2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2017. 7. 3. 원고에 대하여 한 부가가치세경정거부처분은 이를 취소한다.

가. 원고와 주식회사 □□건설 사이의 하도급계약 체결 및 공사 진행

1) 원고는 토공사업 등을 목적으로 설립된 법인인데, 2011. 11. 1. ○○도시철도 ○호선 연장(◎◎구간) ○공구 건설공사를 시행하던 주식회사 □□건설(이하 '□□건설'이라고만 한다)과 사이에서 위 건설공사 중 기능실 토공 및 가시설 공사(이하 '이 사건 하도급 공사'라고만 한다)에 관하여 공사금액 3,809,300,000원(노무비 ;1,053,577,065원), 공사기간 2011. 11. 1.부터 2013. 3. 31.까지로 각 약정하여 하도급계약을 체결하였고, 그 무렵부터 이 사건 하도급 공사를 시행하였다.

2) 원고는 2012. 7. 3. □□건설과 사이에서 이 사건 하도급 공사와 관련하여 당초 계약금액을 '3,809,300,000원(노무비 : 1,053,577,065원)'에서 '4,285,600,000원(노무비 : 1,053,577,065원)'으로, 공사기간을 당초 '2011. 11. 1.부터 2013. 3. 31.까지'에서 '2011. 11. 1.부터 2013. 6. 30.'로 각 변경하는 내용으로 변경계약을 체결하였고, 다시 2013. 12. 31. 공사기간을 당초 '2011. 11. 1.부터 2013. 12. 31.'에서 '2011. 11. 1.부터 2015. 6. 30.'까지로 변경하는 내용의 변경계약을 체결하였다(이하 위와 같이 원고가 이 사건 하도급 공사와 관련하여 □□건설과 사이에서 체결한 최초 및 변경된 하도급 계약을 통틀어 '이 사건 하도급계약'이라고 한다).

3) 원고는 이 사건 하도급계약에 따른 공사를 진행하면서 2011. 12.경 이 사건 하도급 공사 중 기능실 토공 물량 109,795㎥ 및 토사운반 공사를 ◇◇산업개발에 재하도급 하였는데, 원고가 ◇◇산업개발을 비롯한 협력업체에 공사대금을 제대로 지급하지 못하여 문제가 발생하자 2012년 10월경부터 원도급자인 □□건설은 원고에게 지급한 공사대금이 즉시 협력업체에 지급되도록 조치하거나 원고의 하도급업체 등에 대하여 원고를 대위하여 공사대금을 지급하기도 하였다.

나. 원고의 세금계산서 발행 및 부가가치세 신고 경위

1) 원고는 이 사건 하도급계약과 관련하여 도급자인 □□건설을 공급받는 자로 하여 2012. 10. 31. 공급가액 160,000,000원, 2012. 11. 30. 공급가액 372,000,000원, 2012. 12. 31. 공급가액 366,363,636원, 2013. 1. 31. 공급가액 380,000,000원, 2013. 2. 28. 공급가액 39,000,000원, 2013. 3. 31. 170,000,000원, 2013. 4. 30. 200,000,000원, 2013. 5. 31. 130,000,000원으로 된 각 세금계산서를 발행하였다.

2) 원고는 2013. 1. 25. 피고에게 2012년 제2기분 부가가치세 확정 신고를 하면서 이 사건 하도급계약의 공사대금과 관련하여 □□건설에 2012. 10. 31.부터 2012. 12. 31.까지 발행한 위 각 세금계산서의 공급가액을 합산한 898,363,636원을 매출액으로 하여 과세표준 및 매출세액을 신고한 다음 매입세액 등을 공제하여 납부할 세액을 21,817,718원으로 신고 납부하였다.

3) 원고는 2013. 4. 25. 피고에게 2013년 1기분 부가가치세 예정신고를 하면서 이 사건 하도급계약과 관련하여 □□건설에 2013. 1. 1.부터 2013. 3. 31.까지 사이에발행한 위 각 세금계산서의 공급가액 589,000,000원을 매출액에 포함하여 산정된929,000,000원으로 과세표준 및 매출세액을 신고한 다음 매입세액 등을 공제하여 납부할 세액을 43,134,034원으로 신고, 납부하였다.

