가. OOO(이하 “조사관서”라 한다)은 1999.9.1. 개업하여 비철금속, 귀금속의 스크랩 가공처리업을 하다가 2013.1.3. 청구법인에 합병된 주식회사 OOO(이하 “OOO”이라 한다)에 대한 부가가치세 부분조사를 실시하여, OOO이 2012년 제2기 과세기간에 주식회사 OOO(이하 “OOO”이라 한다)으로부터 교부받은공급가액 OOO원의 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 가공세금계산서로 조사하는 등 관련 과세자료를 처분청에 통보하였다.

나. 처분청은 이에 따라 2014.1.20. 청구법인에게 2012년 제2기 부가가치세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2014.4.20. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

가공거래라 함은 실물거래 없이 세금계산서만 수수한 것을 말하는데 청구법인이 OOO으로부터 수수한 쟁점세금계산서는 실제로 폐동 스크랩을 청구법인의 영업장소인 OOO 사업장까지 운반한 사실이 있고, 일부 매입상품에 대하여는 폐동 선별작업과 함께 전량 하차 후 검수업무를 수행한 사실이 있는 실물거래분이며, 「부가가치세법」상 매입세금계산서는 필요적 기재사항이 전부 적시되고 그 내용이 사실인 경우에는 당연히 매출세액에서 공제되어야 하는데, 처분청은 매입처, 매입상품 품목, 수량, 단가, 계근표, 운반차량, 운전기사 성명과 연락처, 운행시간, 대금지급, (주)OOO 등 최종납품처의 계근표, 납품사진, 반품처리 및 감량 계산 등이 적나라하게 사실적으로 분명히 확인이 되는데도 불구하고 OOO이 자료상으로 고발되었고, OOO의 매입 대부분이 가공매입이므로 매출도 당연히 가공매출이라는 관할세무서의 자료통보에 따라 매입을 가공매입으로 단정하였으나, OOO으로 매입한 후 매출한 각 거래단계별 입증서류에서 보는 바와 같이 실지 거래라는 다수의 증거서류가 있음에도 주관적인 판단에 따라 허위로 단정하여 과세한 처분으로 부당하다.

나. 처분청 의견

OOO은 2012년 제2기～2013년 제1기 과세기간 동안 단기간에 매입없이 거액의 매출세금계산서를 발행한 폭탄업체로부터 거짓세금계산서를 수취하여 자료상OOO으로 고발된 업체로 계량확인서는 임의로 조작하여 작성되었고, 폐동매매계약서 및 구매기안서, 거래명세서, 입고명세서의 수량이 최종 납품처의 계량중량과 일치되는 것으로 보아 대부분의 거래증빙은 사후에 작성된 것이며, OOO에 이체된 대금 또한 OOO의 매입처 계좌에 입금된 후 5～10분 이내에 전부 현금으로 출금되어 전형적인 자료상 행태를 띠는바, 청구법인이 OOO으로부터 폐동을 실제로 매입하였다는 객관적인 증빙이 미비하므로 OOO으로부터 수취한 세금계산서를 가공세금계산서로 보아 매입세액을 불공제하여 과세 한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점세금계산서를 실물의 매입없이 수취한 가공세금계산서로 보아 매입세액을 불공제하여 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 부가가치세법(2013.6.7. 법률 제11873호로 전부 개정되기 전의 것) 제17조【납부세액】② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

2. 제16조 제1항ㆍ제2항ㆍ제4항 및 제5항에 따른 세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

(2) 부가가치세법 시행령(2013.6.28. 대통령령 제24638호로 개정되기 전의 것) 제60조【매입세액의 범위】② 법 제17조 제2항 제2호 단서에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

2. 법 제16조에 따라 발급받은 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 적혔으나 해당 세금계산서의 그 밖의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우

3. 재화 또는 용역의 공급시기 이후에 발급받은 세금계산서로서 해당 공급시기가 속하는 과세기간에 발급받은 경우(제54조 제1항에 따라 발급받은 경우를 포함한다)

