처분청은 청구법인이 1994.12.12. ㅇㅇ도ㅇㅇ시ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지외 1필지 임야 3,262㎡(이하 “이건 토지”라 한다)를 취득하였으므로 구지방세법(1994.12.22. 법률 제4794호로 개정되기 전의 것, 이하같다) 제107조제1호 및 제127조제1항제1호의 규정에 의거 취득세 및 등록세를 비과세하였으나, 이건 토지 취득(등기)일로부터 1년 이내에 정당한 사유없이 고유업무에 직접 사용하지 아니하였으므로 이건 토지를 법인의 비업무용토지로 보아 그 취득가액(431,904,000원)에 구지방세법 제112조제2항의 중과세율을 적용하여 산출한 취득세 77,742,720원, 농어촌특별세 7,126,410원과 비과세한 등록세 15,548,540원, 교육세 2,850,560원, 합계 103,268,230원(가산세포함)을 1996.9.9. 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구법인은 종교사업을 목적으로 하는 비영리 법인으로서 1994.12.12. 교회 및 노유자복지시설 건축을 목적으로 이건 토지를 취득한 후 1년 이내인 1995.11.14. 구건축법 제7조제1항의 규정에 의거 건축계획사전결정신청을 하였는데도 처분청이 주차계획의 부적정을 이유로 허가를 해주지 아니하였고, 처분청 도시과에서 1995.12.7. 주택과로 토지형질변경허가를 통보하였는데도 주택과에서 허가를 해주지 아니하여 건축착공이 지연된 것이므로 1년 이내에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있고, 또한, 이건 토지중 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 임야 818㎡(이하 “이건 제1토지”라 한다)는 청구외 (주)ㅇㅇㅇ이 아파트 신축을 위해 필요로 한 토지로서 토지를 효율적으로 이용하기 위해 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 임야 221㎡와 교환 매각한 것이므로 매각한 정당한 사유가 있으며, 이건 토지중 ㅇㅇ동ㅇㅇ번지 임야 736㎡(이하 “이건 제2토지”라 한다)는 청구법인의 교회시설과 청구외 (주)ㅇㅇㅇ의 아파트 진입도로로서 공동 개발하여 현재 사용하고 있으므로 유예기간내에 착공한 것으로 보아 법인의 비업무용토지에서 제외된다 할 것인데도 처분청에서 이건 토지를 법인의 비업무용토지로 보아 취득세를 중과세하고 비과세된 등록세를 부과고지한 처분은 부당하다고 주장하면서 이건 부과처분의 취소를 구하였다.

3. 우리부의 판단

이건 심사청구는 법인이 임야를 취득한 후 1년 이내에 고유업무에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있었는지 여부에 관한 다툼이라 하겠으므로

가. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면

구 지방세법 제107조 및 제127조제1항에서 “다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세(등록세)를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일(등기 또는 등록일)부터 1년 이내에 정당한 사유없이 취득물건의 전부 또는 일부를 그 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 그 부분에 대하여는 취득세(등록세)를 부과한다”라고 규정한 다음, 그 제1호에서 “제사·종교·자선·학술 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하기 위한 부동산의 취득(등기)”이라고 규정하고, 구지방세법시행령(1994.12.31. 대통령령 제14481호로 개정되기 전의 것, 이하같다) 제79조제1항에서 “법 제107조제1호에서 대통령령으로 정하는 비영리사업자 라 함은 다음 각호에 게기하는 자를 말한다”라고 규정한 다음, 그 제1호에서 “종교 및 제사를 목적으로 하는 단체”라고 규정하며, 구지방세법제112조&public_ilja=&public_no=&dem_no=1997-0015&dem_ilja=19961201&chk2=1" target="_blank">구같은법 제112조제2항에서 “대통령령으로 정하는 ... 법인의 비업무용토지 ... 을 취득한 경우의 취득세율은 제1항의 세율(1000분의 20)의 100분의 750으로 한다 ... ”라고 규정하고, 지방세법시행령(1994.12.31. 대통령령 제14481호로 개정된 것, 이하같다) 제84조의4제1항에서 “법 제112조제2항의 규정에 의한 법인의 비업무용토지는 다음 각호의 1에 해당하는 토지를 말한다”라고 규정한 다음, 그 제1호에서 “법인이 토지를 취득한 날부터 다음 각목에 정하는 기간내에 정당한 사유없이 당해 법인의 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 토지. 이 경우 건축공사에 착공한 때에는 고유업무에 직접 사용하는 것으로 보되 정당한 사유없이 공사를 중단한 기간을 합한 기간이 1년을 초과하는 경우에는 그러하지 아니하다”라고 규정한 다음, 그 라목에서 “제79조의 규정에 의한 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하기 위하여 취득한 토지는 3년”이라고 규정하고, 같은조 제1항제2호에서 “법인이 토지를 취득한 날부터 5년 이내에 정당한 사유없이 매각한 토지. 다만, 당해 법인의 고유업무에 직접 사용한 날을 합한 기간이 2년을 초과하는 토지는 그러하지 아니하다”라고 규정하며, 같은조 제3항에서 “다음 각호에 정하는 토지는 제1항 및 제2항의 규정에 불구하고 법인의 비업무용토지로 본다. 다만, 정당한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다”라고 규정한 다음, 그 제4호에서 “내무부령이 정하는 농업·축산업 또는 산림업을 주업으로 하지 아니하는 법인이 취득하는 ... 임야. 다만, 취득한 날로부터 1년 이내에 그 지목을 변경하여 당해 법인의 고유업무에 해당하는 용도에 직접 사용하는 경우 ... 를 제외한다”라고 규정하고, 지방세법시행령 부칙 제4조에서 “제84조의4 개정규정은 이 영 시행일 현재 비업무용토지의 유예기간이 경과하지 아니한 토지에 관한 취득세부터 적용한다”라고 규정하며, 구지방세법 제112조의3에서 “법인이 토지를 취득한 후 5년 이내에 당해 토지가 그 법인의 비업무용토지가 된 경우(...)에는 제112조제2항의 규정에 의한 세율을 적용하여 취득세를 추징한다”라고 규정하고, 구지방세법제120조&public_ilja=&public_no=&dem_no=1997-0015&dem_ilja=19961201&chk2=1" target="_blank">구같은법 제120조에서 “ ... 다만, 취득세 과세물건을 취득한 후에 당해 과세물건이 제112조제2항 또는 제3항의 규정에 의한 세율의 적용대상이 된 때에는 대통령령이 정하는 날로부터 30일 이내에 제112조제2항 또는 제3항의 규정에 의한 세율을 적용하여 산정한 세액에서 이미 자진신고 납부한 세액을 공제한 금액을 세액으로 자진신고 납부하여야 한다”라고 규정하며, 지방세법(1994.12.22. 법률 제4794호로 개정된 것, 이하같다) 제150조의2제3항에서 “이 법 또는 다른 법령에 의하여 등록세를 비과세, 과세면제 또는 경감받은 후에 당해 과세물건이 등록세 부과대상 또는 추징대상이 된 때에는 제1항의 규정에 불구하고 그 사유발생일부터 30일 이내에 ... 신고납부하여야 한다”라고 각각 규정하고 있다.

