가. 원고 A(이하 ‘원고①’이라고 한다)은 2012. 3.경 내국법인인 C 주식회사(이하 ‘C’라고 한다)와 사이에, 원고①이 C에게 특허 3,277개(이하 ‘이 사건 ①특허’라고 한다)에 관한 사용권을 부여하고, 그 대가로 미화 770만 달러(이하 ‘이 사건 ①사용료’라고 한다)를 지급받기로 하는 내용의 계약(이하 ‘이 사건 ①계약’이라고 한다)을 체결하였다.

이 사건 ①특허 중 미합중국(이하 ‘미국’이라고 한다) 등 세계 각국에 등록된 특허는 3,110개이고, 국내에 등록된 특허(등록번호가 기재된 것을 말한다)는 167개이다.

나. 원고 B(이하 ‘원고②’라고 한다)는 2012. 3.경 C와 사이에, 원고②가 C에게 특허 4개(이하 ‘이 사건 ②특허’라고 한다)에 관한 사용권을 부여하고, 그 대가로 미화 130만 달러(이하 ‘이 사건 ②사용료’라고 한다)를 지급받기로 하는 내용의 계약(이하 ‘이 사건 ②계약’이라고 한다)을 체결하였다.

이 사건 ②특허 중 국내에 등록된 특허는 없다.

다. C는 이 사건 ①, ②사용료를 원천징수 대상 국내원천소득에 해당하는 것으로 보아, ‘대한민국과 미합중국간의 소득에 관한 조세의 이중과세 회피와 탈세방지 및 국제무역과 투자의 증진을 위한 협약’(이하 ‘한미 조세협약’이라고 한다) 제14조 제1항에 따른 제한세율 15%를 적용하여, 원고①에 대한 법인세 1,314,150,000원, 원고②에 대한 법인세 221,871,000원을 각 원천징수하여 피고에게 납부하였다. 라.

원고들은 이 사건 ①, ②사용료 중 국내에 등록되지 않은 특허권 사용에 대한 대가는 원천징수 대상 국내원천소득이 아니므로, 원고①의 경우 특허 개수대로 안분한 미화 392,402달러(= 미화 770만 달러 × 167개/3,277개, 1달러 미만은 반올림한 금액임)만이...