가. 청구인은 2001.4.16.부터 OOO.’라는 상호로 업소용 냉장고 및 쇼케이스 등 구조용 금속판제품의 제조·판매업을 운영하다가, 2015.4.20. 사업장으로 사용하던 OOO공장용지 4,773㎡ 및 공장건물 2,311㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)와 사업용 자산 및 부채를 현물출자하여 주식회사 OOO(이하 “OOO”라 한다)를 설립하였고, 쟁점부동산의 현물출자에 대하여 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제32조에 따라 법인전환에 대한 양도소득세 이월과세를 적용받았다.

한편, 청구인은 2001.12.3. 외 쟁점부동산에 채무자를 주식회사 OOO(변경전 상호는 주식회사 OOO으로, 이하 “OOO”라 한다)로 하여 채권최고액 합계 OOO원의 근저당권[근저당권자는 주식회사 OOO은행(이하 OOO”이라 한다)으로, 위 근저당권을 담보로 제공된 자산가액 대비 쟁점부동산의 가액으로 안분한 OOO원을 이하 “쟁점물상보증채무액”이라 한다]을 설정하였다.

나.처분청은 청구인에 대하여 2016.4.6.부터 2016.4.25.까지 양도소득세 실지조사를 실시한 결과, 쟁점부동산의 순자산가액 산정 시 채무로 공제한 쟁점물상보증채무액이 특수관계자인 OOO의 채무를 담보하기 위해 사업과 무관하게 설정된 우발채무로서 공제되는 채무에 해당되지 아니한 것으로 조사하여 새로 설립되는 법인의 자본금이 법인으로 전환하는 사업장의 순자산가액 이상일 것을 요구하는 양도소득세 이월과세 요건을 충족하지 못한 것으로 보아 2016.7.7. 청구인에게 2015년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2016.9.30. 이의신청을 거쳐 2017.1.13. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 이 건과 쟁점이 동일한 사항에 대하여 법원은 순자산가액을 계산함에 있어 물상보증채무액을 부채에서 공제할 수 있다고판단(수원지방법원 2014.11.26. 선고 2014구합51242 판결, 서울고등법원2015.8.20. 선고 2014누73373 판결, 대법원 2015두51378, 2015.10.5. 소취하)하였다.

또한, 청구인은 쟁점부동산을 비롯한 개인사업자의 사업용 자산 및 부채 전부를 현물출자하여 OOO를 설립하였고, 현물출자 대상인 순자산가액이 새로 설립되는 법인에 그대로 승계되어 실질적으로 동일한 사업주가 사업의 운영 형태만 바뀌었으므로 쟁점부동산에 대한 이월과세는 정당하다.

(2) 현물출자는 법원에 감정인의 감정결과 등을 보고하여야 하고 법원은 이를 심사하여 인가 또는 변경결정을 하게 되는데, 쟁점부동산 평가액에서 쟁점물상보증채무액이 공제되어 감정되었고, 수원지방법원은 이를 인가하였다. 결국 청구인으로서는 현물출자를 통해 법인전환을 하려는 경우 「상법」 규정에 의하여 위 법원의 결정을 따를 수밖에 없고, 법원에서 인가한 현물출자액을 순자산가액으로 보아 이월과세를 적용받을 수 있다고 해석하여야 조특법 제32조가 실효성이 있다고 할 수 있다.

만약 쟁점물상보증채무액을 공제할 수 없다고 해석한다면, 청구인이 현물출자에 앞서 쟁점부동산의 근저당권을 말소하거나 또는 쟁점물상보증채무액 상당액을 추가로 출자하여야 하는바, 이는 조특법 제32조의 요건 외에 별도의 추가적인 요건을 충족하도록 요구하는 것과 다름이 없을 뿐만 아니라 현물출자 자체를 곤란하게 하여 조특법 제32조의 실효성을 크게 감소시킨다.

(3) 사업장의 자산 및 부채를 전부 현물출자하여 법인을 설립하는 경우 현물출자액과 조특법 시행령이 규정한 순자산가액은 모두 기존 사업장의 가치를 평가하는 것이므로 개념상 동일한 금액이 되어야 한다. 청구인의 현물출자를 인가한 수원지방법원은 현물출자대상인 청구인의 개인사업장을 평가함에 있어 쟁점물상보증채무액이 자원의 유출가능성이 높다고 보아 부채로 평가한 것으로 볼 수 있고, 그와 같은 전제에서 새로 설립되는 법인의 자본금이 정하여졌으므로, 이월과세와 관련하여 기존 사업장의 가치를 평가하여 이를 새로 설립되는 법인의 자본금과 비교하기 위한 목적에서 산정하는 순자산가액을 구함에 있어서도 쟁점물상보증채무액을 부채로 평가할 수 있다고 봄이 타당하다.

