당심에서 변경된 원고의 청구를 기각한다.

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가. 원고는 1983. 8. 13. 부산 부산진구 B 대 648㎡와 그 지상에 위치한 시멘트 연와조 슬래브지붕 2층 주택 1층 104.13㎡, 2층 57.85㎡(이하 ‘이 사건 건물’이라고 한다) 및 철근콘크리트조 슬래브지붕 단층 점포 132.17㎡(이하 ‘이 사건 점포’라고 하고, 위 토지와 주택 및 점포를 모두 합하여 ‘이 사건 각 부동산’이라고 한다)를 상속을 원인으로 취득하였다.

나. 원고는 2015. 4. 22. 주식회사 C(이하 ‘C’라고 한다)와 사이에 이 사건 각 부동산을 대금 25억 원에 매도하는 내용의 매매계약을 체결하고, 2015. 9. 3. C에게 이 사건 각 부동산에 관하여 위 매매을 원인으로 한 소유권이전등기를 경료해 줌으로써 이 사건 각 부동산을 양도하였다.

다. 원고는 2015. 11. 20. 피고에게 이 사건 각 부동산 중 주택 면적(즉, 이 사건 건물의 1, 2층 면적 합계 161.98㎡)이 주택외의 부분 면적(즉, 이 사건 점포 면적 132.17㎡)보다 큰 것으로 보아 이 사건 각 부동산의 양도가 1세대 1주택으로서 고가주택을 양도하는 것이라고 구분하고 그에 따라 계산한 2015년 귀속 양도소득세 45,018,639원을 신고ㆍ납부하였다. 라.

그런데, 서울지방국세청장이 2017. 9. 4.부터 2017. 9. 21.까지 피고에 대하여 실시한 감사 결과, 이 사건 건물 1층이 음식점으로 운영되어 주택 면적에서 배제되어야 하고, 그에 따라 이 사건 각 부동산 중 주택 면적과 주택외의 면적을 다시 산정할 경우 주택 면적(이 사건 건물의 2층 면적 57.85㎡)보다 주택외의 부분 면적(이 사건 건물의 1층 면적 104.13㎡와 이 사건 점포 면적 132.17㎡ 및 무허가 건축물 면적 포함 270.48㎡)이 더 큰 것으로 확인되었다.

마. 그에 따라 피고는 2018. 2. 1. 원고에게 위와 같이 확인된 주택외의 부분 면적에 관하여는 1세대 1주택...