OO세무서장은 청구법인이2002년 2기～2003년 1기 과세기간중 자료상으로 고발조치된 주식회사 OOOOO(OOOOO OO O OOO OOOO OOO, OO OOOOOOOO OO)로부터 실물거래 없이 세금계산서 649,500천원(공급대가 714,450천원)을 수취한 것으로 조사하여 처분청에 과세자료로 통보하였다.

과세자료를 통보받은 처분청은 청구법인에 대해 세무조사를 하고649,500천원중 계좌이체를 통해 거래대금으로OOOOO에 직접 송금한 사실이 확인되는 129,500천원을 제외한 나머지 520,000천원(공급가액, 이하 “쟁점거래금액”이라 한다)은 실물거래없이 허위로 세금계산서를 수취하여 부가가치세 및 법인세를 신고한 것으로 보아 2005.1.5. 청구법인에게 부가가치세 82,676,510원(2002년 1기분 6,199,910원, 2002년 2기분 46,605,000원, 2003년 1기분 29,871,600원)과 법인세 181,799,120원(2002.1.1～2002.12. 31. 사업연도분 106,536,110원, 2003.1.1～2003.12.31. 사업연도분 75,263,010원)을 고지하고 517,000천원을 대표자 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지를 하였다

청구법인은 이에 불복하여 2005.3.31. 이의신청을 거쳐 2005.9. 15. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 2002.2월 OOO의 조달물자구매계약에 의해 계약금액 864백만원의 교육청 OOOO 공급자로 선정된 것을 계기로 교육청 산하 각급 교육기관 및 공공기관 등으로부터 대규모 추가 납품수주가 가능할 것으로 예상하여 이에 대비하기 위해 약 10여개 업체로부터 회사설명서와 납품견적서 등을 받아 심리한 끝에 이중 OOOOO를 적격업체로 판정하여 협력업체로 선정하고, 2001.10. OOOOO와 물품공급및 용역에 대한 합의서를 체결한 다음 2002.2기～2003.1기에 걸쳐OOOOO를 통해관련물품과 기자재를 구입하여 각급학교(OOOOOOO, OOOOOOO O)와 OO시청, OOO시청, OO군청 등의 OOOOOO 구축에 투입하였고, 이들 기자재시설은 현재 각급기관에서 사용중에 있으며, 이와 같은 청구법인의 기자재시설납품을 입증하는 관련증빙으로 프로그램 용역개발합의서 및 물품공급계약서, 서버 운용시스템개발계약서, 수표 사본, 금융기관계좌이체내역서, 거래은행통장 사본, 인터넷송금확인증 등이 있으며 이를 처분청에 증빙자료로 제시한 바 있다.

청구법인은 OOOOO를 통해 2002.10.15. 330,000천원 등 합계 649,500천원(공급가액)의 기자재와 부품을 공급받고 142,450천원은 인터넷송금으로, 122,000천원은 은행계좌송금으로, 395,000천원은 수표로 지급하여 실물거래사실이 분명한데도 처분청은 2003.3.8.자 165백만원 등 일부 수표에 OOOOO가 직접 이서하지 않고 청구법인과 직접적인 거래관계가 없는 청구외 OOOOOOOO(OO OOOOOOOO OO)가 이서했다는 이유로 OOOOO와의 거래를 부인하고 있으나, 이는 OOOOO가 OOOO과 거래를 하고 청구법인이 교부한 수표를 직접 OOOO에 건네준 결과 OOOOO의 이서가 빠진 것인데도 처분청이 사실조사를 소홀히 하여 청구법인이 수취한 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 과세한 것은 부당한 처분이다.

OOOOO는 처음에는 정상적으로 영업을 하다가 자금난에 처하자 몇몇 업체와 자료상행위를 하다가 적발되어 세무조사를 받은 업체인 바, 처분청이 OOOOO의 부분적인 자료상행위를 문제삼아 청구법인과의 거래 모두를 실물거래가 없었던 것으로 단정하여 과세한 처분은 부당할 뿐만 아니라, 처분청이 대표자 인정상여로 소득처분하여 소득금액변동통지한 517,000천원 중 55,000천원은 OOOOO측의 당초 계약조건불이행으로 지급을 중단하고 보류중에 있는 금액으로 현재 회사 장부상 부채로 계상되어 있어 사외유출된 것이 아니므로 상여처분금액에서 제외해야 한다.