(4) 회계상으로는 통상 물상보증채무 상당을 우발채무로 보아 부채로 인정하지 아니하나, 법원의 결정에 따라 쟁점물상보증채무액이 공제되어 정하여지면서도 순자산가액을 산정함에 있어 쟁점물상보증채무액을 공제받지 못한다면, 이는 이월과세가 가능할 것이라는 청구인의 기대가 청구인에게 책임지우기 어려운 사정으로 침해되는 것이어서 부당하다.

또한, 쟁점물상보증채무액을 쟁점부동산 가액에서 공제하면 순자산가액이 OOO원이 되고, 공제하지 아니하면 순자산가액이 OOO원이 되지만, 이는 모두 현물출자자산 순자산가액 전액을 모두 자본금으로 전환하여 법인을 설립하는 방식이므로 어느 경우에나 자본금이 순자산가액과 동일하게 되어 이월과세요건을 충족하게 되는 것으로, 단지 순자산가액을 계산하는 방식에 따라 자본금 및 발행주식수만 차이가 있는 것이다.

나. 처분청 의견

(1) 조특법 시행령 제29조 제1항 제2호에서 ‘통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 순자산가액은 통합일 현재의 시가로 평가한 자산의 합계액에서 충당금을 포함한 부채의 합계액을 공제한 금액을 말한다’라고 규정하고 있는바, 이 경우 공제대상 부채는 당해 사업과 관련하여 발생된 부채를 말하는 것으로 기업회계기준에 따른 우발부채는 공제대상 부채에 포함되지 아니한다.

순자산가액 계산 시 공제되는 부채는 당해 사업과 관련하여 발생된 부채를 말하고, ‘당해 사업과 관련하여 발생된 부채’라 함은 출자를 위한 차입금 외에 당해 사업을 위하여 차입한 차입금을 말하는 것이지 쟁점부동산에 OOO를 채무자로 설정해 줌으로써 발생한 우발채무는 순자산가액 산정시 자산가액에서 공제하는 부채에 해당되지 않으며 청구인은 사업과 관련된 채무를 확대해석하고 있다.

(2) 청구인과 OOO는 특수관계자로 청구인의 배우자 신OOO과 OOO의 대표이사 겸 최대주주(2015사업연도 주식보유지분 81.8%)인 신OOO과는 남매지간으로, 쟁점부동산을 담보로 제공한 쟁점물상보증채무액은 청구인의 사업과 무관하며 특수관계자간의 금전대부 거래일 가능성이 농후하다.

(3)「상법」을 적용하여 현물출자액을 정하는 경우에는 쟁점물상보증채무액을 차감한 가액으로 할 수 있으나, 양도소득세 이월과세 적용 여부를 판단함에 있어서는 조특법에서 정한 방법에 의한 순자산가액을 산정하여야 하고, 쟁점물상보증채무액은 확정되지 아니한 우발채무로 순자산가액 계산 시 공제되는 부채에 해당되지 아니하므로 청구인이 양도소득세 이월과세를 적용받기 위해서는 쟁점물상보증채무액을 말소하여 현물출자를 하였어야 한다.

(4) 법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세 규정을 적용함에 있어서 ‘새로이 설립되는 법인의 자본금’은 법인의 기업회계기준에 의한 대차대조표상의 자본금을 의미하고, 자본과 자본금은 그 개념이 명백히 다른 것으로 주식발행초과금은 자본금에 포함되지 않으며, 기업회계기준 제11조 제1항에서 대차대조표는 자산, 부채 및 자본으로 구분하고 자산은 유동자산 및 비유동자산으로, 부채는 유동부채 및 비유동부채로, 자본은 자본금, 자본잉여금, 이익잉여금 및 자본조정으로 각각 구분한다고 되어 있고, 제29조 제1항은 자본금은 보통주자본금, 우선주자본금 등으로 분류한다고 규정하고 있다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

청구인이 쟁점부동산을 현물출자한 것에 대하여 양도소득세이월과세 적용을 배제하고 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법 제2조[정의] ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

6. “이월과세(移越課稅)”란 개인이 해당 사업에 사용되는 사업용고정자산 등(이하 이 호에서 “종전사업용고정자산등”이라 한다)을 현물출자(現物出資) 등을 통하여 법인에 양도하는 경우 이를 양도하는 개인에 대해서는 「소득세법」 제94조에 따른 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니하고, 그 대신 이를 양수한 법인이 그 사업용고정자산 등을 양도하는 경우 개인이 종전사업용고정자산등을 그 법인에 양도한 날이 속하는 과세기간에 다른 양도자산이 없다고 보아 계산한 같은 법 제104조에 따른 양도소득 산출세액 상당액을 법인세로 납부하는 것을 말한다.

