청구인은 아래와 같이 1998～2000년귀속 종합소득세 신고시 1998년귀속 사업소득에서 발생한 결손금 333,950,664원을 다른 사업소득과 근로소득에서는 공제하면서 이자소득과 배당소득에서는 동 결손금을 공제하지 아니하고 신고하였다.

(단위 : 원)

이에 대하여 처분청은 소득세법 제45조의 규정에 의하여 사업소득에서 발생한 결손금은 부동산임대소득, 배당소득, 이자소득, 근로소득, 일시재산소득, 기타소득에서 순차로 공제한 잔액을 이월결손금으로 하여야 하는 것이므로,

1998년귀속분은 이월결손금을 92,497,957원으로 하고, 1999년귀속분은 동 이월결손금 92,497,957원을 종합소득에서 차감하여 이월결손금이 없는 것으로 하여 2002.1.7 청구인에게 1999년귀속분 종합소득세 13,598,530원과 2000년귀속분 종합소득세 30,118,440원을 경정고지하였다.

청구인은 이에 불복하여 2002.2.28 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

처분청이 청구인의 1998년귀속 종합소득세 결정시 비교과세함에 있어 산출세액은 소득세법 제62조 제1항 제2호의 방식에 의하여 계산하고, 이월결손금은 같은법 제62조 제1항 제1호의 방식에 의하여 결정하여 청구인의 결손금이 이월되지 않고 소멸되어 이후 연도(1999년 및 2000년)에 이월결손금을 공제받지 못하게 한 처분은 과세의 일관성과 형평성을 유지하지 못하고 있어 부당하므로 취소하여야 한다.

나. 처분청 의견

이자소득 등에 대한 종합소득산출세액의 계산에 있어서 소득세법 제62조 제1항에서 규정한 이자소득 등의 금액은 같은법 제45조의 규정에 의한 결손금 통산 전의 소득금액을 말하는 것이며, 사업소득에서 발생한 결손금은 같은법 제62조 제1항 제1호 가목 (1)의 기준초과금액 또는 나목 (1)의 당연종합과세금액과 이자소득 등외의 다른 종합소득금액에서 통산되는 것이고 그 통산되고 남은 결손금만 이월되는 것이므로 당초 처분은 정당하다.(같은뜻 국세청 소득46011-1896, 1998.7.9)

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

사업소득에서 발생한 결손금과 금융소득(이자소득, 배당소득)이 함께 있는 거주자에 대하여 산출세액은 소득세법 제62조 제1항 각호의 금액중 큰 금액인 제2호의 규정에 의한 금액으로 계산하면서, 과세표준은 같은법 제45조의 규정에 의하여 사업소득에서 발생한 결손금과 금융소득을 통산하여 계산하는 것이 타당한지 여부를 가리는데 있다.

나. 관련법령

이건 과세요건 성립당시의

소득세법 제14조【과세표준의 계산】③ 다음 각호의 소득금액은 제2항의 종합소득과세표준의 계산에 있어서 이를 합산하지 아니한다

4. 제3호·제3호의 2 및 제3호의 3 외의 이자소득과 배당소득으로서 거주자와 그 배우자의 당해 소득의 합계액이 4천만원(이하 이자소득 등의 종합과세기준금액 이라 한다) 이하인 경우 그 소득금액

④ 다음 각호의 1의 소득에 대한 소득금액은 제3항 제4호의 규정에 불구하고 제2항의 종합소득과세표준의 계산에 있어서 이를 합산한다.

1. 제16조 제1항 제12호의 규정에 의한 비영업대금의 이익

2. 대통령령이 정하는 주권상장법인 또는 협회등록법인(이하 주권상장법인 등 이라 한다)의 대주주(제20조 제3항의 규정에 의한 소액주주 외의 주주를 말한다)가 받는 배당소득.

3. 주권상장법인등 외의 내국법인의 주주가 받는 배당소득.

4. 이자소득 및 배당소득으로서 제127조(원천징수의무)의 규정이 적용되지 아니하는 것

같은법 제45조【결손금 및 이월결손금의 공제】① 사업소득이 있는 거주자가 비치·기장한 장부에 의하여 당해연도의 사업소득금액을 계산함에 있어서 발생하는 결손금(당해연도에 속하는 필요경비가 당해연도에 속하는 총수입금액을 초과하는 경우에 그 초과하는 금액을 말한다. 이하 같다)은 당해연도의 종합소득과세표준의 계산에 있어서 부동산임대소득금액·배당소득금액·이자소득금액·근로소득금액·일시재산소득금액 기타소득금액에서 순차로 공제한다.

