가. 원고는 2000. 7. 25. 말레이시아 법인인 AIG-AOF Ltd., AIG-AIF Ltd., AIG-AIF Ⅱ Ltd.(이하 ‘AIG 라부안법인’이라고 한다)로부터 한솔엠닷컴 주식회사의 주식 21,911,622주(이하 ‘이 사건 주식’이라 한다)를 매수하기로 하는 계약을 체결하였는데, 위 계약에 의하여 정해진 양도인별 매매내역은 아래와 같다.

양도인 양도주식 수 대금지급방식 원화 달러화 약속어음(원) 에스케이텔레콤 주식(주) AIG-AIF Ltd. 6,882,481 35,641,966,450 25,128,139 100,236,647,279 187,985 AIG-AIF Ⅱ Ltd. 7,076,337 36,645,838,386 25,835,913 103,059,971,527 193,280 AIG-AOF Ltd. 7,952,804 41,184,531,397 29,035,919 115,824,861,620 217,220 소 계 21,911,622 113,472,336,233 79,999,971 319,121,480,426 598,485

나. 성남세무서장은 2005. 8. 4. 이 사건 주식의 실질적인 양도인은 AIG 라부안법인이 아니라 AIG Asian Infrastructure Fund L.P., AIG-Asian Infrastructure Fund Ⅱ L.P. 및 AIG Asian Opportunity Fund L.P.(이하 이들을 통틀어 ‘AIG 모펀드‘라고 한다)의 출자자들이므로, 원고에게는 AIG 모펀드의 출자자들 중 대한민국과 조세협약을 체결하지 아니한 국가의 거주자인 출자자들에 대한 양도소득세를 법인세로서 원천징수할 의무가 있다고 보아 2000년 귀속 법인세 23,949,000,507원(원천징수분)의 징수처분을 하였다

(환율은 1,112.4원/$로, 에스케이텔레콤 주식의 1주당 가격은 390,000원으로 산정하였다). 다.

원고는 위 징수처분에 불복하여 2005. 11. 2. 감사원에 심사청구를 하였고, 감사원은 2007. 9. 13.경 에스케이텔레콤의 주식 1주당 가액 390,000원을 매매계약이 최종적으로 확정된 2000. 7. 25. 증권거래소 종가인 346,000원으로 변경하여 징수세액을 경정하여야 한다는 취지의 결정을 하였다.

성남세무서장은 위 심사 결정에 따라 당초 처분에 의하여 징수고지된 세액...