청구인은 2002.11.20.부터 OOO OOO OOO OOOOO번지(이하 “쟁점사업장”이라 한다)에서 음료 제조업 및 부동산 임대업으로 사업자등록을 하고, 2002.11.28. 쟁점사업장에 있는 공장 및 기계설비(건물 12,955.61㎡, 토지 12,243.8㎡ 및 기계설비이고, 이하 “쟁점공장”이라 한다)를 3,050,000,000원에 경락받아 임대하다가 2003.7.18. 쟁점공장을 양도하기로 계약을 체결(소유권이전은 2003.12.12.)하고 2003.10.31. 쟁점사업장을 폐업하면서 부가가치세 신고를 하지 아니하였다.

처분청은 쟁점사업장의 사실상 폐업일을 2003.6.30.로 보고, 쟁점공장을 폐업시 잔존재화로 보아 2007.7.5. 청구인에게 2003년 제1기분 부가가치세 197,030,380원을 경정하여 고지하였다.

청구인은 이에 불복하여 2007.10.2. 이의신청을 한 후 2007.11.2. 이를 취하하였으며, 2007.11.1. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

쟁점공장을 2002.11.28. 취득한 후 부동산 임대업에 사용하다가 2003.7.18. 쟁점사업장을 포괄양도하였으므로 부가가치세 과세대상이 아니며, 처분청의 처분대로 쟁점공장을 폐업시 잔존재화로 보더라도 부가가치세법 제6조 제4항에 취득시 매입세액이 공제되지 아니한 재화는 폐업시 잔존재화로 보지 않도록 규정하고 있어 쟁점공장도 취득시 매입세액을 공제받지 않았으므로 폐업시 잔존재화로 보아 부가가치세를 과세하는 것은 부당하다.

나. 처분청 의견

청구인은 부가가치세 고지 처분을 안 날(2007.7.5.)로부터 90일 이내인 2007.10.2. 이의신청을 제기하였으나 본건 심판청구를 제기한 날(2007.11.1.) 다음날인 2007.11.2. 이의신청을 취하함에 따라 본건 심판청구는 90일이 지난 청구로 적법성이 결여되며, 음료 제조업을 영위하기 위하여 2002.11.20.사업자등록을 하였으나 등록 후 6월이 되는 날까지 사업을 개시하지 아니하여 실질적으로 폐업상태에 있었으므로 2003.6.30.을 실질적인 폐업일로 보아 쟁점공장을 잔존재화로 과세하였으므로 2003.7.18. 쟁점사업장을 포괄적으로 양도하였다는 청구인의 주장은 타당성이 없으며, 매입세액이 공제되지 아니한 재화는 폐업시 잔존재화로 보지 아니한다는 부가가치세법 제6조 제4항은 2007.1.1.부터 시행되는 규정으로 2003.6.30. 폐업한 쟁점사업장에는 적용되지 아니하므로 쟁점공장을 폐업시 잔존재화로 보아 부가가치세를 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

심판청구가 법정기일(90일) 내에 제기되었는지 여부

나. 관련법령

(1) 국세기본법(2006.12.30. 법률 제8139호로 개정되기 전의 것)

제55조 【불 복】

① 이 법 또는 세법에 의한 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이익의 침해를 당한 자는 이 장의 규정에 의한 심사청구 또는 심판청구를 하여 그 처분의 취소 또는 변경이나 필요한 처분을 청구할 수 있다.

② ∼ ⑨ (생 략)

제68조 【청구기간】

① 심판청구는 당해 처분이 있은 것을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내에 제기하여야 한다.

② 이의신청을 거친 후 심판청구를 하는 경우의 청구기간에 관하여는 제61조 제2항의 규정을 준용한다.

(2) 부가가치세법(2003.12.30. 법률 제7007호로 개정되기 전의 것)

제6조 【재화의 공급】

① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 한다.

② · ③ (생 략)

④ 사업자가 사업을 폐지하는 때에 잔존하는 재화는 자기에게 공급하는 것으로 본다. 제5조 제1항 단서의 규정에 의하여 등록한 경우에 사실상 사업을 개시하지 아니하게 되는 때에도 또한 같다.

⑤ (생 략)

⑥ 다음 각호의 1에 해당하는 것은 재화의 공급으로 보지 아니한다.

1. 재화를 담보로 제공하는 것으로서 대통령령이 정하는 것

2. 사업을 양도하는 것으로서 대통령령이 정하는 것. 다만, 사업자가 제16조의 규정에 의한 세금계산서를 교부한 경우로서 대통령령이 정하는 경우를 제외한다.

3. 법률에 의하여 조세를 물납하는 것으로서 대통령령이 정하는 것

⑦ 제1항에 규정하는 재화의 공급에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(3) 부가가치세법시행규칙(2004.1.26. 재정경제부령 제347호로 개정되기 전의 것)

제6조 【폐업일의 기준】

① 법 제5조 제4항에 규정하는 폐업하는 때는 사업장별로 그 사업을 실질적으로 폐업하는 날로 한다. (단서 생략)

② 폐업한 때가 명백하지 아니한 경우에는 제4조 제1항에 규정하는 휴업(폐업)신고서의 접수일을 폐업일로 본다.

③ 법 제5조 제1항 단서의 규정에 의하여 사업개시일 전에 등록한 자로서 등록한 날로부터 6월이 되는 날까지 재화와 용역의 공급실적이 없는 자에 대하여는 그 6월이 되는 날을 사업을 개시하지 아니하게 되는 날로 보아 법 제3조 제3항 단서의 규정을 적용한다. 다만, 사업장의 설치기간이 6월 이상이거나 기타 정당한 사유로 인하여 사업의 개시가 지연되는 경우에는 그러하지 아니하다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 본안심리에 앞서 청구기간의 적법성 여부에 대하여 살펴본다.

(2) 국세기본법 제68조 및 같은 법 시행령 제61조 제2항에서 심판청구는 당해 처분이 있은 것을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내 또는 이의신청을 거친 후 심판청구를 하고자 할 때에는 이의신청에 대한 결정의 통지를 받은 날(결정기간 내에 결정의 통지를 받지 못한 경우에는 결정의 통지를 받기 전이라도 그 결정기간이 경과한 날)부터 90일 이내에 제기하도록 규정하고 있다.

(3) 이 건 심판청구의 경우 2007.7.5. 2003년 제1기 부가가치세 처분을 받은 후 2007.10.2. 이의신청을 거쳐 2007.11.1. 심판청구를 각각 90일 이내에 제기하였으나 2007.11.2. 이의신청을 취하함에 따라 이의신청은 당초부터 제기하지 아니한 것으로 되어, 이 건 심판청구는 청구기간(90일)이 경과한 후(119일)에 제기한 것이 되므로 부적법한 청구로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 청구기간이 경과한 후에 제기되었으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제1호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.