청구인은 부산광역시 동래구 OO동 OOOOOOO 대지 291㎡, 건물 1,597.12㎡(이하 “쟁점건물”이라 한다)를 소유하면서 부동산임대업을 영위하고 있는데, 쟁점건물의 신축과 관련하여 92년 제1기에 1,598,820원, 92년 제2기에21,448,550원의 부가가치세 매입세액을 각각 신고하여 공제받은 사실이 있다.

처분청은 청구인이 92년 제2기에 부가가치세 과세표준을 3,528,760원으로 신고하여, 년간공급대가(12월로 환산한 공급대가)가 36,000,000원에 미달함에도 청구인이 법정기한내에 과세특례포기신고서를 제출한 사실이 없다고 하여 일반과세자에서 과세특례자로 과세유형 전환 후 쟁점건물의 신축과 관련하여 공제받은 매입세액에 대한 재고납부세액을 계산하여 94.8.1 청구인에게 93년 제1기분 부가가치세 18,255,460원을 결정고지 하였다(처분청은 부산지방국세청의 감사지적에 의하여 이 건 과세하였다).

청구인은 이에 불복하여 94.9.29 이의신청, 94.12.7 심사청구를 거쳐 95.3.10 심판청구를 하였다.

2. 청구인 주장 및 국세청장 의견

가. 청구인 주장

청구인은 부가가치세 일반과세자로 사업자등록을 하고 94년 제1기까지 부가가치세를 성실하게 납부하여 왔는데, 청구인에게 아무런 통지도 없이 갑자기 과세특례자로 과세유형 전환하고 재고납부세액을 부과한 것은 부당하다.

나. 국세청장 의견

청구인의 경우 년간공급대가가 36,000,000원에 미달하여 과세특례자에 해당함에도 과세특례포기신고서를 제출한 바 없으므로 처분청이 과세특례자로 과세유형 전환하고 쟁점건물의 신축과 관련하여 공제받은 매입세액에 대한 재고납부세액을 부과한 것은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 이 건 심판청구의 다툼은 쟁점건물의 임대업과 관련한 년간공급대가가 36,000,000원에 미달함에도 과세특례포기신고서를 제출하지 아니한 경우 과세특례자로 과세유형 전환하고 재고납부세액을 부과한 처분의 당부를 가리는데 있다.

나. 부가가치세법 제25조(과세특례) 제1항에서 “직전 1역년의 재화와 용역의 공급에 대한 부가가치세가 포함된 대가(이하 「공급대가」라 한다)가 대통령령이 정하는 금액에 미달하는 개인사업자(이하 「과세특례자」라 한다)에 대하여는 제4장 내지 제6장의 규정에 불구하고 이 장의 규정에 의하여 부가가치세를 부과 징수한다”라고 규정하고, 같은법 시행령 제74조(과세특례의 범위) 제1항 제1호에서 “대리·중개·주선·위탁매매 및 도급 이외의 경우에는 당해 공급대가의 합계액이 3600만원에 미달하는 때”에는 과세특례자로 한다고 규정하고 있으며, 같은법 시행령 제74조의3(과세특례자의 과세표준 및 세액의 계산) 제3항에서 “일반과세자가 과세특례자로 변경된 경우에는 재무부령이 정하는 바에 의하여 당해 변경일 현재의 재고품 및 감가상각자산에 대한 매입세액을 공제받은 경우 법 제27조의 규정에 의한 납부에 있어서 공제받은 매입세액을 납부세액에 가산하여 납부하여야 한다”고 규정하고 있다.

부가가치세법 제30조(과세특례의 포기) 제1항 및 제2항에서 “과세특례의 포기를 받고자 하는 자는 그 적용받고자 하는 과세기간개시 10일전에 대통령령이 정하는 바에 의하여 정부에 신고하여야 한다”고 규정하고 있다.

다. 청구인의 경우 92년 제2기에 신고한 과세표준을 기준으로 계산한 년간공급대가가 36,000,000원에 미달하는 사실 및 과세특례포기신고서를 제출하지 아니한 사실에 대하여는 다툼이 없다. 그렇다면 전시한 법령의 규정에 의하여 과세특례자로 과세유형이 전환된다. 일반과세자가 과세특례자로 변경되면 당해 변경일 현재의 재고품 및 감가상각자산에 대한 매입세액을 공제받은 경우 기 공제받은 매입세액에 대한 재고납부세액을 납부세액에 가산하여 납부하여야 한다.

청구인은 일반과세자로 사업자등록을 하고 계속하여 일반과세자로 영업을 하고 있음에도 불구하고 처분청이 부분적인 공급대가(92년 제2기분)를 기준으로 과세유형을 전환한 것은 청구인의 의사에 반하는 부당한 처분일 뿐만 아니라 처분청에서 청구인에게 아무런 통지를 하지 아니하여 과세특례자로 과세유형이 전환된 사실도 모르는 납세자에게 모든 책임이 있다고 보아 재고납부세액을 부과한 것은 부당하다고 주장하나, 과세특례의 포기를 받고자하는 자는 전시한 부가가치세법 제30조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 과세특례포기신고서를 제출하여야 함에도 청구인은 이러한 과세특례포기신고서를 제출하지 아니하였으므로 단지 일반과세자로 영업을 계속하겠다는 주관적인 의사 및 일반과세자로 부가가치세 신고를 한 사실에 근거하여 과세특례자규정의 적용을 배제할 수는 없는 것으로 판단된다(같은 취지 : 대법원 90누4068, 90.9.11)

라. 따라서 이 건 심판청구는 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.