가. 청구법인은 특수관계에 있는 OOO가 1999.8.12.과 2000.4.25.에 실시한 유상증자(1주당 발행가액이 5,000원이며, 이하 “이 사건 유상증자”라 한다)에 참여하여 각각 70,542,000천원 및 25,516,730천원 합계 96,058,730천원(이하 “쟁점출자금”이라 한다)을 출자하고, 쟁점출자금을 투자유가증권으로 하여 보유하다가, 이를 2001.6.30. 투자유가증권감액손실 및 지분법평가손실 등으로 회계처리한 다음, 쟁점출자금 상당액을 손금에 산입하여2001.1.1. ～ 2001.12.31.(이하 “2001사업연도”라 한다) 법인세 과세표준과 세액을 신고하였다.

나. 서울지방국세청장은 청구법인이 유상증자의 형식을 빌어 사실상 청산이 예정된 특수관계에 있는 OOO에게 쟁점출자금을 무상으로 자금지원한 것으로 보아 이 사건 유상증자 참여를 부당행위계산부인하여

(1) 2000.1.1. ～ 2000.12.31.(이하 “2000사업연도”라 한다) 법인세 소득금액 계산시 쟁점출자금을 업무무관가지급금으로 보아 계산한 인정이자 9,684,529,604원과 관련 지급이자 10,949,387,580원을 익금산입 및손금불산입하고, 이에 따라 청구법인이 2001사업연도에 공제하는 것으로신고한 연구·인력개발비 세액공제액 2,682,409,235원을 2000사업연도에 미리 공제하여 2000사업연도 법인세 과세표준 및 세액을 경정하였으며,

(2) 2001사업연도에는 2000사업연도에 기공제한 연구·인력개발비 세액공제액 2,682,409,235원을 불공제하고, 청구법인이 2001.6.30. 회계상 손실처리하고 2001사업연도 법인세 신고시 손금산입한 쟁점출자금 상당액 96,058,730천원을 손금불산입하여 2001사업연도 법인세 과세표준 및 세액을 경정한 다음 관련 과세자료를 처분청에 통보하였다.

다. 처분청은 위 과세자료 통보에 따라 청구법인에게 2006.3.29. 2000사업연도 법인세 6,763,588,840원, 2006.11.1. 2001사업연도 법인세 8,099,257,310원, 2007.1.3. 2001사업연도 법인세 55,648,634,770원을 각 경정·고지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2006.6.12., 2007.1.24., 2007.3.29. 각 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1)청구법인은 OOO과 채권단 사이에 체결된 재무구조개선약정에따라 이루어진 유효한 신주발행에 참여하고 쟁점출자금을납입하였는 바, 이 사건 유상증자 참여는 OOO부문의 갱생을위한 정당한 신규투자일 뿐만 아니라 채권단과의 약정불이행에 의한기존여신회수 등 제반 불이익을 막기 위한 것으로 경제적 합리성이 있고,

유상증자는 법인세법에서 규정한 자본거래로서 그로 인한 손익은 각각 익금과 손금에서 제외되므로 이 사건 유상증자 거래로 청구법인의 소득금액 계산에 아무런 영향이 없음에도 이를 부당행위계산부인 대상으로 보는 것은 부당하며, 2001사업연도에 쟁점출자금 상당액 96,058,730천원을 특수관계에 있는 자로부터 자산을 고가매입한 것으로 보아 손금불산입한 처분을 포함한 이 사건 유상증자 참여와 관련된 처분청의 과세처분은 모두 취소되어야 한다.

