가. 처분청은 서울지방국세청장이 2006.3.20.～2006.4.28. 실시한 청구법인에 대한 2003.1.1.～2005.12.31.사업연도 법인제세 조사(이하 “1차 조사”라 한다) 결과를 통보받고, 2006.5월 경 청구법인에게 법인세 및 부가가치세 합계 238,671,760원을 경정·고지하였다.

나. 그 후 서울지방국세청장은, 청구법인이 유귀근(상호 ‘삼일팩’, 사업자번호 227-03-59714)으로부터 가공 세금계산서를 수취한 혐의가 있음에도 이에 대한 조사를 실시하지 않은 점에 대한 2007.1.2.자 국세청장의 감사지적에 따라, 2007.1.22.～2007.1.30. 청구법인에 대한2003.1.1.～2005.12.31.사업연도 법인제세 재조사(이하 “2차 조사”라 한다)를 실시한 후 그 결과를 처분청에 통보하였고, 처분청은2007.10.12. 아래 표와 같이법인세 178,729,560원 및 부가가치세 80,252,440원 합계 258,982,000원을 재경정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여, 2008.1.10. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

동일 과세기간의 동일 세목에 대한 재조사를 실시하려면, 최소한 재조사 실시 전에 조세탈루 혐의를 인정할 만한 명백한 자료 등의‘재조사 사유’가 존재하여야 할 것이나, 이 건 서울지방국세청장의 2차 조사는 단순히 청구법인과 유귀근(상호 ‘삼일팩’, 사업자번호227-03-59714)과의 거래가 가공거래일지도 모른다는 감사담당자의 막연한 추정에 의하여 실시되었으므로, 이는 국세기본법 제81조의4 ‘세무조사권 남용금지’ 및 같은 법 시행령 제63조의2 ‘중복조사의 금지’ 규정에 위반하여 부당하다.

나. 처분청 의견

동일 과세기간의 동일 세목에 대한 재조사는 원칙적으로 허용되지 않으나, 예외적으로 조세탈루혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우에는 재조사가 가능하다 할 것인바, 이 건의 경우 감사지적을 통하여 청구법인 대표이사 통장으로 2차례에 걸쳐 ‘삼일팩’으로부터 합계 51백만원이 입금된 사실과 유귀근의 구 ‘삼일팩’과 사업장 및 업종이 동일한 이종혜의 현 ‘삼일팩’과의 거래가 전부 가공거래로 확정된 사실이 확인되어 청구법인의 조세탈루혐의가 명백히 인정된다고 할 것이므로, 이에 따른 재조사는 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

이 건 과세처분은 중복조사에 의한 것으로 부당하다는 청구법인 주장의 당부

나. 관련법령

(1) 국세기본법(2007.12.31. 법률 제8830호로 개정되기 전의 것) 제81조의4【세무조사권 남용 금지】① 세무공무원은 적정하고 공평한 과세의 실현을 위하여 필요한 최소한의 범위 안에서 세무조사를 행하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용하여서는 아니된다.

② 세무공무원은조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우,거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우,2 이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우기타 이와 유사한 경우로서대통령령이 정하는 경우를 제외하고는같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다.

(2) 국세기본법 시행령(2008.2.22. 대통령령 제20622호로 개정되기 전의 것) 제63조의2【중복조사의 금지】법 제81조의 4 제2항에서 “기타 이와 유사한 경우로서 대통령령이 정하는 경우”라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 부동산투기ㆍ매점매석ㆍ무자료거래 등 경제질서교란 등을 통한 탈세혐의가 있는 자에 대하여 일제조사를 하는 경우

2. 각종 과세자료의 처리를 위한 재조사나 국세환급금의 결정을 위한 확인조사 등과 법 제81조의5 및 법 제81조의9의 규정에 의한 부과처분을 위한 실지조사에 의하지 아니하고 재경정하는 경우

다. 사실관계 및 판단

(1) 법인세조사 종결보고서, 세무조사결과통지서, 국세청의 ‘시정사항’, 사업자등록증, 법인세 과세표준 및 세액 경정결의서, 부가가치세 재경정결의서 및 국세통합전산망(TIS) 자료 등에 의하여 확인되는 서울지방국세청장의 조사 및 처분청의 과세처분 과정은 다음과 같다.

(가) 먼저 이 건 2차 조사시 청구법인과의 거래가 부인된 유귀근(사업자번호 223-03-59714)은 강원도양양군 양양읍 포월리 264번지에서 ‘삼일팩’이라는 상호로 합성수지 제조업을 영위하다 2004.4.16. 폐업한 사업자이고, 제1차 조사시 청구법인과의 거래가 부인된 이종혜(사업자번호 112-03-99767)는 위 유귀근과 같은 소재지에서 같은 상호, 같은 업종으로 2004.4.16. 개업한 사업자이다.

