가. 청구법인은 2010년 제1기 부가가치세 신고시 OOO으로부터의 매입금액을 OOO(세금계산서 12매)으로 하여 관련 매입세액을 공제하였고, OOO에 대한 매출액 OOO을 과세표준에 포함하였다.

나. 처분청은 OOO 관할 OOO세무서장 등이 통보한 세금계산서 불부합자료에 의거 청구법인이 OOO로부터의 매입액 OOO을 과다하게, OOO에 대한 매출액 OOO, OOO에 대한 매출액 OOO, OOO에 대한 매출액 OOO, OOO에 대한 매출액 OOO을 과소하게 신고한 것으로 보아 OOO 및 OOO 청구법인에게 부가가치세 2010년 제1기분 OOO 및 OOO을 각각 경정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 OOO 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) OOO지방국세청장이 OOO까지 이행한 청구법인에대한 세무조사 중 처분청은 국세부과제척기간의 도과를 이유로 이 건을 과세하였으나, 청구법인은 이 사건 부과처분항목에 대한 과세근거를 모르며, 처분청은 불부합의 존재만 제시하였고 그 원인이 청구법인에게 있는지 아니면 거래상대방의 오류에 대한 것인지를 제시하지 않았다.

(2) 청구법인은 이 사건 부과처분의 근거와 적법성에 관하여 주장·입증책임(대법원 1987.7.7. 선고 85누383 판결, 대법원 1984.12.11. 선고 84누225 판결 등 다수)을 지고 있는 처분청에 대하여 구체적으로 ‘어떠한 사실관계’와 ‘어떠한 과세근거조항’에 근거하여 이 사건 부과처분에 이르렀는지 구체적 근거와 내용을 밝혀줄 것을 요청하고, 청구법인은 과세근거와 사실관계에 관한 처분청의 구체적인 답변이 나오면그때 이 사건 부과처분의 위법성에 관한 자세한 주장과 증거자료를 제출하고자 한다.

나. 처분청 의견

(1) 부가가치세의 납부세액은 과세표준에 의한 매출세액에서 매입세금계산서에 의해 공제받는 매입세액을 차감하는 방식으로 계산되는데 매입세액의 적정여부의 근원은 먼저 법에 따른 적정한 매입세금계산서를 수취하였는지 여부를 검토한 후 그 매입세액이 적법하게 공제받을 수 있는 매입세액인지를 검토해야 할 것이다.

가) 과세관청으로서는 사업자의 매입세금계산서 수취여부를 입증할방법이 없고, 대법원의 과세관청 입증책임에 대한 판례도 매입세금계산서 수취라는 형식적인 사실의 입증책임을 요구하는 것이 아니라 왜 과세하는지 그 근거를 입증하라는 내용들로 「부가가치세법」제31조에따라 장부 및 그 근거자료를 보관하여야 하는 사업자의 서류보관책임까지 면책하는 것은 아니므로, 매입세금계산서의 수취여부를 따지는 본 사건에 적용할 판례는 아니다.

나) 처분청은 청구법인에게 부가가치세 매출의 과소신고에 대한 소명을 요청하였으나 청구법인은 부가가치세 및 법인세 매출신고를 적정하게 하였다는 주장만 할뿐 어떠한 증빙도 제출하지 않아 매입처인 거래 상대방에게 불일치 금액에 해당하는 거래에 대한 공급받는 자용 세금계산서를 요청하여 청구법인의 부가가치세 매출누락을 경정하였으므로 당초 처분은 정당하다.

(2) 이 건 거래에 대하여 부가가치세 매출 누락과 동시에 법인세 매출신고 누락 여부에 대한 소명시 청구법인은 법인세 매출누락을 하지 않았음을 주장하였고, “다른 국가와는 다르게 추가적으로 요구되는 세금계산서 제도를 시스템에 적용하는데 어려움을 겪고 있다. 계속적인 세금계산서 불부합 거래들의 발생으로 인하여 본사에서도 이 부분에 대한 해결점을 모색하고 있는 상황”이라고 설명한 바, 청구법인도 부가가치세 신고의 착오를 이미 인식하고 있으며, 청구법인이 위 거래와 관련하여 법인세의 매출을 신고하였다고 주장하면서 부가가치세의 매출을 신고하지 않은 것이 정당하다는 청구주장은 모순된다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

세금계산서합계표 불부합자료에 의하여 청구법인이 실제보다 매출액을 과소 신고하고, 매입액을 과다 신고한 것으로 보아 부가가치세를 과세한 처분의 당부

나. 관련 법률

(1) 부가가치세법(2013.6.7. 법률 11873호로 개정되기 전의 것)

제16조[세금계산서] ① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 제9조의 시기(대통령령에서 시기를 다르게 정하는 경우에는 그 시기를 말한다)에 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 대통령령으로 정하는 바에 따라 공급을 받은 자에게 발급하여야 한다. 이 경우 세금계산서를 발급한 후 그 기재사항에 관하여 착오나 정정(訂正) 등 대통령령으로 정하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 발급할 수 있다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성 연월일

5. 제1호부터 제4호까지의 사항 외에 대통령령으로 정하는 사항

제17조[납부세액] ① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 "납부세액"이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 "매출세액"이라 한다)에서 다음 각 호의 세액(이하 "매입세액"이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 "환급세액"이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

2. 제16조 제1항·제2항·제4항 및 제5항에 따른 세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호부터제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

제21조[결정 및 경정] ① 사업장 관할 세무서장, 사업장 관할 지방국세청장 또는 국세청장(이하 "사업장 관할 세무서장등"이라 한다)은 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에만 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사하여 결정 또는 경정한다.

