가. 청구법인은 OOO간 고속도로의 건설, 관리 및 운영 등을 목적으로 1999.12.8. 설립되어서 2006.2.11. 준공된 동 고속도로에 대하여 2006.2.12.부터 30년간 관리운영권을 보유하고 있는 법인으로서, 2008.12.4. 대주주인 OOO 및 OOO(이하 “OOO”라 한다)로부터 합계 OOO원(이하 “쟁점후순위차입금”이라 한다)을 후순위로 차입하면서 이 중 OOO원에 대해서는 연 12%, 나머지 OOO원에 대해서는 연 20%의 이자(위 이자율을 “쟁점후순위이자율”이라 한다)를 지급하고 있다.

나.감사원은 최소운영수입보장(이하 “MRG”라 한다) 민자사업 사후관리실태에 대한감사를실시하여, 민자사업자들이 법인세 절감 목적으로 주주로부터높은이자율로 차입하여 그 이자비용을 손비처리하고 있는데도부당행위계산 부인규정을 적용하지 아니한 것을 지적(통보)하자,

처분청은 청구법인에 대한 조사를 실시하여 당좌대출이자율을 초과하여 지급한 쟁점후순위차입금 지급이자에 대하여 부당행위계산부인하여2010.2.6. 청구법인에게 아래 <표1>과 같이 2008～2010사업연도 이자비용 합계 OOO원을 손금불산입하는 법인세 과세표준 경정통지를 하였다.

OOO

다. 청구법인은 이에 불복하여 2012.5.7. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 대주(貸主) 중 OOO은 준정부기관으로서 국가가 최종 결정한 기금운용계획 내에서 국가기금인 국민연금을 관리·운용하면서 헌법상 국가의 의무로 규정된 사회보장의무를 수행하고 있으므로, 동 공단이 보건복지부장관으로부터 관리·위탁받은 국민연금기금으로 행한 후순위대여행위는 사실상 국가의 행위로서 부당성이개입할 여지가 없으며, 이 건 후순위차입거래는 주무관청이장기투자가 가능한 연기금 등의 재무투자자를 유치하여 민자사업제도를 안정화시키고, 최소운영수입보장금액 인하 등을 통해서 정부의 재정지원부담을 경감할 목적으로 주도적으로 자금재조달을 기획·감독하고 승인한 것이어서 재무투자자가 그 거래조건을 자의적으로 형성할 수 없었으므로 단순히 주주가 특수관계자인 출자법인에게 자금을 대여하는 거래와는 근본적으로 다른 배경 하에서 이루어진 것인바, 이러한 점을 고려할 경우 부당행위계산부인 대상이 아니라고 할 것이다.

(2) 설령, 쟁점후순위차입금 거래가 특수관계자 간 거래로서 그 이자율이「법인세법」상 당좌대출이자율보다 높게 결정되었더라도, 차입금 변제조건, 그에 따른 위험도, 이자율 결정과정 등을 고려하여 당해 이자율이 경제적 합리성을 갖는다면 부당행위계산부인 대상에 해당하지 않는 바, 쟁점후순위이자율은 차입거래 당시 민자시장의 자금조달 상황과 선순위 차입금에 비해 불합리한 조건(후순위 변제, 지급제한 조건이 있는 점, 만기가 2035년까지 37년으로 매우 이례적으로 장기인 점) 및 정부의 각종 규제와 통제를 받은 민자사업에 대한 대출의 위험성이 적정하게 반영된 공정하고 합리적인 이자율이었으며, 실제 비교가능한 제3자 거래방법을 적용하여 산출된 이자율(13.2%～21.5%)의 범위 내에 있는 사실에서도 차입조건에 따른 경제적 실질이 반영되어 합리적으로 결정된 이자율임이 나타난다.

나. 처분청 의견

(1) OOO이 국가로부터 기금에 대한 관리 운용을 위탁받았다는 사실 관계, 국민연금기금을 운용함에 따라 발생하는 소득의법인세 납세의무 여부 등으로 OOO을 정부기관으로 보거나 OOO의 행위를 공법상의 행정행위 또는 국가의 행위로 보아 부당행위계산 부인대상이 아닌 것으로 판단할 여지는 없으며, 사업을 관할하는 주무관청으로부터 차입금 이자율 12%또는 20%에 대해 승인을 받았기에 부당행위계산 부인대상이 되지않는다고 주장하나 청구법인이 자금재조달 계획을 주무관청에 통보하고 주무관청이 계획을 검토하여 동의를 하는 일련의 과정에서 민자사업 당사자 간에 의견 조율 내지 합의 등을 통해 결정된 이자율이며, 주주차입금에 대해 높은 이자율을 지급함으로써청구법인의 소득을 감소시킨 행위는 부당행위계산부인 규정에 해당되는 것이다.

