가. 청구법인은 OOO산업주식회사(이하 “OOO산업”이라 한다)와 OOO 등 토지와 채석공장 및 채석장비(이하 “쟁점채석장”이라 한다)에 대한 골재 생산 및 판매 위탁관리계약을 체결하여 OOO산업으로부터 골재원석 대금으로 매월 OOO만원을 지급받고 있다가, 2007.8.24. 쟁점채석장에 대한 임대차계약과매매계약이 혼합된 임대 및 조건부매매계약(이하 “당초 계약”이라 하고, 수차 변경된 계약과 함께 “쟁점계약”이라 한다)을 체결하였고, 쟁점계약에 따라 2008사업연도의 임대수익을 OOO만원, 2009사업연도의 임대수익을 OOO억원으로 하고, 매매대금 계약금 및 중도금은 선수금으로 계상하여 2008, 2009사업연도 법인세 신고를 하였다.

나. 공주세무서장은 2010년 10월 청구법인에 대한 법인세 일반통합조사시 OOO지방국세청장에게 과세사실판단자문을 신청하여 그 의결결과를 근거로 쟁점계약을 정당한 계약으로 인정하였다.

다.감사원은 OOO지방국세청에 대한 감사결과, OOO산업이 2008년 1월에 쟁점채석장 관련 부동산 중 3필지에 대하여 소유권이전청구권 가등기를 하고, 기계장치와 중기 등에 대하여 이전등록을 한 점, 청구법인은 2007.12.28. 채석변경허가신청과 관련하여 OOO산업에 임야 사용승낙서를 교부하였고 OOO산업은 2008.1.30. 토석채취허가를 받은 점, OOO산업이 쟁점채석장 관련 재산세와 전기요금 등을 부담한 점등에 비추어, OOO산업이 2008.1.30.부터 골재채취와 관련된 사업 일체를 독점적‧배타적‧실질적으로 사용수익하고 있으므로 쟁점계약은 임대 및 조건부매매계약이 아니라 매매대금 일부를 임대료의 형태로 분할하여 지급받는 사실상 하나의 매매계약에 해당한다고 보고, 토석채취허가를 받은 2008.1.30.(사용수익일)을 귀속시기로 보아 계약서상 매매대금 OOO만원에 임대수익상당액 OOO억원을 합한 OOO만원을 매매대금으로, 고정자산처분이익을 OOO만원으로 하여 2008사업연도 법인세로 과세하고, 과다징수된 부가가치세 OOO원을 환급결정하도록 감사결과 처분지시를 하였다.

라.처분청은 위 감사결과에 따라 2011.7.8. 청구법인에게 2008사업연도 법인세 OOO원을 경정‧고지하고, 2008년 제1기분~2010년 제2기분 부가가치세 OOO원을 환급결정하였다.

마. 청구법인은 이에 불복하여 2011.8.22. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

아래와 같은 이유로 쟁점계약은 임대차계약과 매매계약이 혼합된계약에 해당하므로 처분청에서 하나의 매매계약이라고 보아 이건 과세한 처분은 취소되어야 한다.

(1) 처분청은 실질과세원칙에 따라 쟁점계약은 하나의 매매계약에 해당한다는 의견이나, 청구법인은 2006.10.10. OOO산업과 체결한 골재생산 및 판매 위탁관리계약에 따라 OOO산업으로 하여금 2007.1.1.부터 2009.12.30.까지 청구법인의 토석채취업 관련 인‧허가권과 기계장치 등 자산을 이용하여 골재를 채취‧판매하게 하고, 그 대가로 매월 OOO만원을 지급받고 있던 2007년경 다른 법인이 청구법인의 사업을양수하겠다는 제안을 한 사실을 알게 된 OOO산업도 쟁점채석장의 양수를 제안하였는데 청구법인으로서는 기존의 위탁관리계약에 따른 임대료 수익이 유지되기를 원하였고 OOO산업으로서도 당장 매매대금 전액의 마련이 어려워 상당한 기간의 유예가 필요하였으므로 쌍방의 경제적 필요성에 따라 쟁점계약을 체결한 것이지 임대차계약과 매매계약이 혼합된 계약으로 가장한 것이 아니므로 처분청 의견과 같이 반드시 하나의 매매계약으로 결론지어야 하는 것은 아니며, 임대 및 조건부매매계약임을 인정하여야 한다.