(2) 설령 청구법인이 이 사건 유상증자에 참여한 것을 부당행위계산부인 대상에 해당하는 것으로 볼 경우에도, OOO이 상법상 정당한 절차를 밟아 행한 자본거래인 유상증자를 자금의 무상대여로 보는 것은 부당하고, 처분청이 2001사업연도에 쟁점출자금을 무상자금지원으로 보아 인정이자 및 관련 지급이자를 익금산입 및 손금불산입하여 법인세 과세예고통지를 하였으나, 국세청장의 과세전적부심사결과 청구법인의 주장을 채택하여 쟁점출자금을 자금의 무상대여로 보지 아니하였으므로 이와 형평에 맞추어 2000사업연도에 처분청이 익금산입및 손금불산입한 인정이자 및 관련 지급이자는 취소하고, 이와 관련하여 2000사업연도에 미리 공제한 연구·인력개발비 세액공제는 당초 청구법인의 신고대로 2001사업연도에서 공제하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 이 사건 유상증자에 참여할 경우 큰 손실이 발생할 가능성이 높은 상황에서, OOO가 OOO의 개인연대보증책임을 면할목적으로 청구법인을 포함한 OOO로 하여금 그 자금을 이용하여, 사실상 청산이 예정된 부실계열회사인 OOO의 유상증자에 참여하여 신주를 인수하도록 하여 청구법인을 포함한 OOO에게 손해를 가한 배임 혐의로 기소된 이 건의 경우, 비록 상법 등 관계법령에 따라 유상증자가 이루어졌다고 하더라도 그 실질은 유상증자를 가장한 청구법인의 업무와 관련없는 무상의 자금지원이므로, 이 사건 유상증자 참여를 부당행위계산부인대상으로 보아 인정이자 및 관련 지급이자를 익금산입 및 손금불산입하고, 손금산입한 쟁점출자금 상당액을 부인하여 과세한 처분은 정당하다.

(2) 이 사건 유상증자가 비록 상법 등 관련법령에 따라 적법하게 이루어진 것이라 하더라도 그 실질은 사실상 청산이 예정된 OOO에 자금을 지원하기 위하여 그 형식만 유상증자로 가장한 것이므로 이를 자금지원성격으로 보는 것이 타당하다.

과세전적부심사의 경우 국세기본법에 의한 불복청구와는 달리 그 결정의 효력이 반드시 재결청을 기속한다고 볼 수 없고, 이 건 관련 과세전적부심사시 이 사건 유상증자 참여를 부당행위계산부인대상으로 인정하면서도 자산의 고가매입으로만 보았으나, 이 같은 결정은 청구법인이 경제적 합리성없는 유상증자에 참여하여 취득한 주식을 이후에 계속하여 손금에 산입하지 아니할 경우에는 부당행위를 인정하면서도 그에 대한 과세가 사실상 불가능하게 되어 불합리하므로 당초 처분대로 자금의 무상지원으로 보아야 한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 청구법인이 부실계열회사인 OOO의 유상증자에 참여하여 출자금을 납입한 거래는 자본거래로서 경제적 합리성이 있는 것이므로 부당행위계산 부인대상으로 볼 수 없다는 주장의 당부

② 이 사건 유상증자를 부당행위계산 부인대상으로 볼 경우, 이를 자금의 무상지원으로 볼 것인지, 자산의 고가매입으로 볼 것인지 여부

나. 관련법령

(1) 법인세법

제4조 【실질과세】② 법인세의 과세소득이 되는 금액의 계산에 관한 규정은 소득ㆍ수익 등의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 이를 적용한다.

제15조 【익금의 범위】① 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액으로 한다.

제19조 【손금의 범위】① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

제52조 【부당행위계산의 부인】① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 “특수관계자”라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

④ 제1항 내지 제3항의 규정을 적용함에 있어서 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2)법인세법 시행령(2001.12.31. 대통령령 제17457호로 개정되기 전의 것)

제88조 【부당행위계산의 유형 등】① 법 제52조 제1항에서 “조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. 자산을 시가보다 높은 가액으로 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산을 과대상각한 경우

2. 무수익 자산을 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산에 대한 비용을 부담한 경우

3. 자산을 무상 또는 시가보다 낮은 가액으로 양도 또는 현물출자한 경우

4. 불량자산을 차환하거나 불량채권을 양수한 경우

5. 출연금을 대신 부담한 경우

6. 금전 기타 자산 또는 용역을 무상 또는 시가보다 낮은 이율ㆍ요율이나 임대료로 대부하거나 제공한 경우.(단서 생략)

