가. 청구법인은 2005.11.28. OOO건설 주식회사(이하 “OOO건설”이라한다)와 OOO월드 뮤지컬전용극장 하도급공사계약(2005.11.28.～2006.3.31.)을 체결하여 공사를 진행였는바, 준공검사일(2006.3.31.) 이후에 잔여공사가 완료(2006.10.31. 최종 기성청구)되었다 하여 2006.10.31.자로 공급가액 OOO원의 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 발행하고 2006년 제2기분으로 부가가치세를 신고·납부하였다.

나. 처분청은 쟁점세금계산서는 준공검사일 이후에 발행되었을 뿐만 아니라, 준공검사일 이후에 건설용역이 제공된 사실이 확인되지 않는다 하여 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 2011.6.10. 청구법인에게 2006년 제1기 부가가치세 OOO원을 경정·고지하고, 2006년 제2기 부가가치세 OOO원을 환급결정(세금계산서합계표미제출등 가산세 OOO원 포함)하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2011.9.6. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 계약만료일자인 2006.3.31.에 OOO건설과 하도급공사 변경계약을 통해 2006.11.30.까지 공사계약을 연장하였고, 실제로 잔여공사를 진행하여 2006.10.30. 공사완료 후 최종 기성청구를 하였으며, 이는 하자보증서상 보증의 효력이 2006.12.1.부터 발생하는 것으로 명시된 사실과 2006.7월 이후 불출된 재고자산 거래명세서 등을 보더라도 알 수 있는바, 처분청이 준공검사일 이후 건설용역이 제공된 사실이 확인되지 않는다 하여 쟁점세금계산서를 공급시기가 다른 세금계산서로 본 것은 부당하다.

(2) 쟁점세금계산서를 공급시기가 다른 세금계산서로 본다 하더라도 이는 경리실무자의 단순 착오에 의한 것이고, 실제 귀속시기인 2006년 제1기 부가가치세 과세기간에 세금계산서합계표미제출등가산세를 부과하였으므로 중복하여 2006년 제2기에 세금계산서합계표미제출등가산세를 부과하는 것은 부당하다.

(3) 공급시기의 착오로 과세기간을 달리하여 부가가치세를 자진납부한 경우 무납부기간 산정은 당초 납부기한의 다음날부터 자진납부일까지로 하는 것임에도 경정고지일을 무납부기간의 종기로 하여 납부불성실가산세를 계산한 것은 부당하다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 거래상대방으로부터 받은 하도급(변경)계약서, 하도급 기성지불조서와 세금계산서 및 통장이체내역 등을 제시하고 있으나, 서울지방국세청장의 OOO건설에 대한 조사결과에서 OOO건설이 잔금정산 지연 등을 사유로 공사기간 연장 후 하도급변경계약서를 작성하고 준공일 이후에 세금계산서를 수취하여 매입세액을 공제받은 사실을 시인하고 있고, 청구법인이 추가공사와 관련된 직접비와 간접비 자료 등을 제시하지 아니하고 있어 청구법인이 제출한 자료만으로는 실제 추가공사가 이루어졌다고 보기는 어렵다.

(2) 세금계산서합계표미제출등가산세의 부과는 공급시기를 달리하여 사실과 다르게 발급된 세금계산서에 대한 것으로 경리실무자의 단순착오에 대해 가산세를 부과한 사례와 비교하기는 어렵다.

(3) 과소신고분에 대해 세액을 고지하는 경우 당초 납부기한의 다음날부터 납세고지일까지의 기간을 경과일수로 하여 납부불성실가산세를 계산하는 것이므로 청구주장은 이유없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

ⓛ 용역의 공급시기가 언제인지(주위적 청구)

② 2006년 제2기에 세금계산서합계표미제출등가산세를 부과한 것이 부당한지 여부(예비적 청구)

③ 납부불성실가산세(2006년 제1기분) 계산에 있어 경과기간의 종기가 언제인지(예비적 청구)

나. 관련 법령

(1) 부가가치세법 제9조【거래시기】② 용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화ㆍ시설물 또는 권리가 사용되는 때로 한다.

③ 사업자가 제1항 또는 제2항에 규정하는 시기가 도래하기 전에 재화 또는 용역에 대한 대가의 전부 또는 일부를 받고, 이와 동시에 그 받은 대가에 대하여 제16조의 규정에 의한 세금계산서 또는 제32조의 규정에 의한 영수증을 교부하는 경우에는 그 교부하는 때를 각각 당해 재화 또는 용역의 공급시기로 본다.

④ 제1항과 제2항에 규정하는 공급시기에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제22조【가산세】③ 사업자가 제1호 및 제2호에 해당하는 경우에는 제출하지 아니하였거나 제출한 매출처별세금계산서합계표의 기재사항이 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 분의 공급가액에 대하여 100분의 1에 상당하는 금액을, 제3호에 해당하는 경우에는 그 공급가액에 대하여 1천분의 5에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다. 다만, 매출처별세금계산서합계표의 기재사항이 착오로 기재된 경우(제20조 제2항의 규정에 의하여 제출하는 경우를 제외한다)로서 대통령령이 정하는 바에 따라 거래사실이 확인되는 분의 공급가액에 대하여는 그러하지 아니하다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매출처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 때

2. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 제출한 매출처별세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 때

3. 제20조 제2항의 규정에 의하여 매출처별세금계산서합계표를 제출하는 경우로서 제2호에 해당하지 아니하는 경우

⑤ 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 각호에 규정된 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다.

