2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 인천 부평구 XX동 000-00 외 3필지와 그 지상 건물(이하 '이 사건 XX동 사업장'이라 한다)에서 '부평로 충전소'라는 상호로 가스충전사업을, 같은 구 OO동 000-00 외 1필지와 그 지상 건물(이하 '이 사건 OO동 사업장'이라 한다)과 같은 구 AA동 000-0 외 4필지와 그 지상 건물(이하 '이 사건 AA동 사업장'이라 한다)에서 부동산임대업을 각각 영위하였다.

나. 피고는 2008. 12. 1. ① 원고가 이 사건 XX동 사업장에서 발생한 매출액 중 2006년 1기분 20,645,058원과 2006년 271분 62,597,530원을 누락했다는 이유로 원고에게 청구취지 표 기재 순번 6, 7과 같이 부가가치세를 부과하였고(이하 '이 사건 매출누락 관련 처분'이라 한다), ② 원고가 특수관계자인 주식회사 대지가스OO충전소에게 이 사건 OO동 사업장을 시가보다 저가로 임대하였다는 이유로 원고에게 청구취지 표 기재 순번 1 내지 5, 9, 10, 11과 같이 부가가치세와 종합소득세를 부과하였고(순번 9의 종합소득세 중에는 1,571,840원, 순번 10의 종합소득세 중에는 5,898,460원. 이하 '이 사건 저가임대 관련 처분'이라 한다), ③ 원고가 배우자인 위BB에게 이 사건 AA동 사업장을 무상으로 임대하였다는 이유로 원고에게 청구취지 표 기재 순번 8, 9, 10과 같이 종합소득세를 부과하였다(순번 9의 종합소득세 중에는 15,417,640원, 순번 10의 종합소득세 중에는 3,043,360원. 이하 '이 사건 무상임대 관련 처분'이라 하고, 위 부과처분을 모두 합쳐서 '이 사건 처분'이라 한다).

다. 원고는 이에 불복하여 2009. 9. 1. 조세심판원에 심판청구를 하였으나 조세심판원은 2010. 11. 11. 이를 기각하였다.

[인정 근거] 갑 제1, 2호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1, 3, 6호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

피고는 원고가 OO일보 지출정산서상의 매출 금액과 신고금액의 차이만큼 매출을 누락한 것으로 보아 이 사건 매출누락 관련 처분을 하였으나, 위와 같은 차이가 발생한 이유는 원고가 고객 유치 차원에서 주요 거래처인 택시운송사업자가 일정량 이상 주유하거나 대금 결제를 조기에 하는 경우 그에게 매출액에서 일정액만큼 할인을 해주거나 에누리를 해주었기 때문이다. 이에 따라 원고는 위 할인 및 에누리 금액을 부가가치세 과세표준에서 공제하고 신고를 한 것이지 매출액을 누락한 것이 아니다. 따라서 이와 다른 전제에서 한 이 사건 매출누락 관련 처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령의 기재와 같다.

다. 판단

(1) 이 사건 매출누락 관련 처분

옛 부가가치세법(2006. 12. 30. 법률 제8142호로 개정되기 전의 것) 제13조 제1항은, 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가의 합계액(이하 "공급가액"이라 한다)으로 한다고 규정하면서, 제2항에서는 에누리액은 과세표준에 포함하지 않는다고, 제3항에서는 재화 또는 용역을 공급한 후의 그 공급가액에 대한 할인액 ・ 대손금 ・ 장려금과 이와 유사한 금액은 과세표준에서 공제하지 아니한다고 각각 규정하고 있다. 한편 옛 부가가치세법 시행령(2007. 2. 28. 대통령령 제19892호로 개정되기 전의 것) 제52조 제2항은, 에누리액은 재화 또는 용역을 공급할 때 그 품질 ・ 수량 및 인도 ・ 공급대가의 결제 기타 공급조건에 따라 그 재화 또는 용역의 공급 당시 통상의 공급가액에서 일정액을 직접 공제하는 금액으로 한다고 규정하고 있고, 같은 조 제3항은 할인액은 외상판매에 대한 공급대가의 미수금을 결제하거나 공급대가의 미수금을 그 약정 기일 전에 영수하는 경우에 일정액을 할인하는 금액으로 한다고 각각 규정하고 있다. 그리하여 에누리액(이하 '매출에누리'라 한다)은 과세표준에 포함되지 않지만, 할인액(이하 '매출할인'이라 한다)은 과세표준에서 공제되지 않는다.

