가. 청구법인은 건축업을 주업으로 영위하는 건설회사로 2009사업연도부터 2012사업연도까지 시행사의 PF대출에 대해 금융기관에 지급보증을 하고 아파트 등의 건설사업에 참여하여 시행사가 이를 상환하지 아니하여 대위변제함으로써 채무보증 구상채권(이하 “쟁점채권”이라한다)이 발생하여 대손충당금을 설정하여 법인세를 신고하였다가 대손충당금 설정대상 채권이 아니라고 보아 2014.1.29. 쟁점채권을 손금불산입하여 법인세를 수정신고하였다.

나.청구법인은 2014.3.31. 쟁점채권이 사업과 직접 관련이있는 채무보증에 따른 채권으로 대손충당금 설정대상 채권에 해당한다고 보아 2009사업연도부터 2012사업연도까지의 대손금 OOO원을손금산입하여 법인세 OOO원의 감액을 구하는 경정청구를 제기하였고, 이에 대해 처분청은 2014.5.14. 쟁점채권을 「법인세법」제34조 제3항에 해당하는 손금불산입 대상채권으로 보아 이를 거부통지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2014.8.4. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 의견

(1) 채무보증으로 인한 구상채권을 대손충당금 설정 채권에서 제외하는 「법인세법」제34조 제3항의 입법취지는 채무보증에 의한 과도한 차입을 억제함으로써 재무구조의 건실화를 유동하고, 기업의 구조조정을 촉진하여 기업의 경쟁력을 강화하며, 법인의 사업과 직접 관련이 있는 채무보증까지 금지하고자 하는 것은 아닌 것인바, 시행사가 시행하려는 사업의 시공여부를 결정함에 있어서 사업 참여조건, 자금 투입계획, 공사비 회수방안, 사업수지 분석 등을 통하여 이익발생이 예상되는 경우에 시공을 결정하고, 시공 전에 부지매입 등 선행사업 단계에서 시행사가 보유한 자금만으로는 사업을 진행할 수 없어 금융기관으로부터 자금을 차입할 수 밖에 없으며, 시행사의 신용만으로는 금융기관에서 거액의 자금을 대출받을 수 없어 불가피하게 시공사가 연대보증하는 것이다. 이와 같이 영리를 목적으로 하는 청구법인과 같은 시공사는 위험을 감수하면서 사업의 원활한 추진을 위하여 보증채무를 부담하는 것이므로 쟁점채무는 사업과 관련 있는 채무이다.

(2) 청구법인은 보증채무의 변제능력과 회수가능성을 심사숙고하여자력 범위 내에서 채무보증을 하여 「법인세법」의 입법취지와도 부합되며, 쟁점채무에 대한 연대보증도 시행사가 정상적으로 운영되고 있었을 당시에 일반적인 상관행상의 방법으로 보증한 것이므로 쟁점채무는 대손충당금 설정대상채권으로 보아야 한다.

나. 처분청 의견

청구법인은 시공사로서 시행사의 PF대출에 대해 금융기관에 지급보증을 하고 지급보증에 대한 구상채권을 대여금으로 계상한 후 쟁점 대여금에 대한 대손이 발생한 경우 사실상 지급보증으로 인하여 발생한 구상채권 상당액에 대한 대손금은 「법인세법」제34조 제3항에 규정한 손금불산입 대상이므로 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

사업과 관련된 채무보증으로 인한 구상채권의 대손금은 손금불산입 대상이 아니라는 청구주장의 당부

나. 관련 법률

(1) 법인세법

제19조의2【대손금의 손금불산입】① 내국법인이 보유하고 있는 채권 중 채무자의 파산 등 대통령령으로 정하는 사유로 회수할 수 없는 채권의 금액(이하 "대손금"이라 한다)은 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입한다.

② 제1항은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 채권에 대하여는 적용하지 아니한다.

1. 채무보증(「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제10조의2 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 채무보증 등 대통령령으로 정하는 채무보증은 제외한다)으로 인하여 발생한 구상채권

제34조【대손충당금의 손금산입】① 내국법인이 각 사업연도에 외상매출금·대여금, 그 밖에 이에 준하는 채권의 대손(貸損)에 충당하기 위하여 대손충당금을 손금으로 계상한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액의 범위에서 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 이를 손금에 산입한다.

③ 제1항은 제19조의2 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 채권에는 적용하지 아니한다.

(2) 국세기본법

제45조의2 【경정 등의 청구】① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 한한다)에 경정을 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미치지 못할 때

② 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.