2. 제18조 제4항 또는 제19조 제2항의 규정에 의하여 납부하지 아니하거나 납부한 세액이 납부하여야 할 세액에 미달하거나 환급받은 세액이 환급받아야 할 세액을 초과하는 때에는 다음 각목의 금액의 합계액

가. 납부하지 아니한 세액(미달하게 납부한 경우에는 그 미달한 세액)×납부기한의 다음날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간×금융기관이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율을 감안하여 대통령령이 정하는 이자율

나. 초과하여 환급받은 세액×환급받은 날의 다음날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간×금융기관이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율을 감안하여 대통령령이 정하는 이자율

(2) 부가가치세법 시행령 제22조【용역의 공급시기】법 제9조 제2항에 규정하는 용역의 공급시기는 다음 각호의 규정에 의한다. 다만, 폐업전에 공급한 용역의 공급시기가 폐업일 이후에 도래하는 경우에는 그 폐업일을 공급시기로 본다.

1. 통상적인 공급의 경우에는 역무의 제공이 완료되는 때

2. 완성도기준지급ㆍ중간지급ㆍ장기할부 또는 기타 조건부로 용역을 공급하거나 그 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때

3. 제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때

4. 제49조의 2 제1항ㆍ제2항 및 제4항의 규정에 의하여 계산하는 공급가액의 경우에는 예정신고기간 또는 과세기간의 종료일

다. 사실관계 및 판단

(1) 본안심리에 앞서 2006년 제2기분 세금계산서합계표미제출등가산세 OOO원에 대한 심판청구가 적법한지 여부에 대해 본다.

(가) 일반적으로 감액경정처분은 구체적인 조세채무를 확정시키는 것이 아니라 당초 처분의 일부를 취소하는 효력을 갖는 것으로서 실질적으로는 당초 처분의 변경에 불과하므로 「국세기본법」제55조 제1항 소정의 ‘국세기본법 또는 세법에 의한 처분’에 해당하지 아니한다 할 것이다

(나) 그러나, 감액경정·결정 과정에서 부과된 가산세의 경우 징수절차의 편의상 당해 세법이 정하는 국세의 세목으로 하여 그 세법에의하여 산출한 본세의 세액에 가산하여 함께 징수하는 것일 뿐, 세법이 정하는 바에 의하여 성립 확정되는 국세와는 본질적으로 그 성질이 다르다 할 것이다(대법원 2001.10.26.선고 2000두7520판결 같은 뜻임)

(다) 따라서, 가산세를 독립하여 다투는 경우 가산세 부과처분을 본세의 부과처분(또는 감액경정·결정)과는 별개의 과세처분으로 보아야 할 것이므로 본안심리 하는 것이 타당하다 하겠다.

(2) 청구법인의 2006년 제1기분 부가가치세 경정(재경정)결의서에 의하면 과세표준 OOO원 및 매출세액 OOO원이 증가하였고, 가산세는 OOO원(세금계산서합계표미제출등가산세 OOO원, 과소신고가산세 OOO원, 납부불성실가산세 OOO원)이 증가하여 총 OOO원이 증액경정·결의된 것으로 나타나며, 2006년 제2기분 부가가치세 경정(재경정)결의서에 의하면 과세표준 OOO원 및 매출세액 OOO원이 감소하였고, 세금계산서합계표미제출등가산세 OOO원이 증가하여 총 OOO원이 감액경정·결의된 것으로 나타난다.

(3) 청구법인은 위의 2006년 제1기 및 제2기 부가가치세 경정(재경정)·결정분을 통산한 금액(OOO원)에서 환급가산금 OOO원을 차감한 OOO원을 2011.6.30. 납부한 것으로 청구법인의 예금거래명세서에 나타난다.

(4) 서울지방국세청장(조사4국 조사3과)이 2011.4.5. 처분청에 통보한 과세자료에 첨부된 조사서(공급시기 경과 후 거래에 대한 자료통보) 내용은 다음과 같다.

(가) OOO건설은 외주비에 대한 세금계산서를 공사 완료일이 경과한 후에 수취하고 매입세액 공제를 받았다.

(나) 하도급공사는 준공일 전에 완료되었으므로 준공일까지는 하도급금액 잔액부분에 대하여 청구법인에게 세금계산서를 발행해야 하나, 잔금정산 지연 등을 사유로 준공일 이후에 세금계산서를 발행하였다.

(다) 준공일이 확인되었으므로 소급작성한 것으로 보여지는 하도급(변경)계약서, 세금계산서상 확인되는 공사기간은 불인정하고 사실과 다른 세금계산서에 대하여 매입세액을 불공제하고 거래처 관할 세무서에 자료통보 한다.

