반적인 상거래에서 상품의 공급시기와 대금의 영수일이 다를 수 있는 것이고, 대금을 영수하는 것도 현금과 어음이나 수표를 복합적으로 수수하기 때문에 각각의 거래 건마다 통장으로 입금된 금액과 세금계산서를 발행한 금액이 일치하는 거래는 거의 없는 것이 현실이며, 쟁점계좌의 입금자가 공급받는 자의 종업원이나 제3자인 경우도 있어서 세금계산서의 공급받는 자와 일치하지 않는 거래가 대부분이므로 쟁점계좌 입금액 중 세금계산서를 발행하여 정당하게 신고한 금액은 거래상대방도 거래확인서에 의하여 확인하고 있으므로 매출누락이 아니다.

(6) 1998.7.14. 입금액 966,698원은 청구법인의 대표이사 윤OO의 입금액으로 매출금액이 아니다.

1998.7.31. 2회 입금액 각 2,000,000원 합계 4,000,000원은 ‘박OO’이 OO은행에서 2,000,000원을 3회 입금하였다가 같은 날 2회는 취소된 금액이므로 매출누락이 아니다.

1999.3.18. 입금액 1,500,000원 및 1999.3.25. 입금액 100,000원 합계 1,600,000원은 ‘문OO’에게 청구법인이 사용하던 중고자동차를 판매하고 입금받은 금액으로 세금계산서를 발행하여 부가가치세 신고 납부한 금액이므로 매출누락이 아니다.

1999.5.29. 입금액 8,000,000원은 ‘권OO’에게 331,600원을 지급해야 할 것을 착오로 8,331,600원을 지급하여 잘못 지급한 8,000,000원을 당일에 반환받은 금액이므로 매출누락이 아니다.

2000.5.～2000.9. 기간중 매월말 5회 입금액 각 5,000,000원 합계 25,000,000원은 대표이사 윤OO 소유의 점포를 ‘안OO’에게 임대하고 수령한 임대보증금으로 이 금액은 임대차계약서 및 OO세무서에서 임대보증금으로 인정하여 부가가치세를 고지한 사실에 의하여 확인되므로 매출누락이 아니다.

2001.2.9. 입금액 4,231,363원은 청구법인의 상품 수입업무를 대행하는 관세사에게 통관자금으로 지급한 금액 중 과다지급으로 반환받은 금액으로 당해 관세사가 확인하고 있으므로 매출누락이 아니다.

2001.7.31. 입금액 55,000,000원은 청구법인이 종업원 ‘김OO’를 채용하기 위해 스카웃 금액으로 지급한 것을 반환받은 금액으로 소송관련 서류에 의하여 확인되므로 매출누락이 아니다.

(7) 쟁점계좌 입금액은 모두 인출되어 아래 지출내역과 같이 각 지출내역에 대한 증빙서류가 있고, 청구법인의 사업을 위해 사용한 것이 명백하므로 동 금액을 대표이사의 상여로 소득처분하는 것은 부당하다.

① 당좌예금, 보통예금 입금액(1,848,030,000원)은 각 거래별 내역과 같이 전액 법인의 예금으로 입금되어 장부에 기장되었다.

② 물품대금(362,321,575원)은 물품수입 등과 관련한 수입보증금, 통관료, 창고료, 면허세, 전화료 등의 명목으로 지급한 금액이고, 법인의 장부에 기장된 금액이다.

③ 급여(373,873,470원), 임차료(353,510,800원)는 당초조사와 재조사에서 출금내역 확인되어 처분청이 손금으로 인정한 금액이다.

④ 기타 관리비(82,195,826원)는 법인 장부에 손금으로 처리된 금액이다.

⑤ 운송료(13,481,101원), 전기료(390,740원), 전화료(3,644,910원), 매입추정(49,001,890원), 통관료(27,518,400원), 부도어음(17,800,000원)은 처분청 재조사에서 출금내역 확인되어 처분청이 손금으로 인정한 금액이다.

⑥ 어음추심(294,384,000원), 입금착오(8,431,672원), 종업원가불(55,000,000원)은 법인의 업무와 관련없는 입금액이므로 처음부터 청구법인의 매출액이 아니다.

⑦ 제세금(62,164,680원)은 각종 공과금의 지출액으로 지출내역 분명하고 법인의 장부에 계상되어 있다.

(8) 처분청의 이 건 당초 조사시 청구법인의 대표이사 윤OO이 청구법인의 당좌예금계좌(OO은행 OOOOOOOOOOOOOO)에 입금한 361,600,000원을 상여처분 대상에서 제외하였던 금액이고, 처분청이 심판결정에 따라 재조사 경정하면서 아무런 이유도 없이 상여처분 대상금액에 포함시켰으므로 동 금액을 상여처분 대상금액에서 제외하여야 한다.

