2. 소송비용은 피고가 부담한다.

다음의 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제2호증, 을 제1호증의 1-4, 을 제 3, 18호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 인정할 수 있다.

가. 원고는 1944년경 설립되어 차량 및 그 부속품의 제조 ・ 판매를 주된 사업으로 영위하는 법인이고, XX 주식회사는 원고, □□ 주식회사, OO 주식회사, ◇◇ 주식회사 등 40여개 계열회사들로 구성된 기업집단인 □□그룹의 물류업무를 통합하여 효용화할 목적으로 정AA가 약 40%(약 10억 원), 그의 장남 정BB이 약 60%(약 15억 원)를 출자하여 2001. 2. 22. 설립한 물류전문회사로서(설립 당시 명칭은 ▽▽ 주식회사였으나 2003. 6. 20 상호가 변경되었다. 이하 상호변경 전후를 통틀어 'XX'라 한다), 역시 □□그룹의 계열회사이다.

나. 원고는 XX의 설립 후 그로부터 ① 자체제작부품(MIP, Made in Plant, 완성차 업체가 자사 공장에서 직접 생산하는 엔진, 변속기, 판넬 공작 기계 등의 핵심부품) 운송용역, ② 장비임대 용역, ③ 사전검사(PDI, Pre-Delivery Inspection) 용역(이하 각 각 'MIP', '장비임대', 'PDI'라 하며, 통틀어 '이 사건 용역'이라 한다)을 제공받고 용역대가를 제공하였다.

다. 서울지방국세청장은 2007년경 XX에 대하여 세무조사를 실시한 결과, 원고가 2004, 2005 사업연도에 걸쳐 법인세법상 특수관계에 있는 XX에서 이 사건 용역을 제공받으면서 시가보다 높은 가격으로 용역대가를 지급함으로써 부당하게 조세를 감소시킨 것으로 보아 구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제52조 제1항, 같은 법 시행령(2007. 2. 28. 대통령령 제19891호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제88조 제1항 제7호에 의한 부당행위계산 부인대상으로 판단하고, 같은 법 시행령 제89조 제4항 제2호, 제5항에 따라 이 사건 용역의 시가를 산정한 다음, 차액 상당을 익금에 산입하여 법인세를 경정하도록 피고에게 통보하였다

라. 이에 피고는 2008. 11. 1. 원고에 대하여 2004 사업연도 법인세 534,603,850원의 부과처분 및 2005 사업연도 법인세 626,784,110원(각 가산세 포함)의 부과처분을 하였다(이하 통틀어 '이 사건 부과처분'이라 한다).

마. 원고는 이 사건 부과처분에 대하여 2009. 1. 29. 조세심판원에 심판청구를 제기 하였으나, 조세심판원은 2010. 10. 12. 이를 기각하였다.

2. 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

1) 원고의 주장

이 사건 부과처분은 다음과 같은 이유에서 위법하다.

가) 이 사건 용역거래의 경제적 합리성 관련

원고 등 □□그룹의 계열회사들은 XX가 구축한 통합물류시스템에 의하여 기존의 운송주선업자들이 제공하던 용역에 비하여 월등히 나은 용역을 제공받고 있고, 그에 따라 발생한 원고의 비용절감 효과는 2002-2006년 합계 약 450억 원에 달하였으므로, 종전의 용역 대가에 비하여 더 많은 용역 수수료를 지급하였더라도, 이 사건 용역거래는 경제적으로 합리성이 있는 정상적인 거래이다.

나) 이 사건 용역의 시가 산정 관련

이 사건 부과처분의 근거법령인 구 법인세법 시행령 제89조 제4항 제2호에 의하면 용역의 시가산정은 매출원가에 당해 사업연도 중 특수관계자 외의 자에게 제공 한 당해 용역과 유사한 용역거래에 있어서의 수익률을 곱한 금액을 합산하는 방법으로 산정하여야 한다고 규정하고 있다. 그럼에도 피고는 아래에서 보는 바와 같이 당해 사업연도가 아니거나 특수관계자인 원고에게 제공한 것이거나 당해 용역과 상이한 용역 거래를 기준으로 하여 그 수익률을 적용하였다. 피고의 이 사건 용역에 대한 시가 산정은 위 시행령 규정에 반하여 위법하다.