제32조[법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세] ① 거주자가 사업용고정자산을 현물출자하거나 대통령령으로 정하는 사업 양도ㆍ양수의 방법에 따라 법인(대통령령으로 정하는 소비성서비스업을 경영하는 법인은 제외한다)으로 전환하는 경우 그 사업용고정자산에 대해서는 이월과세를 적용받을 수 있다.

② 제1항은 새로 설립되는 법인의 자본금이 대통령령으로 정하는 금액 이상인 경우에만 적용한다.

③ 제1항을 적용받으려는 거주자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 이월과세 적용신청을 하여야 한다.

(2) 조세특례제한법 시행령 제28조[중소기업 간의 통합에 대한 양도소득세의 이월과세 등] ① 법 제31조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 업종을 경영하는 중소기업 간의 통합”이란 제29조 제3항에 따른 소비성서비스업(괄호 생략)을 제외한 사업을 영위하는 중소기업자(괄호 생략)가 당해 기업의 사업장별로 그 사업에 관한 주된 자산을 모두 승계하여 사업의 동일성이 유지되는 것으로서 다음 각 호의 요건을 갖춘 것을 말한다.(후단 생략)

2. 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 중소기업자가 당해 통합으로 인하여 취득하는 주식 또는 지분의 가액이 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 순자산가액(통합일 현재의 시가로 평가한 자산의 합계액에서 충당금을 포함한 부채의 합계액을 공제한 금액을 말한다. 이하 같다) 이상일 것

제29조[법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세] ② 법 제32조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 사업 양도·양수의 방법”이란 해당 사업을 영위하던 자가 발기인이 되어 제5항에 따른 금액 이상을 출자하여 법인을 설립하고, 그 법인설립일부터 3개월 이내에 해당 법인에게 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 양도하는 것을 말한다.

⑤ 법 제32조 제2항에서 “대통령령으로 정하는 금액”이란 사업용고정자산을 현물출자하거나 사업양수도하여 법인으로 전환하는 사업장의 순자산가액으로서 제28조 제1항 제2호의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말한다.

(3) 상법 제290조[변태설립사항] 다음의 사항은 정관에 기재함으로써 그 효력이 있다.

1. 발기인이 받을 특별이익과 이를 받을 자의 성명

2. 현물출자를 하는 자의 성명과 그 목적인 재산의 종류, 수량, 가격과 이에 대하여 부여할 주식의 종류와 수

3. 회사성립후에 양수할 것을 약정한 재산의 종류, 수량, 가격과 그 양도인의 성명

4. 회사가 부담할 설립비용과 발기인이 받을 보수액

제295조[발기설립의 경우의 납입과 현물출자의 이행] ① 발기인이 회사의 설립시에 발행하는 주식의 총수를 인수한 때에는 지체없이 각 주식에 대하여 그 인수가액의 전액을 납입하여야 한다. 이 경우 발기인은 납입을 맡을 은행 기타 금융기관과 납입장소를 지정하여야 한다.

② 현물출자를 하는 발기인은 납입기일에 지체없이 출자의 목적인 재산을 인도하고 등기, 등록 기타 권리의 설정 또는 이전을 요할 경우에는 이에 관한 서류를 완비하여 교부하여야 한다.

제298조[이사·조사·검사인의 선임청구] ④ 정관으로 제290조 각 호의 사항을 정한 때에는 이사는 이에 관한 조사를 하게 하기 위하여 검사인의 선임을 법원에 청구하여야 한다. 다만, 제299조의2의 경우에는 그러하지 아니하다.

제299조[검사인의 조사, 보고] ① 검사인은 제290조 각 호의 사항과 제295조의 규정에 의한 현물출자의 이행을 조사하여 법원에 보고하여야 한다.

제299조의2[현물출자등의 증명] 제290조 제1호 및 제4호에 기재한 사항에 관하여는 공증인의 조사·제290조 제2호 및 제3호의 규정에 의한 사항과 제295조의 규정에 의한 현물출자의 이행에 관하여는 공인된 감정인의 감정으로 제299조 제1항의 규정에 의한 검사인의 조사에 갈음할 수 있다. 이 경우 공증인 또는 감정인은 조사 또는 감정결과를 법원에 보고하여야 한다.

