가. 청구인은 1988.5.17. OOO(이하 “종전주택”이라 한다)를 취득하여 보유하다가 주택재개발사업으로 1999.6.14. OOO(이하 “신축주택”이라 한다)를 취득(사용승인)한 후 2006.5.22. 신축주택을 양도하고, 양도소득세 신고시「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제99조의3에 의한 신축주택의 감면세액을 실지거래가액으로 계산하면서 종전주택 취득시점부터 양도일까지의 양도소득금액 전부를 감면대상으로 신고하였다.

나. 처분청은 청구인의 신축주택에 대한 양도소득세 신고내용 중 전체 양도소득금액에서 신축주택 취득후 양도시점까지 발생한 양도소득금액에 대하여는 조특법 규정에 따른 감면대상 소득으로 인정한 반면, 종전주택 취득일(1988.5.17.)부터 신축주택 취득일 전일(1999.6.13.) 까지 발생한 양도소득금액에 대하여는 조특법 규정의 과세특례 적용을 배제하고 2012.5.11. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2012.8.8. 이의신청을 거쳐 2012.11.22. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 조특법 시행령 제40조의 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산식에 있어 분자와 분모에서 취득시 기준시가는 동일한 의미로 해석되고(서면4팀-2019, 2005.11.8.), 청구인은 처분청의 이 해석에 의해서 양도소득세를 신고하였는바, 처분청이 2011.2.10. 변경된 해석에 의해서 양도소득세를 경정고지함은 소급과세금지의 원칙 및 신의성실의 원칙 등에 반하는 처분이므로 부당하고, 신고일로부터 5년이상 경과후 종전해석을 바꾸어 양도소득세를 증액경정한 경우 증액부분에 대한 납부불성실가산세를 부과하는 것은 청구인에게 납부의무 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하는 등 신의성실의 원칙에 반하는 처분이다.

(2)대법원의 판결(대법 2010두3725, 2012.6.28.)과 같이 신축주택 취득일부터 5년 경과후 양도하는 경우 감면대상 소득을 양도소득금액에서 직접 차감하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 조특법 제99조 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 감면규정은 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액에 대한 양도소득세를 감면하도록 명확히 규정하고 있으며, 청구인이 신뢰하는 종전 예규는 과세특례대상 소득금액을 전체 양도소득금액으로 본다고 명확히 답변한 것이 아니어서 소급과세나 신의칙에 위배되지 아니하고, 납부불성실가산세는 과소납부분에 대한 이자성격의 가산세인 점 등으로 보아 처분청의 과세처분은 잘못이 없다.

(2) 「소득세법」제90조는 거주자에게 발생한 소득 중 감면소득이 있는 경우 감면소득금액이 포함된 양도소득세 산출세액에서 양도소득 과세표준 중 감면소득금액이 차지하는 비율을 곱하여 감면세액을 계산하는 것으로 규정하고 있는 점 등으로 보아 이와 다른 청구인의 주장은 받아들일 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 신축주택 양도에 따른 양도소득세 감면대상 소득금액 계산시 적용되는 조특법 시행령 제40조 제1항 산식 중 분모·분자의 취득당시의 기준시가를 신축주택 및 종전주택 취득당시의 기준시가로 해석하여 과세한 처분 및 납부불성실가산세 부과처분의 당부

② 감면대상 소득을 양도소득금액에서 직접 차감하여 과세하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법 제99조 [신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면] ① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(이에 부수되는 당해 건물의 연면적의 2배이내의 토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득한 날부터 5년이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하며, 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 신축주택이 「소득세법」 제89조 제1항 제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 자기가 건설한 주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시및주거환경정비법에 의한정비사업조합을 통하여 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)으로서 1998년 5월 22일부터 1999년 6월 30일까지의 기간(국민주택의 경우에는 1998년 5월 22일부터 1999년12월 31일까지로 한다. 이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다)사이에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 주택

2. 주택건설사업자로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간내에 주택건설업자와최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 다른 자가 입주한사실이 있거나 신축주택취득기간중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는주택을 제외한다.

④ 제1항의 규정에 의한 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 조세특례제한법 시행령 제40조 [구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세 등의 감면 등] ① 법 제43조 제1항에서 "당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액"이라 함은 「소득세법」제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는 「법인세법」 제99조 제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다.

{양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}

(3) 국세기본법 제18조 [세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지] ③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.

제47조의5 [납부·환급불성실가산세] ① 납세자가 세법에 따른 납부기한 내에 국세를 납부하지 아니하거나 납부한 세액이 납부하여야 할 세액에 미달한 경우에는 다음 산식을 적용하여 계산한 금액을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다. 다만, 「인지세법」 제8조제1항의 규정에 따라 인지세를 납부하지 아니하였거나 납부한 세액이 납부하여야 할 세액에 미달하게 납부한 경우에는 그 납부하지 아니한 세액 또는 미달한 세액의 100분의 300으로 한다.