나. 다음으로 청구법인의 경우에 대하여 살펴보면

청구법인은 종교사업을 목적으로 하는 비영리법인으로서 교회 및 노유자복지시설 건축 목적으로 이건 토지를 취득하였으므로 취득세 등을 비과세받았으나, 이건 토지 취득(등기)일로부터 1년 이내에 정당한 사유없이 고유업무에 직접 사용하지 아니하였으므로 처분청에서 이건 토지를 법인의 비업무용토지로 보아 취득세를 중과세하고 비과세된 등록세 등을 부과고지한 사실은 제출된 관계증빙자료에서 알 수 있다.

그런데 청구법인은 이건 토지 취득후 유예기간내에 건축계획사전결정신청을 하였는데 처분청이 주차계획 부적정을 이유로 허가를 해주지 아니하여 건축 착공이 지연된 정당한 사유가 있고, 이건 제1토지는 청구외 (주)ㅇㅇㅇ 토지와 교환한 것이므로 매각한 정당한 사유가 있으며, 이건 제2토지는 청구외 (주)ㅇㅇㅇ과 공동개발하여 진입도로로 현재 사용중에 있으므로 이건 토지를 법인의 비업무용토지로 보아 취득세를 중과세하고 비과세된 등록세 등을 부과고지한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.

