OO교회는 2005.8.23. 취득한 충청북도 OO시 연수동 293-1 대지 317㎡ 지상에 교회건물 97.76㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 신축하여 소유권보존등기를 하였다가, 2006.5.22. OOOOOO에 양도(수용)하고 자산양도소득에 대해 소득세법 제92조의 규정을 준용하여 계산한 과세표준에 동법 제104조의 세율을 적용하여 법인세 16,577,110원을 신고·납부(중간예납)하였다가, 2007.7.11. 쟁점부동산의 양도로 인한 수입이 비영리법인의 수익사업에 해당하지 않으므로 납부한 법인세를 돌려 달라는 경정OO서를 처분청에 제출하였다.

처분청은 이에 대해 2007.9.3. OO교회와 같은 비영리법인이 고유목적사업에 3년 이상 계속하여 직접 사용하지 않은 부동산을 양도하는 경우 정당한 사유 존재여부를 불구하고 그 처분으로 인한 수입은 수익사업에 해당한다 하여 OO교회의 경정OO를 거부하였다.

OO교회는 이에 불복하여 2007.11.22. 이 건 심판OO를 제기하였다.

2. OO법인 주장 및 처분청 의견

가. OO법인 주장

비영리법인인 OO교회의 건물 및 부지가 국민임대주택건설사업지구에 편입되는 바람에 어쩔 수 없이 OOOOOO에 양도하고 수령한 보상금을 대체부지 및 교회건물신축을 위한 비용으로 지출하여 실질적인 환지나 다름없으므로 쟁점부동산의 양도소득은 비과세대상에 해당한다.

나. 처분청 의견

OO교회가 신축하여 사용하던 교회건물 및 그 부속토지를 강제수용사유로 1년 이내 매각하여 발생된 양도차익에 대하여 법인세를 신고한 것은 정당하므로 이 건 경정OO를 거부한 처분은 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

OO교회의 건물 및 그 부속토지를 취득 후 1년 이내 양도함으로써 발생한 소득을 비과세대상으로 볼 수 있는지 여부

나. 관련법령

(1) 법인세법 제3조【과세소득의 범위】② 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입

같은법시행령 제2조【수익사업의 범위】② 법 제3조 제2항 제5호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 당해 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항의 규정에 해당하는 수익사업을 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. 이 경우 당해 고정자산의 유지ㆍ관리 등을 위한 관람료ㆍ입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다.

같은법 제62조의 2【비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례】① 비영리내국법인(제3조 제2항 제1호에서 규정하는 수익사업을 영위하는 비영리내국법인을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)이 제3조 제2항 제4호 및 제5호의 수입으로서 다음 각호의 1에 해당하는 자산의 양도로 인하여 발생하는 소득(이하 이조에서 “자산양도소득”이라 한다)이 있는 경우에는 제60조 제1항의규정에 불구하고 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준의 신고를 하지 아니한 소득은 제14조의 규정에 의한 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 포함하지 아니한다.

2. 토지 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)

② 제1항의 규정에 의하여 과세표준의 신고를 하지 아니한 자산양도소득에 대하여는 소득세법 제92조의 규정을 준용하여 계산한 과세표준에 동법 제104조 제1항 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 법인세로 납부하여야 한다. 이 경우 동법 제104조 제4항의 규정에 의하여가중된 세율을 적용하는 경우에는 제55조의 2를 적용하지 아니한다.

③ 제2항의 규정을 적용함에 있어서 소득세법 제92조의 규정을 준용하여 계산한 과세표준은 자산의 양도로 인하여 발생한 총수입금액(이하 이 조에서 “양도가액”이라 한다)에서 필요경비를 공제하고, 공제한 후의 금액(이하 "양도차익" 이라 한다)에서 소득세법 제95조 제2항 및 동법 제103조에 규정하는 금액을 공제하여 계산한다.

(2) 소득세법 제92조【양도소득과세표준의 계산】① 거주자의양도소득에 대한 과세표준(이하 “양도소득과세표준”이라 한다)은 종합소득ㆍ퇴직소득 및 산림소득에 대한 과세표준과 구분하여 계산한다.

② 양도소득과세표준은 제94조 내지 제102조와 제118조의 규정에 의하여 계산한 양도소득금액에서 제103조의 규정에 의한 양도소득기본공제를 한 금액으로 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 부동산등기부등본 및 신고관련자료 등에 의하면, OO교회(2005.8.1. 비영리내국법인으로 등록)는 2005.8.30. 취득한 충청북도 OO시 연수동 293-1 대지 317㎡ 지상에 교회건물 97.76㎡를 신축하고 2005.12.26. 소유권보존등기를 경료한 후 1년 이내인 2006.5.1. 위 교회건물 및 그 부속토지를 OOOOOO에 양도(수용)하고, 소득세법 제92조의 규정에 의하여 계산한 과세표준에 동법 제104조의 양도소득세율을 적용하여 법인세 16,577,110원을 신고·납부한 사실이 확인된다.

(2) 경정OO관련자료 등에 의하면, OO교회는 종교단체인 비영리법인의 사업용부동산 양도차익은 비과세대상에 해당하므로 OO교회가 납부한 세액을 환급하여 달라는 경정OO서를 2007.7.10. 처분청에 제출하였고, 이에 대하여 처분청은 OO교회의 교회건물 및 그 부속토지를 1년 이내 매각하여 발생된 양도차익에 대하여 당초 신고한 대로 법인세를 납부하는 것이 정당하다 하여 2007.9.3. 경정OO를 거부하였다.

(3) 살피건대, 법인세법 제3조 제2항 등의 규정에 따르면 3년 이상 비영리법인의 고유목적사업에 직접 사용하지 아니한 고정자산을 처분하여 발생하는 수입은 법인세 과세대상이 되는 것이고, 비영리법인인 OO교회가 2005.8.23. 취득한 토지상에 교회건물을 신축하여 사용하다가 1년 이내인 2006.5.22. 쟁점부동산을 양도(수용)한 이 건의 경우, 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용하지 아니한 것이므로 정당한 사유여부에 불구하고 양도로 인하여 생기는 수입은 과세대상에 해당되는 것인 바(OOOOOOOOOOOOOO, OOOOOOOOOO OO O), 처분청이 쟁점부동산의 양도로 인하여 발생한 수입을 법인세 과세대상으로 보아 OO교회의 경정OO를 거부한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판OO는 심리결과 OO주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2008 년 3 월 20 일

주심조세심판관 허 종 구