4. 법 제16조 제2항에 따라 발급받은 전자세금계산서로서 국세청장에게 전송되지 아니하였으나 발급한 사실이 확인되는 경우

다. 사실관계 및 판단

(1) 조사관서는 2013.6.20.부터 2013.12.17.까지 청구법인에 대한 부가가치세 부분조사를 실시하여 OOO이 OOO으로부터 교부받은 쟁점세금계산서와 주식회사 OOO(이하 “OOO”라 한다)에 교부한 공급가액 OOO원의 세금계산서를 가공의 세금계산서로, 2011년 제1기 과세기간에 OOO에 교부한 공급가액 OOO원의 세금계산서를 선발급 세금계산서로 조사하여 처분청에 과세자료를 통보하였고, 처분청은 청구법인의 2011년 제1기 부가가치세 과세기간의 매출 과세표준을 차감하여 부가가치세 OOO원은 환급결정하고, 2012년 제2기 부가가치세 OOO원을 경정·고지하였는 바, OOO 및 OOO 등이 2011년 제1기 및 2012년 제2기 부가가치세 과세기간에 세금계산서를 발행한 내역은 아래의 <표1>과 같고, 조사내용 및 과세논거는 다음과 같다.

<표1> 세금계산서 발급현황

(가) 청구법인의 매입처인 OOO은 OOO, OOO 등으로부터 매출대금이 입금되는 즉시 매입처로 계좌이체 송금하였고, 매입처 계좌에 입금된 후 5～10분 이내에 전부 현금으로 출금된 것으로 보아 자료상 도관역할을 하는 간판업체로 조사되어 2013년 11월 자료상OOO으로 고발하였다.

1) OOO은 동스크랩 입·출고시 계근을 하고 계량확인서, 구매기안서, 입고명세서, 거래명세서, 세금계산서, 지불의뢰서 등을 비치하고 있고, 계량확인서는 경비실에 있는 계근프로그램(truck)에서 계량일자 중량이 자동으로 계근되어 저장·출력되나 계근프로그램에 기록된 내용을 확인한바, OOO으로부터 입고된 계량내역은 없었다.

2) 경비실에서 작성·보관하고 있는 경비일지(방문시간 기록)와 계량확인서에 기재된 차량출고 시간을 확인한바, 아래 <표2>와 같이 운반차량이 회사에 들어오기 전에 출고 계근이 먼저 되어있고, 입고계근시간은 12시 27분, 출고 계근시간은 12시 25분으로 공장에 차량이 입고되기 전에 출고된 것으로 기록(2012.10.11. 경비일지)되어 있다.

<표2> 경비일지 (방문)내역 및 출고 계근시간

3) 아래 <표3>과 같이 2012.10.11. 계근내역을 보면 OOO에서 계근한 중량보다 청구법인이 계근한 중량이 운행 등의 사유로감소되었음이 확인되나, 12일과 15일 계량한 중량은 정확하게 일치하는 것으로 기록되어 납득할 수 없는 계량확인서가 작성되었다.

<표3> 계근 총중량 내역

4) 또한 청구인이 거래증빙으로 제시한 OOO과의 폐동매매계약서, 구매기안서 등은 거래하기 이전에 작성되어야 하는 문서이나 최종 매입처(제련회사)의 계근내역과 수량이 정확히 일치하는 것으로 보아 거래이후에 작성된 것이며, 이는 실지 거래를 위장하기 위해 사후에 작성한 것이고, 거래증빙으로 비치하고 있는 계량확인서는 계근프로그램에서 자동으로 발급할 수 있는데도 불구하고 수동으로 작성하여 비치하고 있고, 폐동 거래에 있어 가장 중요한 증빙인 계량확인서를 임의로 조작하여 비치한 것과 계약서 등이 거래 이후에 작성된 것은 실제 거래가 없었음에도 거래를 한 것으로 가장하기 위한 것으로, 청구법인이 OOO에서 수취한 매입세금계산서는 가공세금계산서로 판단된다.