(9) 국세의 부과제척기간을 규정한 국세기본법 제26조의 2 및 관련 시행령에 의하면, 정당하게 법정신고기한내에 신고 납부한 국세의 경우, 사기 기타 특수한 사유가 없는 한 국세를 부과 할 수 있는 날로부터 5년이 경과하면 국세를 부과할 수 없는 것으로 규정하고 있는 바, 1998년 1기분 부가가치세의 경우, 청구법인이 정당하게 확정신고를 하고 세액을 납부하였고, 당초 조사에 의하여도 과세된 사실이 없었으며, 1998년 1기분 부가가치세는 1998.7.26.에 부과제척기간의 기산일이 되고, 이 날로부터 5년이 되는 2003.7.26.에 만료되는 것이므로 2004.5.17. 경정고지한 1998년 1기분 부가가치세는 취소되어야 한다.

(10) 법인세법 제76조 제1항 제2호(과소신고가산세) 및 제3호(무납부가산세)의 규정을 적용함에 있어 과세표준 및 납부할 세액을 과소신고·납부한 경우에도 당해 법인에게 그 귀책사유가 없다고 인정되는 때에는 동 규정에 의한 가산세를 적용하지 아니하는 것(국세청예규 서이46012-10552, 2002.03.20.)이고, 2001사업연도에 이월결손금이 발생한 사유는 청구법인이 2001사업연도 법인세 과세표준을 100,472,434원으로 신고하였으나, 처분청이 당초 조사에서 결손금을 489,407,472원으로 증액하여 2003.3.7. 그 사실을 통지하였으며, 2002사업연도는 신고한 각사업년도 소득이 286,420,772원이며 이는 재조사에서 결정한 과세표준과 동일한 금액으로 차액이 발생하지 아니하므로 청구법인에게 아무런 귀책사유가 없고, 따라서 2002사업연도분 과소신고가산세와 무납부가산세를 부과한 것은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 국세기본법 제79조 제2항에 규정한 불이익변경금지원칙은 심판결정에 있어서 청구인이 불복청구한 처분보다 불이익이 되게 결정하지 못한다는 것이고, 이 건의 경우는 재조사하는 과정에서 쟁점계좌와 전산매출장 등 추가적인 근거자료를 발견한 것으로 당초 심판결정에 따른 처분이라기 보다는 부과제척기간 내에 경정할 수 있다는 규정에 근거하여 이루어진 처분이므로 당초 처분보다 증액경정되었다 하여 불이익변경금지원칙에 반하는 처분이라 할 수 없다.

(2) 쟁점계좌는 부외매출액이 입금된 계좌로 재조사당시 청구법인의 경리를 담당했던 직원이 확인한 바 있고, 매출액이 아닌지 여부를 소명할 기회를 주었으므로 근거과세원칙을 위배한 처분이 아니다.

(3) 쟁점계좌는 청구법인의 대표이사 윤OO의 지시로 개설한 전무이사 김OO 명의의 계좌로 청구법인의 수입금액 일부를 쟁점계좌를 통하여 계속적으로 입금받았고, 쟁점계좌의 입출금업무를 담당했던 관련직원이 개인적으로 금전거래한 내역을 없었다고 진술하였으므로 쟁점계좌는 청구법인의 매출관련 부외계좌인 것으로 확인되었다.

법인이 매출사실이 있음에도 매출액을 장부에 기재하지 아니하였으면 매출누락금액 뿐만 아니라 그 대응경비까지 밝혀졌다고 하더라도 특별한 사정이 없는 한 매출원가 등 대응경비가 포함된 매출누락금액 전액이 사외로 유출된 것으로 보아야 하고, 이 경우 매출누락금액 전액이 사외로 유출된 것이 아니라고 볼 특별한 사정은 이를 주장하는 법인이 입증하여야 하며, 법인의 대표이사가 법인의 수익을 사외유출시켜 자신에게 귀속시킨 금전 중 법인의 사업을 위하여 사용된 것임이 분명하지 아니한 것은 특별한 사정이 없는 한 대표이사 자신에 대한 상여 내지 유사한 임시적 급여로서 근로소득에 해당하는 것이므로 매출누락액 중 급여, 임차료, 매입원가, 매출 부가가치세, 임차료 부가가치세, 매입 부가가치세, 운송비 등을 차감한 나머지 1,318,386,451원을 청구법인의 대표이사 윤OO에 대한 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지한 처분은 정당하다.

