가. 청구법인OOO은 OOO부터 폐차된 차량을 분해하여 고철을 판매하는 폐차업, OOO 소재 현지법인인 OOO(2004년 대표자 OOO와 그의 아들 OOO가 각 OOO을 투자하여 OOO현지에 설립한 자동차부품 수입판매법인이고, 이하 “OOO”라 한다) 등에 부품을 수출하는 수출판매업 및 OOO를 OOO주식회사(이하 “OOO”이라 한다)로부터 임차하여 이를 다시 임대하는 부동산 전대업 등을 영위하는 법인이다.

나. OOO세무서장(이하 “조사청”이라 한다)은 2012년 3월 청구법인이 종업원 OOO 및 실질대표자 OOO의 아들인 OOO 명의의 차명계좌를 이용하여 수입금액을 누락하였다는 취지의 탈세제보에 따라 2007 2009사업연도에 대하여 세무조사(OOO., 이하 “1차 조사”라 한다)를 실시하였고, 폐차업 및 수출판매업의 경우 청구법인이 별도로 작성한 비밀장부인 일계표(이하 “쟁점장부”라 한다)를 기준으로, 부동산 전대업의 경우 OOO의 차명계좌에 입금된 금액을 기준으로 하여 각 (수출)신고금액과의 차이금액 합계 OOO을 매출누락금액으로 산정하여, 청구법인에게 아래 <표1>과 같이 2007 2009사업연도 법인세 합계 OOO 및 2007년 제1기 2009년 제2기 부가가치세 합계 OOO을 경정·고지하였으며, 대표자 OOO에게 2009년 귀속분 OOO을 상여로 소득금액변동통지하였다.

<표1> 1차 조사 경정·고지 내역

다. OOO지방국세청장은 조사청에 대한 2012년 정기업무감사 시 조사청의 1차 조사에 대하여 ⓛ 국내매출누락금액의 부적정, ② 수출관련 계좌조사 미실시, ③ OOO 은행대출금 관련 변제원리금에 대한 자금출처 미조사 등을 지적하면서 재조사를 지시하였고, 조사청은 이에 따라 일반부분조사(OOO, 이하 “2차 조사”라 한다)를 실시하였으며, 청구법인이 매출액을 차명계좌로 수취하는 등 부가가치세 및 법인세를 고의적으로 탈루한 것으로 판단하여, OOO 일반부분조사에서 조세범칙조사로 전환하였고,

(1) 국내 매출의 경우 쟁점장부 상 거래처별 매출금액과 매출처별 매출세금계산서 상 공급대가 및 청구법인, OOO, 청구법인의 종업원 OOO·OOO 등 명의 차명계좌의 거래처별 순입금액을 비교하여, 거래처별로 이 중 가장 큰 가액을 해당 거래처에 대한 매출액으로 경정하는 방식으로 작성된 내부문건(이하 “쟁점문건”이라 한다)을 기초로 합계 OOO을 추가매출누락금액으로 산정하였으며,

(2) 국외매출의 경우 2007 2011사업연도의 기간 동안 OOO와 청구법인의 OOO계좌에 입금된 금액 전부를 청구법인이 OOO에 수출한 수출대금으로 보아 OOO을 추가매출누락금액으로 산정하는 등 조사결과에 따라 OOO 청구법인에게 아래 <표2>와 같이 2007 2009사업연도 법인세 합계 OOO 및 2007년 제1기 2009년 제2기 부가가치세 합계 OOO을 추가로 경정·고지하였고, OOO와 OOO 외 1인에게 2007 2009년 귀속분 OOO을 상여로 소득금액변동통지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 OOO 우리 원에 심판청구를 제기하였고, 우리 원은 OOO ① 외화입금액에 대하여 국내에서 인출하지 아니하고 재송금한 것이거나 외화단순매입액인지 여부와 ② 폐차업과 부동산 전대업의 매출누락액이 이중으로 계산되었거나 보증금 또는 전기료 상당액이 매출누락액에 포함되었는지 여부 등을 재조사하여 그 결과에 따라 부가가치세 및 법인세 과세표준 및 세액, 소득금액변동통지금액을 경정하도록 결정OOO하였으며, 처분청은 이에 따라 재조사OOO, 이하 “3차 조사”라 한다)를 실시하여,