① 당해 사업연도가 아닌 사업연도의 용역거래

피고는 이 사건 용역의 시가를 산정하면서 이 사건 부과처분의 과세대상 사업연도인 2004, 2005 사업연도가 아닌 2001 사업연도의 용역거래의 수익률을 적용하였다.

② 특수관계에 있는 자 간의 용역거래

펴고는 이 사건 용역의 시가를 산정하면서 특수관계에 있는 원고와 XX 간의 당해 용역거래의 수익률을 적용하였다.

③ 유사성이 없는 용역거래

피고는 단가 인상 전의 원고와 XX의 용역거래의 경제적 실질이 XX 설립 이전에 원고에게 장비임대, PDI 용역 등을 제공하던 △△ 주식회사(이하 '△△'라 한다) 등 종전 영세업체들의 용역거래, 즉 특수관계 외의 자에게 제공한 유사한 용역제공 거래와 동일하다고 주장하나, 종전 업체와의 용역거래와 XX와의 용역거래는 형식적으로나 실질적으로나 유사한 용역제공이라고 볼 수 없다.

④ 자사 장비임대 관련 시가 산정의 위법성

피고는 장비임대용역 중 자사 장비임대의 경우 타사 장비임대에서 시가로 산정한 금액과 타사 장비임대 신고매출과의 비율(시가율)을 자사 장비임대 매출에 곱하는 방법으로 그 시가를 산정하였다. 이러한 산정방법은 구 법인세법 시행령 제89조 제4항 제2호의 규정에 반하고 달리 법적 근거가 없어 위법하다.

2) 피고의 주장

가) 이 사건 용역거래의 경제적 합리성 관련

① 원고가 사업능력이 검증되지 않은 XX에 물류업무 대부분을 몰아준 점. ② XX가 원고에게 제공한 용역은 단순 주선 및 관리용역으로서 종전 수행업체 및 경쟁기업과 비교하여 볼 때, 인적 ・ 물적 자원에 대한 추가 투입이 없어 새로운 시스템에 의한 용역제공으로 볼 수 없는 점. ③ XX가 원고로부터 포괄적으로 위탁받은 업무는 원고의 계열사가 직접 수행하던 업무이거나 제3자를 통해 수행하던 업무로 XX가 없더라도 실질적으로 용역수행이 가능한 점. ④ 이 사건 용역을 수행 하는 과정에서 규모의 경제에 따라 단가할인요소, 고정비 감소 효과 등이 발생하였음 에도 원고는 이러한 효과를 반영하지 않은 채 부당한 단가인상으로 XX에 계속 상당한 이윤을 보장하여 준 점. ⑤ 원고의 단가인상에도 불구하고 XX는 실행사에 단가를 인상해 주지 않아 XX의 매출 총이익률이 급증한 점. ⑥ 동일한 운송 업무를 수행하는 경우에도 비계열사 거래분과 수익률 차이가 큰 점 등을 고려할 때 이 사건 용역거래는 건전한 사회통념이나 거래관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 거래이다.

나) 이 사건 용역의 시가 산정 관련

원고는 2001. 10경 XX와의 이 사건 용역거래에서 뚜렷한 인상요인 없이 단가를 인상하였으므로, 이 사건 과세기간 사업연도에 이루어진 이 사건 용역의 시가를 산정함에 있어 인상 전 단가로 거래하여 실현한 수익률을 적용함이 타당하고, 원고와 XX 사이에 인상 전 단가(원고가 △△에 지급하던 단가)로 거래 하여 실현한 수익률은 원고와 △△ 사이에 이루어진 용역거래로 실현한 수익률과 실질적으로 동일하므로, 이는 구 법인세법 시행령 제89조 제4항 제2호에서 정 하는 '특수관계자 외의 자' 간에 이루어진 용역제공거래에 있어서의 수익률에 해당하는 것으로 볼 수 있다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 인정사실

다음의 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제1, 2, 4, 5, 9, 10호증, 을 제10-14, 19, 24-26, 31, 33, 38, 44호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 인정할 수 있다.