② 부동산임대소득 또는 산림소득이 있는 거주자가 비치·기장한 장부에 의하여 당해연도의 소득별 소득금액을 계산함에 있어 발생하는 소득별 결손금과 사업소득금액을 계산함에 있어서 발생하는 결손금으로서 제1항의 규정에 의하여 당해연도의 종합소득과세표준의 계산에 있어서 공제하고 남은 결손금(이하 이월결손금 이라 한다)은 당해 이월결손금이 발생한 연도의 종료일부터 5년내에 종료하는 과세기간의 소득금액을 계산함에 있어서 먼저 발생한 연도의 이월결손금부터 순차로 당해 소득별로 이를 공제한다.

③ 제2항의 규정은 당해연도의 소득금액을 추계결정하는 경우에는 이를 적용하지 아니한다. 다만, 천재·지변 기타 불가항력으로 장부 기타 증빙서류가 멸실되어 추계결정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

⑤ 제1항 및 제2항의 규정에 의한 결손금 및 이월결손금의 공제에 있어서 제62조의 규정에 의한 세액계산을 하는 경우 제14조의 규정에 의하여 종합과세되는 배당소득 또는 이자소득이 있는 때에는 그 배당소득 또는 이자소득 중 원천징수세율을 적용받는 부분은 결손금 또는 이월결손금의 공제대상에서 이를 제외하며, 그 배당소득 또는 이자소득 중 기본세율을 적용받는 부분에 대하여는 납세자가 그 소득금액의 범위안에서 공제여부 및 공제금액을 결정할 수 있다.

같은법 제62조【이자소득등에 대한 종합과세시 세액계산의 특례】① 거주자의 종합소득과세표준에 포함된 이자소득이나 배당소득(이하 이 조에서 이자소득등 이라 한다)의 금액이 제14조 제3항 제4호의 규정에 의한 이자소득등의 종합과세기준금액(이하 이 조에서 종합과세기준금액 이라 한다)을 초과하는 경우 당해 거주자의 종합소득산출세액은 다음 각호의 금액중 큰 금액으로 한다.

1. 다음 가목 또는 나목의 금액

가. 이자소득 등의 금액에서 종합과세기준금액을 차감한 금액(이하 이 조에서 기준초과금액 이라 한다)이 제14조 제4항 제1호 내지 제3호의 소득금액 합계액(이하 이 조에서 당연종합과세금액 이라 한다)과 같거나 이보다 큰 경우에는 다음의 것의 합계액

(1) 기준초과금액과 이자소득 등외의 다른 종합소득금액을 합한 금액에 대한 산출세액

(2) 종합과세기준금액에 원천징수세율(이자소득금액의 경우에는 제129조 제1항 제1호 다목의 세율을 말하며, 배당소득금액의 경우에는 제129조 제1항 제2호의 세율을 말한다. 이하 이 조에서 같다)을 적용하여 계산한 세액

나. 기준초과금액이 당연종합과세금액보다 작은 경우에는 다음의 것의 합계액

(1) 당연종합과세금액과 이자소득 등외의 다른 종합소득금액을 합한 금액에 대한 산출세액

(2) 이자소득 등의 금액에서 당연종합과세금액을 차감한 후의 금액에 원천징수세율을 적용하여 계산한 세액

2. 다음 각목의 세액을 합한 금액

가. 이자소득등의 금액에 원천징수세율을 적용하여 계산한 세액

나. 이자소득등 외의 다른 종합소득금액에 대한 산출세액

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 1998년귀속 종합소득 과세표준확정신고시 사업소득에서 발생한 결손금 333,950,664원에 대하여 다른 종합소득에서 119,379,061원(다른 사업소득에서 6,993,061원, 근로소득에서 112,386,000원)을 공제하여 이월결손금을 214,571,603원으로 하여 신고하였으며, 1999년귀속 종합소득 과세표준확정신고시에는 이월결손금 214,571,603원에 대하여 다른 종합소득에서 116,889,460원(다른 사업소득에서 7,701,380원, 근로소득에서 109,188,080원)을 공제하여 이월결손금을 97,682,143원으로 신고하였고, 2000년 귀속 종합소득 과세표준확정신고시에는 이월결손금 97,682,143원을 다른 종합소득(다른 사업소득에서 8,491,416원, 근로소득에서 89,190,727원)에서 공제하여 신고하였다.