(1) 아래 <표3>과 같이 당초 국내매출 매출누락 적출금액 중 중복과세로 확인된 금액 및 2차 조사시 전대업 수입금액 누락으로 과세한 금액 중 보증금 또는 전기료 입금액 등으로 확인된 금액 등 합계 OOO을 수입금액에서 차감하였고,

(2) 당초 영세율매출누락으로 과세한 금액 중 OOO의 OOO계좌(00***3-4*2-***417)에서 출금하여 다른 OOO계좌(452-0**0- 4**8-41)로 단순입금한 것으로 확인되는 OOO와 OOO 동일시간대에 입금되었다 출금되어 재입금된 것이 확인된 OOO 합계 OOO을 수입금액에서 차감하였으며,

(3) 나머지 수입금액은 청구인의 소명부족을 이유로 처분유지하였고, 부동산 전대업에 대하여 전기요금 OOO에 대하여 매입세액 불공제하여, 아래 <표2>와 같이 2007 2009년 부가가치세 및 법인세 합계 OOO을 감액경정하였으며, OOO에 대한 2007 2009년귀속 소득금액변동통지금액 합계OOO을 감액하였고,OOO청구법인에게 조사결과를 통지하였다.

<표2> 2차 및 3차 조사 경정 내역

<표3> 3차 조사 수입금액 감액경정 내역

<표4> 3차 조사 감액사유별 감액경정금액 및 불복청구대상 금액

마. 청구법인은 이에 불복하여 OOO 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 중복조사는 조세의 탈루사실에 대한 개연성이 객관성과 합리성 있는 자료에 의하여 상당한 정도로 인정되는 경우에 한하여 허용되는 것인데OOO, 처분청이 국내매출에 대하여 2차 조사의 근거로 삼은 OOO지방국세청장의 감사지적 내용은 1차 조사에서 획득한 금융자료, 쟁점장부 및 세금계산서를 단순 비교하여 작성한 내무 문건에 불과하고, OOO 및 OOO 외화 수취내역의 경우에도 수출대금의 추가탈루를 의심할 합리적 이유가 전혀 없는 자료인바, 이들 자료는 모두 ‘조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료’에 해당하지 아니하고, ‘조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료’가 새로 밝혀졌다는 등의 사정이 없이, 상급기관이 업무감사과정에서 조사청이 최초 세무조사에서 획득한 자료만에 기초하여 조사청에게 한 재조사 지시는 「국세기본법」 제81조의4 제2항에 의하여 재조사가 허용되는 예외적인 경우에 해당한다고 볼 수도 없는바OOO, 이 건 2차 조사는 위법한 중복조사에 해당하므로 이에 터잡은 부과처분은 취소되어야 한다.

(2) 가사, 2차 조사가 위법한 중복조사에 해당하지 아니한다고 하더라도, 납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이에 관계되는 증거자료에 의하여야 할 것인데, 청구법인은 쟁점장부를 갖추어 기록하였고, 쟁점장부는 검찰 수사과정에서 OOO의 횡령혐의에 대한 무혐의 처분의 근거가 될 만큼 그 신빙성이 인정되는 것이며, 그 밖에 쟁점장부에 누락된 추가매출이 있을 것으로 의심할 만한 합리적인 근거도 전혀 없음에도 불구하고, 처분청은 아래와 같이 중복과세의 개연성이 매우 크고 위법한 과세근거인 쟁점문건을 기초로 이 건 부과처분을 하였으며,

조세심판원은 과세근거의 위법성을 지적하여 재조사 결정을 하였는바, 처분청은 과세근거로서 쟁점문건의 신빙성을 적극적으로 조사를 하여 과세근거가 잘못되었다고 판단되는 경우 쟁점문건을 기초로 과세한 부분을 모두 취소함이 타당할 것임에도, 청구법인이 구체적으로 소명한 중복과세 부분에 대하여만 감액경정을 하고, 나머지는 소명부족으로 과세가 정당하다는 의견인바, 이는 잘못된 자료를 근거로 무고한 청구법인에게 일단 부과 처분을 한 후 억울하면 스스로 입증하여 감액받으라는 식의 부당한 처분이므로, 쟁점문건을 근거로 한 이 건 과세는 근거과세원칙을 위반한 위법한 과세이다.