(4) 쟁점계좌에 입금된 어음번호 및 입금액과 청구법인이 비치·기장한 받을어음, 외상매출금 등 각 계정별원장을 검토한 결과 쟁점계좌에 입금된 어음번호 및 입금액이 청구법인의 장부상 입금일과 같은 날짜에 수입금액으로 계상된 사실이 없으므로 매출누락 및 상여처분 금액에서 제외할 수 없다.

(5) 쟁점계좌의 입금내역과 세금계산서 발행내역을 검토해 보면, 거래 건별로 입금일자와 금액 등이 서로 상이하여 동일 건으로 보기 어렵고, 간이세금계산서 발행 건은 거래처의 인적사항도 기재되지 아니한 것이 있는 등 신고사실을 인정할 만한 명백하고 객관적인 증빙을 구체적으로 제시하지 못하고 있으며, 청구법인이 비치 기장한 외상매출금 등 각 계정별원장과 쟁점계좌의 입금일자별 입금액을 비교 검토하여도 입금일자와 입금액이 일치하는 거래는 확인되지 않고, 쟁점계좌가 부외계좌인 점을 감안하면 청구주장은 이유없다.

(6) 대표이사의 입금액 966,698원은 상품매출과 무관한지 여부가 확인되지 아니하고, 25,000,000원은 점포 임차인 안OO이 타일대금 송금액이라고 확인한 내용이므로 임대보증금이 아니며, 종업원 스카웃 금액 55,000,000원의 반환금액이라는 주장은 당초 지급사실이 장부상 나타나지 아니하고 객관적인 증빙제시도 없으며, 나머지 입금액들도 매출누락금액을 부외관리하기 위하여 개설된 부외계좌의 특성상 매출누락금액이 아니라고 볼만한 명백하고 객관적인 증빙이 없으므로 청구법인 주장을 받아들일 수 없다.

(7) 위 (3)과 같음

(8) 대표이사 윤OO이 입금한 361,600,000원은 그 내용이 불분명하나, 쟁점계좌를 통하여 확인된 매출누락금액 중 손금인정한 금액을 제외하고 상여처분한 이 건 재조사 내용과는 무관한 것이다.

(9) 부외계좌를 통한 매출누락은 10년간의 부과제척기간을 적용받는 국세기본법 26조의 2 제1항 제1호의 사기·기타 부정한 행위에 해당한다고 볼 수 있고, 사기·기타 부정한 행위는 조세범칙조사를 통하지 않더라도 납세자가 조세의 부과·징수를 불가능하게 하거나 또는 현저하게 위계 기타 부정한 적극적인 행위를 함으로써 국세를 포탈한 경우로 해석되어 부과제척기간이 경과되었다고 볼 수 없으며, 심판결정에 따라 당초 조사시 1998년 2기분 부가가치세에 오류가 있어 동일성이 유지되는 범위 안에서 재조사시 1998년 2기분 부가가치세를 경정감하고 1998년 1기분 부가가치세를 경정증한 것이므로 1998년 1기분 부가가치세 부과처분은 정당하다.

(10) 이전 사업연도분에 대한 과세표준 경정결정으로 이월결손금이 감소됨에 따라 증가된 당해 사업연도의 과세표준에 대해서는 법인세법 제76조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 따라 과소신고가산세와 납부불성실가산세를 적용하는 것이므로 청구주장을 받아들일 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

(1) 당초 심판청구 결과 『재조사』하도록 결정되었는 바, 그에 따른 재조사에 의하여 당초 처분보다 증액하여 경정고지한 것이 불이익변경금지 원칙에 위배되는지 여부

(2) 쟁점계좌에 입금된 금액중 청구법인이 부가가치세 신고시 제출한 매출세금계산서와 대조하여 날짜, 매입상대방, 금액이 완전히 일치하는 금액과 수입이자만을 제외한 모든 입금액을 매출누락액으로 과세한 처분이 근거과세원칙을 위반한 부당한 처분인지 여부

(3) 쟁점계좌입금액 중 당좌예금과 보통예금 계정으로 출금된 금액(1,848,030,000원)은 매출누락에서 제외하여야 하는지 여부

(4) 쟁점매출누락액중 어음을 추심하여 쟁점계좌에 입금된 금액(920,373,001원)이 사업자와의 거래로 기 신고한 매출액에 해당하는지 여부

(5) 쟁점매출누락액중 세금계산서(487,535,314원) 및 간이세금계산서(245,889,300원)를 발행하여 부가가치세를 신고한 금액이 포함되어 있는지 여부

(6) 쟁점계좌에 입금된 금액중 거래처가 아닌 대표이사의 입금액, 임대보증금입금액, 대표이사 친구의 어음을 추심해 주는 등으로 수입금액과 관련없는 금액 98,798,061원이 포함되어 있는지 여부