(2) 청구법인은 쟁점후순위이자율은 공정하고 합리적인 기준에 따라 산출되었다고 주장하나, 민자사업의 경우 일정한 수익률을 보장받도록 설계되어 있으며 실제수입이 예상치를 넘지 않는 경우 보전금을 지급받고 있으므로 당좌대출이자율보다 더 높은 차입금이자를 지급하여야 할 이유는 없으며, 또한 쟁점후순위차입금이 발생하게 된 경위를 보면, 쟁점후순위이자율은 특별히 위험성이 높은 사업 추진을 위해 리스크 프리미엄을 더해서 산정된 이자율이라기보다는 주주에게 투자수익을 조기에 지급할 목적으로 기존에 투자된 자본금을 후순위차입금으로 변경하는 과정에서 높게 산정된 이자율로 판단되며 이러한 이유는 법인의 소득금액과 세액을 결정하는「법인세법」상의 부당행위계산부인 규정적용을 제한할 이유가 되지 않는다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 대주가 공공기관이고 청구법인의 자금조달계획을 주무관청이 승인하였으므로 부당행위계산부인 규정을 적용할 수 없다는 청구주장의 당부

② 청구법인이 적용한 쟁점후순위이자율을 시가로 볼 수 있는지 여부

나. 사실관계 및 판단

(1) 감사원의 감사결과 처분요구서, 처분청의 현장확인보고서, 청구법인이 제출하였던 출자자변경 및 자금재조달 계획서, 국토해양부와 청구법인간 2차 변경실시협약 등의 심리자료에 의하면 다음의 사실이 인정된다.

(가) 청구법인의 사업내용 등을 보면,

1) 청구법인은 「사회기반시설에 대한 민간투자법」에 의하여 대구-부산간 고속도로의 건설·관리·운영 및 관련 부대사업을 영위할 목적으로 1999.12.8. 설립되어서, 국토해양부와 2000.12.14. 체결한 위 고속도로에 대한 실시협약(2006.11.1. 1차 변경실시협약, 2008.5.16. 2차 변경실시협약 체결)에 의거해서 2001.2.12. 공사를 개시하여 2006.2.11. 이를 준공하였는데, 2006.2.12.부터 2036.2.11.까지 30년간 위 고속도로에 대한 관리운영권을 설정받아 운영 중이다.

2) 청구법인의 최초출자자는 현대산업개발(주) 등 8개 건설사였으나, 2007.1.19. 출자자변경 및 자금재조달계획서 제출 및 2008.5.16. 변경실시 협약체결 후에는 국민연금공단(44.55%), OOO(36.45%), 신길하이웨이 유한회사(18.00%)로 변경되었다가 2008.10.31. 신길하이웨이 유한회사의 지분이 인수됨에 따라 2008.12.4. 이 건 후순위대출 발생당시 주주는 국민연금공단(59.1%), OOO(40.9%)로 변경되었는바, 청구법인과 국민연금공단·OOO는 「법인세법」제52조가 규정한 특수관계가 성립하였다.

(나) 관련 사업진행 경위 및 과세경위를 보면 다음과 같다.

1)청구법인은 2000.12.14. 국토해양부와 위 고속도로관련 실시협약을 체결하였다가 2007.1.9. 출자자변경 및 자금재조달계획서를 제출(기획재정부, 국토해양부,KDI 등과 협의)하고 그에 따른 변경 실시협약을 2008.5.16. 체결하였는데, 그에 따라청구법인 수입(MRG 등) 및 사업자금 조달(자본금·차입금구성)에 변경이 발생하였고, 이 중 후순위 차입금과 관련하여 이 건 처분을 하게 된 것이다.

OOO

2) 2008.5.16. 청구법인과 국토해양부 사이에 이루어진 실시협약의 변경내용은 아래 <표2>와 같고 그 주요한 내용은 청구법인의 사업자금조달과 관련하여 자본금을 OOO원으로 유상감자(OOO원)하고, 감자 상당액의 후순위 차입금(OOO원)을 발생시키는 것이며, 이는 곧 기존 자본금의 약 79%를 후순위차입금으로 변경하고 이에 대하여 당좌대출이자율(2008년까지 9%, 이후 8.5%)보다 높은 이자율 지급하는 것이며, 이에 반하여 통행료를 OOO원으로, MRG가 90%에서 77%로 인하되었고 그에 따라서 약 OOO원의 수입이 감소하게 되는 것인데,

이에 대하여 처분청은 최소운영수입 보장액 등을 OOO원 감소(이는 곧 청구법인에 투자한 주주들의 수입금액 감소액과 연결됨)시키면서, 자본금을 대주주로부터의 고이자 후순위차입금으로 변경하여 수입금액을 보전한 것이라는 의견이다.