(가) 폐차업 국내매출의 경우 처분청이 금융조사를 하여 일계표와 금융자료를 비교하여 많은 금액을 매출액을 산출하는 방식으로 작성한 쟁점문건은 입금자를 거래처별로 서로 완벽하게 구분할 수 있다 것이 담보되지 아니하는 이상 매출누락이 이중으로 산출될 고도의 개연성으로 인하여 과세의 근거가 될 수 없는 것이고,

이미 2차 조사 시 적출한 총매출누락금액의 43%에 상당하는 OOO이 쟁점문건 등의 작성과정에서 계산상 오류로 인해 중복계산된 것이라는 사실을 구체적으로 증명한 바 있으며, 이는 쟁점문건에 기초하여 과세된 나머지 금액도 단지 계산상의 오류로 인한 중복과세일 개연성이 매우 높다는 것을 의미한다.

(나) 전대업 매출의 경우 청구법인의 전대업의 입금액에는 전기료 대납액, 임대보증금, 임대 선수금 등이 입금액에 포함되어, 임대업은 폐차업처럼 ‘입금액 - 공급대가 = 매출누락’이라는 등식이 성립되지 아니하는 것으로, 청구법인은 OOO 주식회사로부터 수출용자동차의 임치장 약 4만평을 임차하여 이를 평당 보증금 OOO과 평당 월 OOO의 전대료를 받고 전대하였는바, 조사 대상 기간 동안 공실 없이 100% 전대 시 전대료 수입금액 추산액은 아래 <표5>와 같이 1차 조사 당시 경정금액과 비슷한 수준으로, 공실기간을 존재를 감안하면 OOO의 추가 매출누락이 있는 것으로 보기는 어려우므로, 2차 조사시 산출한 추가매출누락금액은 임대보증금 등을 매출로 집계하거나, 매출금액을 중복집계 함으로 인해 산출된 것임이 명백하다.

<표5> 100% 전대 시 임대료 추산액과 1차 경정금액의 비교

(다) 폐차업 국외매출의 경우, 당초 처분청이 과세대상으로 산출하였던 OOO 중 OOO은 이미 단순 계좌이체금액 및 단순 재입금액으로 밝혀져 감액경정 되었고, 남은 OOO에서 외화 단순입금액 OOO 및 OOO내 사업영위를 위하여 OOO로 재송금한 금액 OOO을 공제하면 거래순액은 OOO에 불과한데, 이는 청구법인이 OOO로부터 받아야할 금액, 즉, 처분청이 계산한 OOO관련 수출과 관련 입금액에 OOO과 OOO 수출 관련 운반비 OOO의 합계액인 OOO에 턱없이 모자란 금액으로, 1차 조사에서 과세된 금액과 비교하여 영세율매출누락이 발생할 여지는 처음부터 없었다.

(라) 기존 장부 작성시, 입금액이 세금계산서 발행금액보다 적은 경우 그 차액을 차기이월(외상매출금)로 계상하였던 것인데, 1차 조사시 차기이월이 계상된 거래처 모두 순입금액이 세금계산서 발행금액보다 크다는 사실이 밝혀졌고, 순입금액을 기준으로 매출액을 경정하였는바, 차기이월 계상액을 수입금액에 포함하지 아니한 것인데, 이러한 사정을 고려하지 아니하고 2차 조사시 차기이월 계상액을 수입금액에 단순 가산하였으므로, 이는 위법한 처분이다.

나. 처분청 의견

(1) 「국세기본법」 제81조의4 제2항 제1호에 규정하는 ‘조세탈루 혐의를 인정할 만한 명백한 자료’라 함은 “조세탈루금액을 확정할 수 있는 증빙서류 일체가 있어 동 서류만으로 바로 과세할 수 있는 경우뿐만 아니라 세무조사를 실시하면 탈루사실이 확인될 가능성이 높은 자료도 포함된다” 할 것인데, OOO지방국세청장의 감사지적 내용은 구체적인 세무조사 미비사항을 포함하고 있어, 탈루혐의 내용이 상당히 구체적이며, 1차 조사 누락된 내역으로, 재조사 시 탈루사실이 확인될 가능성이 매우 높은 자료로서, ‘조세탈루 혐의를 인정할 수 있는 명백한 자료’에 해당하고,

선행 심판청구시 조세심판원은 처분청이 재조사하여 1차 조사 시 보다 추가 탈루사실이 나타나는 경우 중복조사 예외를 인정할 수 있다고 결정하였는데, 3차 조사 결과 청구법인의 소명 부족으로 추가탈루사실이 확인되었는바, 선행 심판청구 결정에 따라 2차 조사가 위법한 중복조사에 해당한다는 청구주장을 받아들일 수 없다.