제300조[법원의 변경처분] ① 법원은 검사인 또는 공증인의 조사보고서 또는 감정인의 감정결과와 발기인의 설명서를 심사하여 제290조의 규정에 의한 사항을 부당하다고 인정한 때에는 이를 변경하여 각 발기인에게 통고할 수 있다.

② 제1항의 변경에 불복하는 발기인은 그 주식의 인수를 취소할 수 있다.이 경우에는 정관을 변경하여 설립에 관한 절차를 속행할 수 있다.

③ 법원의 통고가 있은 후 2주내에 주식의 인수를 취소한 발기인이 없는 때에는 정관은 통고에 따라서 변경된 것으로 본다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청과 청구인이 제시한 심리자료에 의하면, 쟁점물상보증채무액의 내역, 감정인의 개인사업자에 대한 감정결과 및 현물출자 관련 회계처리 내용 등이 아래 <표1>～<표3>과 같이 나타난다.

<표1> 쟁점물상보증채무액의 내역

OOO

<표2> 감정인의 개인사업자(OOO.)에 대한 감정결과

OOO

<표3> 현물출자 관련 회계처리 내용

OOO

(2) 수원지방법원 성남지원은 2015.4.14. 청구인이 현물출자하는 재산 및 그 이행완료 여부에 대한 감정인의 감정결과보고서를 인가하는 결정(2015비합15 발기설립조사)을 하였고, 청구인은 수원지방법원 성남지원의 인가결정에 따라 쟁점부동산을 현물출자하여 OOO를 설립하였으며, 2015.9.30. 쟁점부동산의 감정가인 OOO원을 양도가액으로, 쟁점부동산의 환산취득가액인 OOO원을 취득가액으로 하여 조특법 제32조의 법인전환에 대한 양도소득세 이월과세 규정에 따라 양도소득세 OOO원을 이월과세 신청하였다.

(3) 국세통합전산망에 의하면, 2007～2015사업연도의 OOO 주주현황이 아래 <표4>와 같이 나타난다.

<표4> OOO 주주현황

(단위 : 주, %)

주) OOO은 청구인의 배우자임

(4) 이 건과 관련한 이의신청 시 청구인이 제시한 증빙 등은 아래와 같다.

(가) 청구인은 OOO와 체결한 물품공급계약서, 약정서를 제출하였는데, 계약서에는 OOO가 공급하는 물품에 대해 판매가격, 최소주문량 등을 협의하여 정하고, 시설투자와 관련한 대출담보를 제공하는 내용이 아래 <표5> 및 <표6>과 같이 나타난다.

<표5> 물품공급계약서(일부)

<표6> 약정서(일부)

(나) 청구인은 OOO에 대한 매출비중이 평균 40%(최고 76.8%) 정도이고 매출이익률 또한 타업체에 비해 2배 이상 높게 나타나므로 쟁점부동산의 담보제공은 영업전략상 필요한 것이라고 주장하며 매출액과 매출이익율 추세를 분석한 비교표를 아래 <표7> 및 <표8>과 같이 제시하였다.

<표7> 매출액 증가 및 매출이익율 비교

(단위 : %, 백만원)

<표8> OOO 거래 매출이익율 및 기타업체 매출이익율

(단위 : %, 백만원)

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 쟁점물상보증채무액을 부채에서 미공제하여 평가함이 타당하다고 주장하나, 청구인은 이 건 현물출자시 「상법」에 따른 법원의 결정을 따를 수 밖에 없었던 점, 쟁점물상보증채무액에 상당하는 금액을 주식발행초과금으로 계상하여 조특법 제32조에서 요구하는 자본충실의 원칙에 위배되었다고 보기도 어려운 점, 쟁점부동산의 현물출자시 쟁점물상보증채무액 상당액이 부채로 계상되지 아니하여 OOO가 직접 상환해야 할 채무가 아니므로 사업무관성과도 관련이 없는 것으로 보이는 점, 물상보증채무를 소멸하는 사업장의 순자산가액 산정시 자산가액에서 공제하는 부채에 해당한다는 법원의 판결(수원지방법원 2014.11.26. 선고 2014구합51242 판결, 서울고등법원2015.8.20. 선고 2014누73373 판결, 대법원 2015두51378, 2015.10.5. 소취하)이 있는 점 등을 감안할 때, 쟁점물상보증채무액을 부채에서 공제하여 평가함이 타당하다 하겠다.

따라서, 처분청이 법인전환으로 취득하는 주식의 가액이 법인전환으로 인하여 소멸하는 사업장의 순자산가액 이상이 아니어서 이월과세요건을 충족하지 못한 것으로 보아 청구인에게 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.