7. 금전 기타 자산 또는 용역을 시가보다 높은 이율ㆍ요율이나 임차료로 차용하거나 제공받은 경우

8. 다음 각목의 1에 해당하는 자본거래로 인하여 주주 등인 법인이 특수관계자인 다른 주주 등에게 이익을 분여한 경우

가. 특수관계자인 법인간의 합병(괄호 생략)에 있어서 주식 등을 시가보다 높거나 낮게 평가하여 불공정한 비율로 합병한 경우

나. 법인의 증자에 있어서 신주를 배정받을 수 있는 권리의 전부 또는 일부를 포기(괄호 생략)하거나 신주를 시가보다 높은 가액으로 인수하는 경우

다. 법인의 감자에 있어서 주주 등의 소유주식 등의 비율에 의하지 아니하고 일부 주주 등의 주식 등을 소각하는 경우

9. 기타 제1호 내지 제8호에 준하는 행위 또는 계산 및 그외에 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인을 포함한 OOO는 채권단과 1998.2.26. 재무구조개선약정을 체결한 다음, OOO이 1999.8.12.과 2000.4.25. 실시한 유상증자에 다음 표와 같이 참여하여 청구법인은 1주당 5,000원에 OOO 주식 총 19,211,746주를 배정받아 1999.8.12. 70,542,000천원, 2000.4.25. 25,516,730천원 쟁점출자금 합계 96,058,730천원을 납입하고, 이를 회계상 투자유가증권으로 보유하다가 2001.6.30. 투자유가증권감액손실 및 지분법평가손실 등으로 회계처리OOO하였다가 2001사업연도 법인세 신고시 쟁점출자금 상당액을 손금에 산입하여 과세표준과 세액을 신고한 사실이 처분청 과세자료에 의하여 확인된다.

OOO

(2) 이 사건 유상증자를 전후하여 OOO법인이 1998.12.31.과1999.12.31.을 기준일로 하여 평가한 OOO의 1주당가액은 각각 “0”원(1998.12.31. 현재 주당순자산 가액은 △5,857원이며, 1999.12.31. 현재 주당순자산 가액은 △448원임)인 사실이 해당 주식평가보고서에 의하여 확인되고, 이 사건 유상증자시 적용된 1주당 발행가액 5,000원은 OOO법인이 평가한 1주당가액과 상당한 차이가 있음을 알 수 있다.

(3) 처분청은 청구법인이 유상증자의 형식을 빌어 사실상 청산이 예정된 특수관계에 있는 OOO에게 쟁점출자금을 무상으로 자금지원한 것으로 보아 2000사업연도에는 쟁점출자금에 대하여 인정이자 및 관련 지급이자를 계산하여 익금산입 및 손금불산입하고 2001사업연도에는 청구법인이 손금산입하여 신고한 쟁점출자금을 손금부인하여 청구법인에게 이 건 법인세를 부과한 사실이 경정결의서 등 처분청 과세자료에 의하여 확인된다.

(4) 이 사건 유상증자와 관련하여 현대그룹 회장 정OOO는2006.5.16. 배임 등의 혐의로 기소되었고, 2007.2.5. OOO으로부터 유죄판결을 받고 OOO에 항소하였으며, 2007.9.6. 항소기각된 후 상고하지 아니하여 형이 확정되었는 바, 이 사건 유상증자와 관련된 OOO 및 OOO의 주요 판결내용은 다음과 같다.

(가) OOO 판결내용

1994년 3월경 OOO의 주도 하에 미국 항공기 제작회사인 OOO와 제휴하여 항공기 날개를 제작하는 항공사업과 우주사업을 목적으로 하는 OOO을 설립한 후 3,000억원 이상의 자금을 금융기관으로부터 차입하여 서산공장 건설 등 설비 투자를 하였으나, 1997년말경 IMF 외환위기로 차입금에 대한 이자 부담이 급격히 늘어나고, 항공기 날개의 제작·판매 등 항공사업 부문의 수익성 악화로 손실이 증가하자, 1998년 하반기에 정부 주도로 항공산업에 대한 소위 빅딜이 추진되어 OOO에서 항공사업 부문의 자산과 영업 부분을 통합하기로 합의하여 1999년 하반기에 항공산업 통합법인인 OOO주식회사의 발족을 앞둔 상황에서,