(2) OOO산업은 2008.4.8. 임대보증금 OOO억원을 청구법인에게 지급하였고 동 임대보증금을 잔금과 상계하기로 하였으나, 이는 임대차기간 동안 임차료의 지급이 정상적으로 이행되는 것을 전제로 한 것이므로 임대보증금의 지급이 매매잔금의 지급을 의미하는 것은 아니다.

또한, 처분청은 OOO산업이 청구법인에게 2007.12.27. 임차료 117억원을 약속어음으로 선지급하였다는 의견이나, OOO산업은 쟁점계약에 따라 2개월분 임차료를 1매의 어음으로 하여 총 38매를 교부하였고, 그 어음의 실물은 기업은행이 보관하고 있으며, OOO산업이 임차료 지급예정일에 청구법인의 OOO은행 계좌로 임차료를 입금하면 해당어음을 OOO산업에 반환하고 있는바, 청구법인이 임대료 전액을 위 어음으로 선지급받은 것이 아니라 담보목적으로 제공받은 것이다.

(3) 「법인세법 시행령」 제68조 제1항 제3호에서 손익귀속시기로 규정하고 있는 사용수익일에 있어서 사용수익은 매매를 원인으로 한 것이므로 OOO산업이 쟁점채석장을 사용수익하는 것이 임대차계약에 따른 것인지, 사업을 양수하였기 때문인지를 보면, ⓛ 매매대상 토지38필지(609,067㎡) 중 사용승낙을 받은 토지는 3필지(163,757㎡)에 불과하고, 소유권이전청구권 가등기(소유권이전등기가 아님)된 토지도 3필지에 불과하며, OOO산업은 2016.2.13.까지 채석허가를 받았으나 청구법인 등이 사용승낙을 한 것은 2012년말까지이므로 OOO산업이 임차료나 매매대금을 제대로 지급하지 않는다면 추가로 사용승낙할 가능성이 없는 점, ② OOO산업은 2007년부터 쟁점채석장에서 청구법인 명의의 채석허가권과 장비 등을 이용하여 작업을 해 오고 있었는바, 청구법인이 일부 중기 및 채석허가권의 명의를 OOO산업에 이전해 주기는 하였으나, 이는 청구법인의 명의를 유지할 경우 작업장에서 발생하는 사고 등으로 인하여 청구법인이 사용자 책임을 부담할 수도 있으므로 책임소재를 분명히 하기 위함이었던 점, ③ 일부 기계장치와 중기 등의 명의를 변경해 주기는 하였으나, 채석작업에 필수적인 쇄석기(시가 약 OOO억원), 쇄사기(시가 약 OOO억원), 사무실 약 200평, 주차장, 식당 및 창고건물은 여전히 청구법인의 자산에 해당하는 점, ④ 처분청은 OOO산업이 계약일 이후 인허가비용, 전기요금, 전화요금및 재산세를 부담하였고, 계약일 현재의 상태로 인수하는 것으로 되어 있으므로 매매라는 의견이나, 임차인인 OOO산업이 인허가의 주체 및 전기 등의 사용자이므로 OOO산업이 부담하는 것이 당연하고, 계약일 현재의 상태로 인수하기로 매매계약을 체결하는 것도 일반적이므로 이를 근거로 임대차계약과 매매계약이 혼합된 계약이 아니라고 볼 수 없고, 청구법인이 쟁점채석장 관련 부동산에 대한 재산세와 종합부동산세를 납부하였으나 경리직원의 착오로 2009년과 2010년분 재산세에 대하여만 OOO산업에 청구한 점 등으로 볼 때, OOO산업은 임대차계약에 근거하여 쟁점채석장을 구성하는 자산의 일부를 사용수익하고 있는 것이므로 채석허가일을 매매를 원인으로 한 사용수익일로 보는 것은 타당하지 않다. 설령 매매로 보더라도 제2항에 규정된 장기할부조건부 판매로 보아 각 사업연도에 회수한 금액과 이에 대응하는 비용을 해당 사업연도의 손익으로 보아야 한다.