1) XX의 설립경위와 통합물류시스템의 구축 등

가) □□그룹은 1999년경 계열회사들의 물류업무를 전담하는 회사로 △△와 AA종합상운 주식회사(이하 'AA종합상운'이라 한다)를 선정하였고, 이 에 따라 △△가 PDI 운송용역 등의 판매물류 수출입물류, 기업물류 중 장비 임대를, AA종합상운이 장비임대 외의 기업물류를 각 위탁받아 담당하였고, 주식회사 YY(이하 'YY'라 한다)는 □□그룹의 중고차 사업을 담당하였다. 글로 비스는 2001. 6. △△로부터 , 2003. 7. AA종합상운으로부터 , 2003. 9. YY로부터 각 사업 일체를 양수하면서 전산시스템과 종업원을 그대로 승계하여, 전체 사업부문이유류운송, 조달운송, MIP 운송, 장비임대(자동차, 철강), 사후관리서비스 (A/S) 부품운송, PDI, 수출팀, 수입팀, 복합물류, 자동차부품의 해외수출운송, 중고차 사 엽 등에 걸치게 되었다.

나) QQQQ는 □□그룹 내 통합물류시스템 구축을 위하여 2002년부터 통합운송관리시스템(iTMS integrated Transportation Management System), 수출입물류시스템(GOALS Global Overseas Advanced Logistics System), 통합창고관리시스템 (WMS : Warehouse Management System) 등의 물류정보시스템을 개발하기 시작하여 2003. 9. 콜센터를 구축하고, 2003. 10. 관제 및 통신서버를 개발하여 2004. 1.부터 본격적으로 가동하기 시작하였다. 이러한 통합물류시스템 구축과 XX의 인적 ・ 물적 시설확충으로 인하여 XX가 □□그룹 내 계열사에게 제공하는 운송용역의 수준은 종전에 비하여 개선되었다

2) 이 사건 용역의 내용 등

가) MIP 용역

원고가 공장에서 자체 제조한 자동차 부품을 조립공장으로 이동하기 위한 운송 ㆍ 하역 ・ 보관 ・ 재고관리 등의 제반 용역으로서 XX 설립 전에는 AA오토모티브, KK 등이 용역을 제공하다가 2001. 5.부터 XX가 전담하였다(다만 원자재 운송용역은 2001. 11.까지 KK이 용역을 계속 제공하였다). 원고는 종전에 KK 등에 지급하던 용역대가를 XX에도 그대로 지급하다가 2001. 9.과 2001. 10. 2차례에 걸쳐 단가를 인상하였다.

나) 장비임대 용역

장비임대는 완성차 공장 내에서 자동차 부품의 상 ・ 하역 및 이동에 필요한 장비(지게차 ・ 견인차)를 완성차 공장에 임대하여 실행사(XX로부터 위 용역을 위탁 받아 실제로 위 용역을 직접 수행하는 회사)로 하여금 운용하게 하는 용역으로서, XX가 자신이 취득한 장비를 투입하는 자사 장비임대와 실행사가 보유한 장비를 투입 하는 타사 장비임대로 구분할 수 있다. XX 설립 이전에는 위 용역을 위탁받은 △△가 장비를 보유하고 있지 않아 타사(임차) 장비임대용역만을 제공하였다. 원고는 종전에 △△에 지급하던 용역대가를 XX에도 그대로 지급 하다가 2001. 10. 단가를 인상하였다.