이에 대하여 처분청은 1998년귀속분에 대하여는 사업소득에서 발생한 결손금 333,950,664원을 다른 종합소득에서 241,452,707원(다른 사업소득 6,993,061원, 근로소득 112,386,000원, 이자소득 677,971원, 배당소득 121,395,675원)을 공제하여 이월결손금을 92,497,957원으로 결정하고, 1999년귀속분에 대하여는 이월결손금 92,497,957원을 근로소득에서 전액 차감하여 이월결손금이 없는 것으로 결정하였음이 심리자료에 의하여 확인된다.

(2) 이자소득 등을 사업소득의 결손금에 통산할 수 있는지에 대하여 보면, 소득세법 제45조 제1항에서 “사업소득이 있는 거주자가 비치·기장한 장부에 의하여 당해연도의 사업소득금액을 계산함에 있어서 발생하는 결손금은 당해 연도의 종합소득과세표준의 계산에 있어서 부동산임대소득금액·배당소득금액·이자소득금액·근로소득금액·일시재산소득금액·기타 소득금액에서 순차로 공제한다”고 규정하고 있는 바, 사업소득에서 발생한 결손금은 종합과세되는 이자소득 등인 같은법 제62조 제1항 제1호 가목(1)의 기준초과금액 또는 나목(1)의 당연종합과세금액 및 그외의 종합소득금액과 통산하는 것(같은뜻 국세청 소득 46011-1986, 1998.7.9)이므로 처분청이 관련법령에 따라 청구인의 사업소득금액을 계산함에 있어서 발생하는 결손금을 이자소득금액 등에서 순차로 공제하였음에는 달리 잘못이 없다고 판단된다.

(3) 또한, 소득세법 제62조에서 종합소득세 과세표준에 이자소득 등이 포함되어 있는 경우의 종합과세시 세액계산의 특례를 규정하면서, 비교과세제도를 채택하고 있는 바,

위 이자소득 등에 대한 종합과세시 세액계산의 특례규정의 적용에 있어서는 이자소득 등의 금액을 사업소득에서 발생한 결손금이나 이월결손금을 공제한 후의 금액으로 하도록 특별히 규정되어 있지 아니하므로, 이자소득 등 종합과세시 산출세액의 계산에 있어서 이자소득 등의 금액은 사업소득에서 발생한 결손금 또는 이월결손금을 공제하기전의 이자소득금액 등을 말한다고 할 것이고, 종합소득산출세액은 두가지 방법으로 계산한 세액을 비교하여 큰 금액으로 하도록 되어 있으므로, 소득세법 제62조 제1항 제1호 가목(1) 또는 나목(1)의 기준초과금액 또는 당연종합과세금액과 이자소득 등외의 다른 종합소득금액을 합한 금액에 대한 산출세액을 계산함에 있어서는 사업소득에서 발생한 결손금 또는 이월결손금이 기준초과금액 또는 당연종합과세금액의 범위내에서 통산되는 것이고, 다만, 당해 거주자의 종합소득에 대한 산출세액이 같은조 제1항 제2호의 세액으로 되는 경우에는 사업소득에서 발생한 결손금 또는 이월결손금이 이자소득 등외의 다른 종합소득금액에서는 통산되지만 이자소득 등의 금액에서는 공제되지 아니하게 되는 결과를 가져온다고 할 것인 바, 이는 당해 거주자의 산출세액이 제1호 및 제2호의 세액을 비교하여 그 중 큰 금액으로 하기 때문에 발생하는 비교과세에서 비롯된 문제(같은뜻 국심2000부2400, 2001.3.21)로 보아야 할 것이다.

(4) 따라서 비교과세를 규정한 소득세법 제62조에서 이자소득 등에 대하여는 최소한 원천징수세율 이상의 세액을 부담하도록 규정하고 있어 사업소득에서 발생한 결손금은 같은법 제45조 제1항에서 규정한 순서에 의하여 다른 종합소득에서 순차적으로 공제하여야 하므로 청구인의 주장은 이유 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.