청구인은 경기도 OO시 만안구 OO동 OOOOOOO, 같은동 OOOOOOO, 같은동 OOOOOOO 대지 161.57㎡, 지상건물 683.28㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)로 1989.9.30부터 부동산임대업을 영위하다가 청구외 OOO협동조합(이하 “OO”이라 한다)에 2,220,000,000원(청구외 OOO 소유지분금액 5,000,000원이 포함된 금액이며, 이하 같다)을 받고 양도하기로 1997.11.10 양도계약을 체결하고 계약시 계약금 700,000,000원, 1997.11.25 잔금 1,520,000,000원을 수령한 후 건물양도분에 대하여 부가가치세를 신고하지 아니하였다.

처분청은 쟁점부동산 총매매가액 2,220,000,000원중 건물에 대한 실거래가액을 1,554,000,000원으로 보아 1997년 2기분 부가가치세 170,072,730원을 1998.3.6 청구인에게 결정고지하였다.

(위 처분후 부가가치세 과세표준을 1,417,272,727원에서 1,408,182,000원으로 적용하여 세액을 168,981,840원으로 감액 경정결정하였음)

청구인은 이에 불복하여 1998.5.2 심사청구를 거쳐 1998.7.10 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

가. 청구주장

청구인은 쟁점부동산을 토지와 건물가액 구분없이 2,220,000,000원에 양도하기로 1997.11.10 OO과 계약을 체결하여 계약금 700,000,000원을 계약당일 수령하고 1997.11.25 잔금 1,520,000,000원을 수령하였는데 쟁점부동산 소재지가 토지거래허가지역인 관계로 잔금수령후인 1997.11.28 토지거래계약허가신청을 관할구청에 하면서 신청서 양식에 토지가액과 건물가액을 구분 기재토록 되어 있어 토지가액을 공시지가의 약 130% 수준에 맞추어 666,000,000원으로, 건물가액을 1,554,000,000원으로 각각 기재 신청하여 1997.12.2 토지거래계약허가증을 받았는 바, 이와 같이 이미 매매계약이 완료된 상태에서 단지 토지거래허가를 얻을 목적으로 토지와 건물의 가액을 임의 구분한 것을 가지고 당초부터 토지와 건물가액을 구분하여 양도한 것으로 보아 토지거래계약허가신청서에 기재된 건물가격을 실거래건물가액으로 하여 부가가치세를 과세한 이 건 처분은 부당하므로 토지와 건물가액의 구분이 불분명한 경우에 해당하는 것으로 보아 장부상 가액으로 안분계산하여 과세하여야 한다.

나. 국세청장 의견

청구인과 OO이 OO시 만안구청장에게 1997.12.2 신고한 “토지거래계약허가신청서”에 의하면 계약예정금액중 토지 666,000,000원, 건물 1,554,000,000원, 합계 2,220,000,000원으로 구분하여 신고한 사실이 확인되고 있고, 청구인이 신고한 토지가액의 경우 1997년도 개별공시지가(507,995,000원)보다 130% 상회한 수준으로서 실지거래가액에 근접한 점등을 볼 때 토지거래계약허가신청서에 매수인과 매도인 쌍방 합의하에 토지와 건물가액을 구분 기재된 가액이 정상적인 거래가액이라고 인정되므로 이를 근거로 건물분에 대하여 부가가치세를 과세한 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

이 건 심판청구는 쟁점부동산중 건물 실지거래가액을 1,554,000,000원으로 보아 부가가치세를 과세한 처분의 당부에 그 다툼이 있다.

나. 관계법령

부가가치세법 제13조 제1항에서 『재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각호의 가액의 합계액(이하 “공급가액”이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

1. 금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가

2. 금전 이외의 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가

3. 부당하게 낮은 대가를 받거나 대가를 받지 아니하는 경우에는 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시기

4. 폐업하는 경우의 재고재화에 대하여는 시가』라고 규정하고 있고,

같은조 제5항에서는 『제1항 내지 제4항 이외에 과세표준의 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다』고 규정하고 있고,

같은법시행령 제48조의2 제3항에서 『사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 기타 구축물을 함께 공급하는 경우에 그 건물 및 기타 구축물의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액중 토지의 가액과 건물 및 기타 구축물의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 공급계약일 현재의 지방세법에 의한 시가표준액에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다.』고 규정하고 있으며,

같은조 제4항에서는 『제3항 본문의 규정을 적용함에 있어서 다음 각호의 경우에는 그 가액을 건물 및 기타 구축물의 실지거래가액으로 본다. 이 경우 적용순서는 다음 각호의 순에 의한다.

1. (생 략)

2. 토지와 건물 및 기타 구축물의 장부가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한 가액. 이 경우 장부가액이 없는 때에는 취득가액을 기준으로 한다.

3. (생 략)』라고 규정하고 있다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 쟁점부동산으로 부동산임대업을 영위하였고 쟁점부동산중 건물의 양도가 부가가치세 과세대상이라는 사실에 대하여는 다툼이 없다.

(2) 쟁점부동산의 총 양도가액이 2,220,000,000원이라는 사실에 대하여도 다툼이 없다.

(3) 쟁점부동산 매매계약서에 매수인은 OO(OO지점), 쟁점부동산의 매매금액은 2,220,000,000원, 잔금 지급일은 97.11.25로 각각 기재되어 있다.

(4) 청구인등이 97.11.28 관할관청(만안구청장)에 제출한 토지거래계약허가 신청서에는 쟁점부동산 총가액 2,220,000,000원중 토지(대지)가액은 666,000,000원, 건물가액은 1,554,000,000원으로 각각 기재되어 있다.

살피건대, 처분청에서 쟁점부동산중 건물의 실지거래가액을 1,554,000,000원으로 보고 이 건 부가가치세를 과세한 처분에 대하여 청구인은 토지와 건물가액을 구분하지 아니한채 양도하였고 토지거래계약허가신청서에 임의로 토지와 건물가액을 구분 기재한 것이므로 이 건의 경우 토지가액과 건물가액의 구분이 불분명한 경우에 해당되어 장부가액에 의해 안분계산하여 과세하여야 한다고 주장하고 있으나, 당심에서 거래상대방인 OO에 공문(국심46830-1401, 1998.10.20) 조회한 바에 의하면 OO에서 쟁점부동산을 취득한 후 토지가액을 666,000,000원, 건물가액을 1,554,000,000원으로 구분하여 회계처리한 사실이 확인되고 있고, OO의 장부상 금액인 토지가액 666,000,000원은 당해토지 개별공시지가 507,995,000원의 약 130% 수준인 점등을 종합해 볼 때 쟁점부동산의 경우 당초 청구인과 거래상대방간에 토지와 건물가액을 구분하여 매매금액을 책정한 것으로 보여지므로 거래상대방 장부가액인 1,554,000,000원을 실거래건물가액으로 하여 부가가치세를 과세한 처분청의 당초 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

라. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.