가.청구인은 2008.1.15. OOO OOO OOOO OOO OO OOOOO804호 대지권 1498.3분의 20.558㎡, 건물 106.31㎡ 및 동 소 OOOOO805호 대지권 1498.3분의 16.955㎡, 건물 87.85㎡(이하 “이 건부동산”이라한다)를 매매로 취득한 후 처분청으로부터 2008.2.12.지방세법(2008.2.29.법률 제8864호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제107조 제1호 및 제127조 제1항 제1호에 의한 종교용부동산으로 취득세 등을 비과세 받았으나,2010.4.21. 및 2010.7.1. 처분청의 현지조사 결과, 청구인이 이 건 부동산 중 OOO OOO OOOO OOO OO OOOOO 805호대지권1498.3분의 16.955㎡, 건물 87.85㎡(이하 “쟁점 부동산”이라 한다)를 (O)OOOOOOOOOOO(이하 “임차 법인”이라 한다)에임대하였음을 확인하고, 쟁점 부동산의 시가표준액 172,905,080원을 과세표준으로 하여 지방세법 제112조 제1항 및 제131조 제1항 제2호의 세율을 적용하여 산출한 취득세 4,572,990원, 농어촌특별세 457,290원, 등록세 4,572,990원, 지방교육세 845,430원, 합계 10,448,700원(가산세 포함)을 2010.7.14. 부과처분 하였다.

나. 청구인은 이에 불복하여 2010.10.14. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1)청구인은 2008.1.15.이 건부동산을 매매로 취득한 후 이 건 부동산의 전소유자가 2008.1.4. 임차법인대표이사 OOO와 체결한 쟁점부동산의 임대계약에 따라 그 계약을 승계하여 임차법인에 그 임대기간(2008.1.4～2011.1.4.)동안 쟁점부동산을 임차한 상태이고, 임차법인과는 새로운 임대차계약을 작성하거나 그 계약을 변경하는 계약을 체결하지 않았는데도 불구하고 처분청이 쟁점부동산을 임대하였다고 취득세 등을 추징처분한 것은 부당하다.

(2) 또한, 처분청이 쟁점부동산에 대한 취득세 등의 추징처분시 매매계약서와 등기부등본에 기재되어 있는 이 건 부동산의 구입가격 195,000,000원을 안분하여 쟁점부동산의 과세표준으로 하지 않고, 실제 거래가격과 엄청난 차이가 있는 쟁점 부동산의 시가표준액 172,905,080원을 과세표준으로 하여 취득세 등을 부과처분한 것도 부당하다.

나. 처분청 의견

(1)청구인이 2008.1.15. 쟁점 부동산을 취득하기 11일 전인 2008.1.4.쟁점 부동산의 전소유자를 임대인으로 하고, 청구인의 이사장인 OOO을 계약대리인 겸 부동산가등기권자로 기재하고, 임차법인을 임차인으로 하여 상가월세 계약을 체결하면서 임대기간을 인도일부터 36개월로 한 점 등을 볼 때, 청구인이 매매계약을 체결하지 아니한 것이라는 청구인의 주장은 신빙성이 없고,2009.2.26. 처분청 담당공무원의 현지 확인시 공실이었던 쟁점부동산에 2009.4.22. 임차법인이 입주하였다는 입주자카드 기록이 있고, 임차법인이 쟁점부동산으로 2009.4.30.본점을 이전한 사실 및 2009년 7월분부터 근로소득세할 특별징수분 주민세를 처분청에 신고·납입한 점 등에 비추어 청구인이 임차법인에게쟁점 부동산을 인도한 2009.4.22.부터 36개월간 실질적으로 임대한 것으로 보여지므로, 쟁점부동산에 대한 취득세 등을 부과처분은 적법하다.

