청구법인은 2004.3.29. 주식회사 OOOOOOO(이하 ‘OO’이라 한다)에게 OOOOO OOO OOO 651-1번지, 651-3번지 및 652-1번지OO종합화물터미널 부지(이하 ‘쟁점토지’라 한다)를 용도변경 조건부로 135,065백만원에 매도하는 계약을 체결하면서 위 매매금액 135,065백만원과 별도로 매수자인 OO로 하여금 11,000백만원을 OO종합화물터미널의 관리회사인 유한회사 OOOOOOOO(이하 ‘OO’이라 한다)에게 무상으로 대여하게 하는 내용을 매매계약서에 기재하였고,

청구법인은 2004.11.30. 위 매매계약서상 기준가격 146,065백만원(135,065백만원+11,000백만원)은 그대로 두되 쟁점토지의 용도변경 전의 매매가액을 110,000백만원으로 변경하고 2004.12.2. 변경된 금액을 수취한 후 쟁점토지를 OO에게 소유권이전등기를 하였으며,

2005.3.22. 청구법인은 위 계약서상 매매대금을 110,000백만원에서 103,000백만원으로 7,000백만원 감액하는 변경계약을 체결하면서 변경계약일자를 2004.12.31.자로 소급하여 기재하였고, 이를 근거로 쟁점토지의 양도가액을 103,000백만원으로 하여 2005.3.31. 2004사업연도 법인세 과세표준 및 세액을 신고하였다.

OO지방국세청장은 청구법인에 대해 2005.4.12.부터 2005.10.13.까지의 기간동안 세무조사를 실시하여 쟁점토지에 대한 매매금액이 2004.11.30.자 변경계약에 의한 매매금액 110,000백만원과 청구외 OO에게 무상으로 대여한 11,000백만원을 합한 121,000백만원이라는 사실을 적출하여 처분청에 통보하였고,

처분청은 이에 따라 청구법인이 신고한 매매금액과의 차액 18,000백만원(121,000백만원-103,000백만원)에 대해 법인세법시행령 제11조 제2호에 의한 자산양도차익을 신고누락 한 것으로 보아 2006.3.9. 청구법인에게 2004사업연도 법인세 6,906,429,860원을 경정고지(이하 ‘1차경정고지’이라 한다)하였다.

그 후 OO지방국세청장은 2004.3.29. 최초 계약시 매매금액146,065백만원이 이미 확정되었다고 봄이 타당하다는 조사결과를 처분청에통보하였고, 이에 처분청은 2007.6.11. 1차경정고지시 매매금액으로 보았던 121,000백만원과의 차액 25,065백만원에 대해 법인세법시행령 제11조 제2호에 의한 자산양도차익을 신고누락한 것으로 보아 2004사업연도법인세 10,405,109,360원을 경정고지(이하 “2차경정고지”라 한다)하였다.

청구법인은 이에 불복하여 2차경정고지에 대하여 2007.8.30. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

민법 제147조에 정지조건부 거래는 조건이 성취되어야 효력이 발생하는 것으로 규정하고 있고, 거래조건의 미성취로 인하여 토지의 매매금액이 확정되지 아니한 상황에서 조건이 성취되면 확정될 매매금액의 일부를 수령하고 소유권 이전등기를 해준 경우에 있어서, 그 조건이 성취되면 확정될 매매금액 전부를 등기일이 속하는 사업연도의 익금에 산입하는 것은 법인세법 제40조 제1항에서 규정하는 권리의무 확정주의에 반하는 것이며,

당해 건의 경우도 2004.11.30. 제2차 변경계약서 제2조에서 “용도변경을 전제로 한 용도변경전의 매매금액으로 110,000백만원을 일단 수수하기로 합의하고 추후 용도변경이 확정되는 때 제3조와 제4조에 따라 상호 정산하기로 한다”고 규정하고 있고, 2004.12.28. 건설교통부 중앙도시계획심의위원회에서 쟁점토지의 용도변경(안)이 최종 부결되어 청구법인의 2004년말 현재 변경계약서상 조건의 불성취가확정된 상황인 만큼, 처분청이 변경계약서상 기준가격인 146,065백만원을 쟁점토지의 매매금액으로 보아 과세한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

최초 매매계약서(2004.3.29.) 제2조 제3항에서 “매매대금의 결정은 매매가격 산출표에 의한 용도지역 및 면적별 토지평당단가를 적용하되, 용도지역 및 면적별 토지평당단가를 적용한 총합(146,065백만원)에서 부지이전대금(11,000백만원)을 차감하는 것으로 한다”라고 약정하고 있고, 제2차 변경계약서(2004.11.30.) 제2조 제1항에서도 “매매대금은 용도별 토지면적 및 매매단가표와 같은 기준가격(146,065백만원)으로 산정하되,”라고 기재되어 있어 매매대금이 기준가격이라는 조건은 2004년말까지 변하지아니하여 매매대금이146,065백만원으로확정되었다고 볼 수 있으며,

