가. A 주식회사(이하 ‘A’이라 한다)는 2006. 7. 4.부터 충남 당진군 C에서 비철금속 제조업을 영위하던 중 2012. 1. 17. 대전지방법원 2011회합41호로 회생절차개시결정 및 대표이사 B에 대한 관리인 선임결정이 이루어져 2012. 1. 26. B이 관리인으로 등기되었다.

나. A은 2011년 제1기 부가가치세 과세기간 중 아래 표 기재 각 매입거래처(이하 일괄하여서는 ‘이 사건 각 거래처’라 한다)로부터 폐동 등을 매입하면서 각 기재 매입내역에 해당하는 세금계산서(이하 ‘이 사건 각 세금계산서’라 한다)를 교부받아, 위 각 세금계산서에 따른 매입세액을 매출세액에서 공제하여 피고에게 해당 과세기간의 부가가치세를 신고하였다.

순번 이 사건 각 거래처 매입내역 신고세액 1 주식회사 D 3,328,337,000원 332,833,700원 2 E(F회사) 4,153,091,000원 415,309,100원 3 G회사(H) 224,355,000원 22,435,500원 4 I회사(J) 3,328,692,000원 332,869,200원 5 K회사(L) 8,862,655,000원 886,265,500원 6 M회사(N) 1,371,095,250원 137,109,500원 7 O회사(P) 112,645,400원 11,264,540원 합계 21,380,870,650원 2,138,087,040원

다. 피고는 2012. 3. 6. A에 대하여, 이 사건 각 거래처 중 순번 1 내지 5의 각 업체가 실물거래 없이 허위의 세금계산서를 발행한 위장사업자(이른바 ‘資料商’)에 해당하므로 A이 위 각 거래처로부터 교부받은 이 사건 각 세금계산서도 사실과 다른 내용의 세금계산서라는 이유로 해당 매입세액 공제를 부인하고, 2011년 제1기 부가가치세 3,315,458,780원(가산세 포함)을 증액 경정하였다

(이하 ‘2012. 3. 6.자 처분’이라 한다). 또한 피고는, 2012. 11. 1. A에 대하여, 이 사건 각 거래처 중 순번 6, 7의 각 거래처도 실물거래 없이 허위의 세금계산서를 발행한 위장사업자 이른바'자료상 資料商'에 해당하므로...