5) 청구법인이 파동을 실제 매입·매출하였다고 주장하나 자료상인 OOO에서 파동을 구입할 수는 없고, 다른 업체(무자료 판매상)에서 구입하고 세금계산서를 자료상인 OOO에서 받은 것으로 판단되고 실지거래처를 밝히지 않는 이상 가공거래로 볼 수밖에 없다.

(나) OOO의 매출처인 OOO는 2010년 10월에 설립되어 OOO과 같이 2013.1.3. 청구법인에 흡수합병되었고, OOO은 OOO 등으로부터 폐동을 매입하여 OOO에 공급하기로 하고 OOO로부터 2011.2.16. OOO원 2011.2.18. OOO원, 2011.2.25. OOO원 합계 OOO원의 선수금을 수령하고 매출세금계산서 3매 총 OOO원을 선발급하였으나, 2011년에 OOO원 밖에 납품하지 못하고 지연되자, OOO OOO 영업이사가 거래를 하고 있던 OOO을 소개하여 거래를 하게 되었고 폐동 매입단가에 운반비만 받는 조건으로 OOO 더하여 매출세금계산서를 발행하였다.

1) 청구법인이 제출한 OOO와의 전자거래명세서 및 출고명세서를 비교한바 출고명세서에는 클로브 OOO 외 4개 품목 OOO은 2012.10.12. 출고되었다고 기재되어 있으나, 전자거래명세서 계량확인서, 세금계산서는 2012.10.11.로 나타나므로 출고명세서는 사후에 작성되었음을 알 수 있다.

2) 이미 OOO가 OOO과 폐동 관련 거래를 하고 있었음에도 불구하고 중간에 청구법인을 의도적으로 끼워넣어 3자거래 형태로 세금계산서를 수수한 것은 정상적인 거래가 아니고 위장(뺑뺑이)거래를 한 것으로 OOO에 발행한 매출세금계산서 또한 가공세금계산서로 판단됨

(2)청구법인은 OOO으로부터 아래의 <표4>와 같이 2011.10.11.클로브 등을 매입하고 쟁점세금계산서를 수취한 것이고, OOO에 대한 매출은 청구법인이 스크랩을 구입하여 수송의 편의상 OOO가 지정하는 OOO 및 OOO에 운송해주고 세금계산서를 발행한 것이라는 주장으로 주요 내용은 다음과 같다.

<표4> OOO과의 거래내역

(가) OOO으로부터의 각 일자별 매입거래 내역 및 매입한 물품의 이동 내역은 아래와 같다.

1) 2012.10.11. 매입거래와 재화이동

① 글로브 OOO 매입건

② 상동 OOO 및 파동 OOO 매입건

③ 밀베리 OOO 및 캔디 OOO 매입건

2) 2012.10.12. 매입거래와 재화이동

① 티버찌 OOO 및 캔디 OOO 매입건

3) 2012.10.15. 매입거래와 재화이동

① 캔디 OOO, 상동 OOO 및 파동 OOO 매입건

4) 스크랩 매입대금 OOO원은 청구법인의 OOO 계좌에서 OOO의 OOO 계좌로 이체하였다.

(나) OOO와의 매출거래는 물품공급 계약에 따라 청구법인이 스크랩을 구매하여 수송의 편의상 OOO가 지정하는 업체로 직접 운송하는 형태로 청구법인이 2012.10.15. OOO로 발행한 매출세금계산서 OOO원(공급가액)은 2012.10.15. OOO으로부터 매입한 캔디 OOO, 상동 OOO, 파동 OOO 중 선발행 세금계산서 해당분 상동 OOO을 제외한 수량을 OOO가 지정하는 거래처인 OOO에 납품하고 발행한 것으로서 이는 정상거래분이지 거공거래가 아니다.