나. 처분청 의견

2003.12.30. OO세무서장이 자료상으로 고발조치한 OOOOO의 공동대표인 권OO은 청구법인과의 이 건 거래내용은 자료상행위를 실질적으로 주도한 OOOOO의 공동대표인 전OO이 한 것으로 자신은 모른다는 진술을 한 바 있고, 전OO은 OOOOO에 대한 자료상조사과정에서 청구법인과의 거래중 2002.10.15. 300,000천원과 2003.1.8. 220,000천원은 거래계약만 있었을 뿐 물품을 공급하지 못했으며, 당시 폐업으로 수정세금계산서를 교부하지 못했다고 진술하여 청구법인이 수취한 세금계산서는 실물거래 없이 수취한 것으로 인정되므로 처분청의 이 건 과세처분에는 잘못이 없다.

청구법인은OOOOO가 OOOOOO에서 부품을 구입하여 청구법인에 납품한 것이라고 주장하나 OOOOO에 대한 세무조사 당시 실제 매입처와 물품대금액, 구입한 물품명세, 물품대금을 지급하기 위하여 인출한 통장과 청구법인으로부터 대금을 수령한 통장 등을 OOOOO가 구체적으로 제시하지 못했고, 또한청구법인이 OOOOO로부터 물품 등을 실제로 공급받고 대금을 정상적으로 지급하였다면 계약서 규정에 따른 검수완료서류와 OOOOO에 통보한 내역서 등이 있어야 하나 세무조사 당시 청구법인은 이를 제시하지 못했고,청구법인이 대금 지급증빙으로 제시하는 2002.3.8.자 165백만원의 수표 이서내용을 보면 청구법인과 전혀 거래관계가 없는 OOOO이 이서를 한 것으로 되어 있어 정상적인 실물거래라는 청구법인의 주장은 인정할 수 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

청구법인이 OOOOO로부터 교부받은 세금계산서를 실물거래없는 가공세금계산서로 보아 매입세액을 불공제하고 손금불산입한 처분의 당부.

나. 관련법령

부가가치세법 제17조(납부세액) ② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

1의 2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 필요적 기재사항 이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

부가가치세법 제21조(결정 및 경정) ① 사업장 관할세무서장ㆍ사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 결정 또는 경정한다.

1. 확정신고를 하지 아니한 때

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

3. 확정신고에 있어서 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표의 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 때

4. 제1호 내지 제3호 이외에 대통령령이 정하는 사유로 인하여 부가가치세를 포탈할 우려가 있는 때

법인세법 제14조(각 사업연도의 소득) ① 내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하는 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하는 손금의 총액을 공제한 금액으로 한다.

법인세법 제19조(손금의 범위) ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

③ 제1항 및 제2항의 규정에 의한 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

다. 사실관계 및 판단

OO세무서장은 OOOOO가 2002년 2기부터 2003년 1기까지 실물거래없이 허위세금계산서를 발행한 사실과 관련하여 자료상 행위를 실질적으로 주도한 전OO으로부터 청구법인에게 교부한 2002.10. 15.자 매출세금계산서 3억원(공급가액)중 122백만원은 계좌이체를 통해 물품대금을 수령하고 나머지 178백만원은 물품하자로 반품하였으며, 2003.1.8.자 소프트웨어개발 건 220백만원(공급가액)은 당시 개발직원이 없어 개발을 못한채 폐업하여 실제 공급이 없었다고 진술하였으며,OO세무서장은 조사내용을 처분청에 과세자료로 통보하였다.

처분청은 OO세무서장으로부터 청구법인과 OOOOO간에 실물거래 없이 649,500천원(공급대가 714,450천원)의 가공세금계산서를 수수했다는 과세자료를 통보받고 청구법인에 대한 경정조사를 실시하여 OO세무서장이 통보한 649,500천원중 2002.12.12.과 2002.12.18. 인터넷으로 송금한 63,250,000원과 79,200,000원 등 142,450,000원(부가가치세 포함)은 정상거래로 인정하고 나머지 거래는 실물거래 없이 허위로 가공세금계산서를 수취한 것으로 조사하여 이 건 과세한 사실이 확인되며, 물품공급대가 472,450천원과 서버운영시스템개발용역과 관련된 242백만원 등 714,450천원에 대해 청구법인이 제시한 대금지급내용을 처분청이 부인한 내역은 아래와 같다.

(OO O OO)

전OO은 처분청의 이 건 경정조사기간중 OOOOO가 청구법인에 납품하기 위하여 물품을 구입했던 OOOOOO 일대의 거래처로부터 거래내역과 구매물품대금 송금내역 등을 확인받아 ①세금계산서를 구비하고 대금지급사실이 확인되는 정상거래분 49,864천원, ②대금지급증빙이 있는 거래처와의 거래분 287,890천원, ③폐업으로 직접 확인할 수는 없으나 전OO의 수첩에 대금 지급내역과 거래처 상호가 표기된 거래처와의 거래금액 85,567천원 등 472,450천원으로 구분하여 청구법인과의 실거래 증빙으로 처분청에 소명자료로 제시하였으나 처분청은 당시 OOOOO가 자료상으로 고발조치된 상황에서 OOOOO가 제시하는 자료는 신빙성이 없다고 판단하여 실거래사실을 입증하는 증빙으로 인정하지 않은 것으로 확인된다.