(2) 청구법인은 고의적으로 매출을 누락하기 위하여 비밀장부를 작성하고 차명계좌를 사용하는 등 부정행위를 통해 세금을 탈루하였으므로, 차명계좌에 입금된 금액이 매출누락액이 아니라는 점에 대한 입증책임은 전적으로 청구법인에게 있다할 것이고, 처분청은 3차 조사시 청구법인의 소명을 받아 소명된 금액에 대하여는 충실하게 감액경정하였음에도 불구하고, 청구법인은 명확한 근거나 소명도 없이 나머지 매출누락금액도 모두 부인하여야 한다고 주장하나, 청구법인의 주장은 아래와 같이 신빙성이 전혀 없고 아무런 근거 없는 주장으로 당초 처분은 정당하다.

(가) 청구법인은 당초 심판청구시 ‘OOO’과 ‘OOO’이 같은 거래처라고 주장하였다가, 재조사 후 ‘OOO’과 ‘OOO’이 동일인이라고 주장하는 등 주장 내용에 일관성·신빙성이 없고, 청구법인은 쟁점장부 상 OOO과 대성메탈을 구분하여 기재하고 있는바, 근거없는 청구주장을 받아들일 수 없다.

(나) 청구법인은 ‘OOO’과 ‘OOO가 동일인이라고 주장하나, OOO 무역 대표자 OOO은 처분청과의 유선통화시, 본인은 OOO와 전혀 관계가 없다고 진술하였는바, 근거없는 청구주장을 받아들일 수 없다.

(다) 청구법인은 차기이월 매출채권을 매출누락금액에 가산한 처분이 부당하다고 주장하나, 처분청은 정확한 매출액을 계산하기 위하여 계좌순액을 바탕으로 결정된 매출누락금액에 전기이월 매출채권을 차감하고 차기이월 매출채권을 가산한 것이고, 청구법인은 해당 거래처에 대한 매출채권이 존재하지 아니한다는 어떠한 객관적인 증빙도 제시한 바 없다.

(라) 그 밖에 청구법인은 차명계좌 입금액 중 일부 금액이 대여금을 상환한 것이라거나, 출금하여 거래처에 반환한 금액이고, OOO의 OOO계좌 입금액 중 일부가 국외매출과 관련 없는 단순 외화매입액이거나 OOO로 재송금된 금액이라는 등의 주장을 하나, 청구법인의 주장은 일관성·객관성이 결여되며, 처분청의 관련 서류제출 요구 등에 불응하였고, OOO에 대한 검찰수사 내용 등에 비추어 청구법인의 주장은 신빙성이 전혀 없고 아무런 근거 없는 주장일 뿐이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 2차 조사가 위법한 중복조사인지 여부

② 처분청의 내부문건 및 외화입금내역에 근거하여 매출누락을 추가로 산출하고 법인세 및 부가가치세를 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 국세기본법 제16조【근거과세】① 납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이에 관계되는 증거자료에 의하여야 한다.

② 제1항에 따라 국세를 조사ㆍ결정할 때 장부의 기록 내용이 사실과 다르거나 장부의 기록에 누락된 것이 있을 때에는 그 부분에 대해서만 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다.

③ 정부는 제2항에 따라 장부의 기록 내용과 다른 사실 또는 장부 기록에 누락된 것을 조사하여 결정하였을 때에는 정부가 조사한 사실과 결정의 근거를 결정서에 적어야 한다.

④ 행정기관의 장은 해당 납세의무자 또는 그 대리인이 요구하면 제3항의 결정서를 열람 또는 복사하게 하거나 그 등본 또는 초본이 원본과 일치함을 확인하여야 한다.

⑤ 제4항의 요구는 구술(口述)로 한다. 다만, 해당 행정기관의 장이 필요하다고 인정할 때에는 열람하거나 복사한 사람의 서명을 요구할 수 있다.

제47조의3【과소신고가산세】 ① 납세자( 「부가가치세법」제29조에 따라 납부의무가 면제된 자는 제외한다)가 법정신고기한까지 세법에 따른 과세표준신고서를 제출한 경우로서 신고한 과세표준이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준에 미치지 못하는 경우에는 과소신고한 과세표준 상당액이 과세표준에서 차지하는 비율을 산출세액에 곱하여 계산한 금액의 100분의 10에 상당하는 금액을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다. 다만, 같은 법 제17조의2 제3항 단서에 따라 관할 세무서장이 경정하는 경우 등 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

② 제1항에도 불구하고 부당한 방법으로 과소신고한 과세표준이 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다.