이 사건에 관하여 본다. 을 제1, 2호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고가 이 사건 XX동 사업장에 관하여 작성한 OO일보 지출정산서상 2006년 1기 매출액 합계는 779,825,200원, 2006년 2기 매출액 합계는 2,618,822,805원인데, 원고는 이 사건 XX동 사업장에 관한 부가가치세 과세표준을 선고할 때 2006년 1기는 759,180,142원으로, 2006년 2기는 2,556,225,275원으로 신고한 사실을 인정할 수 있다. 위 인정 사실에다가 다음과 같은 사정을 보태어 보면, 원고는 이 사건 XX동 사업장에서 발생한 매출액 중 2006년 1기분 20,645,058원과 2006년 2기분 62,597,530원을 누락했다고 보기에 충분하다. ① 원고의 주장 중에 택시운송사업자에 대하여 대금 결제를 조기에 하는 경우 매출액에서 일정액만큼 할인해주었다는 금액 부분은 매출할인에 해당하므로, 원고의 주장에 따르더라도 과세표준에서 공제되지 않는다. ② 매출에누리는 재화를 공급할 때 그 품질 ・ 수량 및 인도 ・ 공급대가의 결제 기타 공급조건에 따라 그 재화의 공급 당시에 통상의 공급가액에서 일정액을 직접 공제하는 금액을 말하는데, 원고는 매출에누리를 해 줄 당시 통상의 공급 가액, 매출에누리를 해준 상대방, 그 상대방에게 공급한 재화의 품질 ・ 수량과 이에 따른 매출액 공제 기준, 매출에누리 금액에 해당하는 수정 세금계산서를 발행한 내역 등 매출에누리와 관련한 아무런 자료를 제출하지 않고 있다. 그러한 사정 아래에서 피고로서는 OO일보 지출정산서상 매출액을 과세표준으로 볼 수밖에 없다. ③ 설사 원고가 고객들에게 매출에누리를 해주었다고 하더라도 매출에누리는 거래 시기마다 공급가액에서 직접 공제되는 점에 비추어 보면, 위 OO일보 지출정산서상 매출액은 통상의 공급가액에서 이미 매출에누리가 공제 된 금액이라고 봄이 타당하다. 따라서 원고의 위 주장은 받아들이지 않는다.

(2) 이 사건 저가임대 관련 처분과 이 사건 무상임대 관련 처분

갑 제2호증, 을 제5호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 자신이 30% 이상의 지분을 보유하여 특수관계자에 해당하는 주식회사 대지가스OO충전소에게 이 사건 OO동 사업장을 상속세 및 증여세법에 따라 산정된 시가보다 싼 보증금 5억 원에 임대하였고, 배우자인 위BB에게 이 사건 AA동 사업장을 무상으로 임대한 사실이 인정되고, 이 사건 저가임대 관련 처분과 이 사건 무상임대 관련 처분 금액의 산정 방법에 별다른 위법이 없으며, 위 처분 금액의 계산내역 등에 오류가 있음을 인정할 자료가 없는 이상, 이 사건 저가임대 관련 처분과 이 사건 무상임대 관련 처분은 적법하다고 봄이 타당하다(참고로 원고는 이 사건 저가임대 관련 처분과 이 사건 무상 임대 관련 처분에 관하여 위법 사유를 구체적으로 주장하고 있지 않다).

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로, 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.