OOO은 1997회계연도에 223억원, 1998회계연도에 557억원, 1999회계연도에 2,256억원 등 해마다 당기순손실이 급격히 증가하는 등 경영 상태가 열악하였고, OOO에 항공사업 부문의 자산과 일정 비율의 부채만을 양도하고 나면 항공 사업 등에서 발생한 막대한 부채를 떠안게 되어 잔존사업 부문인 우주사업과 수익성이 없는 상용차용 변속기사업 부문만으로는 금융기관 차입금의 이자조차 제대로 납부할 수 없어 조만간 부도가 날 것이 명백하였고, 당시 항공사업 부문의 빅딜 이후 잔존사업 부문을 정리한 다음 청산하는 방안이 논의되는 등 OOO의 존속 여부가 불투명하였으나, OOO의 채무에 대하여 OOO 각 계열사의 지급보증은 거의 없었으므로, OOO의 부도는 현대그룹 각 계열사의 존립에 별다른 영향이 없었음에도 불구하고,

정몽구는 향후 OOO이 청산될 경우에 대비하여 최고 경영자로서 경영권을 행사하고 있던 OOO 등의 회사 자금을 이용하여 OOO의 유상증자를 실시하고 이를 통하여 조성한 자금으로 위 회사의 기존 채무를 변제하여 잔존자산과 채무를 동일한 수준으로 맞추기로 마음먹고, OOO의 대표이사이던 김OOO은 OOO의 지시에 따라 OOO 등을 동원하여 유상증자를 성사시키기로 결의하여,

가. 1999.8.12. 서울 OOO 사무실에서 위 회사의 신주 53,292,691주를 주주배정방식으로 1주당 5,000원씩에 발행하는 유상증자를 실시함에 있어, 위 유상증자는 OOO의 청산에 대비하여 위 회사의 잔존자산과 채무를 동일한 수준으로 맞출 수 있는 정도의 부채 변제자금을 마련하기 위한 것일 뿐만 아니라 OOO의 부채에 대하여 부담하고 있던 약 2,607억원의 보증채무를 원활히 해소하기 위한 것이며, 항공사업 부문의 빅딜 이후 존속 여부가 불투명한 OOO의 정상 운영을 목적으로 한 것이 아니어서, 위 유상증자에 참여할 경우 출자액 상당의 손실이 발생할 위험이 컸고, 주주사들이던 OOO 등은 OOO의 기존 주식 일부씩을 소유하고 있었을 뿐 OOO의 부채에 대하여 제공한 지급보증은 거의 없어, OOO이 부도 처리되더라도 이미 헐값이 되어 버린 보유 주식을 손실처리하는 외에 위에 각 회사의 존립에 영향을 미칠 만한 별다른 사정은 없었으므로, 이러한 경우 OOO를 비롯한 위 각 회사의 경영진으로서는 손실이 발생할 위험성이 높은 반면 이익을 얻을 가능성은 거의 없는 OOO의 유상증자에 참여하여 회사에 손실을 입히는 행위를 하여서는 아니될 임무가 있음에도 불구하고, 그 임무를 위배한 채 위 각 회사로 하여금 위 유상증자에 참여하여 OOO는 14,108,400주를 705억4,200만원에, OOO은 9,405,600주를 470억2,800만원에 각 인수하게 함으로써 OOO으로 하여금 합계 1,175억7,000만원 상당의 재산상 이익을 취득하게 하고 위 각 회사에 위 각 출자액 상당의 재산상 손해를 가하고,