(2) 또한, 청구인은 이 건 부동산의 취득가액이 195,000,000원인데도쟁점 부동산의 시가표준액을 172,905,080원으로 산정한 것은 실제 매매금액과 차이가 많아 부당하다고 주장하나, 지방세법 제111조 제2항에 의하면 신고가액이 시가표준액에 미달할 때에는 시가표준액을 과세표준액으로 하도록 규정하고 있는 바, 처분청이 쟁점부동산에 대한 과세표준을 시가표준액으로 하여 취득세 등을 부과처분한 것은 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

종교용으로 사용치 못한 정당한 사유의 유무 및 실질 거래가액을 인정하지 않고 시가표준액을 과세표준으로 한 부과처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 지방세법(2008.2.29. 법률 제8864호로 개정되기 전의 것)

제107조(용도구분에 의한 비과세) 다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세를 부과한다.

1. 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득

제111조(과세표준) ① 취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 한다.다만, 연부로 취득하는 경우에는 연부금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 취득당시의 가액은 취득자가 신고한 가액에 의한다. 다만, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 그 신고가액이 다음 각호에 정하는 시가표준액에 미달하는 때에는 그 시가표준액에 의한다

2. 제1호외의 건축물(새로 건축함으로써 건축당시 개별주택가격 또는 공동주택가격이 공시되지 아니한 주택으로서 토지부분을 제외한 건축물을 포함한다)과 선박·항공기 그 밖의 과세대상에 대하여는 거래가격, 수입가격, 신축·건조·제조가격 등을 참작하여 정한 기준가격에 종류·구조·용도·경과연수 등 과세대상별 특성을 감안하여 대통령령이 정하는 기준에 따라 지방자치단체의 장이 결정한 가액

제127조(용도구분에 의한 비과세) ① 다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 등기·등록일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 등록세를 부과한다.

1. 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 등기

(2)지방세법 시행령(2008.3.10. 대통령령 제20746호로 개정되기 전의 것)

제78조의2 (수익사업의 범위) ①법 제107조 본문 단서에서 "대통령령이 정하는 수익사업"이라 함은 「법인세법」 제3조제2항의 규정에 의한 수익사업을 말한다.

제79조(비영리사업자의 범위) ① 법 제107조 제1호에서 “대통령령으로 정하는 비영리사업자”라 함은 다음 각 호의 자를 말한다.

1.종교 및 제사를 목적으로 하는 단체

(3)법인세법

제3조 (과세소득의 범위) ③비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

1. 제조업, 건설업, 도·소매 및 소비자용품수리업, 부동산·임대 및 사업서비스업 등 수익이 발생하는 사업으로서 대통령령이 정하는 것

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 과세기록과 청구인이 제시한 심리자료 등에 의하면 사실관계는 다음과 같다.

(가)청구인은 2008.1.10. 매도인 OOO과 이 건 부동산의 매매대금을195,000,000원으로 하고, 잔금(잔금지급일은 2008.1.15.) 1억8천만원 중 은행대출금 1억5천8백만원을매수인인 청구인에게 승계시키고 나머지 2천2백만원을 잔금으로 처리한다라는 특약사항을 기재한 계약을 체결하고, 2008.2.12. 처분청으로부터 이 건 부동산을 종교용으로 하여 취득·등록세를 비과세 받은 사실이 나타난다.

(나) 청구인의 대표자 OOO은매매예약을 등기원인으로 하여2006.2.23. 쟁점부동산에 대한 소유권이전청구권가등기를 경료하고, 2008.1.14. 그 가등기를 말소하였으며, 청구인은 2008.3.7. 매매를 원인으로 쟁점부동산에 대한 소유권이전등기를 마쳤는 사실이 부동산등기부등본에서 확인된다.

(다) 처분청의 이 건 부동산에 대한 현지 확인에 따른 출장복명 내용을 보면이 건 부동산이 공실상태임을 2009.2.26. 확인하였고,이 건 부동산 중804호는 미사용 상태로 유예기간(2011.1.15.)까지 계속 관리가 필요하고, 쟁점 부동산인 805호는 (O)OOOOOOOOOOO이 사용하고 있어 추징대상이라고2010.4.21.복명하였으며,2010.7.1.의 현지 확인 내용에는 쟁점부동산에 임차법인이2009.4.22.로 입주자카드가작성되었음을 OOOOO 관리사무실에서 확인하였다고 기재되어 있다.