나. 처분청 의견

아래와 같은 이유로 쟁점계약은 실질상 하나의 매매계약에 해당하고, 토석채취허가를 받은 2008.1.30.이후 쟁점채석장을 사용수익한 것으로 보아야 하므로 당초 처분은 정당하다.

(1) 「국세기본법」 제14조에서는 세법 중 과세표준의 계산에 관한규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이그 실질내용에 따라 적용하도록 규정하고 있는바, 청구법인은 쟁점계약은 임대차계약과 매매계약이 혼합된 것이라고 주장하나 실질적효과는 장기간에 걸친 매매계약과 동일하고, 임대보증금을 잔금과 대체하기로 약정함으로 인해 보증금의 실질적인 반환이 이루어지지 않는 등 일반적인 임대차계약으로 보기 어려우므로 쟁점계약은 실질적으로 하나의 매매계약으로 보아야 한다.

(2) 청구법인은 2007.8.24. 계약금 OOO억원, 2007.12.27. 중도금 중 OOO억원, 2008.3.20. 중도금 중 OOO억원, 2008.4.8. 중도금 중 OOO억원을 수령하였고, 2008.4.8. 선수한 임대보증금 OOO억원을 2012.12.30. 잔금과 상계하기로 하였으므로 매매대금 OOO억원을 전부 수수한 것이며, 임대료 OOO억원도 2007.12.27. 약속어음으로 선지급받았으므로 2008사업연도에 사실상 매매대금이 청산된 것으로 보아야 한다.

(3)계약서상 계약일 이후 관청의 행정조치‧민원‧재해사고‧천재지변 등의 모든 책임을 실질적으로 OOO산업이 지도록 되어 있고, 계약일 현재 청구법인의 인‧허가 내용대로 매매하고 계약시점의 채석허가 및 복구허가 상태로 인수하는 것으로 되어 있는 점, 청구법인 등이 소유하고 있는 쟁점채석장 관련 토지 3필지에 대하여 2007.8.24. 매매예약을 원인으로 2008.1.7. 소유권이전청구권 가등기가 경료된 점, OOO산업은 2007.11.15. 골재채취업 등록을 한 후 2007.12.28. 청구법인 등으로부터 임야사용승낙서를 교부받아 2008.1.30. 토석채취허가를 받은 점, 계약일 이후의 인허가 비용, 전기요금 및 전화요금 등 공과금과 관련 토지에 대한 재산세 등을 OOO산업이 부담하고 있는 점 등으로 볼 때 OOO산업이 2008.1.30.부터 쟁점채석장을 독점적‧실질적‧배타적으로 사용수익하면서 토석채취업을 영위한 것으로 보아야 한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

임대차계약과 매매계약이 혼합된 쟁점계약을 하나의 매매계약으로보고, OOO산업이 토석채취허가를 받은 2008.1.30.을 귀속시기(사용수익일)로 보아 법인세를 과세한 처분의 당부

나. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 OOO산업간에 2007.8.24. 체결된 임대 및 조건부매매계약서(당초 계약서)의 주요 내용은 다음과 같다.

(가) 매매계약 : 매매대금을 OOO억원으로 하여 2007.8.24. 계약금 OOO억원(장기계약인 관계로 일방이 해약시 금전적‧정신적 피해가 크므로 민법에 상관없이 쌍방합의하여 20%로 정함), 2009.12.30.까지 중도금 OOO억원과 선임대보증금 OOO억원, 2012.12.30. 잔금 OOO억원을 지급하고, 2008.12.30.내에 중도금을 선지급하는 경우에는 OOO억원을 차감한다.