나. 2000년 4월경 같은 장소에서, 위 가항 기재 유상증자를 통하여 조성한 자금으로 OOO의 금융권 부채 등을 변제하였으나, OOO이 OOO에 양도한 항공사업 부문의 자산평가 과정 등에서 위 유상증자 당시에는 예상하지 못했던 추가 부채가 발견됨에 따라 이를 변제하기 위하여 기존 주주사들을 상대로 동일한 방식으로 다시 920억원의 유상증자를 추진하게 되었는 바, 위 920억원의 유상증자는 항공사업 부문의 빅딜, 변속기사업 부문의 물적 분할 등 주요 사업부문이 정리된 이후에 사실상 OOO의 청산이 현실화되는 상황에서 기존 부채를 변제하기 위하여 실시되는 것일 뿐 OOO의 정상 운영을 위한 것이 아니어서 위 유상증자에 참여할 경우 출자액 상당의 손실이 발생할 것이 명백하였고, 주주사들이던 OOO 등은 OOO의 부채에 대하여 제공한 지급보증이 거의 없어, OOO이 부도 처리되더라도 위 각 회사의 존립에 영향을 미칠 만한 별다른 사정은 없었으므로, 이러한 경우 정몽구를 비롯한 위 각 회사의 경영진으로서는 OOO의 유상증자에 참여하여 회사에 손실을 입히는 행위를 하여서는 아니될 임무가 있음에도 불구하고, 그 임무에 위배한 채 위 각 회사로 하여금 위 유상증자에 참여하여 OOO는 5,103,346주를 255억1,673만원에, OOO은 3,402,231주를 170억1,115만원에, OOO은 1,396,901주를 69억8,450만원에 각 인수하게 함으로써 OOO으로 하여금 합계 495억1,238만원 상당의 재산상 이익을 취득하게 하고 위 각회사에게 위 각 출자액 상당의 재산상의 손해를 가하였다.

(나) OOO 판결내용

주주사OOO들이 유상증자에 참여하지 않았을 경우, 은행여신거래기본약관, 금융기관의 신용정보 교환 및 관리규약, 여신업무규정 등 각종 금융규정에 따라 여신제재와 금융상의 불이익을 입을 가능성이 있었던 사실, OOO과 주채권은행인 OOO은행 사이에 ‘OOO 계열사 재무구조를 개선하여 계열사 전체의 부채비율을 199.7% 이하로 낮추며 외자유치목표액 104억 달러를 달성하기’로 하는 내용의 재무구조개선약정을 체결한 사실은 인정된다.

그러나, ① 1998년 하반기에 산업구조조정(소위 빅딜) 과정에서 ‘OOO 등 3사의 항공사업 부문 자산과 일정 비율의 부채만을 분리하여 현물출자 형식으로 1개의 통합법인을 설립한다’는 내용의 구조조정방안이 확정되었으므로, 주주사들이 유상증자에 참여할 경우 그 출자액을 전혀 회수할 수 없게 될 가능성이 농후하였던 점, ② OOO이 부도처리될 경우에 금융기관들이 은행여신거래기본약관 등의 규정에 따라 반드시 주주사들에 대한 여신 제재나 금융상의 불이익을 가한다고 볼 수 없고, 오히려 회사들의 재무구조, 사업전망 등 전반적인 요인들을 종합적으로 고려하여 판단하였을 것으로 보이는 점, ③ 당초에는 OOO의 재무구조개선약정에는 OOO이 OOO에서 분리되지는 않았으나, 1998.12.17. 제3차 재무구조개선약정을 하면서 부채비율 감축대상에서 제외되었으므로, OOO 전체의 부채비율을 감축하기 위하여 굳이 OOO의 부채를 우선적으로 상환할 이유가 없었던 것으로 보이는 점, ④ i) 1999년 12월경에 작성된 ‘잔류사업 구조조정안’이라는 문건에 의하면 “사업매각자금으로 회장님 보증차입금 우선 상환해소”라는 문구가 기재되어 있는 사실을 인정할 수 있고, ii) 여러 증거에 의하면, OOO가 1999년 8월경 1차 증자이후로서 2000년 4월경 2차 유상증자 실시 이전인 2000.1.4.경 자신이 소유하는 OOO 주식을 OOO 직원들인 OOO 외 6인에게 주당 1원씩 계산하여 전량 양도하였고, 그 결과 주주가 아니라는 이유로 2차 유상증자에는 참여하지 않은 사실을 인정할 수 있는 바, 위 인정사실들과 이 사건 각 범행으로 인하여 추단되는 당시 OOO의 경영시스템 등 여러 정황에 비추어 보면, 주주사들이 유상증자에 참여한 목적이 ‘계열사 연쇄부도나 각종 금융규정 등에 따른 금융기관의 계열사들에 대한 제재 회피’라기보다는 ‘OOO의 연대보증채무 해소’로 판단되는 점, ⑤ 여러 각 증거를 종합하면, 피고인들과 유상증자에 참여한 주주사들이 증자참여를 결정하면서 OOO의 사업성, 장래 투자수익, 주식의 실질가치와 ‘증자에 참여하지 않을 경우 주주사들이 받을 금융규정에 따른 불이익 가능성’등에 대하여 면밀한 검토 및 고려를 하지 않았다고 인정되는 점 등에 비추어 볼 때 OOO 유상증자 관련 업무상 배임행위에 해당하지 아니한다는 피고인들의 주장은 설득력이 부족하다.