최초 계약서 및 변경계약서상 용도변경 조항 등은 청구법인이 이행하여야할 의무를 규정한 것일 뿐 매매금액의 확정에 영향이 없는 것이므로 처분청이쟁점토지의 매매금액을 146,065백만원으로 보아 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인이 용도변경조건으로 매매한 쟁점토지의 매매금액이146,065백만원으로 확정되었는지 여부

나. 관련법령

(1) 국세기본법

제14조(실질과세)

①과세의 대상이 되는 소득·수익·재산·행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

②세법중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득·수익·재산·행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다.

(2) 법인세법

(가) 제14조(각 사업연도의 소득)

①내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하는 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하는 손금의 총액을 공제한 금액으로 한다.

(나) 제40조(손익의 귀속사업연도)

①내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.

(다) 제66조(결정 및 경정)

②납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조에 따른 신고를 한 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

(3) 법인세법 시행령

제68조(자산의 판매손익 등의 귀속사업연도)

① 법 제40조 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 자산의 양도 등으로 인한 익금 및 손금의 귀속사업연도는 다음 각호의 날이 속하는 사업연도로 한다.

3. 상품 등 외의 자산의 양도: 그 대금을 청산한 날. 다만, 대금을 청산하기 전에 소유권 등의 이전등기(등록을 포함한다)를 하거나 당해 자산을 인도하거나 상대방이 당해 자산을 사용수익하는 경우에는 그 이전등기일(등록일을 포함한다)ㆍ인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날로 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인, OO 및 OO이 2004.3.29. 작성하고 날인한 부동산 매매계약서(이하 “최초매매계약서”이라 한다)에 청구법인은쟁점토지를청구법인 및 OO이 공동으로 2004.8.31.까지 용도변경하는 조건으로OO에게135,065백만원에 매도하면서 위 매매금액 135,065백만원과는 별도로 매수자인 OO로 하여금 11,000백만원을 OO에게 무상으로 대여하게 한다는 내용 등이 기재되어 있다.

(2) 청구법인, OO 및 OO은 2004.8.6. 최초매매계약서의 내용 중 쟁점토지의 용도변경 기한을 2004.12.31.까지로 연장하고 OO이 OO에게 대여하기로 약정한 금액을 당초 11,000백만원에서 7,400백만원을 추가한 18,400백만원으로 변경하는 것을 주된 내용으로 하는 계약(이하 “1차변경계약서”이라 한다)을 체결한 사실이 부동산매매 변경계약서에 의하여 확인된다.

(3) 청구법인, OO 및 OO은 2004.11.30. 최초매매계약서 및 1차변경계약서상 기준가격 146,065백만원(135,065백만원+11,000백만원)은 그대로 두되, 용도변경 전의 매매금액을 110,000백만원으로 변경하고 당초 쟁점토지의 용도변경 완료후 매매금액을 지급하기로 약정한 것과 달리 용도변경전 매매금액인 110,000백만원을 우선지급하기로 조건을 변경하는 것을 주된 내용으로 하는 계약(이하 “2차변경계약서”이라 한다)을 체결한 사실이 부동산매매 변경계약서에 의하여 확인된다.

(4) 청구법인은 2004.12.2. 쟁점토지의용도변경전 매매금액인 110,000백만원을 OO로부터수취한 후 쟁점토지를 OO에게 소유권이전등기한 사실이 등기부등본 등에 의하여 확인된다.

(5) 청구법인과 OO은 2005.3.22. 2차변경계약서상 매매금액 110,000백만원에서 103,000백만원으로 7,000백만원을 감액하는 것으로 변경하는 것을 주된 내용으로 하는 계약(이하 “3차변경계약서”이라 한다)을 체결하면서 변경계약일자를 2004.12.31.자로 소급하여 기재한 사실이 OO지방법원 판결서(OOOOOOOOOO, OOOOOOOOO) 등에 나타난다.

(6) 청구법인은 2005.3.31. 쟁점토지의 양도가액을 103,000백만원으로 하여 2004사업연도 법인세 과세표준 및 세액을 신고한 사실이 심리자료에 의하여 확인된다.