처분청이 청구법인의 대금지급내용을 신빙성이 없다고 판단한 이유를 보면, ① 2002.9.3. 청구법인과 OOOOO간에 체결한 물품공급계약서상 대금을 세금계산서 발행일로부터 60일 이내 현금 지급하는 것으로 약정하였으나, 청구법인은 2001.11.30, 2002.3.8, 2003.1.15. 등 3회에 걸쳐 수표와 계좌이체를 통해 송금했다고 하고 있어 지급일 및 지급방법이 계약내용과 상이하여 신빙성이 없고, ② 2002.10.28. 체결한 220백만원(공급가액) 소프트웨어개발계약건도 납품완료후 15일 이내에 현금(수표)으로 납품대금을 지급하기로 약정했으나 실제 대금지급일이 세금계산서 발행일과 70일 이상 차이가 나는 등 계약내용과 상이하며, ③청구법인은 대금지급 증빙으로 2001.11.30.발행 자기앞수표 등 13매 사본을 제시하였으나 앞면만 복사되어 배서인 등이 확인되지 않고, 이들 수표중 2002.3.8. 및 2003.3.19.자 자기앞수표 165,000천원은 배서인이 OOOO 대표이사 안OO로 되어 있는 바, OOOO은 국세청 전산자료조회결과 OO OOOO에 사무실을 두고 있는 컴퓨터 및 주변기기 도·소매업체로 청구법인과는 직접 거래를 한 사실이 없는 것으로 확인된다하여 처분청은 청구법인이 제시하는 관련증빙을 인정하지 않은 것으로 확인된다.

한편, 청구법인이 교육청과 관공서 등에 납품한 공급물품 명세와 설치내역을 보면, 교육청 등 캐싱서버 조달물품과 관련된 423,321천원(공급물품내역 : ① 서버용 H/W TYPE 1 33 set ② 서버용 H/W TYPE 2 17 set ③ 서버용 H/W TYPE 1, 2의 현장설치작업)과 교육청 등 OOOO 운용시스템 개발계약과 관련한 242,000천원(개발내용 : ① H/W운용시스템, ② 파일시스템, ③ Firmware 프로그램, 개발관련 소프트웨어 및 교육프로그램, 프로그램개발자금 대금지급내용) 등으로청구법인이 (주)OOOOO로부터 구입하여 교육청 등의 OOOO 구축사업에 투입한 것으로 확인되고,청구법인이 OOOOO를 통해 매입한 물품에 OOOO작업을 하여 실제로 현장에 설치한 거래처는 아래와 같다.

O OOOO OOO OOOOOOOO OOOO OOOO OO(OOOOOOOO OOO OOOO)

교육청 등의 납품 검수와 관련하여 OOOOO의 실질대표자인 전OO이 청구법인의 직원, OOO 관련공무원 등과 공동으로 서명한「물품납품 및 영수증」은 OOOOO교육청 OOOOOO고등학교의 검사결과 합격판정통보와 관련된 「물품납품 및 영수증」이며, 제품인수확인서 등의 문건을 보면 현장에 설치시공하고, A/S를 위한 사후 점검 등을 OOOOO의 실질대표자인 전OO이 청구법인의 직원, OOO 관련공무원 등과 공동으로 서명한 것으로 되어 있어 청구법인이 OOOOO로부터 물품을 납품받고 소프트웨어 개발을 통해 OOOO업무를 수행한 사실이 확인된다 할 것이다.