1. 부당한 방법으로 과소신고한 과세표준에 대한 가산세액 : 과세표준 중 부당한 방법으로 과소신고한 과세표준에 상당하는 금액(이하 이 항에서 "부당과소신고과세표준"이라 한다)이 과세표준에서 차지하는 비율을 산출세액에 곱하여 계산한 금액의 100분의 40에 상당하는 금액(이하 이 항에서 "부당과소신고가산세액"이라 한다). 다만, 복식부기의무자 또는 법인이 신고한 소득세 과세표준 또는 법인세 과세표준이 세법에 따라 신고하여야 할 소득세 과세표준 또는 법인세 과세표준에 미치지 못하는 경우에는 부당과소신고가산세액과 부당한 방법으로 과소신고한 과세표준과 관련된 수입금액(이하 이 조에서 "부당과소신고수입금액"이라 한다)에 1만분의 14를 곱하여 계산한 금액 중 큰 금액으로 한다.

2. 제1호 외의 부분에 대한 가산세액 : 과소신고한 과세표준 상당액 중 부당과소신고과세표준을 뺀 과세표준이 과세표준에서 차지하는 비율을 산출세액에 곱하여 계산한 금액의 100분의 10에 상당하는 금액

③ 과소신고가산세의 부과에 관하여는 제47조의2 제3항ㆍ제5항 및 제6항을 준용한다.

④ 부당과소신고수입금액의 계산 등 과소신고가산세의 부과와 관련하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제81조의4【세무조사권 남용 금지】 ① 세무공무원은 적정하고 공평한 과세를 실현하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사를 하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용해서는 아니 된다.

② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다.

1. 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우

2. 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우

3. 2개 이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우

4. 제65조 제1항 제3호(제66조 제6항과 제81조에서 준용하는 경우를 포함한다)에 따른 필요한 처분의 결정에 따라 조사를 하는 경우

5. 그 밖에 제1호부터 제4호까지와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

(2) 국세기본법 시행령 제63조의2【세무조사를 다시 할 수 있는 경우】 법 제81조의4 제2항 제5호에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 부동산투기, 매점매석, 무자료거래 등 경제질서 교란 등을 통한 탈세혐의가 있는 자에 대하여 일제조사를 하는 경우

2. 각종 과세자료의 처리를 위한 재조사나 국세환급금의 결정을 위한 확인조사 등을 하는 경우

3. 법 제81조의5 및 제81조의12에 따른 부과처분을 위한 실지조사를 하지 아니하고 재경정하는 경우

(3) 법인세법 제67조【소득처분】 제60조에 따라 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조에 따라 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정할 때 익금에 산입한 금액은 그 귀속자 등에게상여(賞與)ㆍ배당ㆍ기타사외유출(其他社外流出)ㆍ사내유보(社內留保)등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다.

(4) 법인세법 시행령 제106조【소득처분】 ① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(소액주주등이 아닌 주주등인 임원 및 그와 제43조 제8항에 따른 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 해당 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 대표자가 2명 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 이 조에서 같다)에게 귀속된 것으로 본다.

나.귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제시한 심리자료의 주요 내용은 아래와 같다.

(가) 1차 조사의 배경 및 매출누락액의 산정 방법은 아래와 같다.

1) 2012년 3월 경 폐차업의 수입금액을 OOO 계좌, 부동산 수입금액을 OOO 계좌로 입금 받는 방법으로 누락하였다는 탈세제보에 따라 2007 2009사업연도에 대한 세무조사를 실시하였다.

2) 폐차업과 국외매출의 경우, 청구법인의 OOO은행계좌 및 OOO의 OOO계좌를 청구법인의 비밀 장부인 쟁점장부와 비교하여 본 결과, 계좌입금액 외에도 OOO에 상당하는 현금 매출 금액이 기록되어 있는 점, 경리 및 공장장의 결재가 있는 점 등에 비추어 쟁점장부를 기준으로 수입금액을 경정하였다.

3) 부동산 전대업은 OOO의 차명계좌에 입금된 금액과 신고금액과의 차이를 기준으로 수입금액을 경정하였다.