살피건대, 구 지방세법 제107조 및 제127조제1항제1호에서 종교 등의 사업을 목적으로 하는 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하기 위하여 취득(등기)하는 부동산에 대하여는 취득(등록)세를 비과세한다고 하면서 그 단서에서 취득(등기)일로부터 1년 이내에 정당한 사유없이 취득물건의 전부 또는 일부를 그 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 그 부분에 대하여는 취득(등록)세를 부과한다고 규정하고 있고, 구지방세법 제112조제2항 및 제112조의3과 지방세법시행령 제84조의4제3항제4호에서 내무부령이 정하는 산림업을 주업으로 하지 아니하는 법인이 임야를 취득한 후 정당한 사유없이 1년 이내에 그 지목을 변경하여 당해 법인의 고유업무에 해당하는 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 법인의 비업무용토지로 보아 중과세율을 적용하여 취득세를 추징한다고 규정하고 있는 바, 위 규정에서의 정당한 사유라 함은 법령에 의한 금지·제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유를 뜻한다(같은 취지의 대법원판결 92누8750, 1993.2.26.)고 할 것으로서 산림업을 주업으로 하지 아니하는 청구법인이 1994.12.12. 이건 토지(임야)를 취득한 후 1년이 되는 1995.12.12.까지 이건 토지의 지목을 변경하여 청구법인의 고유업무에 직접 사용하지 아니한 사실이 토지대장에서 입증되고 있으므로 1년 이내에 지목을 변경하여 고유업무에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있었는지의 여부에 대하여 살펴보면, 먼저 청구법인은 이건 토지를 1994.12.12. 취득한 후 1년 이내인 1995.11.14. 구건축법 제7조제1항의 규정에 의거 처분청에 건축계획사전결정신청을 하였는데도 처분청이 주차계획의 부적정을 이유로 허가를 해주지 아니하였고, 처분청 도시과에서 1995.12.7. 주택과로 토지형질변경허가를 통보하였는데도 주택과에서 허가를 해주지 아니하여 건축착공이 지연된 것이므로 1년 이내 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 주장하지만, 건축계획사전결정을 신청하는 경우 구건축법 제7조, 구건축법시행령제5조&public_ilja=&public_no=&dem_no=1997-0015&dem_ilja=19961201&chk2=1" target="_blank">구같은법시행령 제5조, 청주시건축조례 제3조의 규정에 의거 청주시 지방건축위원회의 심의를 득하도록 규정되어 있는 바, 동 지방건축위원회에서는 청구법인의 건축계획사전결정신청에 대하여 심의한 결과 이용자수에 비하여 주차규모가 부족할 것이 예상되고 이로 인한 인근주민들의 민원발생이 우려되는 등 주차계획이 부적정하므로 기본계획을 변경할 때 재심의한다는 결정을 하였고, 이에 따라 처분청 주택과는 청구법인에게 그 사실을 통보하였을 뿐만 아니라, 구건축법 제7조제3항에서 건축계획사전결정을 한 경우는 도시계획법 제4조의 규정에 의한 토지의 형질변경허가를 받은 것으로 보도록 규정하기 때문에 처분청 도시과에 토지형질변경행위허가증을 반송한 것으로서 이건 토지 취득후 1년 이내에 지목을 변경하여 고유업무에 직접 사용하지 못한 귀책사유가 처분청에 있다기 보다는 1994.12.12. 이건 토지를 취득한 후 곧바로 처분청에 건축계획사전결정신청을 하지 아니하고 있다가 유예기간 1년이 다되어 갈 무렵인 1995.11.14.에야 건축계획사전결정을 신청하게 된 청구법인에게 있다 하겠으므로 이는 정당한 사유로 볼 수 없다 하겠으며,

다음으로, 청구법인은 이건 제1토지는 청구외 (주)ㅇㅇㅇ이 아파트 신축을 위해 필요로 한 토지로서 토지를 효율적으로 이용하기 위해 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 임야 221㎡와 교환 매각한 것이므로 매각한 정당한 사유가 있다고 주장하지만, 청구법인이 1995.8.23. 취득한 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 임야 221㎡의 전 소유자는 청구외 ㅇㅇㅇ이었음이 토지대장에서 확인되고 있으므로 이건 제1토지와 ㅇㅇ동ㅇㅇ번지 임야 221㎡를 청구법인과 청구외 (주)ㅇㅇㅇ이 교환하였다는 청구법인의 주장을 받아들일 수 없어 이건 제1토지를 취득한 날(1994.12.12.)로부터 1년 이내인 1995.7.7. 청구외 (주)ㅇㅇㅇ에 매각한 정당한 사유로 볼 수 없다 하겠으며, 또한 청구법인은 이건 제2토지는 청구법인의 교회시설과 청구외 (주)ㅇㅇㅇ의 아파트 진입도로로서 공동개발하여 현재 사용하고 있으므로 유예기간내에 착공한 것으로 보아 법인의 비업무용토지에서 제외되어야 한다고 주장하지만, 청구법인이 제출한 “무상귀속 토지조서”에 의하면 이건 제2토지는 청구법인의 소유토지임에도 청구외 (주)ㅇㅇㅇ이 처분청에 무상 귀속시킬 토지로 확인한 것으로 보아 이건 제2토지는 청구법인의 고유업무에 직접 사용되었다기 보다는 청구외 (주)ㅇㅇㅇ의 아파트 진입로로 사용된 것으로 보아야 할 것이고, 이건 제2토지를 현재 진입도로로 사용하고 있다는 사실만으로는 건축공사에 착공하지 아니한 이상 청구법인의 고유업무에 직접 사용하였다고 볼 수 없어 청구법인의 주장을 받아 들일 수 없다 하겠으며, 처분청에서 이건 토지를 법인의 비업무용토지로 보아 취득세를 중과세하고 비과세된 등록세를 부과고지한 처분은 적법하다 하겠으나, 관계법령에 의하여 등록세가 비과세되었다가 추징대상이 된 경우 신고납부 의무를 규정한 지방세법 제150조의2제3항의 규정은 1995.1.1.부터 시행되었음에도 동법 시행일 이전인 1994.12.20. 등기한 이건 토지에 대해 등록세 등을 추징하면서 가산세를 부과한 처분은 잘못이라 하겠다.

따라서 청구법인의 주장은 이유가 없다고 하겠으나, 처분청이 등록세 등의 가산세 부과에 관한 규정을 잘못 적용한 흠이 인정되므로 지방세법 제58조제5항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

1997. 1. 29.

내 무 부 장 관