(다) 청구법인은 아래 <표5>에서와 같이 OOO으로부터 매입한 동스크랩에 대하여 OOO이 계근한 후 작성한 계량확인서와 청구법인이 확인하고 작성한 계량확인서, 동스크랩 최종 소비처인 구리 용해업체에서 작성한 계근표를 보관하고 있는데, 이 계량확인서에는 일자, 계근시간, 계근중량, 운반차량번호 등이 기재되어 있고, 쟁점세금계산서의 매입부분에 대한 동스크랩 운송은 5대의 차량으로 운반된 것인데 운전기사 5명이 인감증명서 등을 첨부하여 그 사실을 확인(운송확인서)하고 있다.

<표5> 스크랩 운송현황

1) 청구법인은 회사 경비용역을 OOOOOO에 용역을 주었는데, 2012.10.11.에는 용역업체에서 파견된 OOO 경비원이 근무를 하였고, 2012.10.12.에는 OOO 경비원이 근무를 하였는데(경비원 2명 모두 지금 현재 OOO에서 퇴사함) 경비원이 회사 규정에 따라 작성한 경비일지에도 운송차량의 입차기록이 나타난다.

2) 처분청은 계량확인서에 기록된 입차시간과 경비일지에 기록된 입차시간이 다르다는 이유로 실제 재화의 이동이 없었다고 판단하였으나, 경비일지는 아래 <표6>과 같이 용역업체 소속의 경비원이 사실에 입각하여 작성한 경비일지임에 비추어 동스크랩 운송차량이 청구인의 사업장에 입차되었다는 사실은 분명하고, 그에 따라 실질적으로 재화이동이 있었다는 것도 충분히 입증된다 하겠다.

<표6> 경비원 인적사항

3) 청구법인이 동스크랩 운반비를 지급하면서 운송 당일 동스크랩이 최종 목적지인 (주)OOOOOO나 ㈜OOO등에 도착하였는지를 확인한 후 세금계산서를 수취하였는 바, 운송관련 세금계산서 수취현황은 아래의 <표7>과 같다.

<표7> 운송관련 세금계산서 수취 현황

4) OOO은 일명 간판업체(무자료 매입사실을 숨기기 위하여 가공매입 세금계산서를 받은 업체)이지 자료상이 아니라는 점이 재판에서 확인되었는바, 처분청은 OOO의 대표이사 OOO을 「특정범죄가중처벌 등에 관한 법률」과 「조세범처벌법」위반으로 고발을 하였는데, 동 사건에 대한 OOO에 따르면 OOO은 무자료매입을 위장하기 위하여 소위 폭탄업체로부터 가공매입세금계산서를 받았을 뿐 청구법인의 매입을 비롯한 OOO의 매출부분에 대하여는 판결문의 범죄사실에 포함되지 아니하였고 정상적인 세금계산서로 판단하였다.

5) OOO으로부터 입고된 동스크랩의 계량기록이 없는 이유는 청구법인이 보유한 계근시설은 2009년에 제작한 것으로서 낙뢰로 인한 노후화로 쟁점세금계산서의 동스크랩을 계량할 당시에는 잦은 고장으로 정상적인 기능을 수행하지 못하여, 수시로 계근시설수리를 하여 왔는데 계근시설 수리업체인 OOO(113-05-31***,OOO)외 1개 업체에 2012.8.16.에 OOO원의 수리비를, 2012.10.9.에 OOO원의 수리비를, 2012.11.10.에는 OOO원의 수리비를 지출하였고, 세무조사 당시 매입물량을 계근한 내용이 전산기록에 남아있지 아니한 것은 2012.10.1.부터 2012.10.15.까지의 전산기록이 계근시설의 고장과 담당자의 부주의로 삭제되어 보관되어 있지 않았던 것인데, 이는 OOO과의 거래부분 뿐만 아니라 모든 거래처의 계근기록이 삭제된 것이고 이는 당시 세무조사 당시에도 확인된 내용으로서 청구법인이 고의로 삭제한 것은 아니다(교정성적서, 세금계산서).