4) 원고는 2013. 7. 25. 피고에게 2013년 1기분 부가가치세 확정 신고를 하면서 이 사건 하도급계약과 관련하여 □□건설에 2013. 4. 1.부터 2013. 6. 30.까지 사이에 발행한 위 각 세금계산서의 공급가액을 합산한 330,000,000원을 매출액에 포함하여 369,599,999원을 과세표준 및 매출세액으로 신고한 다음 매입세액 등을 공제하여 납부할 세액을 23,984,137원으로 신고, 납부하였다.

다. 원고의 부가가치세 경정청구 및 피고의 거부처분 경위

1) 원고는 2016. 2. 11. 피고에게 이 사건 하도급 공사와 관련하여 2012년 10월경부터는 도급자인 □□건설이 공사를 직영 관리하였으므로 그 이후의 매출액은 원고의 매출이 아니라고 주장하면서 2012년 제2기분 부가가치세 확정 신고 및 2013년 1기분 부가가치세 예정 및 확정 신고에서 관련 매출액을 모두 과세표준에서 제외하여 당초 세액을 감액하여 달라는 내용의 경정청구를 하였다(이하 '이 사건 1차 경정청구'라 한다).

2) 이에 대하여 피고는 2016. 4. 4. 원고와 □□건설 사이에 체결된 이 사건 하도급계약에 따라 정상적으로 □□건설에 건설용역이 제공된 것으로서 관련 매출은 원고의 매출이 분명하므로 과세표준 및 세액을 경정할 사유가 없다는 이유로 이를 거부하였다(이하 '이 사건 1차 거부처분'이라 한다).

3) 원고는 이에 불복하여 2017. 6. 23 국세청에 심사청구를 하였다.

4) 한편, 원고는 2017. 7. 3. 다시 피고에게 이 사건 하도급 공사와 관련하여 법원에서 2012년 10월 이후에는 이 사건 하도급 공사가 □□건설의 직영공사라고 확인하였다고 주장하면서 이러한 후발적 경정사유가 발생하였으므로 2012년 10월 이후의 이 사건 하도급계약과 관련된 □□건설에 대한 매출은 2012년 2기분 부가가치세 확정 신고 및 2013년 제1기분 부가가치세 예정 및 확정 신고의 과세표준에서 각 제외하여 세액을 감액하여 달라는 내용으로 경정청구를 하였다(이하 '이 사건 2차 경정청구'라 한다).

5) 그러나 피고는 2017. 7. 4. 원고가 주장하는 사유는 후발적 경정사유에 해당하지도 않고 동일 사안에 대한 국세청의 심사청구가 진행 중임을 이유로 이를 거부하였다(이하 '이 사건 2차 거부처분'이라 한다).

6) 원고는 2017. 7. 7. 이 사건 1차 경정청구에 대한 심사청구를 취하하였고, 그 대신 2017. 7. 21. 이 사건 2차 거부처분에 불복하여 국세청에 심사청구를 다시 제기하였다.

7) 국세청은 2017. 11. 27. 이 사건 2차 경정청구는 이 사건 1차 경정청구와 동일한 사유에 관한 것이어서 허용되지 않으므로 이 사건 2차 거부처분은 1차 거부처분과 달리 원고의 권리 또는 이익을 새로 침해하는 것이 아닌 단순한 사실로서의 통지에 불과하여 불복청구의 대상이 되는 처분에 해당하지 않는다는 이유로 원고의 심사청구를 각하하였다.

