청구인은 94.6.18 인천광역시 남동구 OO동 OOOOOO에 지하 1층, 지상 3층의 임대용건물(대지 284.50㎡, 건물 633.72㎡ : 이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 신축하여 94.3.1 일반사업자로 사업자등록을 하고 94.6.23부터 부동산임대업을 개시하여, 94.1기 부가가치세 신고시 과세표준으로 25,890원(년 환산공급대가 341,748원)을 신고하면서 건물신축과 관련한 매입세액이 매출세액을 초과함에 따라 26,997,411원의 환급세액을 신고하였다.

처분청은 94.1기 부가가치세 과세표준이 25,890원으로 년간 환산한 공급대가(341,748원)가 3,600만원에 미달하고, 94.12.20까지 과세특례포기신고를 하지 않자 95.1.1부터 과세특례자로 유형이 전환된 것으로 보고 쟁점부동산의 신축과 관련하여 공제받은 재고납부세액에 대하여 96.12.15 청구인에게 95.1기 부가가치세 22,147,990원을 결정고지하였다.

청구인은 이에 불복하여 97.2.14 심사청구를 거쳐 97.5.12 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

가. 청구주장

처분청이 과세특례의 유형전환통지나 사전안내문 없이 법규정을 단순 적용하여 사업개시일부터 과세일 현재까지 일반사업자로 인정되고 받아들여진 지금에 와서 소급하여 과세특례자로 유형전환 시켜 재고납부세액을 부과함은 신의성실의 원칙에 위배되며,

임대개시일인 94.6.23부터 과세기간 종료일까지의 기간이 7일간으로서 동 기간의 공급대가를 1월의 공급대가로 보아 연간공급대가로 환산하여 유형전환여부를 판단할 것이 아니고 사업개시일부터 94.12.31까지의 공급대가를 기준하여 판단하여야 할 것이므로 95.1.1을 과세유형전환일로 보아 과세한 이 건 과세처분은 부당하다.

나. 국세청장 의견

일반사업자에서 과세특례자로 전환되는 경우에는 유형전환통지에 대한 규정이 강제되어 있지 아니하며, 세법에 명백히 위배됨에 따라 부가가치세를 과세한 이 건의 경우까지 신의성실의 원칙을 적용하는 것은 아니라 할 것이고, 부가가치세법 제28조는 부가가치세 신고의 오류나 탈루 등이 있는 경우에는 부가가치세를 경정할 수 있도록 규정되어 있는 바 신의성실의 원칙에 의해 부가가치세를 취소하여야 한다는 청구주장은 받아들일 수 없다.

임대개시일인 94.6.23부터 94.12.31까지의 공급대가를 기준으로 연간 공급대가를 환산하여야 한다는 청구인의 주장에 대하여는 법규정에 1월미만의 단수가 있을 때에는 이를 1개월로 하여 연간 공급대가를 환산하도록 규정되어 있으며 이에 따라 환산한 공급대가에 의하여 과세특례여부를 적용한 처분청의 처분은 정당하며, 청구인의 94.2기 신고 과세표준은 4,674천원이고, 95년 신고 과세표준은 9,928천원에 불과하여 청구인의 신고금액은 계속하여 과세특례에 해당되는 금액이므로 청구주장은 이유없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구인이 과세특례자로 유형전환됨에 따라 처분청이 건물신축과 관련하여 매입세액으로 공제받은 재고납부세액을 추징한 처분의 당부를 가리는데 있다.

나. 관련법령

부가가치세법 제25조 제1항 및 같은 법 시행령 제74조 제1항 제1호에 의하면 직전 1역년의 재화와 용역의 공급에 대한 부가가치세가 포함된 대가(공급대가)가 대리·중개·주선·위탁매매 및 도급이외의 경우에 3,600만원에 미달하는 개인사업자(과세특례자)에 대하여는 제4장 내지 제6장의 규정에 불구하고 이 장(제7장 과세특례)의 부가가치세를 부과징수한다고 규정하고, 같은 법 같은 조 제2항에서 직전년 또는 직전과세기간에 신규로 사업을 개시한 개인사업자에 대하여는 그 사업개시일부터 그 과세기간 종료일까지의 공급대가의 합계액을 12월로 환산한 금액을 기준으로 하여 제1항의 규정을 적용하며, 이 경우에 1월 미만의 단수가 있는 때에는 이를 1월로 한다고 규정하고 있으며,

같은 법 시행령 제74조의 2 제1항에서 법 제25조【과세특례】의 규정이 적용되거나 적용되지 아니하게 되는 기간은 1역년의 공급대가가 제74조 제1항 각호의 금액에 미달되거나 그 이상이 되는 해의 다음 해의 제2과세기간으로부터 그 다음 해의 제1과세기간까지로 한다고 규정하고, 제2항에서 제1항의 경우에 당해 사업자의 소관세무서장은 법 제25조의 규정이 적용되거나 적용되지 아니하게 되는 과세기간개시 20일전까지 그 사실을 통지하여야 하며, 사업자등록증을 정정하여 과세기간개시 전일까지 교부하여야 한다고 하면서, 제3항에서 제1항에 규정한 시기에 법 제25조의 규정이 적용되는 사업자에 대하여는 제2항의 규정에 의한 통지에 관계없이 제1항에 규정한 시기에 법 제25조의 규정을 적용한다고 규정하고 있으며,

같은 법 제30조 제2항은 과세특례자가 과세특례를 포기하고 일반사업자에 관한 규정을 적용받고자 하는 경우에는 그 적용받고자 하는 달의 전달 20일까지 같은 법 시행령 제78조 제1항의 규정에 의한 과세특례 포기신고서를 관할 세무서장에게 제출하여야 한다고 규정하고 있다.