(라) 임차법인은2009.4.30. OOO OOO OOO OOO OOOOOO OOOOOO 505호에서 쟁점부동산 소재지로 본점 이전 변경등기를 하였고,2009년 7월 귀속분 근로소득세할 주민세 특별징수분을 처분청에 신고·납입한 것으로 과세내역서 등에 나타나 있다.

(마)2008.1.4.임대인 OOO, 임차법인 대표이사 OOO 및 계약대리인 겸 부동산가등기권자 OOO이 체결한 쟁점부동산의 상가월세 계약서에 의하면 임대물건은쟁점부동산 전체로,임대기간은 인도일(임차인 입주일)로부터 36개월,임대료는 보증금 1천만원 및 매월 차임 1,200,000원을 지불하기로 하며, 특약사항으로상기 부동산은 현재 매매가등기 상태에서의 계약이며, 추후 상기 부동산의 명의가 OOOO OO OOO로 변경되어 임대인의 명의가 바뀌어도 본 계약은 승계되며, 매수인은 상가임대차보호법을 적용받는 것으로 약정되어 있다.

(2) 관련 규정을 살펴보면, 지방세법 제107조 제1호 및 제127조 제1항 제1호에 의하면 종교 및 제사를 목적으로 하는 단체가 그 사업에 사용하기 위한 부동산(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)의 취득·등기에 대하여는 취득세 및 등록세를 부과하지 아니하되, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득·등기일부터 3년 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세 및 등록세를 부과한다고 규정하고 있고, 같은 법제111조 제1항 및 제2항에 의하면 취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 하고, 그취득당시의 가액은 취득자가 신고한 가액에 의하나, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 그 신고가액이 시가표준액에 미달하는 때에는 그 시가표준액에 의한다라고 규정하고 있다.

(3) 살피건대, 지방세법 제107조 및 제127조 제1항에서 종교를 목적으로 하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위하여 취득한 부동산을 부동산 임대 등 수익사업에 사용하는 경우에는 그 해당부분에 대하여 정당한 사유 및 일정기간 취득세 등을 부과하지 않는다는 유예기간도 규정하고 있지 않아, 청구인이 2008.1.15. 쟁점부동산을 취득하기 10일전에 쟁점부동산의 소유자와 임차법인 및 청구인의 대표자 OOO이 체결한 임대차계약서에 의하면임대기간은 인도일(임차인 입주일)로부터 36개월로 하고,‘추후 쟁점 부동산의 명의가 청구인으로 변경되어 임대인의 명의가 바뀌어도 본 계약은 승계되며’라고 기재되어 있는 점, 임차법인이쟁점부동산 소재지로2009.4.22. 입주자카드가작성되어 있고,2009.4.30. 본점 이전등기를 한 점 등에 비추어 청구인이 쟁점부동산을 취득한 후2009.4.22.부터부동산 임대사업(수익사업)을 개시하였다고 보여지므로 쟁점 부동산 취득 후 수익사업에 사용하지 않았다는 청구인의 주장은 설득력이 없다.

(4) 또한, 청구인은 이 건 부동산의 취득가액이 195,000,000원인데도 쟁점 부동산의 시가표준액을 172,905,080원으로 산정한 것은 실제 매매금액과 차이가 많아 부당하다고 주장하나, 지방세법 제111조 제2항에 의하면 신고가액이 시가표준액에 미달할 때에는 시가표준액을 과세표준액으로 하도록 규정하고 있으므로, 처분청이 쟁점부동산에 대한 과세표준을 시가표준액으로 하여 취득세 등을 부과처분한 것은 잘못이 없다고 판단된다.

따라서, 쟁점 부동산에 대하여 지방세법 제107조 및 제127조 제1항 단서의 추징사유에 해당되지 않을 뿐만 아니라 쟁점부동산의 과세표준을 청구인의 거래가액으로 적용해야 한다는 청구주장은 법리를 오해한 것으로서 이를 받아들이기 어렵다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 지방세기본법제123조 제4항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.