(7) 쟁점매출누락액(3,517,281,838원)은 청구법인의 사업을 위해 사용하였음이 명백하므로 대표이사에 대한 상여처분 대상금액에서 제외하여야 하는지 여부

(8) 대표이사의 입금액 361,600,000원을 상여처분 대상에서 제외하여야 하는지 여부

(9) 1998년 1기분 부가가치세 22,528,010원은 부과제척기간이 경과된 후의 처분으로 부당한지 여부

(10) 당초 조사에서 2001사업연도의 이월결손금이 발생되어 2002사업연도 법인세가 납부할 세액이 없었으나, 재조사에 의하여 2001사업연도에 이월결손금이 감액되어 2002사업연도에 납부할 세액이 발생한 경우, 당초 신고한 법인소득금액과 과세표준에 변동이 없이 처분청이 당초 경정을 잘못한 결과에 의한 것이므로 2002사업연도분에 대하여 과소신고가산세 및 신고·납부불성실가산세를 부과할 수 없는지 여부

나. 관련법령

국세기본법 제16조【근거과세】① 납세의무자가 세법에 의하여 장부를 비치 기장하고 있는 때에는 당해 국세의 과세표준의 조사와 결정은 그 비치 기장한 장부와 이에 관계되는 증빙자료에 의하여야 한다.

② 제1항의 규정에 의하여 국세를 조사 결정함에 있어서 기장의 내용이 사실과 다르거나 기장에 누락된 것이 있는 때에는 그 부분에 한하여 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다.

③ 정부는 제2항의 규정에 의하여 기장의 내용과 상이한 사실이나 기장에 누락된 것을 조사하여 결정한 때에는 정부가 조사한 사실과 결정의 근거를 결정서에 부기하여야 한다.

국세기본법 제26조의 2【국세부과의 제척기간】① 국세는 다음 각호에 규정하는 기간이 만료된 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세방지를 위하여 체결한 조약(이하 조세조약 이라 한다)의 규정에 의하여 상호합의절차가 진행중인 경우에는 국제조세조정에 관한 법률 제25조에서 정하는 바에 따른다.

1. 납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급 공제받는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간

국세기본법 제79조【불고불리 불이익변경금지】② 국세심판관회의 또는 국세심판관합동회의는 제81조에서 준용하는 제65조의 규정에 의한 결정을 함에 있어서 심판청구를 한 처분보다 청구인에게 불이익이 되는 결정을 하지 못한다.

법인세법 제15조【익금의 범위】① 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액으로 한다.

법인세법 제66조【결정 및 경정】② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조의 규정에 의한 신고를 한 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

④ 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 오류 또는 탈루가 있는 것을 발견한 때에는 즉시 이를 다시 경정한다.

법인세법 제67조【소득처분】제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여 배당 기타 사외유출 사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다.

법인세법시행령 제106조【소득처분】① 법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(제87조 제2항의 규정에 의한 소액주주가 아닌 주주 등인 임원 및 그와 동조 제4항의 규정에 의한 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식 등을 합하여 당해 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고， 조세특례제한법 제46조 제12항의 규정에 의하여 법인에게 원천징수의무가 면제되는 경우로서 주주 등인 임원 중에 당해 법인을 대표하고 있는 자가 따로 있다고 당해 법인이 신고한 때에는 그 신고한 자를 대표자로 하며, 대표자가 2인 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 같다)에게 귀속된 것으로 본다.

법인세법 제76조【가산세】① 납세지 관할세무서장은 제71조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세를 징수함에 있어서 당해 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 각호에 규정하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다. 다만, 제1호의 규정을 적용하는 경우에는 제2호의 규정을 적용하지 아니하며, 비영리내국법인에 대하여는 제1호의 장부에 관한 가산세의 규정을 적용하지 아니한다.

2. 제60조의 규정에 의하여 신고하여야 할 과세표준에 미달하게 신고한 경우에는 다음 각목의 금액

가. 그 미달하게 신고한 금액이 신고하여야 할 과세표준의 3분의 1 이상이고 대통령령이 정하는 부당과소신고금액(이하 이 호에서 부당과소신고금액 이라 한다)이 50억원을 초과하는 경우에는 그 미달하게 신고한 금액에 해당하는 산출세액의 100분의 30에 상당하는 금액. 다만, 그 금액이 미달하게 신고한 금액의 1만분의 10 미만이거나 산출세액이 없는 경우에는 그 미달하게 신고한 금액의 1만분의 10으로 한다.

나. 가목외의 경우에는 그 미달하게 신고한 금액에 해당하는 산출세액의 100분의 10(부당과소신고금액에 대하여는 100분의 20)에 상당하는 금액. 다만, 산출세액이 없는 경우에는 이를 적용하지 아니한다.