(5) 처분청은 과세자료를 수보한 후, 청구법인에게 부가가치세 해명자료 제출안내(2011.5.12.)를 하였고, 청구법인은 2011.6.1. 아래와 같은 내용의 소명 답변서를 송부하였다.

(가) 준공예정일인 2006.3.31. 잔여공사에 대하여 기존의 2006.3.31.에서 같은 해 11.30.로 연장하는 공사하도급 변경계약을 체결하고 예정된 공사기간 내에 시공완료하였다.

(나) 청구법인이 OOO건설에 전달한 매출세금계산서의 최종 발행일은 2006.10.31.로 하도급변경계약기간이 경과하기 이전이고, 공사관행상 준공과 청구법인의 공정은 무관한 사안으로 준공일 이후에도 내부칸막이 등 사용자의 편의 요구에 따라 인력 및 자재는 현장에 계속 투입되고 내부 마감공사 등 필수적인 공정이 지속적으로 이루어졌다.

(다) 당시 외주시공 이후의 마감공사는 청구법인에 근무하던 공무직원이 당사의 제품으로 시공하였고, 사규상 문서의 보존기한이 경과하여 동 공사관련 내부자료는 현재 폐기되어 수집하기 어려운 상태이다(당시 생산 및 현장담당직원 김OOO 차장이 2011.5.31. 작성한 확인서 제출).

(6) 청구법인이 제출한 하도급변경계약서(2006.3.31. 작성)에 의하면 공사기간이 당초 2005.11.28.～2006.3.31.에서 2005.11.28.～2006.11.30.으로 변경되었고, 변경계약금액도 당초 OOO원에서 OOO원으로 OOO원이 감소되었으며, 하도급 공사명은 OOO월드 뮤지컬전용극장 중 지붕공사로 되어 있다.

(7) 청구법인이 제출한 하도급 기성 지불조서에 의하면 계약금액은 OOO원, 전회누계액은 OOO원, 2006년 10월(최종)분으로 OOO원(VAT 포함)이 확정된 것으로 나타나고, 공사내역은 지붕판넬공사, 지붕트렌치공사, 파라펫 공사 등으로 기재되어 있다.

(8) 청구법인은 2006.10.31. 발행한 세금계산서 및 OOO건설이 2006.12.29. OOO원을 입금(구매카드)한 내역이 나타나는 통장사본을 제출하였다.

(9) 위 사실관계를 종합하여 쟁점ⓛ에 대해 보면 서울지방국세청장의 OOO건설에 대한 세무조사시 OOO건설이 잔금정산 지연 등을 이유로 공사기간 연장 후 하도급변경계약서를 작성하였고, 준공검사일 이후에 세금계산서를 수취하여 매입세액을 공제받았다고 인정한 점, 청구법인이 추가공사 관련 품의서나 작업지시서 등 구체적인 증빙을 제시하지 못하는 점 등에서 준공검사일 이후에 추가공사가 이루어졌다는 청구주장은 받아들이기 어려우므로, 처분청이 용역의 공급시기를 2006년 제1기로 본 것은 타당하다고 판단된다.

(10) 쟁점②에 대해 보면 공급시기에 세금계산서를 교부하지 아니하고 그 다음 과세기간에 세금계산서를 교부하고 부가가치세를 신고·납부한 경우 세금계산서를 교부하지 아니한 과세기간과 세금계산서를 교부한 과세기간 모두에 대해 세금계산서합계표미제출등가산세를 중복하여 부과하는 것은 부당하다고 보여지므로, 당초 잘못 신고한 2006년 제2기분 세금계산서합계표미제출등가산세는 취소하는 것이 타당하다고 판단된다.

(11) 쟁점③에 대해 보면 납부불성실가산세의 산정방식은 납부하지 아니한 세액 또는 미달하게 납부한 세액에 납부하지 아니하고 경과된 일수를 곱하는 기간개념 방식을 취하고 있어 사실상 자진납부의 의미는 납부사실 그 자체로 보아야 할 것이므로(국심2005서2974, 2006.4.17. 외 다수 같은 뜻), 청구법인이 2006년 제1기에 신고·납부하여야 할 세액을 2006년 제2기에 신고·납부(매입과다로 환급세액이 발생하여 실제 납부세액은 없으므로 신고·납부기한을 자진납부일로 보아야 할 것이다)한데 대해 처분청이 2006년 제1기분 부가가치세를 경정함에 있어 납부불성실가산세 산정 경과기간의 종기는 2006년 제2기 부가가치세 신고·납부기한(자진납부일)인 2007.1.25.로 보는 것이 타당하다 할 것이다. 따라서, 처분청이 기 환급(충당)된 환급가산금을 징수조정하는 것은 별론으로 하더라도 경과기간의 종기를 2007.1.25.로 하여 산정한 미납일수를 적용하여 납부불성실가산세를 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결 론

심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호·제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.