1. 최초의 신고·결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때

2. 소득이나 그 밖의 과세물건의 귀속을 제3자에게로 변경시키는 결정 또는 경정이 있을 때

3. 조세조약에 따른 상호합의가 최초의 신고·결정 또는 경정의 내용과 다르게 이루어졌을 때

4. 결정 또는 경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

5. 제1호부터 제4호까지와 유사한 사유로서 대통령령으로 정하는 사유가 해당 국세의 법정신고기한이 지난 후에 발생하였을 때

다. 사실관계

(1) 청구법인이2014.3.31. 쟁점채권을대손충당금 설정대상 채권에 해당한다고 보아 2009사업연도부터 2012사업연도까지의 대손금OOO원을손금산입하여 법인세 OOO원의 감액을 구하는 경정청구를 제기하였고, 이에 대해 처분청은 2014.5.14. 쟁점채권 중 2009사업연도에 대하여는 경정청구기간이 경과한 것으로, 2010사업연도～2012사업연도는 「법인세법」제34조 제3항에 해당하는 손금불산입 대상채권으로 보아 이를 거부통지한 사실이 경정청구 검토보고서 등에 나타난다.

(2) 시행사에 대한 구상채권 내역과 경정청구 내용은 다음과 같다.

○○○

(3)경정청구제도는 과세관청의 결정 또는 경정 없이 납세자의 신고행위만으로 그 과세표준 및 세액이 확정되는 신고납부세목의 당초 신고내용이나 납세자의 신고행위에 조세채권의 확정력이 없는 부과과세세목이라도 법정신고기한내 그 과세표준 및 세액을 신고한 경우에는 그 신고내용(수정신고 포함)에 관하여 다툴 수 있게 하기 위한 것이어서 당초 신고행위에 대한 불복절차는 「국세기본법」제45조의2 및 상증법 제79조에서 정하는 사유 및 기한 등 요건에 따라 경정청구를 제기하여야 하고, 일단 경정청구기간이 경과하거나 요건을 충족하지 않아 거부통지를 받은 데 대하여는 「국세기본법」제55조에서 규정하는 불복절차를 적용할 수 없는 것이다(조심 2014서3561, 2014.10.31. 참조).

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대,청구법인은 청구법인과 같은 건설회사로서는 시행사의 부지매입대금 지급채무를 보증하는 것이 사업목적상 반드시 필요하고 수익창출에 직접 기여하는 것이며, 시행사의 자금능력으로 보아 불가피한 것임에도 불구하고 구상채권인 쟁점채권의 대손금을 손금불산입하는 것은 입법취지에도 어긋나므로 부당하다고 주장하나, 채무보증 구상채권 관련 법률조항은 채무보증 자체를 금지하고 있는 것이 아니라 구상채권의 대손금의 손금불산입을 통하여 법인 스스로 변제 능력과 구상채권의 회수가능성을 고려하여 채무보증을 신중히 하도록 유도하고 있고, 예외적으로 허용되어야 할 채무보증에 대하여는 대통령령에서 허용할 수 있는 길을 열어 두고 있으며, 채무보증을 업으로 하는 회사가 아닌 이상 채무보증이 법인의 영업에 있어 필요불가결한 요소라고 보기 어렵고, 청구인과 같은 건설회사의 영업에서 시행사의 부지매입대금 지급채무에 대한 채무보증이 사업목적상 반드시 필요하다고도 볼 수 없어 보이는 점, 쟁점채권은 「법인세법」제19조의2 제2항 및 같은 법 제34조 제3항에 규정한 채무보증으로 인하여 발생한 구상채권으로 손금불산입 대상채권인 점 등에 비추어 처분청이 쟁점채권을 대손충당금 설정대상 채권이 아니라고 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

다만, 2009사업연도에 대하여는 법정신고기한(2010.3.31.) 경과 후 3년(2013.3.31.)을 초과한 후에 경정청구(2014.3.31.)하였는바, 이에 대한 경정청구는 단순한 민원회신에 불과한 것이어서 「국세기본법」 제55조에서 규정하는 불복대상이 아니라 할 것이며, 수정신고한 경우라도 같은 법 제45조의2 제2항의 후발적 경정청구 사유에 해당하지 아니하는 한 달리 볼 수 없으므로 2009사업연도에 대한 경정청구 거부통지에 대한 불복청구는 부적법한 청구에 해당한다고 판단된다.

4. 결 론

이건 심판청구는 심리결과 부적법한 청구에 해당하거나 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제81조, 제65조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.