가. 공사도급계약의 체결과 변경 (1) 원고는 2007. 5. 7. 피고로부터 부산지방국토관리청 소관의 ’B 국도건설공사‘(이하 ‘이 사건 공사’라 한다)를 공사금액 98,067,783,000원, 준공기한 2016. 3. 27.로 정하여 도급받으면서 장기계속계약의 방식으로 공사도급계약을 체결하였다.

(2) 위 공사도급계약에 포함된 공사계약일반조건(이하 ‘이 사건 일반조건’이라 한다) 중 이 사건과 관련된 내용은 아래와 같다.

제20조(설계변경으로 인한 계약금액의 조정) ① 계약담당공무원은 설계변경으로 시공방법의 변경, 투입자재의 변경 등 공사량의 증감이 발생하는 경우에는 다음 각 호의 1의 기준에 의하여 계약금액을 조정하여야 한다.

1. 증감된 공사량의 단가는 계약단가로 한다.

다만 계약단가가 예정가격단가보다 높은 경우로서 물량이 증가하게 되는 경우 그 증가된 물량에 대한 적용단가는 예정가격단가로 한다.

2. 산출내역서에 없는 품목 또는 비목(동일한 품목이라도 성능, 규격 등이 다른 경우를 포함한다. 이하 “신규비목”이라 한다)의 단가는 설계변경당시(설계도면의 변경을 요하는 경우에는 변경도면을 발주기관이 확정한 때, 설계도면의 변경을 요하지 않는 경우에는 계약당사자간에 설계변경을 문서에 의하여 합의한 때, 제19조 제3항에 의하여 우선시공을 한 경우에는 그 우선시공을 하게 한 때를 말한다. 이하 같다)를 기준으로 산정한 단가에 낙찰율(예정가격에 대한 낙찰금액 또는 계약금액의 비율을 말한다. 이하 같다)을 곱한 금액으로 한다.

④ 제1항 및 제2항의 규정에 의한 계약금액의 증감분에 대한 간접노무비, 산재보험료 및 산업안전보건관리비 등 승율비용과 일반관리비 및 이윤은 산출내역서상의 간접노무비율,...