OOO

(2) 청구법인과 OOO, OOO간의 후순위대출약정서, 청구법인과 OOO 등 여타 대주들 간의 선순위대출약정서, 청구법인이 제출하였던 출자자변경 및 자금재조달계획서, 청구법인의 2008～2010년 이자비용내역, 처분청의 법인세 경정결의서, 법인세 과세표준 등 결정(결정) 통지 공문(조사과-252, 2012.2.2.) 등에 의하면 다음의 사실이 나타난다.

(가) 청구법인은 2008.11.28. 아래 <표3>과 같이 대주주인 국민연금공단(59.1%)·OOO(40.9%)와 합계 OOO원의 후순위대출계약을 체결하고 2008.12.4. 대출이 실행되었는데, 이 건 과세기간 중 후순위대출금A에는 12%, 후순위대출금B에는 20%의 이자율을 지급하기로 약정하였다.

OOO

(나) 청구법인은 위 이자율(12%, 20%)에 따른 이자비용을 2008～2010사업연도에 손금으로 계상하였고, 처분청은 당좌대출이자율(9%, 8.5%) 적용시의 이자액과의 차액 상당액을 손금불산입하여 이 건 처분을 하였는데(세부내역은 아래 <표4>와 같음),

「법인세법」제52조 제1항 및 제2항과 같은 법 시행령 87조 및 88조 제1항 제7호는 내국법인이 주주 등 특수관계자에게 시가보다 높은 이율로 금전을 차용하는 등의 방법으로 그 법인의 소득에 대한 조세부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있도록 규정하고 있다.

OOO

(다) 청구법인은 위 후순위대출을 받기 이전인 2007.12.17. 국민은행 등과 OOO원의 선순위 대출약정서를 체결하고 선순위 대출 OOO원)을 받았고, 동 선순위대출금에 적용될 이자율과 관련하여 고정금리대출금은 연 6.7%, 변동금리대출금은 기준금리에 가산금리를 더한 이자율을 적용하기로 약정하였는데, 2006년～2010년 청구법인의 이자비용 지급내역을 보면, 위 고정금리대출(6.7% 이자율), 이 건 후순위대출(12%, 20% 이자율) 이외에 여타 선순위대출금에 대하여 최저 5.25%에서 최고 8.71%의 이자율을 적용하고 있는 것으로 나타난다.

(라) 이외, 청구법인이 제출하였던「출자자변경 및 자금조달계획서」에서는 후순위차입금에 대하여 2007～2010년간 10%, 2011～2016년간 13%, 2017～2022년간 16%, 2023년～2028년간 18%, 2029년～2036년간 20%의 이자율을 적용할 것으로 계획하였었다.

(3) 후순위대출금 이자율과 관련하여 청구법인의 주장 및 제출하는증빙은 다음과 같다.

(가) 청구법인은 이 건 처분과 관련한 차입금은 후순위대출로 인한 것이어서 선순위대출과는 금리결정시 아래 <표5>와 같은 차이가 있다는 주장이다.

<표5>선순위대출금과 후순위대출금의 금리결정시 고려사항비교

OOO

(나) 청구법인은 이 건 후순위차입금의 적정이자율의 범위를 계산한 결과는 정상이자율의 범위는 13.2%～21.5%(세부 내역은 아래 <표6> 참조)로서 이 건 후순위차입금의 이자율은 이 범위에 포함된다는 주장인데, 동 이자율은 비교가능한 제3자 가격방법을 적용하여, 청구법인이 제3자인 소방공제회, 대구은행, 부산은행 등과 체결한 선순위 차입계약시의 이자율에 2008.1.～2008.12. 중 발행된 620개의 ABS채권 중 유사성이 인정되는 51개에서 산출한 지급순위 차이에 따른 프리미엄(가산금리), 만기차이에 대한 프리미엄(가산금리)을 더하여 산출한 것이다.

OOO

(4) 이외 청구법인은 부당행위계산부인 대상이 아니라고 주장하면서 아래와 같은 증빙을 제출하였다.

(가) 국민신문고 민원·정책 질의응답사례 중 정부부처로부터 사업을 위탁받은 기관에서 교육을 할 때, 정부부처 담당공무원이 강의하게 되면 강의비를 지급할 수 있는지 여부에 대하여 질의한 것에 대하여, 기획재정부 예산기준과에서 위탁사업은 그 업무를 수탁업체에게 위탁했을 뿐 위탁사업의 수행주체는 국가이므로, 수행주체인 국가의 공무원에게 위탁사업비에서 강사료 등을 지급하는 것이 타당치 않다는 내용으로 응답한 사례를 제시하고 있는데, 국민연금에 대한 업무를 국민연금공단이 수행하더라도 동 공단은 수탁자일 뿐 그 업무의 수행주체는 국가라는 주장이다.