3. 제63조 또는 제64조의 규정에 의하여 법인세(제29조 제4항 제31조 제4항 및 조세특례제한법에 의하여 법인세에 가산하여 납부하여야 할 이자상당액 등을 포함한다)를 납부하지 아니하였거나 납부하여야 할 세액에 미달되게 납부한 경우에는 다음 산식을 적용하여 계산한 금액

납부하지 아니한 세액(미달하게 납부한 경우에는 그 미달한 세액) × 납부기한의 다음날부터 자진납부일 또는 고지일까지의 기간 × 금융기관이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율을 감안하여 대통령령이 정하는 이자율

법인세법시행령 제118조【과소신고금액의 계산 등】① 법 제76조 제1항 제2호(가목 단서를 제외한다)의 규정을 적용함에 있어서 법인이 결손신고를 한 경우에는 과소신고금액은 그 결손이 없는 것으로 보아 계산한다. 다만, 동호 가목 본문의 규정은 그 결손금을 포함하여 계산한 과소신고금액이 신고하여야 할 과세표준의 3분의 1 이상이고 부당과소신고금액이 50억원을 초과하는 경우에 이를 적용한다.

② 법 제76조 제1항 제2호의 규정을 적용함에 있어서 신고한 과세표준에 과세표준이 되지 아니하는 금액이 포함되어 있는 경우에는 이를 공제한 금액을 신고한 과세표준으로 한다.

③ 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 익금에 산입한 금액에 대하여 그 익금과 직접 대응하는 손금이 있는 경우 법 제76조 제1항 제2호의 규정에 의한 과소신고소득금액은 그 손금을 공제한 금액으로 한다.

⑤ 법 제76조 제1항 제2호의 규정을 적용함에 있어서 부당과소신고가산세 대상금액과 그 외의 과소신고가산세 대상금액(이하 이 항에서 일반 과소신고가산세 대상금액 이라 한다)의 구분계산은 다음 각호의 산식에 의한다.

1. 부당과소신고가산세 대상금액

부당과소신고가산세 대상 익금가산액

총과소신고금액 × ──────────────────

총익금가산액

2. 일반과소신고가산세 대상금액

일반과소신고가산세 대상 익금가산액

총과소신고금액 × ──────────────────

총익금가산액

⑥ 제5항 각호의 산식에서 총익금가산액 이라 함은 다음 각호의 금액을 합한 금액을 말한다.

1. 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 익금에 가산한 금액

2. 법 제13조 각호의 금액의 감소로 인하여 증가된 과세표준

법인세법시행령 제119조【미납부가산세율 등】① 법 제76조 제1항 제3호에서 대통령령이 정하는 이자율 이라 함은 1일 1만분의 5의 율을 말한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 심판결정에 따른 재조사에 의하여 당초 처분보다 증액하여 경정고지한 것이 불이익변경금지 원칙에 위배되는지 여부에 대하여 본다.

(가) 별지 고지세액 명세서에서 보는 바와 같이 심판결정에 의거 재조사하도록 한 결과 당초 결정고지세액보다 11건 685,946,410원이 추가고지되고, 대표이사에 대한 상여처분금액도 1,257,428,250원에서 1,318,386,451원으로 증액되었음이 확인된다.

(나) 국세기본법 제79조 제2항의 불이익변경금지는 심판결정을 함에 있어 심판청구의 대상이 되는 처분에 더하여 그 보다 불이익이 되는 심판결정을 할 수 없다는 것이므로 청구법인이 관련규정을 오해한 것으로 보이고, 처분청은 심판결정에 따라 재조사를 실시하였고, 부과제척기간 내에 쟁점계좌 등 과세자료를 새롭게 착안하여 경정한 것이라고 답변하고 있으며, OO 원의 심판결정도 수입금액을 재조사하여 그 재조사한 결과에 따라 경정하도록 통지되었던 것이므로 당초 조사에 의한 과세처분 보다 이 건 과세처분이 청구법인에게 불리한 결과를 초래하였다 하더라도 당초의 심판결정이나 이 건 과세처분이 국세기본법 제79조 제2항의 불이익변경금지에 관한 규정에 위배되었다 하기는 어렵다고 판단된다(OO OOOOOOOOO, OOOOOOOOOO OO O).

(2) 쟁점계좌에 입금된 금액을 매출누락액으로 과세한 처분이 근거과세원칙을 위반한 부당한 처분인지 여부에 대하여 본다.

