가. 청구인은 OOO OOO OOO OOO OOO 소재 답 4,005㎡ 및 497 소재 답 2,565㎡(이하 “쟁점농지”라 한다)를 2008.1.15. 양도한 후, 양도소득세 예정신고를 하면서 자경농지에 대한 양도소득세 감면신청을 하였다.

나. 처분청은 청구인이 쟁점농지를 직접 경작하지 않았다고 보아 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 적용하지 아니하고 2009.2.10. 청구인에게 2008년 귀속 양도소득세 75,359,080원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2008.4.15. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 쟁점농지 인근의 영농주택에 거주하면서 쟁점농지에서 직접 벼를 재배하였고, 청구인이 영위한 부동산임대업 등은 사업장에 상주할 필요가 없고 쟁점농지의 면적은 다른 사업을 하면서도 충분히 경작가능한 정도이며, 청구인이 쌀소득등보전직접지불금 제도에 대하여 착오하여 민OO가 쟁점농지에 대한 쌀소득등보전직접지불금을 수령하였던 것이므로 사업이력이나 쌀소득등보전직접지불금 수령내역 등을 토대로 청구인이 쟁점농지를 직접 경작하지 않았다고 보아 감면을 배제한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

청구인은 1999.4.1.부터 2008.6.9.까지 OOO OOO OOO OOO 등에서 부동산임대업을, 2002.2.22.부터 2003.12.31.까지 OOO OOO OOO에서 아파트 건설업을 영위하였으며, 2008년에는 2회에 걸쳐 OOO OOO OOO 소재 사업장에서 테이프제조업을 개업하였다가 폐업한 이력이 있고, 2005년과 2006년 중 쟁점농지에 대한 쌀소득등보전직접지불금을 민OO가 수령한 사실이 확인되므로 청구인이 쟁점농지를 직접 경작하였다는 주장은 받아들이기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구인이 쟁점농지를 직접 경작하였는지 여부

나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법

제69조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】① 농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령이 정하는 경영이양직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 「농업기반공사 및 농지관리기금법」에 의한 농업기반공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령이 정하는 법인(이하 이 조에서 “농업법인”이라 한다)에 2010년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 직접 경작한 토지로서 농업소득세의 과세대상(비과세ㆍ감면 및 소액부징수 대상을 포함한다)이 되는 토지 중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 당해 토지가 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 “주거지역등”이라 한다)에 편입되거나 「도시개발법」 그밖의 법률에 의하여 환지처분전에 농지외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령이 정하는 소득에 한하여 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

(2) 조세특례제한법 시행령

제66조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】⑫ 법 제69조 제1항에서 “직접 경작”이라 함은 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년성(多年性) 식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 말한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 쟁점농지를 양도한 후 양도소득세 과세표준과 세액 신고를 하면서 자경농지에 대한 양도소득세 감면신청을 하였으나 처분청은 청구인이 쟁점농지를 직접 경작하지 아니하였다고 보아 감면을 거부하고 이 건 양도소득세를 과세하였다.

(2) 청구인은 쟁점농지를 직접 경작하였으므로 자경농지에 대한 양도소득세 감면 대상이라고 주장한다.

(3) 등기부등본, 주민등록초본, 토지대장, 매매계약서, 토지이용계획확인서 등에 의하면 청구인은 1996.6.26. OOO OOO OOO OOO OOOOO로 전입하여 현재까지 주민등록을 유지하고 있는 자로, OOO OOO OOO에 소재한 쟁점농지를 1999년 10월경(497 소재 토지는 2000년 1월경) 취득하여 8년 3개월(497 소재 토지는 8년) 동안 보유하다가 2008년 1월경 양도한 사실, 쟁점농지는 양도일 현재 토지대장의 지목란에 “답”으로 기재되어 있었던 사실이 확인된다.

(4) 국세청 전산에 의하여 확인되는 청구인이 쟁점농지를 보유하던 기간 동안의 사업이력은 <표1>과 같고, 부동산임대업 등을 통하여 얻은 소득내역은 <표2>와 같고, 농지원부에 쟁점농지 양도일 현재 청구인 부부가 보유하면서 자경하였다고 기재되어 있는 농지내역은 <표3>과 같다.

OOOOOOO OOOO OOOOOOOO

(5) 청구인은 위 사업이력에 대하여 아파트건설업은 청구인으로부터 OOOOOO OOO OOO OOOOO 소재 토지를 매수한 자가 청구인 명의로 사업자등록을 하였던 것이며, 테이프제조업은 청구인의 남편 박OO이 운영하던 사업체가 부도가 나 일시적으로 청구인 명의로 사업자등록을 하고 사업을 하였던 것이고, 부동산임대업은 청구인의 남편과 청구인 아들의 사업장 소재 부동산을 사업경력이 있어 대출조건이 유리한 청구인 명의로 취득하였기에 청구인 명의로 사업자등록을 하였던 것이라고 소명하면서 위 사업이력에 비추어 청구인이 쟁점농지를 직접 경작하지 않았을 것이라고 단정할 수 없다고 주장한다. 또한 2005년과 2006년에 민OO가 쟁점농지에 대한 쌀소득등보전직접지불금을 수령한 것은 사실이나 민OO는 청구인에게 쟁점농지를 양도한 후로도 청구인의 요청에 따라 쟁점농지에 대한 모내기 등의 일부 경작행위를 하였던 자인데 청구인이 쌀소득등보전직접지불금 제도에 대하여 잘 모르는 점을 이용하여 쌀소득등보전직접지불금을 수령하였던 것이라고 주장한다.

(7) 청구인은 쟁점농지를 직접 경작하였다는 주장에 대한 증빙으로 OOOO OOOOOO OOO이 작성한 농지경작확인서, 민OO 외 5명의 쟁점농지 소재지 주민이 작성한 인우보증서, 민OO가 작성한 확인서, 농약 등의 영수증, OOO정미소를 운영하는 이OO의 확인서 및 2008.2.13.자 쌀소득등보전직접지불금 지급대상자 등록증 등을 제시하였다.

(7) 위 사실을 종합하여 보건대, 민OO가 청구인에게 쟁점농지를 양도한 후에도 쟁점농지에서의 농사에 구체적으로 참여하였을 뿐 아니라 쟁점농지에 대한 쌀소득등보전직접지불금을 수령한 점, 청구인이 청구인과 청구인의 남편이 오래전부터 계속하여 테이프제조업 등의 사업을 영위하여 왔던 점 및 쟁점농지 보유기간이 양도소득세를 감면받기 위한 최소기간인 8년인 점 등에 비추어 청구인이 쟁점농지를 직접 경작하였는지 여부가 불분명하므로 청구인에게 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 배제하고 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 타당하다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.