(나)국토해양부장관이 청구법인에 출자자를 변경하거나 자금재조달을 추진하고자 하는 경우 보고·승인 받으라는 취지로 보낸 공문 2종(민자사업팀-740, 2006.4.1., 민자사업팀-1254, 2006.7.6.)을 제출하였다.

(5) 쟁점①에 대하여 본다.

(가) 청구법인은 이 건 후순위대출금의 대주가 국가업무를 위탁받은 OOO이라는 이유로「법인세법」상 부당행위계산부인 대상이 아니라는 주장이나, OOO은「국민연금법」에 따라 국민의 노령, 장애 또는 사망에 대하여 연금급여를 실시함으로써 국민의 생활 안정과 복지 증진에 이바지하는 것을 목적( 「국민연금법」제1조)으로 하는 국민연금사업의 효율적 수행을 위해서 이를 보건복지부장관으로부터 위탁받은 기관이고 동 사업이 국가의 사무이기는 하나, 공단 자체는 국가가 아닌 별도의 법인으로서 세법상 독자적인 권리의무의 주체가 되므로 그 업무의 수행과정에서 부당하게 특수관계자로부터 이익을 분여받았다는 사정이 있으면 당연히 세법의 규정이 적용되는 것이다.

(나) 다음으로 후순위차입시 그 이자율을 국토해양부장관으로부터 승인받았다고 주장하나, 주무관청의 승인사항은 민자사업 추진에 대한 일반적인 승인일 뿐 세법상 쟁점후순위이자율의 시가 해당 여부나 청구법인이 동 이자율로 인해 법인세 부담을 회피하거나 감소시키지 않았다고 인정한 것은 아닌 것으로 보이며(조심 2011중3015, 2012.8.16. 참조), 실제 청구법인이 제출하였던 출자자변경 및 자금재조달계획서 상 후순위차입금 이자율과 쟁점후순위이자율도 상이한 것으로 나타난다.

(다) 따라서, 대주가 OOO이거나 그 이자율을 주무관청의 승인을 받았음을 이유로 하여 부당행위계산부인 대상이 아니라는 청구주장은 이를 받아들일 수 없다.

(6) 쟁점②에 대하여 본다.

(가) 청구법인은 이 건 후순위차입금에 적용한 이자율은 차입 당시 민자시장 자금조달 상황, 차입조건, 위험성 등이 적정하게 반영된 이자율이라는 주장이고, 처분청은 최소운영수입을 국가로부터 보장받고 있는 상황에서 당좌대출이자율보다 높은 이자율을 지급할 이유가 없다는 이유로 청구법인이 적용한 이자율이 시가가 아니며 당좌대출이자율을 시가로 보아야 한다는 의견인바,

(나) 청구법인이 제출한 2006년～2010년 이자비용 내역을 보면, 선순위차입금에 대하여 최고 8.71%의 이자율을 적용하고 있는 것으로 나타나고 있으며, 이 건 후순위차입금은 선순위차입금과 비교하여 지급순위, 만기, 이자지급제한 여부 등에서 차이가 있으므로 위 선순위차입금보다는 높은 이자율을 적용하는 것이 타당하므로 쟁점후순위차입금의 변제조건 및 위험도를 감안하지 아니한 당좌대출이자율(2008사업연도 9%, 2009～2010사업연도 8.5%)을 이 사건 후순위차입금과 관련한 시가로 하는 것은 비합리적이라 할 것이다.

(다) 한편, 청구법인은 본인들이 적용한 이자율이 위험도를 감안하여 적정하게 산정된 것임을 주장하면서, 제3자로부터의 선순위 차입시 이자율(6.7%)에 지급순위로 인한 프리미엄(약 6.1%～13.9%의 가산금리)과 만기 차이로 인한 프리미엄(약 0.4%～0.9%의 가산금리)을 더할 경우 쟁점후순이자율이 위 산정한 이자율의 범위 내에 있는 적정한 이자율로 주장하는바, 청구법인이 주장하고 있는 지급순위 및 만기차이는 이자율의 결정에 영향을 미치는 것이고, 실제 이 건과 유사한 다른 민자사업자인 신공항하이웨이의 후순위차입금 이자율(시가) 결정시 중부지방국세청장 및 해당 처분청이 이러한 요소를 고려하였음이 확인되므로 제3자로부터의 선순위 차입금 이자율에 이러한 가산요소를 반영하는 것이 합리적으로 보이므로, 처분청이 청구법인이 주장하는 각 위험에 따라 가산하여야 할 요소(%)에 대해 적정한지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 쟁점후순위이자율이 시가인지 여부를 결정함이 타당한 것으로 판단된다(조심 2011전3455, 2012.8.16. 같은 뜻임).

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.