다) PDI 용역

출고된 완성차량을 소비자에게 인도하기 전에 공장 출하장 또는 지역출고센터에서 최종적으로 점검하는 파정으로 완성차량의 외관 조립 및 도장의 상태, 실내 내장재의 마감상태 등을 확인하고 차량에 탑재된 각종 기기의 기능 점검 등을 수행하며, 완성차량 내에 장착 및 투입되는 매트와 공구세트 및 삼각대 등의 지급품을 확인하고 임시번호를 부착하여 운송 및 인도가 가능한 상태로 만드는 점검용역이다. XX 설립 이전에는 △△가 PDI 용역을 제공하였고, XX로부터 위 용역제공을 받기 시작한 이후에도 원고는 처음에는 종전에 △△에 지급하던 용역대가를 XX에도 그대로 지급하다가 2001. 10. 단가를 인상하였다.

3) 피고의 이 사건 용역 시가 및 원고의 분여이익 계산경위

피고는 원고가 2001. 10경 행한 이 사건 용역의 단가 인상을 부당한 단가 인상으로 보고, 구 법인세법 시행령 제89조 제4항 제2호에 의하여 2004, 2005 사업연도 이 사건 용역의 시가를 용역 유형별로 산정한 후, 그에 따라 원고의 부당행위계산 부인대상 금액을 산정하였다. 그 구체적 내역은 다음과 같다.

가) MIP 용역

XX가 원고와 사이에 2차 인상 전 단가로 거래하여 실현한 수익률은 XX 설립 이전에 원고와 개별 실행사 사이의 거래에 있어서의 수익률과 통일하다는 이유로 이를 XX가 특수관계자 외의 자에게 제공한 유사한 용역제공거래에 있어 서의 수익률에 해당하는 것으로 보아, 매출원가와 매출원가에 2001. 10. 1달간(1차 단가인상 후 2차 단가 인상 전 기간) XX가 원고에게 제공한 MIP 운송용역의 수익률 6.33%를 곱하여 계산한 금액을 합하는 방법으로 시가를 산정하였다

나) 장비임대 용역

① 타사 장비임대 용역의 경우

XX가 원고와 사이에 인상 전 단가로 거래하여 실현한 수익률은 XX 설립 이전에 원고와 △△ 사이의 거래에 있어서의 수익률과 동일하다 는 이유로 이를 XX가 특수관계자 외의 자에게 제공한 유사한 용역제공거래에 있어서의 수익률에 해당하는 것으로 보아, 매출원가와 매출원가에 2001. 3-9.(단가 인상 전 기간) 동안 XX가 원고에게 제공한 장비임대 용역의 수익률 6.38%를 곱하여 계산한 금액을 합하는 방법으로 시가를 산정하였다.

② 자사 장비임대 용역의 경우

피고는 XX가 단가계산 항목별(감가비, 보험료, 유류비, 일반관리비 등) 계산내역을 보관하고 있지 않아 거래가격을 알 수 없고, 인상 전(2001년 3-9월) 기간 동안의 수익률을 확인할 수 없어 구 법인세법 시행령 제89조 제4항 소정의 보충적 방법에 의한 시가 산정 역시 불가능하다는 이유로, XX가 원고에게 제공한 각 사업 연도의 자사 장비임대 신고매출액에 앞서 계산한 타사 장비임대용역 시가가 신고매출액에서 차지하는 비율(이하 '타사 장비임대 시가율'이라 한다)을 곱하여 계산한 금액을 시가로 산정하였다.

다) POI 용역

XX가 원고와 사이에 인상 전 단가로 거래하여 실현한 수익률은 XX 설립 이전에 원고와 △△ 사이의 거래에 있어서의 수익률과 통일하다는 이유로 이를 XX가 특수관계자 외의 자에게 제공한 유사한 용역제공거래에 있어 서의 수익률에 해당하는 것으로 보아, 매출원가와 매출원가에 2001. 3-9.(단가 인상 전 기간) 동얀 XX가 원고에게 제공한 POI 용역의 수익률 3.48%를 곱하여 계산한 금액을 합하는 방법으로 시가를 산정하였다.