인정근거다툼 없는 사실, 갑 제3호증 내지 갑 제9호증, 을 제1호증 내지 을 제7호증(가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 피고의 본안전 항변에 대한 판단

가. 피고의 주장

원고는 이 사건에서 피고에게 이 사건 2차 거부처분의 취소를 구하고 있으나, 납세의무자가 이미 과세관청에 자신이 신고한 과세표준과 세액에 대하여 경정청구를 하여 과세관청으로부터 그에 대한 경정청구거부처분을 받은 경우에는 당초의 경정청구와 동일한 경정청구를 다시 할 수 없고, 경정청구거부처분에 대한 불복절차를 통해서 그 과세표준과 세액을 다투어야 할 것인바, 원고의 이 사건 2차 경정청구는 그 기본적인 사실관계가 이 사건 1차 경정청구와 동일한 사유로 인한 것이어서 국세기본법상 허용되지 아니하는 경정청구임이 명백하고, 비록 피고가 이에 대하여 이 사건 2차 거부처분을 하였다고 하더라도 이는 이 사건 1차 거부처분과 달리 새로운 권리 또는 이익을 침해하는 것이 아닌 단순한 사실의 통지에 불과할 뿐 불복의 대상이 되는 처분이 아니므로 이 사건 소는 부적법하므로 각하되어야 한다.

나. 판단

1) 거부처분은 행정청이 국민의 처분신청에 대하여 그 거절의 의사표시를 함으로써 성립되고, 그 이후 동일한 내용의 신청에 대하여 다시 거절의 의사표시를 명백히 한 경우에는 새로운 처분이 있은 것으로 보아야 할 것이며, 이 경우 행정심판 및 행정소송의 제기기간은 각 처분을 기준으로 진행되고, 종전의 처분에 대한 쟁송기간이 도과하였다고 하여 그 이후의 새로운 거부처분에 대하여 행정쟁송을 할 수 없게 되는 것은 아니다(대법원 1992. 12. 8. 선고 92누7542 판결 등 참조).

2) 위와 같은 법리에 비추어 이 사건에서 살피건대, 원고는 국세기본법 제45조의2에 따라 과세표준신고서의 법정신고기한 후 5년 이내에 경정을 청구할 권리가 있고, 경정청구제도는 납세자가 과다신고 된 과세표준 및 세액의 감액을 주장할 수 있는 유일한 권리구제수단이며 경정청구를 토대로 행정소송에 의한 구제를 받을 수 있는바, 비록 원고가 이 사건 1차 경정청구를 하여 피고로부터 이 사건 1차 거부처분을 받은 바가 있다고 하더라도 위와 같은 경정청구 기간 이내에 다시 피고에게 경정청구가 금지된다고 보기는 어렵다.

3) 따라서 피고가 원고에게 한 이 사건 2차 거부처분은 이 사건 2차 경정청구에 대한 거절의 의사표시를 명백히 한 것으로서 이는 단순한 사실행위가 아닌 행정소송의 대상이 되는 처분으로 봄이 상당하고, 원고가 이 사건 2차 거부처분을 송달받고 90일 이내인 2017. 7. 21. 국세청에 심사청구를 제기한 다음 그 결정을 받은 날로부터 다시 90일 이내에 이 사건 소를 제기한 한 이상 이 사건 소는 적법하다고 봄이 타당하다.

4) 따라서 피고의 본안전 항변은 받아들일 수 없다.

3. 이 사건 2차 거부처분의 적법여부에 관한 판단

가. 원고의 주장 요지

원고가 □□건설과 이 사건 하도급계약을 체결한 이 사건 하도급 공사를 진행하던 중 원고의 전 대표이사인 노AA가 갑자기 혼수상태에 빠져서 공사관리가 어렵게 되어서 원고의 현재 대표이사 등이 원고 회사를 인수하여 2012년 10월경부터 이 사건 하도급 공사를 재개하였으나 도급자인 □□건설이 원고를 믿지 못하겠다면서 직접 원고의 통장과 인증서로 자금을 관리하면서 직영으로 이 사건 하도급 공사를 진행하여 2013년 5월 준공되었다. 따라서 원고에게 2012년 10월 이후에는 이 사건 하도급계약에 따른 매출이 없음에도 불구하고 허위로 □□건설에 세금계산서가 발행되었고, 이를 토대로 과세표준과 매출액이 신고된 2012년 2기분 부가가치세 및 2013년 1기분 부가가치세는 부당하므로 이를 제외하여 과세표준 및 세액을 경정하여야 함에도 불구하고 원고의 2차 경정청구를 거절한 피고의 이 사건 2차 거부처분은 위법하다는 취지로 주장한다.