(나) 골재 생산 및 판매 위탁관리계약 : 청구법인과 OOO산업은 2006.10.10. OOO산업이 청구법인 소유의 토석채취허가를 근거로 청구법인 소유의 기계 및 장비 등 생산시설 일체를 사용하여 쟁점채석장에서 2007.1.1.부터 2009.12.31.까지 골재를 생산하여 판매하고 청구법인에게 골재원석 대금으로 월 OOO만원(연 OOO만원, 연 10% 인상가능)을 지급하기로 하는 계약을 체결하였는바, 2009.12.30.까지의 기간에 대하여는 동 계약을 승계하되, 본 임대 및 조건부매매계약에 따른다.

(다) 임대차계약 : 2008.1.1.부터 2009.12.30.까지의 연간 임대료는 OOO억원, 그 후 2년간의 연간 임대료는 OOO억원, 그 후 1년간의 연간임대료는 OOO억원으로 하여 3개월 어음으로 지급하되(월 1매 또는 2개월 1매, 임대료 선지급), OOO산업이 2009.12.30.이전에 중도금 및 선임대보증금을 지급하는 경우에는 중도금 완납일을 기준으로 그 후 2년간은연간 임대료를 OOO억원, 그 후 1년간은 연간 임대료를 OOO억원으로 한다.

(라) 기타 : 임대기간 및 잔금 완료시 토지, 건물, 장비, 기계시설 및 인허가를 이전하고, 중도금 및 선임대보증금 납입후 OOO산업이 요청하는 경우 토지, 건물, 기계에 대한 매매예약가등기를 해 주며, 계약일 현재 청구법인의 인‧허가 내용대로 매매하고, 계약일의 채석허가 및 복구허가 상태로 인수하며, 계약일 이후의 인‧허가비용은 OOO산업이 부담하고, 계약일 이후 관청의 행정조치‧민원‧재해사고‧천재지변에 따른 모든 법적‧금전적 책임은 OOO산업에게 있다.

(2) 임대 및 조건부매매 변경계약서에 의하면, 청구법인과 OOO산업은 2007.10.1. 당초 계약에 포함되어 있던 장비의 일부가 매매대상에서 제외됨에 따라 당초 매매대금에서 OOO만원을 차감한 OOO만원으로 변경 계약을 체결한 것으로 나타난다.

(3) 청구법인과 OOO산업 간에 2007.12.24. 작성된 합의각서의 주요 내용은 다음과 같다.

(가)당초 계약에 따라 2009.12.30.까지 지급하기로 되어 있던 중도금 OOO억원 중 OOO억원은 2007.12.24. 지급하고, OOO억원은 2008.3.30.까지 OOO호로 대물변제하며, 나머지 OOO억원은 현금이나 약속어음으로 지급한다.

(나) 중도금 잔액 완납시까지의 임대료를 OOO억원으로 하여 2008.12.31.까지 지급받고, 당초 계약상 중도금 완납일을 기준으로 3년간의 임대료를 어음으로 선지급받기로 되어 있으나, OOO산업이 3년의 임대료를 4년으로 분할하여 달라는 요구가 있어 이를 승낙하되, 1년 연장지급조건으로 OOO억원을 추가로 지급받는다.

(다) OOO산업은 청구법인의 동의없이 마지막 3년의 임대기간 및 연장 1년의 임대기간이 끝나기 전에 인‧허가권 및 기계장비 일체를 매각하지 못하고, 토지의 근저당 및 가등기도 청구법인의 동의없이 타인에게 권리를 양도하지 못하며, 만약 OOO산업의 잘못으로 법적 집행시 OOO산업이 전적으로 책임지고 해결하고, 해결하지 못할 경우 계약위반으로 간주한다.

(라) OOO산업의 잘못으로 인‧허가 취소시 OOO산업은 당초 계약에 따른 계약금, 중도금 및 임대보증금 전액을 포기하고, 연간 임대료 OOO억원을 기준으로 계산한 작업일까지의 임대료를 이의없이 지급한다.