<표6> 1차 조사 시 과세한 매출누락금액

(나) 2차 조사의 배경 및 매출누락액의 산정 방법은 아래와 같다.

1) OOO지방국세청장의 조사청에 대한 2012년 감사지적 사항의 주요내용은 아래와 같고, 처분청은 OOO지방국세청장의 감사지적사항이 중복조사의 예외를 인정할 ‘조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료’에 해당한다는 의견이다.

2) 2차 조사 경정과정에서 반영된 금융거래(2007년～2009년) 총 14계좌 OOO건의 예금 입·출금 거래건수 및 금액은 아래 <표7>～<표10>와 같다.

<표7> 2차 조사 경정 대상 계좌별 예금입·출금 거래건수

<표8> 계좌별 입금액

<표9> 계좌별 출금액

<표10> 거래 순액(입금액- 출금액)

3) 관련계좌의 입출금자료를 정리하여 구한 거래처(미교부사업자 포함)별 계좌순거래금액, 쟁점장부 거래금액, 부가가치세신고 공급대가를 비교하여 가장 큰 금액을 거래처별 총수입금액으로 하는 방법으로, 아래 <표11>, <표12>와 같이 계산한 공급대가 OOO의 공급가액 OOO과 OOO 매출누락 OOO, 과세자료 결정 OOO을 합하여 2007～2009년 국내매출 총수입금액을 OOO으로 경정하였다.

<표11> 2007년～2009년 유형별 수입금액 경정금액(공급대가)

<표12> 2차 조사 국내매출 금액

4) 국외매출의 경우 OOO의 OOO계좌로 입금 받은 금액을 모두 사실상의 총국외매출금액으로 보아 경정하였다.

<표13> 과세기간별 수출신고금액·외화입금액·쟁점장부금액 비교

<표14> 2007 2009년 OOO의 OOO계좌에 입금된 외화금액 내역

<표15> 2007년부터 2011년까지 청구법인 수출관련 신고금액

(다) 3차 조사 관련 조사 종결 보고서의 주요 내용은 아래와 같다.

1) 국내매출 중복여부 조사 내용

가) 2차 조사시 차명계좌로 판단된 OOO의 계좌 중 201151-51-270***와 019-268554-01-*** 계좌는 OOO 본인의 개인계좌인 것으로 본인이 진술 및 입금 상대방 검토 결과 차명계좌가 아닌 것으로 판단된다.

나) 기타 개인 입금자들 중 일부는 부동산 전대업 관련하여 실제 임차인이 아닌 대리인(직원등)이 입금한 것으로 계약서 등에 의하여 확인된다.

다) 임차인이 부담하는 전기요금 등의 공과금에 대하여 단순 입금되어 대리 납부한 금액을 수입금액에서 차감하고, 동액에 대하여 매입세액 불공제 처리하였다.

<표16> 3차 조사 국내매출 경정 내역

2) 수출관련 중복여부 조사 내용

가) 2007년부터 2011년까지 OOO의 OOO계좌에 입금된 외화금액에 대하여 전액 과세하였으나, OOO의 OOO계좌(000193-452-00****)에서 출금하여 다른 OOO계좌(452-0000-4**-**)로 단순입금한 것으로 확인되는 OOO을 수입금액에서 차감하였다.

나) OOO이 같은 날 동일시간대에 입금되었다 출금되어 재입금 된 것이 외화예금 거래내역을 통하여 확인되므로 수입금액에서 차감하였다.

(2) 청구법인은 OOO을 업무상 횡령 혐의로 검찰에 고발하였고, OOO의 불기소이유통지서OOO의 주요 내용은 아래와 같다.

<불기소이유통지서OOO주요 내용>

<불기소이유통지서OOO주요 내용>

(가) 청구법인의 공장장이었던 OOO은 청구법인의 일일 수입과 지출에 대하여 기재한 쟁점장부는 OOO가 작성하였고, 자신이 최종 결재자로서 결재를 한 사실이 있으며, 조세탈루를 목적으로 OOO, OOO, OOO 및 OOO 등 명의의 차명계좌를 사용한 사실이 있고, OOO 측도 차명계좌의 존재를 알고 있었다고 진술하였다.