(나) 서울지방국세청장은 2006.3.20.～2006.4.28. 청구법인에 대하여 2003.1.1.～2004.12.31.사업연도에 관한 법인제세 1차 조사를 실시하여, 청구법인이 전액 자료상으로 확인된 이종혜로부터 실물거래 없이 가공세금계산서를 수취한 사실(2004년 제1·2기 공급가액 합계 339,759천원 및 2005년 제1·2기 공급가액 합계 406,744천원)을 확인한 뒤, 청구법인의 위 이종혜와의 거래를 부인하고 과세처분을 하였다.

(다) 국세청장은 2007.1.2. 서울지방국세청장에게 위 1차 조사에 관하여 “조사적출 누락된 매입처 삼일팩(대표 유귀근 223-03-59714, 강원 양양군 양양읍 포월리 264번지, 2004.4.16. 폐업)과의 매입금액 475백만원과 관련하여 조사법인 대표자 통장을 보면, 2004.4.22. 40백만원, 2004.4.23. 11백만원이 입금된 사실이 있고, 사업장 및 업종이 동일한 현 삼일팩(대표자 이종혜, 2004.4.16. 개업)과의 거래가 전액 가공거래로 조사·적출되는 등 부실거래 혐의가 매우 높으므로 면밀히 조사하여 가공거래여부를 확인하였어야 함에도, 이에 대한 조사를 실시하지 아니한 사실이 있습니다.”라고 감사지적한 후, “매입처 삼일팩과의 부실거래 혐의자료 475,874천원과 추가 소명자료로 제출된 부외경비 지출자료는 실제 지출여부 등을 면밀히 조사하여 필요한 조치를 하고 그 결과를 보고할 것”을 지시하였다.

(라)서울지방국세청장은 위 감사지적에 따라 2007.1.22.～2007.1.30. 청구법인에 대하여 2003.1.1.～2005.12.31.사업연도에 관한 법인제세2차 조사를 실시하여, 청구법인이 유귀근으로부터 실물거래 없이 가공세금계산서를 수취한 사실(공급가액 합계 475백만원)을 확인하였고, 청구법인과 위 유귀근과의 거래를 부인하고 이 건 과세처분을 하였다.

(2) 한편, 국세기본법 제81조의3 제2항에 의하면, 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 원칙적으로 재조사를 금지하고 있으면서, 조세탈루혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우 예외적으로 재조사를 실시할 수 있도록 규정하고 있는데,

여기서 조세탈루 혐의를 인정할 만한 명백한 자료라 함은 조세탈루금액을 확정할 수 있는 증빙서류 일체가 있어 동 서류만으로 바로 과세를 할 수 있는 경우뿐만 아니라 제보자료 또는 기타 자료에 의한 탈루혐의내용이 상당히 구체적이어서 세무조사를 실시하면 탈루사실이 확인될 가능성이 높은 자료도 포함되는 것(국심 2005서4067, 2006.5.2., 같은 뜻임)으로 해석된다 할 것이다.

(3) 살피건대, 비록 청구법인에 대한 법인제세 1·2차 조사가 동일 과세기간 중 동일 세목에 대하여 이루어진 것이긴 하나, 1차 조사시 전액자료상으로 확인된 이종혜가 유귀근으로부터 같은 장소에서 같은 상호, 같은 업종의 사업을 그대로 승계한 사실에 비추어 보면 유귀근 역시 자료상일 가능성이 높은 점, 유귀근의 폐업일 즈음하여 “삼일팩”으로부터 대금 일부가 청구법인에게 재입금된 사실이 확인되고 이는 자료상의 전형적인 수법이라 할 것인데 위 입금은 당시 막 개업한 이종혜보다는 종전 사업자인 유귀근에 의한 것으로 봄이 합리적인 점 및 실제 조사결과 청구법인과 유귀근의 거래가 모두 부인된 점 등을 종합하면, 이 건의 2차 조사는 청구법인의 탈루 혐의의 내용이 상당히 구체적이어서 세무조사를 실시하면 탈루사실이 확인될 가능성이 높은 자료에 의하여 실시된 것으로 보이므로, 이 건 과세처분이 위법한 중복조사에 의한 것으로 부당하다는 청구법인의 주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조와 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2008년 6월 19일

주심조세심판관 이 영 우

배석조세심판관 이 광 호

남궁 훈

이 전 오