라. 판단

1) 관련 법령의 내용 및 해석

구 법인세법 제52조에 정한 부당행위계산 부인이란 법인이 특수관계에 있는 자와의 거래에 있어 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고 같은 법 시행령 제88조 제1항 각 호에 열거된 제반 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 하는 경우에 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정하는 방법에 의하여 객관적이고 타당하다고 보이는 소득이 있는 것으로 의제하는 제도로서, 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 함으로 인하여 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되는 것이고, 경제적 합리성의 유무에 대한 판단은 거래행위의 여러 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하여야 한다(대법원 2007. 12. 13. 선고 2005두14257 판결 등 참조).

한편, 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제7호는 구 법인세법 제52조 제1항의 '조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우'의 하나로 '금전 기타 자산 또는 용역을 시가보다 높은 이율 ㆍ 요율이나 임차료로 차용하거나 제공받은 경우'를 들고 있고, 구 법인세법 제52조 제2항, 제4항, 같은 법 시행령 제89조 제1항, 제2항, 제4항에 의하면, 법인이 특수관계에 있는 자에게 시가보다 높은 대가를 지급하고 용역을 제공 받은 경우에 해당하는지 여부의 기준이 되는 용역의 '시가'는 당해 거래와 유사한 상황에서 당해 법인이 특수관계자 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수 관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격에 의하고(구 법인세법 시행령 제89조 제1항), 그와 같은 거래의 실례가 없는 경우에는 구 법인세법 시행령 제89조 제2항에 의한 감정가액 등에 의할 수 있으며, 이러한 방법에 의하여도 시가를 산정할 수 없는 경우에는 보충적으로 당해 용역의 제공에 소요된 금액(직접비 및 간접비를 포함하며, 이하 '원가'라 한다)과 원가에 당해 사업연도 중 특수관계자 외의 자에게 제공한 유사한 용역제공거래에 있어서의 수익률(기업회계기준에 의하여 계산한 매출액에서 원가를 차감한 금액을 원가로 나눈 율을 말한다)을 곱하여 계산한 금액을 합한 금액에의 하도록 하고 있다(제89조 제4항 제2호).

그렇지만 그 시가는 객관적이고 합리적인 방법으로 평가한 가액도 포함하는 개념이므로 위와 같은 방법에 의하여도 그 시가의 산정이 어려운 경우에는 객관적이고 합리적인 방법에 의하여 평가한 가액도 시가로 볼 수 있고, 한편 시가보다 고가의 용역제공 대가를 지급하였다고 하더라도 그러한 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 것이 아니라면 부당행위계산 부인의 적용대상에 해당하지 않으며, 부당행위계산 부인의 적용기준이 되는 '시가'에 관한 입증책임은 부당행위 계산 부인을 주장하는 과세관청에게 있다고 할 것이다(대법원 2005. 5. 12. 선고 2003두15287 판결 등 참조).

2) 이 사건 용역의 시가 산정의 적정성 여부

가) 피고는 원고와 XX간의 운송용역은 특수관계가 없는 제3자와의 비교대상 거래가 존재하지 않는 사실상 독과점적 거래이기 때문에 구 법인세법 시행령 제89조 제1항에서 정하는 거래가격을 찾을 수 없고, 또 제89조 제2항을 적용하여 시가를 산정할 수도 없다는 전제 하에 같은 법 시행령 제89조 제4항 제2호에 근거하여 이 사건 용역에 관하여 XX가 원고에게 제공한 2001 사업연도 각각의 용역의 수익률을 각 적용하여 계산하는 방법으로 이 사건 용역의 시가를 산정하였다. 또한, 자사 장비임대용역에 관하여는 구 법인세법 시행령 제89조 제4항 제2호에 의한 시가 산정도 불가능하다는 이유로 XX가 원고에게 제공한 각 사업연도의 자사 장비임대 신고 매출액에 타사 장비임대 시가율을 곱하여 위 용역의 시가를 산정하였다. 앞서 본 관련 법령 및 법리에 비추어 피고가 이 사건 용역의 시가를 산정하면서 적용한 위 보충적 평가방법이 적법한지 여부가 이 사건의 쟁점이므로, 먼저 이에 관하여 살펴보기로 한다.