(7) OO지방국세청장은 청구법인에 대해 2005.4.12.부터2005.10.13.까지 세무조사를 실시하여 쟁점토지에 대한 양도가액이 2차변경계약서상 매매금액 110,000백만원과 OO이 OO에게 무상으로 대여한 11,000백만원을 합한 121,000백만원이라는 사실을 적출하여 처분청에 통보하였고, 처분청은 이에 따라 2006.3.9. 청구법인이 신고한 양도가액과의 차액 18,000백만원(121,000백만원-103,000백만원)에 대하여 1차경정고지를 하였다가,

2007.5.23. 쟁점토지의 양도가액이 146,065백만원이라는 OO지방국세청장의 재통보에 따라 2007.6.11. 1차경정고지시 양도가액과의 차액 25,065백만원(146,065백만원 - 121,000백만원)에 대해 2차경정고지를 한 사실이 법인세 과세표준 및 세액경정결의서 등에 의하여 확인된다.

(8) 청구법인은 2차변경계약서 제2조에서 “용도변경을 전제로 한 용도변경전의 매매금액으로 110,000백만원을 일단 수수하기로 합의하고 추후 용도변경이 확정되는 때 제3조와 제4조에 따라 상호 정산하기로 한다”고 규정하고 있고, 2004.12.28. 쟁점토지의 용도변경(안)이 최종 부결되어 청구법인의 2004년말 현재 변경계약서상 조건의 불성취가 확정된 상황인 만큼, 처분청이 변경계약서상 기준가격인 146,065백만원을 쟁점토지의 매매금액으로 보아 과세한 처분은 부당하다고 주장하고 있어 이에 대하여 살펴본다.

(가) 법인세법 제40조 제1항에서 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다고 규정하고 있다.

(나) 최초매매계약서 제2조(매매금액) 제1항에 청구법인은 OO에게 쟁점토지에 대한 매매대금으로 아래표와 같은 기준가격으로 산출된 금액인 135,065백만원을 지급하기로 한다고 약정하고 있고, 제2항에서 OO은 위 매매대금과는 별도로 터미널 이전부지대금으로 11,000백만원을 OO에게 무이자로 대여해 주기로 한다고 약정하고 있으며, 제3항에서 매매대금의 결정은 제1항의 매매가격 산출표에 의한 용도지역 및 면적별 토지 평당 단가를 적용한 총합에서 제2항의 터미널 이전부지대금을 차감하는 것으로 한다고 약정하고 있다.

OOOOO O OOOOO OOOOOO

(OOO)

(다) 1차변경계약서 제2조 제1항 내지 제3항에서도 쟁점토지의 매매금액에 대하여최초매매계약서와 같은 내용으로 약정하고 있으나, 제2항에서OO이 OO에게 터미널 이전부지대금으로 11,000백만원을 무이자로 제공하는 이외에 7,400백만원을 유이자로 대여해 주는 것으로 약정내용을 변경한 사실이 확인된다.

(라) 2차변경계약서 제2조에 OO은 쟁점토지의 매매대금으로 아래 “용도별 토지면적 및 매매단가표”와 같은 기준가격으로 설정하되, 용도변경 전의 매매대금으로 110,000백만원을 청구법인과 OO간에 합의 결정하기로 하고, 추후 쟁점토지의 용도변경이 확정시 본 변경계약서 제3조 및 제4조에 의거 상호 정산하기로 한다고 약정하고 있다.

OOOO OOOO O OOOOOO

(OOO)

(마) 살피건대, 최초매매계약서 및 1차변경계약서 제2조 제1항에서 청구법인은 OO에게 기준가격으로 산출된 금액인 146,065백만원 중 터미널 이전부지대금 11,000백만원을 차감한 135,065백만원을 지급하기로 한다고 약정하고 있고, 2차변경계약서 제2조에서 OO은 쟁점토지의 매매금액으로 용도별 토지면적 및 매매단가표와 같은 기준가격(146,065백만원)으로 설정하는 것으로 약정하고 있어, 최초계약의 체결부터 변경계약의 체결까지 매매금액이 기준가격(146,065백만원)이라는 사실은 변하지 아니하여 쟁점토지의 매매금액은 기준가격(146,065백만원)으로 확정되었다고 보여지는 만큼,

청구법인과 OO간에 용도변경을 전제로 한 용도변경전의 매매금액으로 110,000백만원을 일단 수수하기로 합의하고 추후 용도변경이 확정되는 때 변경계약서에 따라 상호 정산하기로 약정하였다 하더라도 이는 확정된 매매금액의 대금지급시기에 관하여 약정한 것으로서 이를 쟁점토지의 매매금액으로 보기는 어렵다.

(9) 따라서, 처분청이 당해 146,065백만원을 쟁점토지의 매매금액으로 확정된 것으로 보아 익금에 산입하여 법인세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인 주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.