(4)청구법인과 OOO산업 간에 2007.12.27. 작성된 합의각서에 의하면, 쟁점계약에 따른 잔금 약정일이 2013.7.28.로 장기인 관계로 현장에서 사고발생시 관할관청으로부터 받는 제재 및 민‧형사상 책임의 소재가 불분명하여 이를 명확히 하기 위해 2007.10.1.과 2007.12.13. OOO산업에게 명의변경해 준 포크레인 2대 및 로우더 1대 외에 다른 장비와 채석허가도 추가로 명의를 변경해 주되, OOO산업이 지불한 어음이 결제되지 않거나 중도금을 약정기일에 지급하지 못할 경우 즉시 청구법인에게 명의를 변경해 주는 것으로 기재되어 있다.

(5) 청구법인과 OOO산업간에 2008.3.20. 작성된 합의서의 주요 내용은 다음과 같다.

(가) 2007.12.24. 작성된 합의각서의 내용에 대한 쌍방의 해석이 불일치하여 재합의를 하게 되었다.

(나) OOO산업은 남은 중도금과 임대보증금을 2008.3.20.과2008.4.8.까지 지급하고, 청구법인은 2008년 임대료로 받은 약속어음(OOO만원권 12매) 중 4매를 반납하며, 2008.9.1.부터 4년간의 임대가 개시되고, 당초 계약에 따라 OOO산업이 2008.12.30.이전에 중도금 완납시 OOO억원을 매매대금에서 차감하여 주기로 한다.

(6) 청구법인은 2007년 6월 쟁점채석장내 105,999㎡의 채석장에서 쇄석용(건설용 쇄골재) 화강암 등 1,467,159㎥를 2016.2.13.까지 반출할 수 있는 채석변경허가를 받은 것으로 나타난다.

(7) 임야사용승낙서(3매)와 OOO의 종중회의의사록에 의하면, 청구법인과 이OOO(종중회장) 및 OOO종중은 2007.12.28. OOO외 2필지에 대하여 OOO산업이 채석변경허가를 신청하는 것과 관련하여 5년간 토지사용을 승낙한 것으로 나타나고, OOO군수가 발급한 토석채취허가증(2008.1.30.)에 의하면, OOO산업은 청구법인이 기존에 받았던 토석채석허가와 동일한 내용으로 토석채취허가를 받은 것으로 나타난다.

(8) 쟁점계약에 따른 매매대금과 임대료의 지급내역은 아래 <표1>과 같다.

<표1> 매매대금 및 임대료 지급내역OOO

(9)답변서 등 처분청 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) OOO산업은 청구법인 등 소유의 OOO 외 2필지에 대하여 2007.8.24. 매매예약을 원인으로 2008.1.7. 소유권이전청구권가등기를 하였다.

(나)청구법인은 2007년 10월부터 12월 사이에 쟁점채석장 중 일부 중기에 대하여 OOO산업에게 등록명의를 이전해 주었다.

(다) OOO산업은 임대차기간동안 전기요금 및 전화요금 등 공과금과 위 토지관련 재산세 등을 부담하였다.

(10) OOO산업의 대표이사 박OOO와 이사 박OOO는 2006.10.10. 청구법인과 골재 채취 위탁계약을 체결하여 운영하던 중 위탁생산하는 것 보다는 당 법인의 책임하에 임대하여 운영후에 매수자금 여력이 생기면 전체를 매수하는 것이 좋겠다는 회사 내부의사 결정에 따라 일정기간 임대하고 임대기간이 종료하면 매매할 것을 청구법인에게 제안하여 임대 및 조건부 매매계약을 체결하게 되었다는 내용으로 2011.7.15. 확인서를 작성하였다.

