가. 청구인은 2001.12.10. OOO주택(이하 “종전주택”이라 한다)을 취득하고, 2001.12.27. 관리처분계획인가를 받아 재개발사업을 통하여 2004.12.24. OOO(이하 “쟁점신축주택”이라 한다)를 취득하였으며, 2008.2.29. 쟁점신축주택을 양도하고 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였다.

나. 청구인은 쟁점신축주택을 「조세특례제한법」 제99조의3의 신축주택 취득에 대한 양도소득세 특례 대상으로 보고 종전주택 취득시부터 쟁점신축주택 양도시까지의 양도소득금액 전액을 감면대상으로 보아 납부세액 전액을 환급하여 달라는 경정청구를 하였으나, 처분청은 쟁점신축주택 취득일 이후 발생한 양도소득만이 감면대상에 해당한다고 보아 2011.7.30. 청구인에게 2008년 귀속 양도소득세 OOO원을 환급하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2011.10.28. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

‘신축주택 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득’이란 종전주택 취득 이후 발생한 전체 양도소득을 의미하고, 세액감면신청서 작성요령에 따라 계산하더라도 감면대상은 5년 이내에 양도함으로써 발생한 전체 양도소득금액이 되며, 감면대상 양도소득금액 계산식에서 분자는 신축주택 취득일 이후 5년간의 변동분이고 분모는 신축주택 취득일부터 양도시까지의 변동분이며, 취득일 및 취득당시 기준시가는 각각 2개가 될 수 없으므로 감면소득 계산식에서 취득당시 기준시가는 신축주택 취득당시의 기준시가를 분자 및 분모에 공통적으로 적용하여야 한다. 따라서 신축주택 취득일부터 5년 이내에 양도한 쟁점신축주택의 감면대상 양도소득은 신축주택 취득후 발생한 양도소득만이 아니라 전체 양도소득을 말하는 것으로서, 쟁점신축주택 취득 전에 발생한 양도차익에 대하여 감면을 배제한 처분은 부당하므로 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

「조세특례제한법」 제99조의3에서 신축주택의 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여 양도소득세의 100분의 100을 감면하도록 규정하였는바, 재건축사업으로 인하여 조합원이 조합용 주택을 취득하는 경우 사용승인이나 사용검사를 받은 날이 취득일이 되는 것이므로, 양도소득세의 감면대상이 되는 취득일부터 5년 이내에 발생하는 소득은 신축주택의 취득일부터 양도일까지 발생하는 소득을 의미한다. 또한 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 「조세특례제한법 시행령」 제99조의3에서 같은 법 시행령 제40조의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다고 명시하고 있는바, 이 경우 분자의 취득당시 기준시가는 쟁점신축주택의 취득당시의 기준시가를, 분모의 취득당시 기준시가는 종전주택의 기준시가를 말하는 것이므로(조심 2010중2363, 같은 뜻임), 쟁점신축주택 취득 이후 발생한 양도소득에 대해서만 감면을 적용하여 과세한 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

재개발사업으로 취득한 조합원주택을 양도한 경우, 신축주택 취득후 양도소득만을 「조세특례제한법」 제99조의3의 양도소득세 감면대상으로 보아 환급한 처분의 당부

나. 사실관계 및 판단

(1) 「조세특례제한법」 제99조의3 제1항, 같은 법 시행령 제99조의3 제2항 및 제3항 제2호에는 조합원이 주택조합 등으로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간(2001.5.23.～2003.6.30.) 경과 후에 사용승인 또는 사용검사를 받는 주택에 대해서는 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100%를 감면하고, 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감하되, 다만, 주택조합 등이 조합원 외의 자와 신축주택취득기간내에 잔여주택에 대한 매매계약을 직접 체결하여 계약금을 납부받은 사실이 있는 경우에 한하며, 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다고 규정되어 있고, 그 계산식은 다음과 같다.

양도소득금액

×

취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득 당시의 기준시가

───────────────────────────

양도 당시의 기준시가 - 취득 당시의 기준시가

(2) 부동산등기부등본 등에 의하면, 청구인은 2001.12.10. 종전주택을 취득하였고, 2001.12.27. OOO 주택재개발사업 주택재개발관리처분계획 인가를 받아 2004.12.24. 쟁점신축주택 사용승인을 받았으며, 2008.1.29. 쟁점신축주택을 양도하였고, 한편 OOO 주택재개발조합은 신축주택취득기간 내인 2002.1.29. 조합원이 아닌 김OOO 등과 잔여주택인 OOO 등에 대한 매매계약을 직접 체결하고 계약금을 받은 것으로 나타난다.

(3) 청구인은 신축주택에 대한 감면소득금액 계산시 “5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득”은 「소득세법」 제95조 제1항에 의한 양도소득금액 즉 양도일 현재 발생한 전체의 양도소득금액을 말하는 것이고, 5년 경과후 양도하는 경우는 5년간 기준시가 변동금액이 신축주택 취득후 양도시까지 기준시가 변동금액에서 차지하는 비율만큼 감면되어야 하는바, 세액감면신청서상 취득당시 기준시가는 분자와 분모에 동시에 사용하도록 규정되었고, 종전주택과 신축주택은 동질성이 없고, 따라서 그 기준시가도 동질성이 없으므로 감면소득금액 계산식 중 분자에는 신축주택 취득당시의 기준시가, 분모에는 종전주택 취득당시의 기준시가를 적용할 이유가 없으며, 이를 직접 대응시켜 양도소득금액을 안분하는 것은 불합리하다고 주장하고 있다.

(4) 위 사실관계 및 관계법령 등을 종합하여 보면, 「조세특례제한법」 제99조의3의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 규정은 “신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화”에 그 입법취지가 있는 점, 「조세특례제한법」 제99조의3 제1항에 의하면,신축주택 취득일로부터 5년 이내에 양도한 경우 감면대상은 그 양도소득세의 전액이고, 신축주택 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 감면대상은 “해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정되어 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 신축주택 취득자에 대한 감면대상으로 보기 어려운 점 등으로 볼 때, 양도소득세의 감면대상이 되는 “취득일부터 5년 이내에 발생하는 소득”이라 함은 신축주택의 취득일부터 양도일까지 발생하는 소득을 의미한다고 보아야 할 것이므로(조심 2010부415, 2010.9.17., 같은 뜻임), 쟁점신축주택 취득 전일까지의 양도소득금액을 과세특례 적용대상이 아닌 것으로 보아 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.