(가) 쟁점계좌는 청구법인의 전무이사 김OO 명의로 OO은행 OOO지점(OOOOOOOOOOOOOO)에서 1997년 개설된 것으로 청구법인의 매출과 관련하여 거래처로부터 입금된 금액이 포함되어 있음을 청구법인에서 1993년～2001년 기간 중 근무하면서 경리업무(전표정리, 자금입출금 등)를 담당하였다는 청구외 박OO가 진술하였고, 청구법인의 전무이사 김OO 및 대표이사 윤OO도 매출액 일부가 입금된 통장이라고 진술한 바 있으며, OO지방국세청장은 2003.12.11. 쟁점매출누락액과 관련하여 그에 대응하는 손금에 대하여 2003.12.24.까지 소명자료를 제시하여 줄 것을 통보한 바 있음이 관련 공문 사본 등에 의하여 확인된다.

(나) 살피건대, 청구법인의 매출이 포함된 쟁점계좌가 적출되었으므로 쟁점계좌 입금액중 매출로 볼 수 없는 입금액이 포함되어 있는지 여부에 대해서는 청구법인에게 입증책임이 있는 것으로 보이고, 쟁점계좌에 입금된 금액 하나 하나에 대하여 청구법인의 매출과 관련이 있다는 사실을 처분청에서 입증하여야 한다는 주장은 받아들일 수 없다고 판단된다.

(3) 쟁점계좌입금액 중 1,848,030,000원이 출금되어 청구법인 명의의 당좌예금과 보통예금 통장으로 입금되고 장부에 반영하여 법인세로 신고되었으므로 매출누락에서 제외하여야 한다는 주장에 대하여 본다.

(가) 쟁점계좌를 살펴보면, 수일간 일정금액이 형성되면 100만원 이상의 금액단위로 출금하였고, 그 출금시각으로부터 10여분을 전후하여 동일한 금액 또는 다른 통장에서의 인출액 등과 합하여 청구법인 명의의 당좌예금 또는 보통예금 통장에 입금되었으며, 동일자에 청구법인의 장부에 계상되어 대차대조표 등 결산서에 반영되고 법인세신고가 이루어졌음이 1998년～2001년 기간의 쟁점계좌, 청구법인의 당좌예금(OO은행 OOOOOOOOOOOOOO) 및 보통예금(OO은행 OOOOOOOOOOOOOO) 통장, 해당 은행으로부터 출력받은 출금 및 입금 시각표, 1998～2001사업연도의 청구법인의 장부(대차대조표, 계정별원장, 현금출납장 등) 및 전표에 의하여 확인되고, 쟁점계좌 인출금액 및 청구법인의 예금통장 입금액 명세는 <별지 2>의 인출 및 입금명세서와 같이 1,848,030,000원임이 확인되고 연도별 명세는 아래 <표 2>와 같다.

<표 2> 연도별 인출 및 입금명세서

(OO O O)

(나) 청구법인의 장부상 가수금은 아래 <표 3>의 가수금계정 변동내역과 같이 1997년도말 잔액 245,000천원에서 2001년도말에는 ‘0’원으로 가수금이 이 건 조사대상 사업연도인 1998년～2001년 기간중에 245,000천원이 감소하였음이 확인된다.

<표 3>의 가수금계정 변동내역

(단위 : 천원)

(다) 쟁점계좌에서 출금된 금액 중 1,848,030,000원은 청구법인의 당좌예금(1,611,430,000원)과 보통예금(236,600,000원)으로 입금된 사실이 당좌예금 및 보통예금통장의 내역에 의하여 확인되고, 이를 청구법인의 각 사업연도의 계정별원장, 현금출납장 등 장부에 반영하여 이들을 근거로 결산서가 작성되었으며, 각 사업연도 법인세신고시 제출한 대차대조표 등과 일치하고 있음이 확인된다.

(라) 살피건대, 쟁점계좌가 청구법인의 매출과 관련하여 거래처 등으로부터 매출액이 입금된 계좌인 사실은 부인할 수 없으나 위에서 본 바와 같이 위 계좌 입금액 중 1,848,030,000원은 동 계좌에서 인출된 후 청구법인의 당좌예금과 보통예금으로 다시 대체 입금되어 회계처리되고 이를 기초로 청구법인의 재무제표 등 결산서류가 작성되어 법인세를 신고한 사실이 확인되는 점등을 감안하여 볼 때 위 금액은 사외유출된 것이 아니라 청구법인의 장부에 반영되어 신고하였다 할 것이고, 따라서 동액을 매출누락으로 본 처분은 부당하다고 판단된다.

(4) 쟁점(4), 쟁점(5), 쟁점(6)는 어음을 추심하여 쟁점계좌에 입금된 금액으로 기 신고한 매출액(920,373,001원), 세금계산서 및 간이세금계산서를 발행하여 부가가치세를 신고한 금액(733,424,614원), 수입금액과 관련없는 금액(98,798,061원)이 쟁점매출누락액에 포함되어 있는지 여부에 대한 것인 바, 쟁점(3)에서 살펴 본 바와 같이 쟁점계좌에서 수일간 일정금액이 형성되면 일정 금액단위로 출금되어 청구법인의 사업용 예금계좌에 입금되고, 결산서에 반영되어 법인세신고가 이루어졌음을 이유로 매출누락금액이 아닌 것으로 인정하였고, 위 금액들이 대부분 쟁점(3)에서 판단한 인출금액에 포함되어 있다고 보여지므로 심리의 실익이 없어 판단을 생략한다.

