처분청은 청구인이 1999.8.10. ㅇㅇ시ㅇㅇ구ㅇㅇ동ㅇㅇ번지외 3필지 토지 16,760㎡ 중 2분의 1지분(이하 이 사건 토지 라 한다)을 취득한 후 그 과세표준액(2,198,912,000원)에 지방세법 제112조제1항 및 제131조제1항제3호의 세율을 적용하여 산출한 취득세 43,978,240원, 농어촌특별세 4,397820원, 등록세 65,967,360원, 교육세 13,193,470원, 합계 127,536,890원을 1999.9.7. 신고 납부함에 따라 같은 날 이를 수납하여 징수 결정(이하 이 사건 부과처분 이라 한다)하였으나, 청구인이 2000.11.17. 이 사건 토지에 대한 1999년도 개별공시지가 재조사 신청을 하자 처분청은 2000.11.23. 토지평가위원회의 심의를 거쳐 1999년도 개별공시지가를 328,000원/㎡에서 246,000원/㎡으로 결정하고 같은 날 청구인에게 통지를 하였고, 이에 청구인은 2000.12.19. 1999년도 개별공시지가의 변경을 이유로 취득세 등의 일부를 환부해 주도록 수정신고를 한 데 대하여 2000.12.23. 이를 거부하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 이 사건 부과처분의 경정을 구하면서 그 이유로,

청구인은 1999.8.10. 이 사건 토지를 취득한 후 1999.9.7. 취득세 등을 신고 납부한 후 1999년도 개별공시지가 산정에 의문이 있어 2000.11.17. 처분청에 개별공시지가 재조사 신청을 한 결과, 2000.11.23. 처분청으로부터 1999년도 개별공시지가가 당초 328,000원/㎡에서 246,000원/㎡으로 변경 결정되었다는 통지를 받았으므로, 당초 토지의 특성을 반영하지 아니한 개별공시지가를 근거로 신고 납부한 세액 중 정정한 개별공시지가를 근거로 산출한 세액을 초과하는 부분은 환급되어야 함에도 수정신고를 거부한 것은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단

이 사건 심사청구의 다툼은 취득세 등 과세표준이 근거가 되는 개별공시지가에 대한 재조사 신청에 따라 변경 결정된 경우 수정신고 사유가 되는 지 여부에 있다.

먼저 관계법령을 보면, 지방세법 제71조제1항에서 “이 법에 의한 신고 납부기한 내에 지방세를 신고 납부한 자가 다음 각 호의 1에 해당하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령이 정하는 날부터 60일 내에 수정신고를 할 수 있다”라고 규정한 다음, 그 제1호에서 “신고 납부한 후에 과세표준 및 세액계산의 근거가 되는 면적·가액 등이 공사비의 정산, 건설자금의 이자계산, 확정판결 등에 의하여 변경되거나 확정된 경우”, 제2호에서 “신고납부 당시에 있어서 증빙서류 등의 압수 또는 법인의 청산 기타 부득이한 사유로 과세표준액 및 세액을 정확하게 계산할 수 없었으나 그 후 당해 사유가 소멸된 경우”라고 규정하고 있다.

다음으로 이 사건의 경우를 보면, 처분청은 청구인이 1999.8.10. 취득한 이 사건 토지에 대한 취득세 등을 1999.9.7. 신고 납부한 후 2000.11.17. 이 사건 토지에 대한 1999년도 개별공시지가 재조사 신청을 하자, 2000.11.23. 토지평가위원회의 심의를 거쳐 개별공시지가를 328,000원/㎡에서 246,000원/㎡으로 변경 결정하고 같은 날 청구인에게 통지를 하였고, 이에 청구인이 1999년도 개별공시지가의 변경을 이유로 취득세 등의 일부를 환부해 주도록 수정신고를 하자, 처분청은 2000.12.23. 이를 거부하였음을 알 수 있으며, 이에 대하여 청구인은 이 사건 토지에 대한 1999년도 개별공시지가 재조사 신청을 하여 개별공시지가가 조정되었으므로, 당초 토지의 특성을 반영하지 아니한 개별공시지가를 근거로 신고 납부한 세액에서 정정한 개별공시지가를 근거로 산출한 세액을 초과하는 부분은 환급되어야 함에도 수정신고를 거부한 것은 부당하다고 주장하고 있다.

살피건대, 취득세와 등록세의 경우 신고납부방식의 조세로서 시가표준액을 과세표준으로 하여 부과되는 재산세·종합토지세와는 달리 취득자의 신고에 의거 납세의무가 확정되고, 지방세법 제111조 및 제130조의 규정에서 취득세 등의 과세표준은 원칙적으로 취득·등기 당시의 가액, 즉 취득자(등기자)가 신고한 가액으로 하되, 예외적으로 신고 또는 신고가액이 없거나 그 신고가액이 시가표준액에 미달하는 경우 그 시가표준액을 과세표준으로 하도록 하고 있으나, 이는 법인과는 달리 개인의 경우는 취득가액을 정확히 신고하지 아니할 경우 과세기관에서는 그 취득가액을 알 수 없기 때문에 시가표준액으로 하여 취득세 등을 부과한다는 의미일 뿐, 적법하게 취득세 등을 신고 납부한 경우까지 개별공시지가가 변경되었다 하여 변경된 시가표준액을 과세표준으로 하도록 한 것은 아니므로, 비록 청구인이 이 사건 토지 취득 당시 개별공시지가에 지방자치단체의 장이 결정 고시한 과세표준액 적용비율을 곱하여 산정한 금액(시가표준액)을 과세표준으로 하여 취득세 등을 신고 납부한 후 처분청에 개별공시지가 재조사 신청을 하여 개별공시지가가 조정되었다고 하더라도 이 사건 취득세 등의 과세표준은 청구인이 당초 신고한 가액이 된다 할 것이므로, 정정한 개별공시지가를 근거로 산출한 세액을 초과하는 부분은 환급되어야 한다는 청구인의 주장은 받아들일 수 없다 하겠고, 또한 지방세법 제71조제1항제1호 및 제2호에서 지방세를 신고납부한 자가 신고 납부한 후에 과세표준액 및 세액계산의 근거가 되는 면적·가액 등이 공사비의 정산, 건설자금의 이자계산, 확정판결 등에 의하여 변경되거나, 신고납부 당시에 있어서 증빙서류 등의 압수 또는 법인의 청산 기타 부득이한 사유로 인하여 과세표준 및 세액을 계산할 수 없는 경우 그 사유가 소멸된 후 수정신고를 할 수 있도록 규정하고 있는 바, 청구인의 경우 당초 이 사건 취득세 등을 신고기한까지 신고납부 함에 있어 납부할 과세표준이 확정되지 아니함으로 인하여 정당한 세액을 납부할 수 없어 불가피하게 과소 또는 과다 신고납부 한 것이 아니므로, 이 사건 토지의 1999년도 개별공시지가가 조정되었다고 하더라도 지방세법 제71조제1항제1호 및 제2호의 규정에 의한 수정신고대상으로 볼 수는 없으므로 청구인의 주장은 받아들일 수 없다 하겠다.

따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2001. 8. 27.

행 정 자 치 부 장 관