(11) 약속어음 사본에 의하면, OOO산업이 청구법인에게 교부한 약속어음 38매는 모두 2007.12.27. 발행되었으나, 지급기일은 2008.4.25.부터 2013.7.28.까지로 서로 다른 것으로 확인되고, OOO은행 OOO지점장은 OOO산업이 2007.12.27. 청구법인 앞으로 발행한 약속어음 38매를 청구법인의 요청에 의하여 어음수탁보관 및 수탁통장을 발행한 사실이 있고, 동 어음이 어음지급기일에 지급제시되면 OOO산업의 당좌통장에서 인출하여 청구법인의 지정통장으로 입금결제한 사실이 있음을 증명한다는 내용으로 2011.10.11. 사실확인서를 작성하였다.

(12)청구법인은 1999.7.4.과 2006.10.24. 및 2009.6.29. 쟁점채석장에서발생한 사망사고에 대하여 관할 경찰서장이 발급한 변사사실확인원 3매와 OOO산업이 산업안전보건법 위반으로 벌금형을 선고받은 OOO지방법원의 약식명령(2009고약12938, 2009형제22698, 2009.11.2.)을 제출하였다.

(13) 처분청의 과세사실판단자문신청에 대하여 OOO지방국세청장은 2010.12.16. 쟁점계약은 매매계약과 임대차계약이 각각 독립된 효력을 갖고 있는 혼합계약이므로 임대료상당액 OOO억원을 매매대금에 포함하여 법인세를 과세하는 것은 타당하지 아니하고, 잔금지급 완료시점인 2012.12.30.을 손익의 귀속시기로 보는 것이 타당하다고 의결하였던 것으로 나타난다.

(14) 청구법인의 대표이사와 심판청구 대리인인 변호사 현OOO는2012.6.28. 조세심판관회의에 출석하여 쟁점계약을 체결하게 된 경위에 대하여 청구법인은 약 15년간 골재채취업을 직접 영위하다가 2007년부터는 OOO산업에 임대를 주었는데 2007년 여름경 OOO산업 등이 쟁점채석장의 매각을 요청하였고, 그들이 제시한 가액과 OOO산업이 제시한 가액 간에 큰 차이가 없는 반면, OOO산업은 당초 체결된 임대차계약을 보장하는 조건을 제시하였는바, 청구법인은 임대료 수익이 매매대금을 운용함으로 인해 얻게 될 수익보다 크다고 판단하였고, 임대차기간 동안은 안정적으로 임대료 수익을 얻을 수 있었기 때문에 OOO산업과 쟁점계약을 체결하게 된 것이지 조세회피를 목적으로 한 것이 아니라는 취지로 의견진술을 하였다.

(15) 위 사실관계와 관련 법령을 종합하여 보면, 납세의무자가 경제활동을 함에 있어서는 동일한 경제적 목적을 달성하기 위하여 여러 가지의 법률관계 중 하나를 선택할 수 있는 것이고, 과세관청으로서는 특별한 사정이 없는 한 당사자들이 선택한 법률관계를 존중하여야 하며, 단순히 당해 계약서 내용이나 형식에만 의존할 것이 아니라 당사자의 의사, 계약체결의 경위, 거래의 경과 등 거래의 전체과정을 실질적으로 파악하여 판단하여야 하고, 조세회피행위라고 하여 그 형식에도 불구하고 거래행위의 효력을 부인하려면 명백하고 구체적인 과세근거를 제시하여야 할 것인바,

청구법인은 2006.10.10. OOO산업과 체결한 골재 생산 및 판매 위탁관리계약에 따라 2007.1.1.부터 쟁점채석장에서 청구법인 명의의 토석채취허가와 장비 등을 이용하여 OOO산업으로 하여금 골채를 채취‧판매하게 하고 골재원석대금 명목으로 사실상 임대료를 받아 오던 중 쟁점계약을 체결한 것으로 나타나고, 청구법인은 종전에 체결된 임대차계약을 유지함에 따른 임대료 수익이 매매대금의 운용수익보다 더 클 것이라는 판단과 안정적인 임대료 수익을 얻을 수 있다는 경제적 필요에 의해, OOO산업은 제3자가 쟁점채석장을 매수할 경우 임차인으로서의 지위를 잃을 수도 있는 위험을 회피하고, 거액의 매매대금을 장기간에 걸쳐 분할하여 지급할 수 있다는 경제적 필요에 의해 쟁점계약과 같은 형태의 계약을 체결한 것이라고 보이며, 양 당사법인은 당초 계약 체결 후 수 회에 걸쳐 합의각서 등을 작성하여 계약내용을 변경한 점 등으로 볼 때, 쟁점계약을 조세회피를 목적으로 한 경제적 합리성을 결여한 계약으로 보기 어려운 점,