1. 확정신고를 하지 아니한 경우

2. 확정신고한 내용에 오류 또는 탈루(脫漏)가 있는 경우

3. 확정신고를 할 때 매출처별 세금계산서합계표 또는 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별 세금계산서합계표 또는 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항의 전부 또는 일부가 적혀 있지 아니하거나 사실과 다르게 적혀 있는 경우

4. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 부가가치세를 포탈(逋脫)할 우려가 있는 경우

제31조[장부에의 기록] ① 사업자는 자기의 납부세액 또는 환급세액과 관계되는 모든 거래 사실을 대통령령으로 정하는 바에 따라 장부에 기록하고 사업장에 갖추어 두어야 한다.

② 사업자가 부가가치세가 부과되는 재화 또는 용역의 공급과 함께 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하거나 제17조 제3항을 적용받는 경우에는 과세되는 공급과 면세되는 공급 및 면세농산물 등을 공급받은 사실을 각각 구분하여 장부에 기록하여야 한다.

③ 사업자는 제1항 및 제2항에 따라 기록한 장부와 제16조 및 제32조에 따라 발급하거나 발급받은 세금계산서 또는 영수증을 그 거래사실이 속하는 과세기간에 대한 확정신고를 한 날부터 5년간 보존하여야 한다. 다만, 제16조 제2항 또는 제4항에 따라 전자세금계산서를 발급한 사업자가 국세청장에게 세금계산서 발급명세를 전송한 경우에는 그러하지 아니하다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 청구법인의 매입과다신고 및 매출과소신고와 관련하여제출한 세금계산서합계표 불부합내역은 아래 <표1>·<표2>와 같다.

<표1> 매입세금계산서합계표 불부합내역

(2) 처분청의 조사당시 위 <표1>·<표2>상 불부합 거래에 대한 청구법인과 거래상대방의 소명 내용 및 처분청의 의견은 다음과 같다.

(가) 거래①과 관련하여 청구법인은 달리 소명이 없었고, 거래상대방은 OOO 동안 발급된 매출세금계산서현황을 제출하면서 청구법인의 매입과다를 주장하였으며, 이에 처분청은 거래상대방이 제출한 자료에 의해 청구법인이 매입을 과다하게 신고한 것으로 판단하였다.

(나) 거래②～④와 관련하여 청구법인은 2010년 제1기 청구법인 전산에 수록된 목록만을 제출하면서 당초 신고는 정상이라고 주장하였고, 거래상대방들은 관련 세금계산서 및 대금지급 내역 등을 제출하면서 청구법인의 매출 과소를 주장하였으며, 이에 처분청은 청구법인은 부가가치세 및 법인세 매출신고를 적정하게 하였다는 주장만 할뿐 관련 세금계산서·거래명세표·대금지급 내역 등 어떠한 증빙도 제출하지 않아 거래상대방이 제출한 증빙을 근거로 청구법인이 매출을 과소하게 신고한 것으로 판단하였다.

(다) 거래⑤와 관련하여 청구법인은 2010년 제1기 예정신고시 OOO의 매출을 하였으나 확정신고시에는 관련 매출 없으므로 거래상대방이 중복 매입을 받은 것이라고 주장하였고, 거래상대방은 OOO 발급된 공급가액 OOO의 세금계산서를 제출하면서 청구법인의 매출 과소를 주장하였으며, 이에 처분청은 청구법인이 어떠한 증빙도 제출하지 않아 거래상대방이 제출한 증빙을 근거로 청구법인이 매출을 과소하게 신고한 것으로 판단하였다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 이 건 부과처분에 대한 과세근거를 모르고, 그 원인이 청구법인에게 있는지 아니면 거래상대방의 오류에 대한 것인지를 제시하지 않은 채 과세하는 것은 부당하다고 주장하나, 세금계산서 불부합거래에 대하여 거래상대방들은 본인들의 신고가 정당함을 주장하면서 소명자료를제출하였고, 동 자료에 의하여 청구법인이 매출을 과소신고하거나 매입을 과다신고한 사실이 확인되나 청구법인은 이 건 심리일 현재까지 청구법인의 전산에 수록되어 있는 거래 목록을 제외한 세금계산서·거래명세서·입금증빙 등 어떠한 증빙도 제출하지 않은 점, 청구법인은 법인세 매출누락은 하지 않았음을 주장하면서 “다른 국가와는 다르게추가적으로 요구되는 세금계산서 제도를 시스템에 적용하는데 어려움을겪고 있다. 계속적인 세금계산서 불부합 거래들의 발생으로 인하여 본사에서도 이 부분에 대한 해결점을 모색하고 있는 상황”이라고 설명하는 등 청구법인도 부가가치세의 신고 착오를 이미 인식하고 있는것으로 보이는 점 등에 비추어 처분청이 청구법인이 매출액을 과소신고하고 매입액을 과다신고한 것으로 보아 부가가치세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.