한편, 청구법인의 대금지급내용을 보면, 청구법인이 지급한 649,450천원 중 264,450천원은 금융거래를 통해 지급한 사실이 확인되고, 395백만원은 청구법인이 (주)OOOOO에 거래대금으로 건넨 것으로 수표발행금액 395백만원중 2001.11.30. 발행수표 130백만원은 전OO이 사용한 것이고, 2002.3.8. 165백만원 및 2003.3.19. 1억원은 전OO과 거래관계가 있던 안OO(OOOO OOOO)가 이서한 것으로 모두 정상거래로 보아야 하며, OOOO(OOOO OOO)은OOO OOO에서 컴퓨터 및 주변기기 도소매업을 영위하던 사업자로 청구법인이 OOOOO에 물품구매를 의뢰한 교육청 OOOO 납품건을 OOOOO의 전OO으로부터 납품의뢰를 받아 총 8차례에 걸쳐 청구법인에 조달물품을 공급하고 공급한 물품의 대가로 총 265백만원을 수령했다고 2004.11.9.자 거래사실확인서에서 확인하고 있으며, 이는 청구법인이 OOOOO에 물품공급을 의뢰하였으나 실제적으로 OOOOO가 각 교육청에 납품할 잡다한 조달물품 공급을 원할히 수행할 수 없어 다시 OOOO에 일괄구매를 의뢰한 것으로 확인되고 있어, 수표이서를 안OO(OOOO OOOO)가 했음을 이유로 실물거래가 아니라고 할 수는 없고,

위에서 본 바와 같이 처분청에서는 거래대금지급일 및 지급방법이 계약내용과 상이한 점 등을 들어 청구법인의 대금지급내용이 신빙성이 없다는 것이지만 청구법인이 OOOOO와 2001.10.15. 체결한 합의서의 “5. 합의사항”에 보면 OOOOO는 정식납품계약 전에 시제품을 공급할 책임을 지고, 청구법인은 시제품의 원재료 및 완제품의 대가를 실비로 선급하며 조립가동에 문제가 없을시 정식 물품공급계약에서 처리하는 것으로 합의한 사실, 이러한 사실은 전OO에 대한 검찰청 조사시의 피의자 신문조서에도 일관되게 나타나고 있는 사실, 2001.11.15.자 거래명세서에 의하면 OOOOO가 155,100,000원을 공급한 것으로 나타나는 점, 또한 대금의 지급일이 계약내용과 일치하지 않는다고 하여 거래자체를 부인할 수는 없는 점 등이 있으므로 처분청의 과세이유는 잘못된 것으로 판단된다.

청구법인(갑), OOOOO(을), OOOO(병) 3자간에 확인한 거래사실내용을 보면, “갑”이 교육청 조달물품 납품업자로 선정됨에 따라 “을”이 운영시스템 소프트웨어 개발에 착수하여 OOOO 운용시스템 프로그램을 납품하고 이와 동시에 조달물품공급을 병행하며, “을”이 조달물품납품계약 물량중 소량물량은 직접 OOOOOO에서 조달하여 “갑”에게 납품하기도 했으나 조달물품을 원활하게 공급하기 위해 OOOOOO에서 사업중이던 “병”에게 다시 의뢰하여 “병”이 8차에 걸쳐 265백만원 상당의 물품을 “갑”에게 공급했으며, “을”은 “병”을 통해 납품한 물량을 포함하여 총 649,500천원(공급가액)을 “갑”에게 공급했고, 미수령분 55백만원을 제외한 649,450천원을 수령하여 이중 165백만원은 “병”에게 지급했다고 되어 있다.

처분청 조사 당시 전OO은 OOOOO의 공동운영자인 권OO(OOO OOOOOO OOOOOO OOO OO OOOO OOOOO OOO)과 서로 사업과 관련하여 다투면서 권OO의 투자지분 반환을 위해 자료상 행위를 하게 됐다고 진술하면서 3～5%의 수수료를 받고 허위 세금계산서를 수수하게 된 몇몇 업체를 거명하고, 이외 청구법인을 포함한 나머지 거래는 모두 실거래로 청구법인과 실제 거래를 했다는 진술을 했고, 전OO은 2004.12.12. OOOO검찰청 OOOO 검사실에서 작성한 피의자신문조서(OOOO)에서 구체적으로 거래내용을 진술하였는 바, 청구법인에 「OO O OO」라는 인터넷 가속기를 실제로 납품하고 세금계산서를 발행하였으며, 당시 OOOOO는 OOOO에 있는 컴퓨터 주변기기 부품업체인 OOOO, OOOO, OOO드 상가 등에서 전OO이 직접 현금을 주고 컴퓨터 주변기기 부품 등을 구입, 조립하여 납품하였다고 진술하였으며, OOOO에 들어가는 O OO라는 프로그램 및 OOOO 운영프로그램 또한 실제 납품하였다고 진술한 것으로 확인되며, 전OO의 조세범처벌법 위반에 대한 OOOO법원 판결문을 보면, 당초 OO세무서에서 고발한 위법사항 중 청구법인과의 거래분은 범죄행위에 포함되어 있지 않은 것으로 확인된다.

위 사실에 의할 때 처분청이 청구법인이 수취한 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 과세한 처분은 사실조사를 소홀히 한 부당한 처분으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있다고 판단되므로 국세기본법 제81조와 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.