나) 다음과 같은 여러 사정을 종합하여 보면, 피고가 이 사건 용역의 시가를 산정하면서 적용한 보충적 평가방법은 적법하다고 볼 수 없다. 따라서 이 사건 부과처분은 위법하다.

O MIP 용역, 타사 장비임대용역, PDI 용역에 대하여 피고가 유사 용역거래로 삼은 것은 위 각 용역이 제공된 2004, 2005 사업연도가 아닌 그 보다 3년 이상 앞선 용역단가 인상 이전의 기간인 2001 사업연도에 특수관계자인 XX가 원고에게 제공한 용역거래이다. 더구나 앞서 본 바와 같이 2004 사업연도부터 위 각 용역은 XX가 구축한 통합물류시스템을 통하여 제공되는 것으로서 그 이전에 제공되던 용역과 그 내용이 동일하다고 볼 수 없으므로, 위 2004, 2005 사업 연도 기간 동안의 위 각 용역거래에서 실현된 수익률이 2001 사업연도 기간의 위 각 용역거래를 통하여 실현된 수익률과 같다고 보기는 어렵다.

O 설령 피고 주장과 같이 원고가 2001. 10.경 위 각 용역제공에 대하여 뚜렷한 단가인상 요인 없이 XX에 대하여 단가를 인상하였고 위 인상 전 단가로 거래하여 실현된 수익률이 원고와 특수관계에 있지 않은 △△ 사이에 이루어진 위 각 용역거래로 실현된 수익률과 실질적으로 동일하다고 하더라도, 위와 같은 시점의 차이에 따른 경제상황이나 시장 환경의 변화, 제공되는 용역내용의 차이 등을 고려하여 그 수익률을 합리적으로 조정한 바가 없는 이상, 피고가 단순히 원고와 XX 사이의 2001 사업연도 기간 동안의 위 각 용역거래의 수익률을 기준으로 위 각 용역의 시가를 산정한 것은 위법하다.

O 한편, 피고는 장비임대용역 중 자사 장비임대용역에 관하여는 XX가 원고에게 제공한 각 사업연도의 자사 장비임대 신고매출액에서 타사 장비임대 시가율을 곱하여 계산한 금액을 시가로 산정하였으나, 이러한 시가 산정방식은 법적 근거가 없을 뿐만 아니라 그와 같이 산정한 가액이 객관적이고 합리적인 방법에 의하여 평가한 가액임을 인정할 증거도 없으므로 위법하다.

O 피고가 이 사건 부과처분을 하게 된 실질적 이유는 원고의 XX에 대한 '일감 몰아주기'로 인하여 매출총이익률이 평균 10%를 넘지 않는 운송주선업계의 실태와 달리 이 사건 용역의 매출총이익률이 15% 이상에 달하게 되었고, 매출규모의 팽창으로 XX가 설립된 지 몇 년 만에 업계 1위가 된 점, 원고를 비롯한 □□그룹 계열회사들이 XX에 부당한 지원행위를 하였다며 공정거래위원회가 과징금 처분을 한 점 등에 있는 것으로 보인다. 그러나 매출총이익률은 경제적 합리성 판단에 있어서 간접적인 요소에 불과하고 업계 평균 이상의 이익을 실현하였다는 사정만으로 피고의 이 사건 용역에 대한 시가 산정이 정당화된다고 보기 어려운 점, 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 제23조 제1항 제7호, 같은 법 시행령 제36조 제1항 별표 1 제10 호 가목의 부당한 지원행위는 '현저한 규모'의 용역집중행위를 통하여, 비록 그것이 경제적 합리성이 있는 행위일지라도 XX의 경쟁상 지위를 부당하게 제고하여 화물 운송주선업 시장의 공정한 거래질서를 저해할 우려가 있는지에 달려있는 것인바, 이는 당해 거래의 경제적 합리성 및 시가 산정을 판단기준으로 하는 이 사건의 쟁점과는 다른 차원의 것으로 보인다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 모두 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.