「산지관리법」 제25조 제1항에서는 산지에서 토석을 굴취·채취하고자 하는 자는 토석채취허가를 받아야 하도록 규정하고 있고, 제28조 제1항 제5호에서는 토석채취허가를 받기 위해서는 같은 법 시행령 제36조 제4항 및 별표 8의2에 따라 토석의 굴취‧채취에 필요한 장비등의 기준을 적법하게 갖추도록 규정하고 있으며, 쟁점채석장에서3건의 사망사고가 발생하였음이 확인되는 점 등으로 볼 때, 쟁점채석장 관련 토석채취허가와 일부 채석장비의 명의가 청구법인에서 OOO산업으로 이전된 것은 토석채취업을 실제로 영위하는 OOO산업이 관련 법령에 따라 토석채취허가를 받아야 할 필요가 있었기 때문이고, 또한 현장에서 발생할 수 있는 사고로 인한 책임소재를 분명히 하기 위해서였다고 보이며, OOO산업이 소유권이전청구권 가등기한 부동산은 매매대상 부동산 중 3필지에 불과하고, 사용승낙을 받은 임야도 매매대상 토지의 26.9%에 불과하는 등 OOO산업은 쟁점채석장의 일부만을 사용수익한 것이고, 그 사용수익의 권원도 매매가 아니라 임대차계약으로 보아야 하므로 처분청에서 「법인세법 시행령」 제68조 제1항 제3호 단서 규정을 적용하여 귀속사업연도를 판정한 것은 타당하지 않다고 보이는 점,

청구법인이 당해 사업연도에 회수하였거나 회수할 매매대금과 이에 대응하는 비용을 수익과 비용으로 계상하였다면 귀속사업연도 판정시 「법인세법 시행령」 제68조 제2항에 규정된 장기할부조건을 적용할 수 있을 것이나, 청구법인은 매매대금 계약금과 중도금으로 수령한 금액을 선수금으로 계상하여 동 규정을 적용할 수도 없으므로 결국제1항 제3호 본문의 규정에 따라 매매대금이 청산된 날이 속하는 사업연도를 귀속사업연도로 판정하여야 할 것인데, 청구법인이 2007.12.27. 선수한 어음의 지급기일은 2008.4.25.부터 2013.7.28.까지이므로 2007.12.27. 전액을 선수한 것으로 볼 수 없고, 2008.4.8. OOO산업으로부터 지급받은 선임대보증금 OOO억원은 임대차기간이 종료되어야 잔금으로 대체되므로 쟁점계약에 따른 임대차기간이 종료되어 선임대보증금이 잔금으로 대체되는 날이 속한 사업연도를 귀속사업연도로 보아야지 처분청 의견과 같이 2008사업연도에 매매대금이 청산된 것으로보기는 어려운 점 등을 종합하여 보면, 처분청에서 쟁점계약을 사실상 하나의 매매계약이라고 보아 환급결정한 2008년 제1기분부터 2010년 제2기분까지의 임대료에 대한 부가가치세를 추징하는 것은 별론으로 하더라도 「법인세법 시행령」 제68조 제1항 제3호 단서 규정을 적용하여 OOO산업이 쟁점채석장에 대한 토석채취허가를 받은 2008.1.30.을 고정자산 처분손익의 귀속시기라고 보아 청구법인에게 이 건 법인세를 부과한 처분은 잘못이라고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.