6) 경비일지에 기재된 시간과 계량확인서에 기재된 시간이 다른 이유는 계근기록의 전산수록 과정은 입차 후 출차가 완료되면 계량확인서가 전산으로 출력되고 저장되는데 계근시설이 낙뢰피해로 오작동되는 경우가 자주 발생하였고, 계근 담당자인 OOO(2013.1.1. 퇴사함)이 계근시설이 오작동된 경우 차량출고 후 수동으로 계근내용을 입력하는 과정에서 중량중심으로 입력을 하고 계근시간은 별 생각없이 임의로 입력한 사실이 밝혀졌는바(계량증 시간표기 오류에 대한 확인서), 운송차량출입 시간은 정문의 경비일지에 기록된 시간이 사실에 근접한 시간이고, 처분청에서는 시간이 다르다는 이유로 거래사실 자체를 부인하였으나 동스크랩 운반차량이 청구법인의 사업장에 도착한 사실은 부인할 수가 없고 계근, 운임지급 등의 사실로 미루어 이는 가공거래가 아니라 실지 정상거래인 것이다.

7) 주로 계근오차가 발생하는 원인은 계근과정에서 발생하는 오차(OOO 차량 1대에 통상적으로 OOO 정도의 오차가 있을 수 있고 이런 문제로 자주 분쟁이 발생함)와 불순물 함량 감액, 수분감액 등의 사유가 있는데, 쟁점매입 동스크랩의 경우 OOO에서 계근을 한 후 계량내용을 청구법인에게 보내면 청구법인이 다시 계량을 하여 비교확인 후 최종 공급처(OOO, OOO, OOO 등)에 운송을 하게 되고 최종 공급처에서 다시 계근하여 대금은 최종 공급처에서 계량한 수량으로 정산하게 되는데, 청구법인은 OOO에서 운송한 수량을 오차범위 내에서 확인만 하면 되는 입장에 있었고 다소 수량이 틀리더라도 최종 공급처에서 다시 계근을 하므로 계량차이는 중간적인 확인자의 입장에 있을 뿐 청구법인이 계근한 수량으로 정산하는 것이 아닌데 이런 과정을 이해하지 못하고 가공거래라 하는 것은 부당하다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구법인의 매입처인 OOO이 가공의 세금계산서를 수취하였으므로 OOO이 청구법인에 교부한 쟁점세금계산서도 가공의 세금계산서라는 의견이나, 조사관서가 OOO의 매입·매출 모두를 가공거래라고 보아 동 법인을 자료상으로 고발한 건에 대하여 OOO은 OOO의 매입만이 위장거래로 확정판결OOO한 것으로 나타나는 점, 청구법인이 OOO으로부터 매입하여 청구법인 사업장에 입고 후 청구법인의 매출처인 OOO가 지정하는 OOO 및 OOO에 납품하는 각 거래단계별 계량확인서, 운반확인서, 운반차량 사진 등을 제시하고 있는 점, 쟁점세금계산서상의 물품을 매입함에 따른 운송비를 청구법인이 지급한 내역이 세금계산서 및 금융자료로 확인되는 점, 경비일지에 기재된 시간과 계량확인서에 기재된 시간이 다른 이유에 대하여 청구법인이 계근시설의 오작동 사유 등의 사유라는 해명과 함께 관련 세금계산서, 교정성적서 등의 증빙자료를 제시하고 있는 점, 청구법인의 경비용역을 담당한 용역업체 직원이 작성한 경비일지 및 차량일지의 원시장부에 쟁점세금계산서상의 물품을 운반한 입고차량이 나타나고, 동 입고차량 기사 등의 인적사항 및 연락처가 확인되는 점 등에 비추어 청구법인이 쟁점세금계산서상의 공급가액에 상당하는 폐동을 매입한 것으로 보이므로 처분청이 쟁점세금계산서의 거래를 실물의 매입없이 세금계산서만 수취한 가공거래로 보아 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.