(5) 쟁점①에 대하여 본다.

(가) 청구법인은 이 사건 유상증자 참여는 OOO부문의 갱생을 위한 정당한 신규투자일 뿐만 아니라 채권단과의 약정불이행에 의한 기존여신회수 등 제반 불이익을 막기 위한 것으로 경제적 합리성이 있고, 유상증자는 법인세법에서 규정한 자본거래로서 그로 인한 손익은 각각 익금과 손금에서 제외되므로 이 사건 유상증자 거래로 청구법인의 소득금액 계산에 아무런 영향이 없음에도 이를 부당행위계산부인 대상으로 보는 것은 부당하다고 주장한다.

(나) 살피건대, 법인세법 제52조 및 같은 법 시행령 제88조 제1항에서는 자산을 시가보다 높은 가액으로 매입한 경우 등 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있도록 규정하고 있는 바,

유상증자의 경우 상법 제417조의 규정에 의하여 신주의 액면 미달발행이 엄격하게 제한되어 신주를 인수하고자 할 때에 그 액면 가액대로 인수할 수밖에 없다고 할지라도, 세무회계상 타법인 발행의 신주인수는 투자자산의 매입에 해당하므로 신주발행 당시 발행회사의 자산상태 등의 평가에 의한 신주의 정당한 평가가액과 신주인수가액과의 차액을 비교하여 부당행위계산 부인의 대상이 되는 고가매입 여부를 따져 보아야 하는 것이고, 손익거래뿐 아니라 신주인수행위와 같은 자본거래도 소득금액에 영향을 미치는 한, 그 행위가 부당행위계산의 거래유형에 해당하거나 이에 준하는 행위 또는 계산으로서 법인의 이익을 분여하였다고 볼 수 있는 경우에는 부인의 대상이 될 수 있는 것인 바OOO,

위에서 살펴 본 바와 같이 이 사건 유상증자에 참여한 OOO들이 증자참여를 결정하면서 OOO의 사업성, 장래 투자수익, 주식의 실질가치와 증자에 참여하지 아니할 경우 주주사인 OOO들이 받을 금융규정에 따른 불이익 가능성 등에 대하여 면밀한 검토 및 고려를 하지 아니하였고, OOO과 채권단 사이에 체결된 재무구조개선약정이 이 사건 유상증자가 실시된 배경이기는 하지만 유상증자에 참여한 목적이 계열사 연쇄부도나 각종 금융규정 등에 따른 금융기관의 계열사들에 대한 제재 회피 등의 OOO의 정상 운영을 위한 것이라기보다는 청구법인의 그룹회장인 OOO의 연대보증채무 해소로 나타나고 있는 점 등에 비추어 볼 때, 이 사건 유상증자 참여가 경제적 합리성이 있다는 청구법인의 주장은 이유없다 할 것이고,