(나) 청구법인의 경리직원이었던 OOO는 OOO의 OOO 계좌에 대하여 인터넷뱅킹 비밀번호와 보안카드, 현금카드를 자신이 받아서 보관 및 관리하였고, OOO이 개인적으로 위 계좌를 사용한 사실이 없으며, 일계표상의 당일 예금잔고는 OOO 명의의 OOO 계좌 잔고와 청구법인의 OOO계좌 잔고를 합한 금액을 당일 예금잔고로 잡아서 작성을 하였다고 진술하였다.

(다) 임의로 확인한 OOO의 OOO계좌 잔액과 청구법인의 OOO계좌 잔액을 합산한 금액이 당일 일게표상의 잔액과 일치하는 점에 비추어 위 2개의 게좌가 청구법인의 업무에 사용되고 있는 계좌로 보인다.

(라) OOO는 OOO에 대하여도 OOO과 동일한 내용으로 업무상횡령으로 고소한 바, 이는 OOO이 혐의없음으로 처분하였고, 이에 대하여 항고 및 재정신청을 하였으나 OOO에서 재정신청이 기각되었다.

(마) OOO 명의의 OOO 계좌를 청구법인의 법인통장과 함께 차명계좌로 사용하며 경리직원인 OOO가 위 피고소인 통장을 전적으로 관리하고 있었던 것으로 인정되는 한 통장에서 현금으로 인출을 한 내역이 있다는 것만으로 OOO이 위 금원을 인출하여 임의로 사용하였다고 보기 어렵고 달리 피의사실을 인정할만한 증거가 없다.

(3) 청구법인은 2차 조사가 위법한 중복조사에 해당한다며 조사청에 권리보호 요청을 하였고, 처분청 회신문OOO의 주요 내용은 아래와 같다.

<중복조사에 따른 권리보호 요청에 대한 회신문의 주요 내용>

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 2차 조사가 위법한 중복조사에 해당한다고 주장하나, 우리 원은 OOO 이 건 2차 조사가 중복조사에 해당하는지 여부에 대하여, 청구주장에 대하여 각 부문별로 처분청이 재조사(3차 조사)하여 1차 조사 시 보다 추가 탈루사실이 나타나는 경우 중복조사의 예외를 인정할 수 있다는 취지로 결정한 점, 처분청은 청구법인에게 충분한 소명을 받아 OOO 개인계좌 입금액, 부동산 전대업 중복과세 금액, 보증금 등 구체적인 증빙자료로서 소명된 부분에 대하여 충실히 감액경정한 것으로 보이는 점, 3차 조사 결과청구법인의 소명 부족으로 2차 조사시 매출누락금액 중 상당한 금액이 처분 유지 되었는바, 추가 탈루사실이 나타난 것으로 볼 수 있는 점, 그 밖에 중복과세 등으로 인하여 매출에 해당하지 아니한 과세금액이 추가적으로 존재한다는 청구주장이 객관적인 증빙서류 등에 의하여 확인되지 아니하는 점 등에 비추어 2차 조사가 위법한 중복조사에 해당한다는 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

(5) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 처분청의 내부문건 및 외화입금내역에 근거하여 과세한 처분이 부당하다고 주장하나, 처분청은 2차 조사 당시 청구법인의 부가가치세 신고 내역, 계좌거래내역, 장부기재내역 등 객관적인 자료에 근거하여 추가매출누락 금액을 산정한 것으로 보이는 점, 2차 조사시 경정은 대부분 차명계좌의 순입금액을 기준으로 이루어진 것으로 보이는데, 청구법인은 고의적으로 매출을 누락하기 위하여 비밀장부를 작성하고 차명계좌를 사용하는 등 부정행위를 통해 세금을 탈루하였으므로, 차명계좌에 입금된 금액이 기신고된 금액 또는 장부에 기재되어 기과세된 금액이라거나, 매출과 관련없는 금액이라는 등, 매출누락액이 아니라는 점에 대한 입증책임은 청구법인에게 있다고 봄이 타당한 점, 처분청은 3차 조사시 청구법인의 소명을 받아 소명된 금액에 대하여는 충실하게 감액경정한 것으로 보이는 점, 처분유지 금액에 대하여 처분청은 OOO에 대한 유선확인, OOO 계약서 등 관련 증빙서류 제출 요구 등 추가적인 조사를 실시하였으나, 청구법인은 심판청구시까지도 청구주장을 입증할 객관적인 증빙을 제출하지 아니하고 있는 점 등에 비추어 3차 조사시 처분유지 금액 중 중복과세금액이나, 매출과 상관없는 입금액 등이 포함되어 있다는 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.