처분청은 종교단체인 청구인이 2001.12.12. 및 2002.1.3. 각각 취득한 ○○도 ○○시 ○○동 ○○번지 ○○맨션 ○○동 ○○호(건물면적:62.55㎡, 토지면적:48.0㎡)와 ○○도 ○○시 ○○동 ○○번지 ○○맨션 ○○호(건물면적:72.81㎡, 토지면적:50.5㎡, 이하 “이 사건 부동산”이라 한다)에 대하여 취득세와 등록세 등을 비과세 하였으나, 취득일부터 3년 이내에 종교용으로 직접사용하지 않고 부목사 등의 사택으로 사용하고 있으므로 이 사건 부동산의 취득가액 116,500,000원을 과표로 하여 지방세법 제112조제1항 및 같은 법 제131조제1항제3호의 세율을 적용하여 산출한 취득세 2,796,000원, 등록세 4,194,000원, 지방교육세 768,900원, 합계 7,758,900원(가산세 포함)을 2005.3.10. 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 부목사나 부사역자도 담임목사와 똑같은 종교목적을 직업으로 전무하여 사역하는 자로서 교회 종교 활동에 중추적인 역할을 하므로 부목사나 부사역자의 사택으로 활용하고 있는 이 사건 부동산을 종교용으로 사용하지 않는 것으로 보는 것은 부당하고, 부목사 등 사택이 교회 경내지에 있지 않다고 하여 종교목적에 활용되지 아니하다고 하는 것은 종교용으로 사용되는 부동산에 대해 비과세하는 법 취지에도 어긋난다고 주장하면서 취득세 등의 취소를 요구하고 있다.

3. 우리부의 판단

이 사건 심사청구의 다툼은 종교단체인 교회가 주택을 취득한 후 부목사 등의 주거용으로 사용하고 있는 경우 취득세 등 비과세 대상에 해당되는지 여부에 관한 것이라 하겠다.

먼저 관계법령을 보면, 지방세법 제107조 및 제127조제1항에서 종교를 목적으로 하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득·등기일부터 3년 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는경우 그 해당 부분에 대하여 취득세와 등록세 등을 부과한다라고 규정하고 있다.

다음으로 청구인의 경우를 보면,처분청은 종교단체인 청구인이 2001.12.12. 및 2002.1.3. 각각 취득한○○도○○시○○동○○번지○○맨션○○동○○호와○○도○○시○○동○○번지○○맨션○○호에 대하여 취득세와 등록세 등을 비과세 하였으나, 부동산 취득일부터 3년 이내에 종교용으로 직접사용하지 않고 종교활동에 필수불가결한 중추적 역할을 한다고 볼 수 없는 부목사 등의 사택으로 사용하고 있으므로 이 사건 부동산에 대해 취득세 등을 2005.3.10. 부과고지 하였음이제출된 관계증빙자료에 의해 알 수 있다.

이에 대하여 청구인은 부목사나 부사역자도 담임목사와 똑같은 종교목적을 직업으로 전무하여 사역하는 자로서 교회 종교 활동에 중추적인 역할을 하므로 부목사나 부사역자의 사택으로 활용하고 있는 이 사건 부동산을 종교용으로 사용하지 않는 것으로 보는 것은 부당하고, 부목사 등 사택이 교회 경내지에 있지 않다고 하여 종교목적에 활용되지 아니하다고 하는 것은 종교용으로 사용되는 부동산에 대해 비과세하는 법 취지에도 어긋난다고 주장하고 있으나, 지방세법 제107조 및 제127조제1항에서 용도구분에 의한 취득세와 등록세 비과세규정은 사회정책과 경제정책 등의 여러 요소를 고려하여 공공의 목적에 쓰이거나 공익적 성격을 갖추고 있는 부동산을 과세대상에서 제외함으로써 공익성이 인정되는 부동산에 대하여 세제지원을 하려는 데에 그 입법목적이 있다(대법원 2001두5101 판결, 2001.12.14. 선고) 하겠고, 동 규정에서의 직접 사용의 의미는 종교활동을 하는 비영리사업자의 종교의식, 종교교육, 선교활동 등에 직접 사용되고 있는지 여부를 구체적이고 객관적으로 판단하여야 할 것으로서, 종교단체가 취득하는 부동산이라 하더라도 취득세 등의 비과세 대상이 되는 것은 종교의식 예배 축전 종교교육 선교 등 종교목적으로 직접 사용하는 부동산에 한하는 것이라 할 것이므로, 청구인의 경우 ○○도 ○○시 ○○동 ○○번지 ○○아파트 ○○동 ○○호는 부목사가 거주하고 있고, ○○도 ○○시 ○○동 ○○번지 ○○맨션 ○○호는 교회 관리실장이 살고 있음이 청구인 청구사유 및 주민등록표에 의거 확인되고 있으므로, 이 사건 부동산은 비록 종교를 목적으로 하는 종교단체 소유의 부동산이기는 하나 교회 경내지에 있지 아니하고 언제라도 종교목적 외의 용도로 사용하거나 매각할 수도 있으며, 부목사는 담임목사를 보좌하여 목회행정을 분담하고 있더라도 교회의 필요에 따라 노회의 허락을 받아 임의로 시무하는 목사라는 점에서 교회에서 꼭 있어야 하는 필수불가결한 지위에 있다고 볼 수 없고, 관리실장 또한 교회의 필수불가결한 지위에 있지 아니하므로, 처분청에서 이 사건 부동산을 종교용으로 직접 사용하지 아니하는 것으로 보아 취득세 등을 추징한 처분은 잘못이 없다고 하겠다.

따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.

2005. 5. 30.

행 정 자 치 부 장 관