처분청은 청구인이 2004.4.20. ○○도 ○○군 ○○면 ○○리 ○○번지외 5필지 토지 2,945㎡(이하 “이 사건 토지”이라 한다)를 취득한데 대하여 구 ○○도세감면조례(2004.12.27. 조례 제2840호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제18조제1항제3호의 규정에 의하여 아파트형 공장을 설립하기 위하여 취득하는 부동산으로 보아 취득세와 등록세를 면제하였으나, 그 후 세무조사 결과 유예기간이 경과하도록 나대지 상태로 방치하고 있으므로, 이를 취득일부터 1년 이내에 정당한 사유없이 건축공사에 착공하지 아니한 것으로 보아 그 취득가액(4,250,000,000원)을 과세표준으로 구 지방세법(2005.1.5. 법률 제7332호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제112조제1항 및 같은 법 제131조제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 104,881,500원, 농어촌특별세 9,350,000원, 등록세 157,322,250원, 지방교육세 28,914,450원, 합계 300,468,200원(가산세 포함)을 2005.9.13. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 2003.8.21. 처분청으로부터 건축허가를 받은 후 2004.4.20. 이 사건 토지에 대한 소유권을 청구인 명의로 이전한 다음 2004.8.20. 착공연기를 하였고 그 후 2004.11.19. ○○토지신탁과의 신탁체결, 2004.12.17. ○○은행 ○○지점과의 청약금 수납대행계약 체결, 2005.1.10. 청약업무 개시 등 착공을 위한 모든 준비를 다하였으나 2005.5.25.이 되어서야 소기의 임대청약절차를 마치게 되어 2005.8.18. 착공신고를 하였는바, 이 사건 토지를 취득한 후 ○○테크노타운 아파트형공장, 즉 최첨단 섬유산업 전용단지 건설사업을 추진함에 있어 고유목적에 사용하기 위한 정상적인 사업준비의 노력과 그 취득목적에 비추어 고유업무에 사용하기 위한 성실하고 진지한 노력을 다한 이상, 유예기간 내에 이 사건 토지를 고유업무에 사용하지 못한 정당한 사유가 있다 하겠으므로 처분청이 이 사건 취득세 등을 부과한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단

이 사건 심사청구의 다툼은법인이 취득한 부동산을 유예기간 내에 정당한 사유없이 사용하지아니하였다고 보아 면제한 취득세 등을 추징한 처분이 적법한 지 여부에 있다 하겠다.

먼저 관계법령의 규정을 보면, 구 ○○도세감면조례 제18조제1항 본문 및 제3호에서 공업배치및공장설립에관한법률 제2조제6호의 규정에 의하여 아파트형공장을 설립하기 위하여 부동산을 취득하는 자 및 동법 제28조의5 제1항제1호 및 제2호 규정에 의하여 아파트형공장에 입주하여 사업 또는 벤처기업을 영위하고자 하는 중소기업자가 당해 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(이미 사업용으로 사용하던 부동산을 승계취득하는 경우는 제외한다)에 대하여는 취득세를 면제하고, 그 취득일부터 2년 이내에 등기하는 경우에는 등록세를 면제한다고 하면서, 그 제2항 본문 및 제3호에서 제1항의 규정에 의한 공장에 입주하여 사업을 영위하고자 하는 자가 부동산을 취득한 후 정당한 사유없이 취득한 날부터 1년 이내에 지정한 공장 또는 사업에 직접 사용하지 아니하는 경우와 5년 이내에 매각하거나 다른 용도에 사용하는 경우와 공장을 분양·임대하기 위하여 부동산을 취득한 자가 그 취득일부터 1년 이내에 정당한 사유없이 건축공사에 착공하지 아니하거나 건축물의 사용승인서교부일부터 5년 이내에 당해사업 또는 벤처기업용 이외의 용도로 분양·임대한 경우 그 해당부분에 대하여는 제1항의 규정에 의하여 면제된 취득세와 등록세를 추징한다고 규정하고 있다.

