청구외 망 OOO이 가동하던 대구광역시 북구 OO동 OOOO 소재의 모기향공장(토지 603㎡ 및 무허가공장건물. 이하 “쟁점공장”이라 한다)은 82.12.9 청구외 OOO이 사망함에 따라 피상속인의 처 OOO에게 12분의 3, 피상속인의 아들인 OOO에게 12분의 3, 피상속인의 딸인 OOO·OOO·OOO(청구인)에게 각 12분의 2의 지분으로 상속되었다.

쟁점공장은 83.1.20 청구외 OOO명의로 사업자등록되었다가 92.9.19 청구외 OOO명의로 사업자등록된 후 93.2.25 청구외 OOO외 1인에게 양도되었다.

처분청은 쟁점공장의 양도에 대하여 조세감면규제법 제67조의12(5년이상 계속하여 가동한 공장의 이전에 대한 양도소득세 면제)의 규정에 해당하지 아니한다고 보아 95.1.3 청구인에게 10,295,110원, 청구외 OOO에게 10,559,110원, 청구외 OOO에게 16,242,750원의 93년 귀속 양도소득세를 각각 결정고지하였다.

청구인은 이에 불복하여 95.4.11 심사청구를 거쳐 95.8.3 심판청구를 하였다.

2. 청구인 주장

청구외 망 OOO이 가동하던 공장을 청구인과 청구외 OOO, OOO, OOO, OOO가 법정지분대로 상속받아 82.12.9 청구외 OOO명의로 사업자등록을 하였다가 위 OOO의 부도로 인하여 92.9.19 청구외 OOO명의로 사업자등록을 변경하였던 것이나, 사업자등록자의 명의와 관계없이 쟁점공장은 위 상속인들이 공동으로 경영한 것이므로 93.2.25 양도할 때까지 상속인들이 공동으로 5년이상 계속하여 가동한 공장에 해당하고, 상속인들은 쟁점공장이 상습침수지역에 있어 공장가동에 어려움이 많아 이를 이전할 계획으로 양도한 것이므로 조세감면규제법 제67조의12의 규정에 의하여 쟁점공장에 대한 양도소득세를 면제하여야 한다.

3. 국세청장 의견

당초 피상속인이 가동하던 공장을 82.12.9 청구인과 청구외 OOO, OOO, OOO, OOO가 상속받아, 83.1.20 청구외 OOO명의로 사업자등록을 하였다가 92.9.19 청구외 OOO명의로 사업자등록을 한 후 약 5개월이 경과한 93.2.25 쟁점공장을 양도한 것이므로 5년이상 계속하여 가동한 공장에 해당하지 아니한다.

또한 5년이상 가동한 공장의 양도에 대한 양도소득세 면제 규정은 세액면제신청서를 제출한 경우에 한하여 적용되는 바, 청구인은 면제신청서를 제출하지 아니한 것으로 확인되므로 동 규정을 적용할 수 없다.

4. 심리 및 판단

가. 이 건 심판청구의 다툼은 쟁점공장의 양도에 대하여 조세감면규제법 제67조의12(5년이상 계속하여 가동한 공장의 이전에 대한 양도소득세 면제)의 적용을 배제한 처분의 당부를 가리는데 있다.

나. 조세감면규제법 제67조의12(5년이상 계속하여 가동한 공장의 이전에 대한 양도소득세 면제) 및 같은 법 시행령 제55조의10(5년이상 계속하여 가동한 공장의 이전에 대한 양도소득세 면제)에서 개인이 5년이상 계속하여 가동한 공장을 이전할 목적으로 양도하고, 양도일이 속하는 년도의 과세표준신고와 함께 세액면제신청서에 이전계획서를 첨부하여 제출하는 경우에 한하여 그 양도소득세를 면제하되, 공장을 신설하여 이전하는 경우에는 양도일부터 3년, 기존공장을 취득하여 이전하는 경우에는 양도일부터 1년이내에 이전하여 사업을 개시하지 아니하는 경우에는 그 면제받은 양도소득세를 추징하도록 규정하고 있다.

다. 먼저 쟁점공장이 “개인이 5년이상 계속하여 가동한 공장”에 해당하는지에 대하여 본다.

쟁점공장은 당초에 청구외 OOO이 가동하다가 82.12.9 OOO이 사망함에 따라 피상속인의 처 OOO에게 12분의 3, 피상속인의 아들인 OOO에게 12분의 3, 피상속인의 딸인 OOO·OOO·OOO(청구인)에게 각 12분의 2의 지분으로 상속되었다.

그후 83.1.20 청구외 OOO가 사업자등록을 하고 쟁점공장을 가동하던 중 OOO의 소유지분(12분의 3)은 86.10.24 청구외 OOO에게 양도되고, OOO는 쟁점공장의 소유지분이 없는 상태에서 92.9.18까지 쟁점공장을 가동하였으며, 92.9.19부터는 청구외 OOO이 사업자등록을 하고 쟁점공장을 가동하다가 93.2.25 청구인과 청구외 OOO(OOO는 86.10.24 양도하였던 소유지분을 93.2.19 다시 취득하였음), OOO, OOO, OOO의 모든 소유지분이 청구외 OOO외 1인에게 양도되었다.

조세감면규제법 제67조의12에서 “개인이 5년이상 계속하여 가동한 공장”이라 함은 양도자가 공장의 양도일부터 소급하여 5년이상의 기간동안 계속하여 당해공장을 소유하면서 가동한 공장을 의미하는 것이지, 그 소유자(양도자)와 가동자가 다른 경우까지 포함하는 것은 아니라고 판단된다.

쟁점공장의 양도일부터 5년을 소급하여 그 소유자와 가동자를 살펴보면, 청구인은 5년간 계속하여 쟁점공장의 12분의 2의 지분을 소유하였으나 쟁점공장을 가동한 바 없고, 또한 청구외 OOO은 5년간 계속하여 쟁점공장의 12분의 2의 지분을 소유하였으나 동인이 쟁점공장을 가동한 기간은 92.9.19부터 93.2.25까지 약 5개월에 불과하며, 그 이전 약 4년 5개월의 기간은 쟁점공장의 소유권이 전혀 없는 청구외 OOO가 가동한 사실을 알 수 있으므로 쟁점공장은 조세감면규제법 제67조의12에서 규정한 공장에 해당하지 아니한다 할 것이다.

라. 다음으로 적법한 면제신청이 있었는지 여부에 대하여 본다.

조세감면규제법 제67조의12 제4항에서 대통령령이 정하는 바에 의하여 면제신청을 하는 경우에 한하여 동조의 규정을 적용하도록 규정하고 있고, 같은법 시행령 제55조의10 제3항에서 과세표준신고와 함께 세액면제신청서에 공장의 이전계획서를 첨부하여 제출하도록 규정하고 있다.

청구인은 94.5.31 양도소득세과세표준확정신고는 하였으나 세액면제신청서는 제출하지 아니하였다. 쟁점공장의 공동소유자인 청구외 OOO은 면제신청서를 제출하였으나 그 면제신청으로써 청구인까지 면제신청을 한 것으로 볼 수 없을 뿐만 아니라 동인의 면제신청도 공장의 이전계획서가 첨부되지 아니하여 적법한 면제신청이 있었다고 보기 어려운 것이었다(95구 2335, 95.12. . 참조).

마. 따라서 이 건 심판청구는 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.