청구법인은 유상증자의 경우 법인세법에서 규정한 자본거래로서 그로 인한 손익은 각각 익금과 손금에서 제외되어 청구법인의 소득금액 계산에 아무런 영향이 없으므로 부당행위계산부인 대상이 아니라고 주장하나, 청구법인이 OOO의 지시로 경제적 합리성이 없는 이 사건 유상증자에 참여하여 그 가치가 전혀없는 OOO으로부터 1주당 5,000원에 신주를 배정받아 그 대가로 쟁점출자금을 납입한 다음, 투자유가증권으로 보유하다가 이를 OOO이 해산결의한 사업연도에 투자유가증권감액손실 및 지분법평가손실 등으로 손금에 산입하여 결과적으로 청구법인의 소득금액 계산상 쟁점출자액 상당의 소득금액이 감소하게 되는 등 이 사건 유상증자 참여가 청구법인의 소득금액에 영향을 미치는 것은 명백하다 할 것이므로 이 부분 청구주장도 받아들이기 어렵다.

(6) 쟁점②에 대하여 본다.

(가) 청구법인은 이 사건 유상증자에 참여한 것을 부당행위계산부인 대상에 해당하는 것으로 볼 경우에도, OOO이 상법상 정당한 절차를 밟아 행한 자본거래인 유상증자를 자금의 무상대여로 보는 것은 부당하고, 처분청이 2001사업연도에 쟁점출자금을 무상자금지원으로 보아 인정이자 및 관련 지급이자를 익금산입 및 손금불산입하여 법인세 과세예고통지를 하였으나, 국세청장의 과세전적부심사결과 청구법인의 주장을 채택하여 쟁점출자금을 자금의 무상대여로 보지 아니하였으므로 이와 형평에 맞추어 2000사업연도에 자금의 무상지원으로 보아 소득금액을 경정한 처분은 취소하여야 한다고 주장하는 반면,

처분청은 이 사건 유상증자가 비록 상법 등 관련법령에 따라 적법하게 이루어진 것이라 하더라도 그 실질은 사실상 청산이 예정된 OOO에 자금을 지원하기 위하여 그 형식만 유상증자로 가장한 것이므로 이를 자금지원성격으로 보는 것이 타당하고, 이 건 관련 과세전적부심사결정은 청구법인이 경제적 합리성이 없는 유상증자에 참여하여취득한 주식을 이후에 계속하여 손금에 산입하지 아니할 경우에는 부당행위를 인정하면서도 그에 대한 과세가 사실상 불가능하게 되어 불합리하므로 당초 처분대로 자금의 무상지원으로 보아야 한다는 의견이다.

(나) 처분청은 당초 2001사업연도의 경우에도 2001.1.1.부터 쟁점출자금을 회계상 손실처리한 2001.6.30.까지의 기간에 대하여 인정이자 및 관련지급이자를 계산한 다음 이를 각각 익금산입 및 손금불산입하여 청구법인에게 과세예고통지를 하였으나, 청구법인이 국세청장에게 제기한 과세전적부심사시 청구주장이 2006.12.20. 일부 채택되어 이 부분은 과세에서 제외된 사실이 확인되고 있고, 과세전적부심사 결정시 국세청장이 설시한 판단이유는 다음과 같다.

1) 법인이 필요한 자금을 조달하는 방법에는 외부로부터 차입하는 방법과 증자를 통하여 조달하는 방법이 일반적인데, 이 건의 경우처럼 청산이 예정된 법인이 증자를 실시한다는 것은 이례적인 경우이지만, ‘상법의 규정에 의하여 정당하게 설립된 회사의 자본금은 동법의 규정에 의한 자본금이 감소될 때까지는 당초 자본금을 정당한 자본금으로 보는 것으로 해석하고 있고, 자본금을 가장 납입하였더라도 그 자본금은 유효한 것으로 보되, 가장 납입으로 자본금상당액이 가공자산으로 계상되어 있을 경우 그 주주에게 인정이자의 계산 또는 배당처분 등으로 처리토록 한 법인세법 기본통칙 4-0···10(가공불입 자본금의 처리)의 해석에 비추어 증자등기를 경료한 이 건의 경우 OOO의 증자가 재판상 무효 또는 취소되지 않는 한 유효한 행위로 성립되었다고 보아야 하고, 민법·상법상 적법 유효하게 성립된 사실행위에 대하여 경제적 합리성을 기준으로 세법적 측면에서 과세소득만을 재계산하는 부당행위계산부인 법리의 근본 취지에 비추어 볼 때, 청구법인의 증자참여행위를 부인하여 특수관계자에 대한 자금의 대여나 자금의 무상증여로 보기는 어렵다 하겠다.

