가. 청구법인은 편의점을 운영하는 법인으로서 2007년 제2기부터 2011년 제2기까지의 부가가치세 과세기간(이하 “쟁점과세기간”이라 한다) 중 상품공급자인 OOO 및 (주)OOO(이하 “쟁점상품공급자”라 한다)와 상품공급계약을 체결하면서 공급상품을 청구법인의 직영점 및 가맹점(이하 “판매장”이라 한다)까지 인도하는 조건으로 약정하되, 쟁점상품공급자가 공급상품을 판매장이 아닌 청구법인의 물류창고에서 인도하는 경우 청구법인에게 공급상품대금의 일정금액(상품대금의 13.5%～14%)을 지급하는 것으로 특약하였다.

나. 청구법인은 위 계약에 따라 쟁점과세기간 중 쟁점상품공급자로부터 OOO(공급가액으로서 2007년 제1기 OOO, 2007년 제2기 OOO, 2008년 제1기 OOO, 2008년 제2기 OOO, 2009년 제1기 OOO, 2009년 제2기 OOO, 2010년 제1기 OOO, 2010년 제2기 OOO, 2011년 제1기 OOO, 2011년 제2기 OOO)의 물류지원금(이하 “쟁점물류지원금”이라 한다)을 지급받아 상품매입가액에서 쟁점물류지원금을 차감하는 것으로 회계처리하고 쟁점물류지원금에 대하여 세금계산서 교부는 하지 아니하였다.

다. OOO지방국세청장은 세무조사를 실시하여 쟁점물류지원금(본점 OOO, OOO지점 OOO, OOO지점 OOO)을 운송용역의 제공에 따른 대가에 해당하는 것으로 보아 쟁점물류지원금 OOO에 대하여 부가가치세를 과세하도록 사업장 관할서인 OOO·OOO·OOO세무서장에게 과세자료를 통보하였고,이에 따라 OOO·OOO·OOO세무서장은 2012.10.15.청구법인에게 아래의 <표1>과 같이 부가가치세를 경정·고지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2012.10.30. 이의신청을 거쳐2013.1.31.심판청구를 제기하였다.

<표1> 경정·고지내역

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인이 쟁점상품공급자와 체결한 상품공급계약서에 상품의 매입가격을 판매장 도착기준으로 산정하고, 배송장소가 판매장이 아닌 경우 상품공급가액의 일정비율 상당액의 물류지원금을 지급하는 것으로 약정하고 있어 청구법인이 지급받은 쟁점물류지원금은 상품배송장소의 변경으로 매입상품단가 인하요인이 발생함에 따른 것으로서 사전약정에 따라 이루어진 매입할인과 유사하므로 부가가치세를 부과함은 부당하다.

(2) 처분청은 쟁점물류지원금을 운송용역의 제공대가에 해당한다는 의견이나, 청구법인은 쟁점상품공급자와 별도의 운송용역계약을 체결한 사실 없이 청구법인 소유의 상품을 물류창고에서 판매장까지 운반하였을 뿐이므로 쟁점물류지원금을 운송용역의 제공대가로 보는 것은 잘못이 있다.

(3) 국세청에서도 상품공급자가 대형마트사업자에게 지급하는 물류지원금을 과세대상에 해당하지 아니하는 것으로 유권해석하고 있으므로 편의점 사업자인 청구법인이 상품공급자로부터 수취한 쟁점물류지원금 또한 과세대상에 해당하지 아니한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인에게 상품을 공급하는 사업자들 중 쟁점상품공급자를 제외한 5곳의 사업자로부터 지급받은 물류지원금에 대하여는 과세대상에 해당하는 것으로 보아 정상적으로 세금계산서를 교부하고 부가가치세를 신고하였음에도 불구하고, 동일한 거래에 대하여 매입할인과 유사하므로 부가가치세 과세대상이 아니라고 하는 주장은 타당하지 아니하다.

(2) 청구법인이 쟁점상품공급자와 약정한 물류지원금특약서에 물류지원금에 대하여 물류센터 등으로부터 청구법인의 판매장까지 상품을 배송하는 용역의 대가라고 명시하고 있어 쟁점물류지원금은 청구법인이 제공한 운송용역에 대한 대가이므로 부가가치세 과세대상에 해당한다.