(5) 쟁점매출누락액(3,517,281,838원)은 청구법인의 사업을 위해 사용하였으므로 대표이사에 대한 상여처분 대상금액에서 제외하여야 하는지 여부에 대하여

(가) 처분청은 쟁점계좌 입금액 중 3,517,281,838원(쟁점매출누락액)을 매출누락액으로 보고, 동액 중 아래 <표 4>와 같이 급여, 임차료, 매입원가 등 2,198,895,387원을 손금으로 인정한 후에 나머지 금액(1,318,386,451원)을 대표이사에 대한 상여로 소득처분하였다.

<표 4> 매출누락 및 상여처분 내역

(단위 : 원)

(나) 청구법인은 아래 <표 5>와 같이 쟁점계좌에서의 출금 및 사용내역으로 구분하여 청구법인의 사업을 위해 사용한 사실이 각 지출내역에 대한 증빙서류에 의하여 확인되므로 동 금액을 대표이사에 대한 상여로 소득처분하는 것은 부당하다고 주장한다.

<표 5> 쟁점계좌에서의 출금 및 사용내역

(단위 : 원)

주) 급여, 임차료, 운송료, 전기료, 전화료, 매입추정, 통관료, 부도어음은 전액을 상여처분대상금액에서 제외하였고, 매입원가로 보아 상여처분대상금액에서 제외한 금액(1,124,629,802원)은 당좌예금 및 보통예금 입금액(1,848,030,000원)에 포함된 것으로 보이나, 구체적으로 확인되지 아니함

(다) 급여, 임차료, 운송료, 전기료, 전화료, 매입추정, 통관료, 부도어음(합계 839,221,311원)은 처분청이 손금으로 인정하여 상여처분 대상금액에서 제외하였고, 당좌예금 및 보통예금액(1,848,030,000원)은 위 쟁점(3)에서 이미 심리한 결과, 매출누락이 아닌 것으로 판단하였으므로 이 부분 심리를 생략한다.

(라) 물품대금(수입물품 포함)은 쟁점계좌에서의 출금일자에 물품과 관련한 지출내역과 지출증빙(외화보증금·통관료·무역업면허세·수입실적회비·보험료 및 전화료 영수증, 세금계산서, 납세영수증서 등)을 제시하고 있고, 장부상 계상되어 법인세 신고시 손비로 처리한 사실이 확인되고, 쟁점계좌에서 인출한 당일에 납부하거나 및 지급된 금액들에 관한 증빙들인 사실은 인정된다.

그러나, 각 일자별로 쟁점계좌에서의 인출액과 지출증빙상의 지출금액이 일치하지 아니하고 청구법인의 다른 계좌에서 인출한 금액과 합하여 함께 법인의 사업을 위하여 지출하였다 하더라도 쟁점계좌에서 인출된 그 금액으로 수입물품대금을 지급하였는지 여부가 구체적으로 확인되지 아니하므로 청구법인 주장을 받아들일 수 없다고 판단된다.

(마) 기타 관리비(82,195,826원) 및 제세금(62,164,680원) 역시 법인의 장부에 계상되어 법인세신고시 손비로 처리된 금액이나, 쟁점계좌에서 출금한 금액으로 지급하였는지 구체적으로 확인되지 아니하고, 어음추심(294,384,000원)은 대표이사가 타인에게 금전을 대여하고 받은 어음을 추심하여 쟁점계좌에 입금된 금액으로 입금 당일 또는 2～3일 내에 동일 금액이 출금되었으므로 대표이사가 대여금을 회수한 것으로 청구법인의 매출과 관련이 없다는 주장이나, 대여 상대방이 대부분 청구법인의 업종과 동일하거나 유사한 업종을 경영하고 있는 사업자로 보이고, 대여금의 사용내역 등 구체적인 증빙이 없이 대여상대방의 확인서만으로는 청구법인의 매출과 관련이 없다는 주장을 받아들일 수 없다고 판단된다.

(바) 입금착오(8,431,672원)는 쟁점(6)의 박OO의 1998.7.31. 착오입금액 4,000,000원과 백OO(관세사)의 2001.2.9. 통관수수료 과다지급액의 반환금이고, 종업원가불(55,000,000원) 역시 쟁점(6)의 종업원 김OO의 스카웃 금액으로 지급한 금액으로 청구법인의 매출과 무관하다는 주장이나, 위 금액들은 쟁점(3)에서 매출누락이 아닌 것으로 판단하였으므로 심리할 실익이 없어 판단을 생략한다.

