가.청구인은 OOOOO OOO OOO OOO-O OOOOO OOO OO(OO OOOOOOOO OO)O OOOO OOOOOOO OOO OOO OOO OOOOO OOOO OOOOO(이하“쟁점주택”이라 한다)를 2004.12.12. 취득(신축)하여 소유하다가 2007.4.26. 쟁점아파트를 OOO원에 양도하고 양도소득세 OOO원을 신고 납부하였다.

청구인은 2009.1.7. 쟁점주택이「조세특례제한법」(2006.12.30. 법률제8146호로 개정된 것, 이하 같다)제99조제1항에서 규정한신축주택 감면요건에 해당한다는 취지로 관할 세무서에경정청구를하였으며 관할 세무서장은청구인의 경정청구를 받아들여 청구인이 납부한 쟁점주택의 양도소득세 전액을 환급하였다.

나. 그 후 처분청은 쟁점주택의 양도소득금액 중 종전주택 취득일(1994.5.6. 간주)부터 쟁점주택의 취득일(2004.12.12.)까지 발생한 양도소득금액은 「조세특례제한법」제99조 제1항에서 규정한 감면 대상에 해당되지 않는다고 보아 2013.4.5. 청구인에게 쟁점주택의 양도에 따른 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2013.7.4. 이의신청을 거쳐 2013.10.15. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 「조세특례제한법」제99조 제1항에서 신축주택을 취득일로부터5년 이내에 양도하는 경우에는 양도소득세 전액을 면제한다고 규정하고있음에도 처분청이 법령에 규정되지 않은 쟁점주택의 신축(취득)일 부터 양도일까지에 대하여만 양도소득세 면제대상으로 판단한 것은 부당하므로 종전주택의 보유기간에 해당하는 부분에 대하여도 양도소득세를 면제하여야 한다.

(2) 처분청은 쟁점주택의 신축일부터 양도일까지 발생한 양도소득에대하여「조세특례제한법 시행령」(2006.12.30. 대통령령 제19811호로 개정된 것, 이하 같다) 제40조 제1항의 규정을 준용하여 분자에 있어서는쟁점주택의 신축(취득)당시 기준시가를 적용하고 분모에있어서는 종전주택의 기준시가를 적용하여 양도소득 감면 소득을 산출하였으나, 최근서울고등법원(2012누8931, 2013.5.31. 판결)에서분모의 “취득당시의 기준시가”를 종전주택의취득당시 기준시가로 보아 감면대상소득금액을 산출하는 것은 위법하다고 판결하였는바, 서울고등법원의 판결에 따라 분모의 “취득 당시 기준시가”를 쟁점주택의 “취득당시 기준시가”로 보아 그 감면대상 소득을 경정하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 「조세특례제한법」제99조 제1항은 신축주택을 취득 후 양도 시신축주택의 보유기간 중에 발생한 양도소득세를 감면해주는 조항이므로당초부터 보유하던 종전주택에서 발생한 양도소득은 감면소득에 해당되지 않는다고 할 것이므로 「조세특례제한법 시행령」제40조 제1항의 규정을 준용하여 분자에 있어서는 쟁점주택의 신축 당시 기준시가를 적용하고 분모에 있어서는 종전주택의 기준시가를 적용하여 양도소득 감면 소득을 산출한 것은 적법하다

(2) 청구인이 제출한 서울고등법원의 판결(2012누8931, 2013.5.31.)은 확정된 판결이 아니고, 현재 동일한 사건이 대법원에 계류중이므로서울고등법원의 판결에 따라 쟁점주택의 양도소득 감면소득 산출방법을경정하여야 한다는 청구인 주장은 받아들일 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

종전주택의 취득일부터 쟁점주택의 취득(신축)일 전까지 발생한 양도소득금액이 「조세특례제한법」제99조 제1항에서 규정한 감면 대상에 해당되는지 여부

나. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점주택과 종전주택의 기준시가는 아래와 같다.

(2) 쟁점주택의 양도에 따른 양도소득은 OOO원이고, 양도소득세과세표준은OO,OOO,OOO원이며, 그 산출세액은 OOO원이라는 점은 청구인과 처분청 사이에 다툼이 없다.

(3) 쟁점주택의 양도 당시 청구인의 관할 세무서장은 2009년 3월산출세액이 전부 감면대상이라고 보아 청구인이 쟁점주택을 양도하고 납부한 OOO원을 전액 환급하였으나, 그 후 쟁점주택의 양도소득 감면소득은 쟁점주택을 신축한 날부터 양도한 날까지 발생한 양도소득만 해당된다고 보아 「조세특례제한법 시행령」제40조 제1항의 산식에서 분모의 “취득당시의 기준시가”를 쟁점주택의 신축 당시의 기준시가가 아닌 종전주택의 취득 당시기준시가인 OOO원으로 보아양도소득 감면소득의 비율을 9.52%로,양도소득 감면소득을 OOO원으로 산출 후, 산출세액OOO의 9.52%에 해당하는 OOO원, 을 감면세액으로 하여 산출한 양도소득세 OOO원(납부불성실 가산세 OOO원 포함)을 청구인에게 경정·고지하였다.

(4) 「조세특례제한법」제99조 제1항 본문 및 제1호에서거주자가자기가 건설한 신축주택을 취득하여 그 취득한 날부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하며, 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년이 경과한후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다고 규정하고있고, 같은 법시행령 제40조 제1항은 “당해 부동산을 취득한 날부터5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은 다음 산식에 의하여 계산한금액을 말한다고 규정하고 있다.

(5) 청구인은 종전주택의 보유기간 동안 발생한 양도소득도 감면 대상에 포함하여야 한다고 주장하면서 위 산식에서 분자와 분모의 “취득당시의 기준시가”를모두 쟁점주택의 신축당시의 기준시가로 보아야 한다고 주장하고 있다.

(6) 살피건대, 「조세특례제한법」제99조 제1항 명문의 규정상 신축주택 양도에 따른 양도소득 중 그 취득한 날부터 5년내 양도하는 경우쟁점주택의 신축 후 발생한 양도소득금액만을 감면대상 양도소득으로보아야 할 것인바, 종전주택 취득시 부터 쟁점주택 취득(신축)전까지 발생한양도소득금액은 감면대상이 아닌 것으로 보아야 할 것이므로 「조세특례제한법」제99조 제4항의 위임에 따라 감면대상 소득금액을계산하는같은 법 시행령 제40조 제1항 산식 상 분자의 “취득당시의 기준시가”는쟁점주택의 신축 당시 기준시가로, 분모의 “취득당시의 기준시가”는 종전주택의 취득당시 기준시가로 보아 처분청이 그와 같이 감면대상 소득금액을 계산한 것은 타당하다고 할 것이다(조심 2012서2934, 2012.8.22.외 다수 ; 같은 뜻).

(7) 한편 청구인은 서울고등법원의 판결(2012누8931, 2013.5.31.)에서 「조세특례제한법」제99조 제1항의 양도소득 감면소득을 산출할 때 같은법 시행령 제40조제1항의 산식을 적용하면서분모의 “취득당시의 기준시가”를 종전주택의취득당시 기준시가로 보아 감면대상 소득금액을 산출하는 것은 위법하다고 판결하였으므로 위 판결에 따라 양도소득 감면소득을 경정하여야 한다고 주장하고 있으나, 서울고등법원의 판결은 확정된 판결이 아니고, 현재 동일한 사건이 대법원에 계류중이므로서울고등법원의 판결에 따라 쟁점주택의 양도소득 감면소득 산출방법을경정하여야 한다는 청구주장은 받아들일 수 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.