(3) 편의점 사업의 특성상 상품의 납품가액의 결정과 판매장까지의 운송용역의 제공은 각각 다른 거래에 해당하므로 상품의 매입가액에서 제공한 운송용역의 대가를 차감한 가액을 상품의 순매입가액으로 보기는 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

쟁점물류지원금을 운송용역의 제공에 따른 대가에 해당하는 것으로 보아 부가가치세를 부과한 처분의 당부

나. 사실관계 및 판단

(1)「부가가치세법」(2013.6.7. 법률제11873호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제1조 제1항 제1호는 용역의 공급에 대하여 부가가치세를 부과한다고 규정하고 있고, 제7조 제1항은 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 역무를 제공하거나 재화·시설물 또는 권리를 사용하게 하는 것으로 한다고 규정하고 있으며, 제13조 제2항 제6호는 재화 또는 용역을 공급한 후의 그 공급가액에 대한 할인액으로서 대통령령으로 정하는 할인액은 과세표준에 포함하지 아니한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제48조 제1항은 과세표준에는 거래상대자로부터 받은 대금·요금·수수료 기타 명목여하에 불구하고 대가관계에 있는 모든 금전적 가치있는 것을 포함한다고 규정하고 있으며, 제52조 제3항은 “대통령령으로 정하는 할인액”이란 공급대가의 미수금을 그 약정기일 전에 영수하는 경우에 일정액을 할인하는 금액을 말한다고 규정하고 있다.

(2) 청구법인이 상품을 공급하는 사업자들(쟁점상품공급자를 포함하고, 이하 “상품공급자들”이라 한다)과 체결한 물류지원비와 판매장려금 지급에 관한 약정내용 및 세금계산서 교부내역은 다음의 <표2>와 같다.

<표2> 물류지원비 및 판매장려금 등 약정내용

(3)청구법인이 쟁점상품공급자로부터 수취한 쟁점물류지원금(공급가액) 내역은 다음의 <표3>과 같다.

<표3> 쟁점물류지원금 수취내역

(4) 청구법인이 상품공급자들과 계약한 상품공급약정서에 상품공급자들은 상품을 공급함에 있어 상품의 배송장소를 청구법인의 물류센터 또는 청구법인이 별도로 지정하는 장소 또는 청구법인의 점포로 하는 경우에는 청구법인에 대해 별도의 특약에 의하여 물류지원금을 지급한다고 되어 있고, 물류지원금특약서에 물류지원금이란 상품공급자들이 상품을 공급함에 있어 상품의 배송장소를 청구법인의 물류센타 등으로 하는 경우에 청구법인이 물류센타 등으로부터 청구법인의 직영점 및 가맹점까지 상품을 배송하는 용역의 대가로 청구법인에게 지급하는 지원금을 말한다고 되어 있으며, 상품공급자들은 청구법인의 물류센타 등 청구법인의 지정장소에 월간 공급한 상품가액(부가가치세 별도)의 11.5%～16%[(주)OOO는 1갑당 OOO, (주)OOO는 1갑당 OOO]를 청구법인에게 지급하여야 한다고 되어 있다.

(5) 위 관련 법령 및 사실관계를 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점물류지원금이 상품배송장소의 변경으로 매입상품단가 인하요인이 발생함에 따른 것으로서 사전약정에 따라 이루어진 매입할인과 유사한 것이므로 부가가치세 과세표준에서 제외하여야 한다는 주장이나, 청구법인이 쟁점상품공급자 이외의 다른 상품공급자들과도 물류지원금의 지급에 대하여 동일한 약정을 하였음에도 수취한 물류지원금에 대하여 부가가치세 과세대상에 해당하는 것으로 보아 세금계산서를 교부하였던 점, 청구법인이 쟁점상품공급자와 약정한 물류지원금특약서에 물류지원금이 물류센터 등으로부터 청구법인의 판매장까지 상품을 배송하는 용역의 대가라고 명시하고 있는 점, 청구법인의 물류창고로부터 판매장까지의 운송용역을 쟁점상품공급자가 청구법인에게 위탁하였다고 볼 수도 있는 점, 청구법인이 제시하는 국세청의 유권해석은 국세청 고객만족센터의 일반적인 상담내용으로서 이 건의 경우에 원용하기가 적절하지 아니한 점 등을 감안할 때 청구법인이 상품공급자로부터 수취한 쟁점물류지원금은 운송용역의 제공에 따른 대가로서 부가가치세를 과세하는 것이 타당하다 할 것이다.

따라서, 처분청이 청구법인에게 쟁점물류지원금을 운송용역의 제공에 따른 대가로서 부가가치세를 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.