2) 그러나, 법률상 유효한 증자로 인정하는 경우에도 청구법인은 증자에 참여하여 가치가 전혀없는 주식을 1주당 5,000원에 취득하였는 바, 증자에 참여하지 아니할 수 있었음에도 경제적 합리성없이 가치없는 주식을 취득함으로써 청구법인의 소득을 부당히 감소시켰는 바, 법인세법 시행령 제88조 제1항의 ‘조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우’ 중 제1호에서 규정하고 있는 ‘자산을 시가보다 높은 가액으로 매입한 경우’에 해당된다고 봄이 타당하다.

(다) 살피건대, 법인세법상 부당행위계산부인 규정의 취지는 특수관계에 있는 자와의 진실한 거래행위가 있으나 그 거래가 세법에서 열거한 제반 거래형태를 빙자하거나 조세법을 남용함으로써 비정상적이고 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되거나 또는 조세법적 측면에서 부당한 것이라고 보여질 때, 객관적으로 타당하다고 보여지는 소득이 있었던 것으로 의제하여 과세함으로써 과세공평을 기하고 조세회피를 방지하고자 하는데 있으며 이는 실질과세원칙에 근거를 두고 있는 것인 바OOO,

청구법인의 이 사건 유상증자 참여가 청구법인의 그룹회장인 OOO의 개인적인 연대보증채무 해소를 위한 것으로 확인되고 있어, 세법상 과세소득 만을 다시 계산하는 부당행위계산 부인규정을 적용하는 경우에 이 사건 유상증자 참여는 증자를 빙자하여 청구법인과 특수관계에 있는 현대우주항공에게 무상으로 자금을 지원한 것이 그 실질이라고 할 수도 있는 측면이 있으나,

부당행위계산 부인의 대상이 되는 거래나 행위의 경우에는 모두 그 상대방에게 이익을 분여하게 되는데, 부당행위의 실질을 법인세법 제52조 제4항의 위임에 따라 같은 법 시행령 제88조에서 정하고 있는 부당행위계산의 여러 유형 중 어디에 해당하는지 판단함에 있어서는, 이익의 분여라는 본래의 성질에 더하여 그 거래나 행위의 법률적인 외관 및 그 유효성, 구체적인 거래구조, 개별적인 특수성 등을 종합적으로 고려하여야 할 것인 바, 이 사건 유상증자가 상법에서 정한 절차 및 방법에 의하여 흠결없이 유효하게 성립되어 특별한 사정이 없는 한 그 유효성을 부정하기 어려운 측면이 있고, 처분청에서도 그 유효성을 부정할 만한 특별한 사정을 제시하지 못하고 있으며, 또한, 처분청에서 이미 2001사업연도에 대하여 자산의 고가매입으로 판단하여 과세한 이 사건 유상증자의 경우를 다시 자금의 무상지원이나 자금의 무상대여로 보아 과세하기도 어렵다 할 것이다.

한편, 유상증자에 참여하여 다른 법인이 발행하는 신주를 인수하는 것은 인수자의 입장에서는 투자자산을 매입하는 것인데, 이 사건 유상증자의 경우에 특수관계에 있는 자가 아니라면 가치가 전혀 없는 OOO 주식을 1주당 5,000원에 인수하지 아니하였을 것이므로, 시가가 “0”인 주식을 5,000원에 취득하여 그 차액을 손금에 산입하여 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 청구법인의 이 사건 유상증자에 참여한 거래는, 법인세법 시행령 제88조 제1항에서 정하고 있는 부당행위계산의 유형 중 제1호의 “자산을 시가보다 높은 가액으로 매입한 경우”에 해당하는 것으로 보는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호·제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.