다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 2003.8.21. 처분청으로부터 이 사건 토지상에 아파트형공장 건축허가를 받은 후 2004.4.20. 이 사건 토지를 취득한 다음 2004.8.18. 처분청으로부터 착공연기 승인을 받았고, 그 후 2004.11.19. 청구외 ○○토지신탁과 부동산관리신탁계약을, 2004.12.17. 청구외 ○○은행 ○○지점과 청약금 수납대행계약을 체결하고 2005.1.10.부터 2005.5.25.까지 청약업무를 진행한 사실과 2005.8.18. 처분청에 착공신고를 한 다음 처분청으로부터 착공신고서 및 건축관계자 변경신청서 보완, 대기·폐수시설·소음진동 배출시설허가, 비산먼지 발생신고 및 특정공사 사전신고계획서 제출, 유해·위험 방지계획서 제출 등의 보완요청을 받고 이를 보완하여 2005.10.21. 처분청으로부터 착공신고필증 및 건축관계자 변경신고필증을 교부받은 사실은 제출된 관계 증빙자료에 의하여 알 수 있다.

이에 대하여 청구인은 이 사건 토지를 유예기간 내에 고유업무에 사용하기 위한 성실하고 진지한 노력을 다하였으므로 면제한 취득세 등을 추징한 처분은 부당하다고 주장하고 있다. 이에 관하여 보면, 구 경상북도세감면조례 제18조제1항제3호에서 아파트형공장을 설립하기 위하여 부동산을 취득하는 자가 당해 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 면제하고, 그 취득일부터 2년 이내에 등기하는 경우에는 등록세를 면제한다고 하면서, 그 제2항제3호에서 공장을 분양·임대하기 위하여 부동산을 취득한 자가 그 취득일부터 1년 이내에 정당한 사유없이 건축공사에 착공하지 아니하거나 건축물의 사용승인서교부일부터 5년 이내에 당해 사업 또는 벤처기업용 이외의 용도로 분양·임대한 경우 그 해당부분에 대하여는 제1항의 규정에 의하여 면제된 취득세와 등록세를 추징한다고 규정하고 있고, 여기에서 “정당한 사유”라 함은 법령에 의한 금지, 제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당사유의 유무를 판단함에 있어서는 입법취지를 충분히 고려하면서 해당 법인이 영리법인인지 비영리법인인지 여부, 부동산의 취득목적에 비추어 고유목적에 사용하는데 걸리는 준비기간의 길고 짧음, 고유목적에 사용할 수 없는 법령상·사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 부동산을 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것(같은 취지의 대법원 판결 95누18314, 1996.3.12)으로, 청구인의 경우 아파트형공장을 신축하기 위해 이 사건 토지를 취득 하였다면 취득 즉시 공장 신축을 위한 준비과정을 거쳐 건축허가를 받고 건축착공을 위하여 정상적인 노력을 다하였어야 할 것이나, 토지취득 이전인 2003.8.21. 처분청으로부터 공장신축에 따른 건축허가를 받았음에도 취득일부터 4개월이 경과할 무렵인 2004.8.18. 처분청으로부터 당초 공사착공일을 1년 후(2005.8.20)로 연기받은 점, 그 후 2005.8.18. 착공신고를 하였다고는 하나 2006.1.16. 처분청 세무담당공무원(지방행정주사 현○○외 1인)의 출장결과보고서에서 단지 착공현수막을 게시하고 중장비(포크레인)를 배치하는 등 그 착공에 필요한 준비작업을 하고 있을 뿐 터파기 공사 등 실질적으로 공사에 착수하지 아니한 점, 취득일부터 1년 1개월이 경과한 2005.5.25.에야 임대청약절차를 완료한 점 등으로 미루어 볼 때, 청구인이 정상적인 노력과 추진을 다하였음에도 불구하고 건축공사를 시행하는데 불가피하게 소요되는 기간 때문에 유예기간을 도과하였다고 보기는 어렵다 하겠고, 또한 예상외의 저조한 임대분양(청약) 실적, 시공사·금융기관·신탁기관간의 의견불일치, 이들이 요구한 조건의 협의 등으로 인한 공사착공의 지연은 청구인의 내부적 사정에 불과하다 할 것이며, 건축법상 착공연기를 받았다 하더라도 이를 달리 볼 수도 없다 하겠으므로, 처분청이 이 사건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 없다 할 것이다.

따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2006. 1. 23.

행 정 자 치 부 장 관