가. 원고는 은행업을 영위하는 법인으로서 종래 상장법인이었는데, 2005. 12. 1. 주식의 포괄적 이전에 의하여 주식회사 하나금융지주(이하 ‘하나금융지주’라 한다)의 완전 자회사로 편입되었고, 2005. 12. 12. 하나금융지주의 주권이 신규상장되면서 원고의 주권은 상장폐지되었다.

나. 원고는 임직원들에게 주식매수선택권을 부여하였는데, 원고의 주권이 상장폐지된 이후부터는 하나금융지주의 주식에 대한 매수선택권을 부여하였다.

다. 원고의 임직원들이 2006년부터 2008년에 걸쳐 주식매수선택권을 행사함에 따라.

하나금융지주는 차액정산방식에 따라 이들에게 현금을 지급하였고, 원고는 하나금융지주에 2006 사업년도 12,807,106,040원, 2007 사업년도 6,306,741,140원, 2008 사업년도 5,126,881,626원(이하 ‘이 사건 보전액’이라 한다)을 보전해주었으나, 법인세 신고를 할 때는 이를 손금에 산입하지 아니하였다. 라.

원고는 2009. 9. 28. 피고에 대하여 별지 경정청구거부처분 내역서 기재와 같이 이 사건 보전액을 손금에 산입하여 달라는 취지로 경정청구를 하였으나, 피고는 2009. 11. 10. 원고에게 이 사건 보전액은 구 조세특례제한법(2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제15조의 규정에 의한 과세특례를 받을 수 없다는 이유로 이를 거부하였다

(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다). [인정근거] 다툼이 없는 사실, 갑 제1, 3부터 6호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장 (1) 원고의 주장 이 사건 보전액은 원고가 임직원들에게 현물(주식) 상여를 지급하기 위해 소요된 일종의 ‘인건비’로서 구 법인세법 시행령 2010. 2. 18. 대통령령 제22035호로...

참조조문