나. 관련 법령

별지 관련 법령 기재와 같다

다. 판단

1) 앞에서 인정한 사실관계 및 앞에서 본 각 증거와 변론의 전체 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 원고와 □□건설 사이에서 2011. 11. 1. 최초사건 하도급계약이 체결되었고, 그 이후인 2012. 7. 3. 공사금액을 증액함과 동시에 공사기간을 연장하는 내용의 변경계약이 체결되었으며, 다시 2013. 12. 31. 공사기간을 2015. 6. 30.까지로 연장하는 내용의 변경계약이 체결되었던바, □□건설이 이 사건 하도급 공사와 관련하여 2012년 10월 전후에 이 사건 하도급계약을 해지하였다고 볼 만한 자료가 없는 점, ② 또한 원고의 주장처럼 2012년 10월 이후에 □□건설이 원고를 배제한 채 직영으로 이 사건 하도급 공사를 진행하였다면 그 이후에 원고와 □□건설이 이 사건 하도급계약에 대한 변경계약을 체결할 이유가 없어 보이는 점, ③ 원고의 주장처럼 2012년 10월 이후에 □□건설이 직영함으로써 원고가 이 사건 하도급 공사에서 배제되었다면 이 사건 하도급계약에 따른 공사대금과 관련하여 2012. 10. 31.부터 2013. 5. 31.까지 공급가액 합계 1,817,363,636원 상당의 세금계산서 8매를 □□건설에 발행할 이유가 없어 보일뿐만 아니라 이를 토대로 원고가 2012년 2기분 및 2013년 1기분 부가가치세 신고를 한다는 것은 도저히 수긍하기 어려운 점, ④ 원고가 이 사건 하도급 공사를 진행하던 중 일부 공사를 ◇◇산업개발 등에 재하도급을 하였으나 공사대금 등이 재하도급업체에 제대로 지급되지 못하자 2012년 10월 무렵부터 도급자인 □□건설이 이 사건 하도급 공사와 관련한 공사대금의 지급을 관리하여 온 사정을 엿볼 수 있으나, 이는 원도급자인 □□건설이 이 사건 하도급 공사의 원활한 진행을 위해서 원고에게 공사대금을 입금하면 즉시 원고로부터 재하도급 받은 회사에게 지급되도록 조치하였거나 하도급업자 등에게 원고를 대위하여 지급하였던 것으로 보이는 점, ⑤ 또한 원고 스스로도 □□건설을 상대로 서울●●지방법원 20●●가합●●●● 건설공사하도급거래 확인의 소를 제기하여 이 사건 하도급 공사가 이 사건 하도급계약에 의한 것임을 자인하였고, □□건설도 이를 다투지 않아 이 사건 하도급 공사가 하도급 거래의 방식으로 진행되었음을 확인하는 내용의 화해권고결정이 확정된 점 등에 비추어 보면, □□건설이 2012년 10월경 이후에 이 사건 하도급 공사를 직영하였다고 볼 수 없고, 원고가 이 사건 하도급계약에 의하여 □□건설에 이 사건 하도급 공사의 건설용역을 제공한 것임이 명백하다.

2) 따라서 위 기간 동안에 □□건설에 발행한 세금계산서가 허위라고 할 수 없고, 이를 토대로 □□건설에 대한 매출액을 과세표준으로 포함하여 신고한 2012년 2기분 및 2013년 1기분 각 부가가치세 신고는 적법하므로 이를 경정하여 달라는 원고의 청구를 거부한 피고의 이 사건 2차 거부처분은 정당하다.

4. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.