(6) 대표이사의 입금액 361,600,000원을 상여처분 대상에서 제외하여야 하는지 여부에 대하여

(가) 청구법인 명의의 OO은행 계좌에 대표이사 윤OO 명의로 입금된 361,600,000원은 당초 경정시 상여처분 대상에서 제외한 사실이 당초 조사시 세무조사결과통지서 및 그 첨부서류(항목별 조사적출사항 및 사후관리할 사항 등)에 의하여 확인된다.

(나) 당초 조사시에 상여처분금액에서 제외한 것은 법인통장에 대표이사가 입금하였고, 대표이사의 가수금계정에 금액의 변동이 없는 점을 고려하여 상여처분 대상금액에서 제외한 것으로 추정되나 구체적인 근거서류가 없고, 위 입금액의 구체적인 흐름이 규명되지 않아 매출액을 입금한 것인지 알 수 없을 뿐만 아니라 청구법인 역시 매출과 관련이 없는지 여부에 대한 구체적인 증빙없이 단지 당초 경정시 상여처분 대상에서 제외하였다는 이유만을 제시하고 있을 뿐이므로 이 부분 청구법인 주장을 받아들일 수 없다고 판단된다.

(7) 1998년 1기분 부가가치세 22,528,010원은 부과제척기간이 경과된 후의 처분인지 여부에 대하여

(가) 청구법인이 1998년 1기분 부가가치세 확정신고·자진납부를 이행하였고, 이 건 경정으로 인하여 1998년 2기분 매출액 215,423,222원이 감액되었고, 당초 경정시 고지하지 아니하였던 1998년 1기분 매출액 198,497,818원이 추가로 고지되었음은 각 결정결의서에 의하여 확인되고 다툼이 없다.

(나) 실제보다 매출액을 적게 기재한 허위의 매입매출장을 작성하여 이에 의하여 세무신고를 함으로써 매출액을 실제보다 과소하게 신고한 행위는 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나, 현저히 곤란하게 한 적극적 행위로서 조세범처벌법 제9조 제1항 소정의 “사기 기타 부정한 행위”에 해당한다 할 것이고, 이를 단순한 무신고 행위에 불과하다 할 수는 없다 할 것이며(같은 뜻, 대법원 89도283, 1989.9.26.), 국세기본법 제26조의 2 제1항의 규정에 의하여 10년간의 국세부과제척기간을 적용 받는 『사기 기타 부정한 행위』라 함은 조세범칙조사를 통하지 않더라도 납세자가 “조세의 부과징수를 불가능하게 하거나 또는 현저하게 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적 행위”를 함으로써 국세를 포탈하거나 환급·공제받은 것으로 과세관청에 의하여 확인되면 10년의 국세부과제척기간을 적용하는 것이다(같은 뜻, 재조세 46019-137, 2003.4.7.).

(다) 살피건대, 쟁점계좌에 입금된 금액 중 일부라도 매출누락이 포함되어 있는 것을 청구법인 스스로 인정하고 있는 점등으로 미루어 청구법인이 신고한 매출장부가 허위가 아니라 하기는 어려워 보이므로 처분청이 10년의 국세부과제척기간을 적용하여 1998년 1기분 부가가치세를 부과한 처분은 타당하다고 판단된다.

(8) 2002사업연도분 법인세에 대하여 과소신고가산세 및 신고·납부불성실가산세를 부과한 처분의 당부에 대하여

(가) 청구법인의 2001사업연도 및 2002사업연도의 법인세 과세표준 신고 및 처분청의 결정 및 경정내역을 보면 아래 <표 6> 및 <표 7>과 같다.

<표 6> 2001사업연도분신고와 경정의 변동 내역

(단위 : 원)

<표 7> 2002사업연도분신고와 경정의 변동 내역

(단위 : 원)

(나) 청구법인은 처분청이 결손금을 증액하는 것으로 경정하였다가 이 건 재조사시에 결손금을 없는 것으로 재경정함으로서 과세표준이 증액되었으므로 청구법인에게 귀책사유없이 가산세가 부과되었다고 주장하나, 청구법인이 매출누락한 사실이 인정되고, 신고하여야 할 과세표준에 미달하게 신고한 경우에 해당하여 법인세법 제76조 소정의 가산세를 면할 수 없다 할 것이므로 2002사업연도분 과소신고가산세 및 신고·납부불성실가산세를 부과한 처분은 타당하다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지 1> 고지세액 명세서

(단위 :원)