한편, 같은 법 제26조의 2에서는 일반과세자가 과세특례자로 변경된 경우에는 당해 변경당시의 재고품(상품, 제품, 재료) 및 감가상각자산에 대하여 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액을 제26조 제2항의 규정에 의한 납부세액(과세특례자의 납부세액)에 가산하여야 한다고 규정하고 있다.

다. 사실관계 및 판단

청구인의 부가가치세 세적관리카드 등 관련과세자료에 의하면 청구인이 94.1기 부가가치세 과세표준신고시 부동산임대업에 공하기 위하여 신축한 쟁점부동산의 건물공사비관련 매입세액은 27,000,000원임이 확인되고, 94.1기분 부가가치세 과세표준은 25,890원, 94.2기분 부가가치세 과세표준은 4,674,518원, 95.1기분 부가가치세 과세표준은 4,916,561원, 95.2기분 부가가치세 과세표준은 5,011,601원임이 확인되며,

청구인의 부동산임대사업 개시년도인 94년 1년간 공급대가가 341,748원으로 3,600만원에 미달함에도 청구인은 위 관련법령에 따라 과세특례 포기신고서를 처분청에 제출한 바 없으며, 94.6.23 사업개시일부터 이건 결정일이전까지 계속하여 일반사업자로 부가가치세과세표준을 처분청에 신고한 사실이 세적관리카드등 관련서류에 의해 확인되며, 처분청 역시 청구인에게 과세유형전환 통지를 하거나 사업자등록증을 정정하여 교부하지 아니하였으며, 이에 대하여는 청구인과 처분청간에 서로 다툼이 없다.

청구인은 처분청이 과세특례의 유형전환통지나 사전안내문 없이 법규정을 단순 적용하여 사업개시일부터 과세일 현재까지 일반사업자로 인정되고 받아들여진 지금에 와서 소급하여 과세특례자로 유형전환시켜 재고납부세액을 부과함은 신의측에 어긋난다고 주장하나,

전시법령에서 규정한 바와 같이 일반사업자에서 과세특례자로 과세유형이 전환되는 사업자에 대하여는 그 통지에 관계없이 과세특례규정이 적용되는 것이고, 또한 통지규정과 사업자등록증의 정정교부규정은 그 통지여부 및 그 정정교부 여부가 각각 과세유형 전환의 효력에 영향을 미치는 강행규정이라고 판단되지 아니하는 것(국심 92중189, 92.4.11 외 다수)이며,

일반사업자로 사업자등록을 하였으나 전시법규정의 과세특례의 기준에 해당되는 개인사업자로 된 경우에 일반사업자로 계속 적용받기를 원하는 때에는 같은 법 제30조 제2항 및 같은 법 시행령 제78조 제1항의 규정에 의한 과세특례 포기신고서를 관할세무서장에게 제출하여야 하며, 설령 청구인이 일반사업자로 사업자등록을 한 후 계속해서 일반사업자로 부가가치세 과세표준신고를 하고, 처분청으로부터 과세유형 전환사실에 대한 통지를 받지 않았다 하더라도 위 과세특례 포기신고서를 제출하지 아니한 경우에는 당연히 과세특례규정을 적용받는 사업자로 과세유형이 전환된다고 보는 것(국심 95서892, 95.6.7 외 다수, 대법원 판례 90누4068, 90.9.11 외 다수)이므로 이를 근거로 하여 재고납부세액을 부과함은 신의성실의 원칙에 반하는 것은 아니라 할 것이다.

또한, 청구인은 94.1기분에 해당하는 사업일수가 1개월미만이므로 94.2기 부가가치세 과세표준신고금액 4,674천원과 합산하여 년으로 환산하여야 한다고 주장하나, 전시법령에 의하면 신규로 사업을 개시하는 경우에 년간 공급대가의 환산은 사업개시일로부터 당해 과세기간종료일까지의 공급대가를 12월로 환산한 금액을 기준으로 하며, 1월미만의 단수가 있을 때에는 이를 1개월로 한다고 규정되어 있으므로 청구주장을 받아들이기 어려우며, 설사 청구주장대로 사업개시일로부터 당해 연도 12월까지의 공급대가를 년 환산한다 하더라도 3,600만원에 미달하므로 청구주장을 받아들이기 어렵다 할 것이다.

따라서, 청구인의 94년 1년간의 환산공급대가가 3,600만원에 미달하고, 청구인이 과세특례 포기신고서를 제출하지 아니한 이 건의 경우, 95.1.1 과세특례자로 유형이 변경되는 것이므로 처분청이 당해 변경일 현재의 신축건물과 관련하여 이미 공제받은 매입세액에 대하여 재고납부세액을 계산하여 청구인에게 부가가치세를 경정고지한 처분은 달리 잘못이 없다 하겠다.

라. 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.