납부하지 아니한 세액 또는 미달한 세액 × 납부기한의 다음 날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간 × 금융기관이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령이 정하는 이자율

(4) 소득세법 제90조 [양도소득세액의 감면] 제95조의 규정에 의한 양도소득금액에 이 법 또는 이 법외의 법률에서 규정하는 감면소득금액이 있는 때에는 제92조제2항의 규정에 의한 양도소득과세표준에 제104조의 규정에 의한 세율을 적용하여 계산한 금액에 당해 감면소득금액에서 제103조제2항의 규정에 의한 양도소득기본공제를 한 후의 금액이 양도소득과세표준에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액에 상당하는 양도소득세를 면제한다.

다. 사실관계 및 판단

(1)청구인은 1988.5.17. 취득한 종전주택이 재개발됨에 따라 1999.6.14.신축주택을 취득하였다가 2006.5.22. 양도한 후, 양도소득세 예정신고시 같은 법 제99조의3(신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례) 규정을 적용하여 양도소득금액 전체를 감면대상으로 신고하였으나, 처분청은 청구인의 신축주택에 대한 양도소득세 신고내용 중 전체 양도소득금액에서 신축주택 취득후 양도시점까지 발생한 양도소득금액만을 감면대상 소득으로 인정하고 종전주택 취득일(1988.5.17.)부터 신축주택 취득일 전일(1999.6.13.)까지 발생한 양도소득금액에 대하여는 같은 법 제99조의3에 의한 감면적용을 배제하여 이 건 양도소득세를 부과하였다.

(2) 먼저,쟁점①에 대하여 본다.

(가) 청구인은 처분청이 2011.2.10. 변경된 해석에 의해서 양도소득세를 경정고지한 처분 및 납부불성실가산세를 부과한 처분은 소급과세 금지 및 신의성실의 원칙에 반하는 등 부당하다는 주장이다.

(나) 살피건대, 조특법 제99조 제1항에 의하면 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을 “해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있어 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 해석하기 어렵고, 과세관청의 종전 해석(서면4팀-2109, 2005.11.8. 등)이 종전주택의 보유로 인한 양도소득금액을 감면소득으로 본다고 명확하게 규정하고 있지 아니한 점, 국세청 예규(재산세과-227, 2009.1.20.)에서 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 조특법 제99조의 규정에 따른 감면소득에 해당하지 아니한 것으로 해석하고 있는 등 과세관청이 청구인에게 신뢰대상이 되는 공적인 견해 표명을 하였다고 인정하기 어려운 점 등으로 볼 때, 처분청이 소급과세금지의 원칙을 위배하였다고 볼 수 없으므로 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 조특법 제99조에 의한 양도소득세 과세특례 적용대상이 아닌 것으로 보아 납부불성실가산세를 포함하여 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다(조심 2013서0262, 2013.3.26. 외 다수 같은 뜻임).

(3) 다음으로,쟁점②에 대하여 본다.

(가) 처분청은 「소득세법」제90조 등에 비추어 감면소득금액이 포함된 양도소득세 산출세액에서 양도소득 과세표준 중 감면소득금액이 차지하는 비율을 곱하여 감면세액을 계산하여야 한다는 의견이다.

(나) 살피건대, 조특법 및 그 시행령에서는 세액의 감면뿐만 아니라 소득공제 등 다양한 형태의 조세특례를 규정하고 있는데, 조특법 제99조는 신축주택을 취득한 날부터 5년 이내에 양도하는 경우와 그 이후에 양도하는 경우를 구분하여 전자에 대하여는 세액을 감면하고, 후자에 대하여는 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 과세대상 소득금액에서 차감하도록 명문으로 달리 규정하고 있는 점, 양자에 대하여 동일한 방법으로 양도소득세를 감면하여야만 조특법 제99조의 입법 목적을 달성할 수 있다고 보기 어려운 점, 그리고 조세법규에 대한 엄격해석의 원칙 등을 종합하여 보면, 조특법 제99조에서 규정한 신축주택을 그 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우 그에 따른 양도소득세의 과세표준 및 세액은 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감하는 방법으로 산정하여야 하고, 그 취득한 날부터 5년 이내에 양도하는 경우와 마찬가지로 그 양도소득금액에 대한 세액을 감면하는 방법으로 산정할 것은 아니다 할 것이다(조심 2013서0262, 2013.3.26.외 다수 , 대법원 2012.6.28. 선고 2010두3725 판결 참조).

따라서, 이 건 양도소득세 과세처분은 처분청이 계산한 양도소득세 감면대상 소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 직접 차감하여 그 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」 제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.