청구법인은 농업협동조합법에 의거 설립된 법인으로서 그동안 그 공급하는 재화 또는 용역에 대하여 부가가치세가 면제되고 있었으나 94.7.1부터 청구법인의 소매업부분이 부가가치세과세사업으로 전환됨에 따라 부가가치세법시행규칙 제6조 제1항의 규정에 의거 94.7.25 재고품신고서(재고금액 47,244,096원)를 제출한 후 94년 2기 예정 및 확정신고시에 재고품매입세액 4,724,412원을 납부할 세액에서 공제하고 그 납부할 세액을 초과하는 금액 2,872,368원을 환급받을 세액으로 신고하였다.

처분청은 위 재고품매입세액은 94.7.1 이후 6월간의 납부할 세액 범위내에서만 공제하는 것이므로 그 납부할 세액을 초과한 금액 2,872,368원(이하 “쟁점재고품매입세액”이라 함)을 환급하지 아니하였다.

청구법인은 이에 불복하여 95.4.25 이의신청 및 95.7.21 심사청구를 거쳐 95.9.30 이건 심판청구를 하였다.

2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견

가. 청구법인 주장

쟁점재고품매입세액은 청구법인의 사업을 위하여 사용될 재화에 대한 매입세액이므로 매출세액을 초과하는 매입세액으로서 환급받을 세액이라 할 것이며, 부가가치세법 시행규칙 부칙 제6조 제2항에 매출세액을 초과하는 재고품매입세액은 없는 것으로 한다는 명문규정을 두고 있지 아니하므로 쟁점재고품매입세액을 환급되어야 한다.

나. 국세청장 의견

재정경제원 소비 46015-35(1995.2.7)에 의하면 “농업협동조합법·축산업협동조합법·수산업협동조합법에 의하여 설립된 조합 및 중앙회와 공무원연금관리공단이 부가가치세법 시행규칙 『별표5』의 규정에 의하여 94.7.1부터 면세사업에서 과세사업으로 전환되거나 과세사업이 추가되는 경우 재무부령 제1957호 부칙 제5조의 규정에 의하여 94.7.1 현재 당해 과세사업과 관련하여 취득한 상품 등 재고품(세금계산서 수취분에 한한다)에 대한 매입세액은 94.7.1이후 6개월간의 거래에 대한 납부할 세액 범위내에서 공제하는 것”이라고 규정하고 있으므로 처분청이 쟁점재고품매입세액을 환급거부한 처분은 달리 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

이 건은 부가가치세법상 면세사업에서 과세사업으로 전환된 경우, 6월간의 거래에 대한 납부할 세액을 초과하여 재고품매입세액을 공제할 수 있는지를 가리는데 그 쟁점이 있다.

나. 관련 법령

부가가치세법 제17조 제1항 본문에서 사업자가 정부에 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 매출세액에서 매입세액을 공제한 금액으로 한다고 규정하면서 그 단서에서 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급세액으로 규정하고 있으며,

동법시행규칙 제11조의 5 및 별표 5의 제5호에서 정부대행업체의 면세사업의 범위를 농업협동조합법에 의한 조합과 중앙회를 단체명으로 규정하면서 면세사업 범위로 농업협동조합법 제58조·제125조·제158조에 규정된 사업으로 한정하면서 단서에서 서울특별시 ·직할시 및 시지역에서 소매업을 영위하는 경우를 제외한다고 규정하고 있다.

한편 부가가치세법 시행규칙 부칙(재무부령 제1957호, 93.12.31공포) 제1조 제1항 단서에서 동규칙 제11조의 5는 1994년 7월 1일부터 시행한다고 규정하고 있고, 제6조 제1항에서 동규칙 제11조의 5 제1항의 규정에 의한 별표 5중 제5호·제6호·제15호·제16호 및 제19호의 면세사업의 범위란의 개정규정에 의하여 면세사업자에서 과세사업자로 전환되거나 과세사업이 추가되는 사업자로서 이 규칙 시행일 현재 당해 사업과 관련하여 취득한 상품 등 재고품(세금계산서 수취분에 한한다)에 대한 매입세액을 공제받고자 하는 자는 1994년 7월 25일까지 소관세무서장에게 신고하여야 한다고 규정하고 있으며, 제2항에서 제1항의 규정에 의한 사업자가 신고한 재고품에 대하여는 법 제17조 제1항의 규정에 의한 매입세액을 안분하여 이 규칙 시행후 6개월간의 거래에 대한 납부할 세액에서 공제한다고 규정하고 있다.

다. 심리 및 판단

(1) 청구법인이 신고한 94년 제2기분 부가가치세 신고내용은 다음과 같다.

(2) 위에서 본 관계법령의 규정에 의하면 면세사업에서 과세사업으로 전환시 재고품매입세액은 6월간 거래에 대한 납부할 세액(매출세액-매입세액)을 한도로 공제하여야 하는 바, 청구법인의 경우 납부할 세액을 초과하는 재고품매입세액은 2,872,368원이다.

(3) 지금까지 농·임·수·축협 및 공무원연금관리공단의 소매사업에 대하여는 부가가치세를 면제하여 왔으나 사경제부분과의 경합 등으로 94.7.1부터 부가가치세를 과세하도록 하였는 바, 재고품매입세액 공제도 당해 면세사업과 관련된 재고재화에 대하여 부가가치세를 기부담한 부분만큼 공제하여 주겠다는 것이나 과세전환 후 6월간의 거래에 대한 납부세액에서 공제해 주고 이를 초과한 재고품매입세액은 공제하여 주지 않겠다는 것이 위 법령규정의 취지로 해석된다.(재정경제원 소비 46015-35, 1995.2.7 같은 뜻임)

따라서 재고품매입세액을 전부 환급하지 아니하고 6월간의 거래에 대한 납부세액의 범위내에서 공제하도록 하는 것은 부가가치세 중복부담의 문제를 전혀 배제할 수 없으나, 위 관련법령 규정에 의하여 6월간의 거래에 대한 납부세액의 범위내에서 공제하도록 하는 것이 타당하다고 판단된다.

라. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.